[요지] 청구법인과 △△△ 간에 체결된 변경계약에도 불구하고 쟁점사업의 시공사로서 청구법인에게 공사기성분에 대한 검사를 요청하였을 뿐 아니라, 관련 세금계산서를 발행하였으며, ○○○ 또한 신탁보수의 지급을 청구법인에게 하였고, 관련하여 발생한 ㅇㅇㅇ억원의 대출금 채무 또한 △△△의 채무로 변경되지 아니한 것 등에 비추어 2009.12.7. 청구법인과 △△△ 간에 작성된 신탁원부 변경계약 등에 따라 쟁점사업의 주체가 △△△으로 그 즉시 변경된 것으로 보아 시공사 등으로부터 수취한 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO이 2012.12.18. 청구법인에게 한 부가가치세 2010년 제1기분 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 OOO 외 3필지에서 진행된 오피스빌딩 신축 및 분양사업과 관련하여 수취한 세금계산서의 매입세액을 공제하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 국세기본법 제14조 [실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제2조 [납세의무자] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다) 제6조 [재화의 공급] ⑤ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다. 제17조 [납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
(1) 쟁점사업 관련 공사․신탁 및 매매계약서, 중부지방국세청장의 이의신청결정서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2008.4.28. OOO과 도급금액 OOO원에 쟁점사업 관련 공사도급계약을 체결하였고, 2008.4.29. OOO과 신탁원본 및 신탁수익의 수익자를 청구법인으로, 신탁원본 및 신탁수익의 1순위 우선수익자를 OOO 유한회사(관련한 PF대출금 OOO원의 대주임), 2순위 우선수익자를 OOO으로 하는 관리형토지신탁계약을 체결하였으며, 2009.12.7. OOO 등과 신탁원본 및 신탁수익의 수익자를 청구법인에서 OOO으로 변경하는 내용의 합의서 및 신탁원부 변경계약서를 작성하였고, 2010.2.26. OOO과 도급금액을 OOO원으로 하는 2차 공사도급변경계약을 체결하였으나, OOO(매도인, OOO은 수익자 겸 시공사의 자격으로 관여)은 2012.6.5. OOO을 공급가액 OOO원에 OOO(주)에 매각계약하는 계약을 체결하고, 그 대금 중 OOO원을 1순위 우선수익자인 OOO 유한회사에 지급하고, 나머지 OOO원은 OOO에게 지급하였으나, 동 계약에 청구법인은 관여하지 아니하였다. (나) 청구법인과 OOO 등은 2008.4.28. 청구법인의 계약위반을 이유로, 쟁점사업의 수익자를 청구법인에서 OOO으로 변경하고, OOO의 요청시 쟁점사업 사업권 및 토지소유권을 OOO 또는 OOO이 지정하는 자에게 이전하는 것을 주요한 내용으로 하는 합의서 및 신탁원부 변경계약을 작성하였고 그 주요한 내용은 다음과 같다. ＜합의서의 주요 내용＞ ＜신탁원부 변경계약서의 주요 내용＞
