쟁점주택에 대하여 양도소득세 중과세율 적용이 적법한지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO교회의 목사로서 2007년 5월 OOO번지 소재의 다세대빌라 2층 나호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도한 후 2007.5.31. 양도가액은 실지거래 가액(OOO원)으로, 취득가액은 기준시가를 환산한 가액(OOO원)으로 계산하고, 50% 세율을 적용하여 양도소득세를 예정신고하였다.
• 나. OOO세무서는 청구인이 예정신고한 취득가액(OOO원)과 쟁점주택의 전소유자인 조OOO이 쟁점주택을 청구인에게 양도하고 과세관청에 신고한 양도가액(OOO원, 실가)이 상이함을 확인하고 처분청에 과세자료 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 청구인이 신고한 쟁점주택의 취득가액을 OOO원으로 경정하여 2013.4.9. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원 을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.11. 이의신청을 거쳐 2013.10.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택은 교역자 사택을 목적으로 2004.1.25. 청구인과 5인의 장로가 회의를 통하여 구입을 결정하고 교회의 자금으로 취득한 교회의 자산으로서 등기부등본상 소유권자가 ‘OOO교회’이며, 양도대금은 2007년 5월 쟁점주택과 교회건물을 일괄 매각하여 새로운 교회건물을 취득하는데 사용하였으므로, 청구인 개인의 자산으로 볼 수 없다.

(2) 처분청이 청구인에게 고지한 내역을 살펴보면 1세대 다주택자 중과세율 50%를 적용하였는데, ‘1세대’란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대를 말하는 것으로서 국세청 질의회신(부동산거래관리과-105, 2010.1.20.)에 의하면 교회는 1세대가 아닌 1거주자로 보고 있으며, 소득세법에 “교회(단체)를 1세대로 보아 이 법을 적용한다”라는 규정도 없는 바, 교회에 대하여 1세대 다주택자 중과세율을 적용하는 것은 법적근거가 없는 과세로 조세법률주의에 위배되는 것이다. 또한, 교회자산인 쟁점주택을 청구인 개인의 자산으로 보고 1세대 다주택자 중과대상으로 판단하는 것도 부당하다 할 것이므로, 이 건 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 쟁점주택이 교회 소유인지 여부를 확인하기 위해선 취득 당시 쟁점주택의 취득자금 출처를 입증해야 되나 그러하지 못하고, 양도대금의 사용처도 교회 회계로 사용되었는지 불명확하며, 취득계약서에 신청인 인감도장 및 인감증명서가 첨부된 사실로 보아 쟁점주택은 대표자 개인의 소유인 것으로, 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 정당하며, 설령 쟁점주택 등이 교회 재산이라 하더라도소득세법제1조에 의하면 법인격 없는 사단·재단 기타 단체 중 법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아야 한다고 규정되어 있는 바, 거주자로 보는 종교단체에 대하여 1세대 다주택 소유자로서 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다(조심2010서0018, 2010.3.22. 같은 뜻).

• 가. 쟁 점 쟁점주택에 대한 양도소득세 중과세율 적용이 정당한지 여부
• 나. 관련법령
• 다. 사실관계 및 판단 (1)소득세법제1조 제3항에 의하면 법인격 없는 사단·재단 기타 단체중 법인으로 보는 단체외의 사단·재단 기타 단체는 이를 거주자로 보도록 되어 있고, 같은 법 제104조 제1항 제2호의5에 거주자의 양도소득세 세율은 1세대 2주택의 경우 50%로 규정되어 있다. 한편, 국세기본법제13조에서는 법인으로 보는 단체로 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것과 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것, 그리고 일정 요건을 갖춘 법인격 없는 단체 중 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것을 규정하고 있다.

