수정신고 안내에 따라 수정신고하면서 증액된 세액에 대하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용할 수 없음.

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 ‘OOO’라는 상호로 자동제어 및 정밀기기 제조업을 영위하는 개인사업자로, 2013.7.2. 처분청으로부터 ‘2011년 귀속 종합소득세 확정신고관련 자료제출 안내문’을 받고, 2013.7.16. 과소신고한 소득금액에 대하여 수정신고를 하면서 증액된 세액에 대하여 추가로조세특례제한법제6조의 규정에 따른 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 신청하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 당초 수정신고한 가공경비가 근거없이 경비를 허위 조작하여 조세의 포탈을 가능하게 한 부정과소신고분 과세표준에 해당한다 하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제하여 2013.9.30. 청구인에게 2011년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.18. 심판청구를 제기하였다

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제128조 제3항에 의하면, 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제하기 위해서는 납세자가 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에 해당되어야 함을 전제로 하고 있는바, 이 사건의 ‘종합소득세 확정신고관련 자료제출 안내문’ 만으로는 과세당국이 과세표준과 세액을 경정할 것을 전혀 알 수 없음에도 불구하고, 납세자가 안내문에 안내된 대로 잘못신고된 부분에 대하여 정하여진 기일 내에 성실하게 수정신고한 경우까지 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알았다고 확대해석하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제한 것은 수정신고와 관련한 추가 납부세액 마련에 어려움을 겪고 있는 영세사업자의 어려운 형편을 헤아리지 아니한 부당한 처분이므로 청구인이 억울함이 없이 생업에 전념할 수 있도록 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제128조 제3항에서 ‘대통령령으로 정하는 과소신고금액’이란 법인의 경우에는국세기본법제47조의3 제2항 제1호에 따른 부당과소신고 과세표준을 말하고, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액이며,국세기본법제47조의3 제2항 제1호에 부정행위로 인한 과소신고분 과세표준을 명시한바, 부정행위는 사기, 기타 부정한 행위로써 기타 부정한 행위는 사실을 허위 조작하고 진정한 사실을 왜곡하거나 또는 이를 은닉하는 등 조세의 포탈이나 조세의 부정한 환급․공제를 가능하게 하는 모든 행위를 지칭하는 것으로 청구인이 당초 수정신고한 가공경비는 근거없이 경비를 허위 조작하여 조세의 포탈을 가능하게 한 부정과소신고분 과세표준에 해당하므로 창업중소기업 세액감면을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 수정신고 안내문에 따라 수정신고하였을 경우, 증액된 세액에 대하여조세특례제한법제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 당초 수정신고한 가공경비는 근거없이 경비를 허위 조작하여 조세의 포탈을 가능하게 한 부정과소신고분 과세표준에 해당하므로 창업중소기업 세액감면을 배제하여 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다면서, 2011년 귀속 정규증빙 수취금액 검토서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 처분청의 ‘종합소득세 확정신고관련 자료제출 안내문’ 만으로는 과세당국이 과세표준과 세액을 경정할 것을 전혀 알 수 없음에도 성실하게 수정신고한 경우까지 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알았다고 확대해석하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제한 것은 부당하다고 주장하면서, 2011년 귀속 종합소득세 확정신고 관련자료 제출 안 내문, 수정신고서 등을 제출하였다. (3)조세특례제한법제128조 제3항은 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조 등을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제122조 제1항은 법 제128조 제3항에서 ‘대통령령으로 정하는 과소신고금액’이란 법인의 경우에는국세기본법제47조의3 제2항 제1호에 따른 부정과소신고 과세표준을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(4) 처분청과 청구인이 제시한 증빙자료들과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 처분청은 2013.7.2. 청구인에게 신고 매입비용 OOO천원 대비 증빙수취 비율이 63.4%로 OOO원의 차이가 발생하고, 급여 등 인건비가 OOO원 과다계상한 혐의가 있는 것을 내용으로 하는 ‘2011년 귀속 종합소득세 확정신고관련 자료제출 안내문’을 발송하였고, 청구인은 동 안내에 따라 2013.7.16. 처분청에 과세표준수정신고 및 추가자진납부계산서를 제출하였으며, 동 수정신고에 따라 소득금액은 OOO원이 증가한 것으로 나타난다. (나) 살피건대,조세특례제한법제128조 제3항 및 같은 법 시행령 제122조 제1항에서 과세표준 수정신고서 제출시 경정할 것을 미리 알고 제출한 부정과소신고 과세표준에 대하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제하도록 규정하고 있는 점, 처분청은 청구인에게 가공경비 등에 대하여 수정신고를 안내하였으며 청구인은 수정신고 안내문에 따라 가공경비 등을 제외하여 계상한 수정신고를 한 점 등 청구인의 수정신고는 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우라고 볼 수 있으므로 처분청이 청구인의 수정신고에 따라 증액된 세액에 대하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면 규정을 배제하여 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.