(2) 처분청이 제출한 부가가치세 현지확인 종결보고서, 과세사실판단자문위원회 심리자료, OOO이 OOO에게 제출한 경정청구서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 처분청은 2012.6.5. OOO 매각에 따른 신고 적정여부에 대한 검토가 필요하다는 이유로 청구법인을 대상자로 선정하여 2012년 8월 청구법인의 2012년 제1기 부가가치세 신고 내용에 대한 현지확인을 실시한 결과, 청구법인의 계약위반에 의해 2009.12.7. 작성된 합의서 등에 따라 신탁수익자가 OOO으로 변경된 후 신탁수익자 변경에 대한 별도의 계약서 등이 없었으며, OOO이 OOO 매각에 대하여 과세매출로 신고하는 등 2009.12.7. 이후 부동산 처분에 대한 실질적 통제권이 청구법인에서 OOO으로 인도된 것으로 보아 청구법인이 쟁점사업과 관련하여 수취한 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였다. (나) 처분청의 조사당시 청구법인의 대표이사는 쟁점사업의 수익자변경 또는 토지소유권 이전과 관련하여 2009.12.7. 합의서를 작성하고 신탁원부변경계약서에 의해 신탁원본 및 신탁수익 수익자를 청구법인에서 OOO으로 변경하였고, 그 이후 쟁점사업은 OOO이 주도적으로 진행하였으며, 2012.6.5. OOO이 OOO을 매매한 사실은 전혀 몰랐고, 매매일에 별도의 수익자지정 관련 합의서 등을 작성한 사실도 없으며, 매매계약서 실물은 처분청이 2012.8.27. 제시할 때 처음 보았다는 취지의 확인서를 작성하였고, OOO 전략기획팀 차장 OOO는 2009.12.7. 합의서 작성 및 신탁원부 변경계약에 의해 신탁원본 및 신탁수익 수익자를 청구법인에서 OOO으로 변경하였고, 별도의 수익자 지정 및 신탁원부변경계약서의 작성 없이 동 합의서 및 신탁원부변경계약서에 의거해 수익자 겸 시공자 자격으로 2012.6.5. OOO을 OOO원에 매매하는 것에 동의하였다는 취지의 확인서를 제출하였다. (다) 한편, 이 건 과세직후인 2013년 1월 OOO은 2009.12.7. 작성된 합의서 및 신탁원부변경계약에 따라 OOO에게 쟁점사업의 실질적 통제권이 이전되었으므로, OOO이 제공한 건설용역은 부가가치세 과세용역인 아닌 ‘용역의 자가공급’이라는 이유로 매출세액으로 2011년 제1기～2012년 제1기 중 과다 신고․납부한 OOO원의 환급을 경정청구하였으며, OOO은 합의서 및 신탁원부변경계약서, OOO 매각 경위, 처분청의 이 건 과세내용 등에 따라 쟁점사업 시행사였던 청구법인의 모든 권리를 OOO이 인수한 이상, 실질적으로 OOO의 토지에 OOO이 직접 시공한 것에 해당하여 과세대상 거래가 아니라고 판단된다는 이유로 경정청구한 세액을 환급하였다. ＜표＞ OOO이 발행한 OOO 관련 세금계산서 내역
(3) 이에 대하여 청구법인이 제출한 증빙은 다음과 같다. (가) 쟁점합의서 작성 이후인 2010.2.26. 쟁점사업의 시행사로서 청구법인은 그 시공사인 OOO과 쟁점사업 공사도급 변경계약(2008.4.28. 약정서, 2008.8.25. 1차 변경계약에 이은 2차 변경계약임)을 하였고, 동 계약서 제13조(공사의 완료)를 보면, 청구법인은 공사완료일(OOO의 공사완료통지일)로부터 30일 이내에 공사목적물을 인수하여야 하며(제3항), 청구법인이 OOO에 공사도급금액을 완불할 의무와 OOO이 청구법인에게 공사목적물을 인도하는 의무는 동시에 이행하고(제4항), 공사목적물을 매각 또는 임대하고자 할 경우 청구법인과 OOO은 상호합의(제5항)하기로 하였으며, 제14조(계약의 해제 및 해지) 제2항 제5호를 보면, 청구법인이 OOO의 동의없이 제3자와 사업을 진행하거나 사업시행권을 양도하는 경우 OOO이 계약을 해제 또는 해지할 수 있도록 약정하였다. (나) 쟁점사업을 담당하였던 전 OOO 팀장 OOO(2008년 2월～2011년 3월 OOO근무, 2008년 4월～2010년 1월 담당팀장)은 쟁점합의서는 본인이 직접 작성한 것으로, 쟁점사업 관련 계약서 및 약정서의 계약조항에 