(2) 처분청 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다. 1) 쟁점주택이 과세대상인 것은 청구인과 처분청 사이에 이견은 없으며 OOO 교회(111-89-ＸＸＸＸＸ)는 1972.5.14. 사업자등록을 하였고, 2003.10.17. 대표자를 김OOO으로부터 청구인으로 정정한 후, 2009.9.25. 사업장 소재지를 OOO에서 OOO로 변경한 사실이 확인된다.

2. 청구인이 제출한 회의록에는 2004.1.25. 쟁점주택 및 같은 동 소재 603-34 1층을 교역자사택 사용 목적으로 매입하기로 결정하고 청구인과 5명의 장로가 합의한 후 날인하였고 2004.5.23. 같은 동 소재603-107 1층 또한 위와 같은 방식으로 결정하였다고 기록되어 있다.

4. 등기부등본상 소유권자가 ‘OOO교회’(연번 3∼8번 부동산은 권리자에 “대표자 이OOO”이 추가로 기재) 로 되어 있는 부동산은 다음과 같으며, 쟁 점주택의 취득시 청구인은 2004.1.8. 본인 명의로 매매계약서를 작성하고 개인 인감도장을 날인하였다.

5. 위 부동산에 대한 양도소득세 신고내역은 다음과 같고, 연번 3∼8번의 부동산은 다주택자 중과세율을 적용하여 신고하였다.

6. 처분청은 ‘교회’가 종교법인 산하의 종파에 소속되어 있으나, 그 소유재산이 종교법인 명의가 아닌 개별교회 명의로 등기되어 있고 별도 로 독립 운영되므로 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않아 ‘개인’으로서 양도소득세가 과세되며(심사양도 2003-46, 2003.5.16., 재일 46014-428, 1996.2.14. 같은 뜻), 이 건 교회는 OOO에 소속되어 있는 개별교회로서 전반적인 운영과 그에 대한 회계처리 등을 자체적으로 결정·시행하는 것으로 판단되므로, 자산의 취득자금 및 양도대금에 대한 회계처리는 청구인과 그 교회에서 입증해야 할 것이지만, 그에 대해 명확하게 제시하지 못하고 있으며, 2007.5.31. 청구인은 쟁점주택의 양도소득세 예정신고시 스스로 중과세율을 적용하여 자진신고하였고, 2013년 6월 처분청이 세율은 신고내용을 따르고 단지 취득가액을 실제거래가액으로 경정하여 고지한 것뿐으로 당초 결정은 정당하다 할 것이며, 설령 쟁점주택 및 쟁점 외 부동산이 교회 재산이라 하더라도 소득세법제1조에 의하면, 법인격 없는 사단·재단 기타 단체 중 법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아야 한다고 규정되어 있는바, 거주자로 보는 종교단체에 대하여 1세대 다주택 소유자로서 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다는 의견이다(조심 2010서0018, 2010.3.22. 같은 뜻).

(3) 청구인은 쟁점주택의 소유권자가 ‘OOO교회’로서, 처분청이 쟁점주택을 청구인 개인 자산으로 보거나 교회를 1세대에 해당한다고 보아 1세대 다주택자 중과세율 50%를 적용한 것은 부당하므로, 이 건 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하면서 관련 예규 등을 제출하고 있다.

(4) 살피건대, 쟁점주택의 소유권자가 청구인 개인이 아니라고 하더라도 2007.5.31. 청구인은 쟁점주택의 양도소득세 예정신고시 ‘OOO교회’의 대표로서 스스로 중과세율을 적용하여 신고한 사실이 나타나며, 소득세법제1조에 의하면, 법인격 없는 사단․재단 기타 단체 중 국세기본법제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체외의 사단․재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아야 한다고 규정되어 있고, ‘ OOOOOOOO OOOO교회’가 국세기본법제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체에 해당한다는 증빙자료는 제출되지 아니하였는 바, 동 교회를 거주자로 보아 1세대 다주택 소유자로서 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010서0018, 2010.3.22. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. (문서 마지막에 아래 마크가 나타나도록 부탁드립니다)