따라 청구법인에게 몇 가지 책임이 있다고 판단되어 향후 청구법인의 토지 및 사업권을 인수할 수 있는 근거를 만들기 위한 것이었으며, 수익자를 변경한 것도 사업권 이전을 전제로 한 것이 아니라, OOO 사태로 악화된 부동산시장상황에서 제3자 매각, OOO그룹 소유, OOO그룹 지분참여 펀드를 통한 매각 등 다양한 방안의 추진을 대비하여 OOO건설의 투자비를 회수하기 위한 방편인바, 합의서 제2조는 이전될 권리의 내용을, 제4조는 이전시점을 약정하기 위해 기재한 것인데, 당장 인수하지 않은 것은 청구법인이 지속적으로 추진 중인 제3자 매각의 가능성을 긍정적으로 평가하였고, 매각이 이루어지지 않거나 자체적으로 소유하기로 결정할 경우 합의서의 권리를 행사하는 것이 여러 측면에서 유리하였기 때문이며, 통상, 미분양 물량 과다 등으로 원래의 시행사 위주로 사업을 진행할 수 없는 경우, 건설회사가 시행사의 토지 및 사업권을 인수하거나 시행사 자체를 인수하여 재추진하나, 이 건의 경우는 OOO 명의 인수시 PF대출금 OOO원을 인수하는 부담이 발생하고, 매각방안 및 사업추진방안에 대하여 청구법인과 협의하여 결정된 것이 없기 때문에 인수하지 않았고, 합의시점에 청구법인에 지급한 금전을 합의금이 아닌 사업비 대여금으로 처리한 이유는 토지 및 사업권이 아직 이전되지 않았고, 매각방안 및 사업추진방안도 결정되지 않았기 때문에, 그에 대한 회계처리가 모호할 수 있어서 일단 대여금으로 처리한 후 실제 토지 및 사업권이 OOO 또는 제3자에게 매각되는 시점에 합의금으로 대체하기 위함이었다는 취지의 확인서를 제출하였다. (다) 청구법인과 OOO은 2009.12.15. 청구법인이 시행하고, OOO이 시공자로 추진하는 쟁점사업 시행사운영비, 사업비 등으로 사용키 위해 청구법인이 OOO으로부터 OOO원을 2009.12.15.～2010.12.15. 간 차용한다는 취지의 금전소비대차계약을 체결하였다. (라) 쟁점사업 관련 OOO 등과 수․발신한 공문 등 청구법인이 제출한 쟁점사업관련 업무추진 내용은 다음과 같다.
1. OOO은 2010.11.5. 청구법인에 쟁점사업 철골부재 일부 규격변경에 대한 승인을 요청하는 공문을 발송OOO하였고, 2011.12.9. 청구법인에 제3차 기성청구시 기성율이 계약서상 기성율OOO에 미치지 못하더라도 미달범위가 OOO%내 이므로 기성청구요건을 충족한 것으로 보아 기성청구를 할 수 있도록 하여야 한다는 취지로 상호협의를 요청하는 공문을 발송OOO하는 등 쟁점합의서 등 작성이후에도 OOO과 청구법인은 각 시공사와 시행사로서 OOO 및 관련 자금지원요청 공문 등을 주고받았으며, OOO은 2011.9.5. 청구법인에 이메일로 OOO 임대계획을 송부하였는바, 청구법인은 이는 2010.2.26. 체결된 변경도급계약서 제13조 제5항에 따른 것이라는 주장이다.
2. 청구법인과 OOO은 2010.6.24.～2012.6.5. 기간 중 공사감리자 변경, 설계변경 용역 등 관련 업무협조요청 및 신탁보수 청구 등의 공문을 주고 받았으며, 이외 2009.5.14.～2012.8.27. 기간 중 OOO 건축설계업체 및 감리업체와 건축설계 변경 및 감리용역 계약․변경 공문을 수․발신하였으며, 청구법인은 2010.7.12. OOO주식회사에 쟁점사업 사업성평가 용역을 공급가액 OOO원에 의뢰하는 계약을 체결하였다.
3. 한편, 쟁점사업과 관련한 OOO원을 대출하였으며, 관련한 신탁의 1순위 우선수익자인 OOO 유한회사는 쟁점합의서 작성이후에도 관련한 PF대출 이자지급을 OOO이 아닌 청구법인에게 요청한 것으로 나타나며, 이와 관련하여 처분청도 동 대출이 OOO으로 승계되지 아니한 사실을 인정한 바 있다.
(4) 한편, 이 건 심판청구 심리 중 청구법인 등에서 제출한 관련 민사소송 판결서의 내용은 다음과 같다. (가) OOO은 2012.4.27. 청구법인 등을 상대로 환급받은 부가가치세 2011년 제2기분 OOO원의 지급을 구하는 취지의 소송OOO을 제기하였으며, OOO은 동 환급금이 신탁재산임에도 청구법인의 대표이사가 환급받아 이 중 약 OOO원을 임의로 사용하여 OOO에게 손해를 끼친 이상 이를 배상할 책임이 있다고 판결(2012.12.6.)하였는바, 동 소송 중 청구법인은 신탁원부 변경계약은 현저히 불공정한 계약으로 무효이거나 일종의 양도담보에 해당하므로 청구법인은 변경계약에도 불구하고 여전히 수익자의 지위에 있으므로 OOO의 처분에 따른 정산금을 지급받을 권리가 있고, 그 정산이 완료될 때까지 환급금을 반환할 이유가 없으며, OOO과 OOO이 OOO을 OOO원에 매도할 수 있음에도 현저히 저렴한 OOO원에 매도함으로써 그 손해를 배상할 책임이 있다는 주장을 하였으나, OOO은 청구법인 등이 제출한 증거들만으로는 신탁원부 변경계약이 불공정한 법률행위에 해당하여 무효이거나 일종의 양도담보에 해당하여 청구법인이 여전히 신탁계약의 수익자 지위에 있다는 사실, OOO과 OOO이 OOO을 현저히 저렴한 가격에 매도하였다는 사실을 인정하기에 부족한 것으로 판단하여 이를 받아들이지 아니하였다. (나) 한편, 청구법인이 OOO을 상대로 쟁점사업관련 손해배상(원인: OOO의 OOO 저가 매매, 쟁점합의서에 따른 처분청의 이 건 과세)을 구하는 민사소송을 2013.2.28. OOO에 제기OOO하였고, 1심 OOO은 위 (가)에 적시한 판결내용 및 합의서 등을 이유로 하여 청구법인의 주장을 받아들이지 아니하였으나, 이에 청구법인이 항소하여 현재 동 소송이 법원에 계류되어 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점사업의 사업주체가 시행사인 청구법인에서 시공사인 OOO으로 변경된 것으로 보아 이 건 과세처분을 하였는바, (가) 일반적으로 부가가치세는 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자 즉 사업자가 이를 납부할 의무를 지는 것이고,신탁법상의 신탁은 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산권을 이전하거나 기타의 처분을 하여 수탁자로 하여금 신탁 목적을 위하여 그 재산권을 관리ㆍ처분하게 하는 것인바, 수탁자가 신탁재산을 관리ㆍ처분함에 있어 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받게 되는 경우 수탁자 자신이 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리하게 되는 것이지만 그 신탁재산의 관리ㆍ처분 등으로 발생한 이익과 비용은 최종적으로 위탁자에게 귀속하게 되어 실질적으로는 위탁자의 계산으로 돌아가는 것이므로,신탁법에 의한 신탁 역시부가가치세법제6조 제5항 소정의 위탁매매와 같이 ‘자기(수탁자) 명의로 타인(위탁자)의 계산에 의하여’ 재화 또는 용역을 공급하거나 또는 공급받는 등의 신탁업무를 처리하고 그 보수를 받는 것이어서, 신탁재산의 관리ㆍ처분 등 신탁업무를 처리함에 있어서의 사업자 및 이에 따른 부가가치세의 납부의무자는 원칙적으로 위탁자라고 보아야 하나, 이른바 타익신탁, 즉 신탁계약상 위탁자 아닌 수익자가 따로 지정되어 있어 신탁의 수익이 우선적으로 수익자에게 귀속하게 되어 있는 신탁의 경우에는, 그 우선수익권이 미치는 범위 내에서는 신탁재산의 관리ㆍ처분 등으로 발생한 이익과 비용도 최종적으로 수익자에게 귀속되어 실질적으로는 수익자의 계산으로 돌아가는 것으로 되므로, 이 경우 사업자 및 이에 따른 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수익자로 보아야 한다(대법원 2006.1.13. 선고 2005두2254 판결, 같은 뜻임)할 것이다. (나) 청구법인과 OOO 간에 2009.12.7. 작성된 신탁원부 변경계약서 등에 의하면, 쟁점사업의 수익자를 OOO으로 변경하였으나, OOO에서는 이러한 내용의 변경계약에도 불구하고 쟁점사업의 시공사로서 청구법인과 공사도급변경계약을 체결하고 청구법인에게 공사기성분에 대한 검사를 요청한 사실이 있고, 관련 세금계산서를 발행하였으며, OOO 또한 신탁보수의 지급을 청구법인에게 청구하였고, 쟁점사업과 관련하여 발생한 OOO원의 대출금 채무 또한 OOO의 채무로 변경되지 아니하여 OOO 유한회사가 청구법인에게 이자의 지급을 요청한 것을 보면, OOO이 2012.6.5. OOO을 매각하기 전까지는 청구법인이 여전히 쟁점사업의 사업주체의 지위를 유지한 것으로 보는 것이 보다 타당한 것으로 보인다. 따라서, 2009.12.7. 청구법인과 OOO 간에 작성된 신탁원부 변경계약 등에 따라 쟁점사업의 주체가 OOO으로 그 즉시 변경된 것으로 보아 시공사 등으로부터 수취한 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.