공급가액을 매출원가에서 차감하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

OOO세무서장이 2013.3.8. 청구인에게 한 2007년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 2007.8.31. 주식회사 ㈜OOO가 청구인에게 발행하여 교부한 매출세금계산서의 공급가액 OOO원이 청구인의 매출원가로 이중계상되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2007년 당시 의류매장인 ①OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다), ②OOO, ③OOO 등 3개 업체를 운영하던 개인사업자로서 쟁점사업장의 2007년 제2기 부가가치세 신고시 OOO가 아닌 OOO의 매입세금계산서 2매 공급가액 합계 OOO천원(이하 2007.8.31. 자 공급가액 OOO천원의 세금계산서는 “쟁점①세금계산서”, 2007.9.30.자 공급가액 OOO천원의 세금계산서는 “쟁점②세금계산서”라 하며, 이들을 “쟁점세금계산서”라 한다)을 OOO의 부가가치세 신고서에 “중복입력”하여 매입세액을 공제받았다.
• 나. 처분청은 2011.5.30. 국세청장으로부터 통보받은 ㈜OOO 본사의 “세금계산서합계표 불일치자료(사유: 매입세액 과다공제)”를 근거로 쟁점사업장의 쟁점세금계산서 매입금액이 과다계상되었다 하여 부가가치세 OOO천원을 2011.7.31. 납기로 부과하였고, 청구인은 이를 납부한 후, 2011.8.9. 쟁점세금계산서상의 매입금액 중 쟁점②세금계산서의 OOO천원은 매출원가에 누락되어 있고, 쟁점①세금계산서의 OOO천원은 기말재고로 이월되었다가 쟁점사업장 폐업(2011.1.31.)시 기초재고OOO에 포함하여 반품세금계산서를 발행하였다는 내용으로 2007년∼2010년 귀속 종합소득세 수정신고를 하였다.
• 다. 이에 대해 처분청은 쟁점①세금계산서의 OOO천원이 기말재고에 포함되었는지 여부가 불분명하다 하여 필요경비를 부인하는 등 OOO천원을 매출원가에서 차감하여 2013.3.8. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 OOO원을 부과처분하였다가 청구인이 제기한 이의신청결정에 따라 2013.9.6. 청구인의 2007년 귀속 종합소득세 신고시 매출원가에는 OOO천원(쟁점①세금계산서)만이 반영된 것으로 보아 OOO천원을 감액경정하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.5.14. 이의신청을 거쳐 2013.10.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점세금계산서의 중복계상은 OOO와 OOO의 공급자(본사)가 모두 동일하게 주식회사 ㈜OOO〔이하 OOO라 한다) 이기 때문에 세무사 사무실 여직원의 단순착오로 발생한 것이고, 이는 단지 숫자상으로만 ㈜OOO의 재고자산으로 허수계상된 것일 뿐 실제 비용(매출원가)이 과대계상된 것이 아니며, 이와 같은 단순착오 사실은 당시 상품이동 및 대금수수도 전혀 발생하지 아니하였고, 매출원가 계상시 쟁점 세금계산서의 전체금액 OOO천원이 아닌 OOO천원 (쟁점①세금계산서)만을 계상한 사실로도 확인되며, 쟁점①세금계산서의 매입액을 매출원가에서 제외한다면 의류 소매업종인 쟁점사업장의 2007년 원가율이 50.63%로 지나치게 낮아지므로 쟁점①세금계산서의 매입액은 단지 착오입력에 의한 허수에 불과하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점①세금계산서는 본사 ㈜OOO의 세금계산서합계표 불일치자료상 과다매입으로 확정된 거래이며, 쟁점①세금계산서를 종합소득세 신고시 장부상 당기 매입액에 계상하지 아니하였다는 청구인의 주장은 재고명세서를 제출하여야 확인 가능한 부분으로 신빙성 없는 거래처원장 등 제출된 소명자료만으로는 비용계상 여부를 확인할 수 없으므로 쟁점세금계산서에서 청구인이 제출한 소명자료 등에 의해 확인된 쟁점②세금계산서 를 제외한 쟁점①세금계산서를 매출원가에서 차감하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점①세금계산서상의 공급가액을 매출원가에서 차감하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제27조【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해년도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해년도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해년도에 확정된 것에 대하여는 당해년도전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해년도의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제55조【부동산임대소득등의 필요경비의 계산】

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입 할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 항변서 및 처분청의 심리자료에는 다음 과 같은 사실 들이 나타난다. (가) 2011.5.30. 처분청에서 청구인에게 ㈜OOO의 세금계산서합계표 불일치자료(매입세액 과다공제)를 통보하였고, 청구인은 그 즉시 과다공제받은 매입세액 OOO천원과 가산세 OOO천원을 납부하였으며, 부가가치세 매입세액 과다공제 및 추가납부 내용은 아래 <표1>과 같다.

○○○ (나) ㈜OOO가 청구인에게 발행한 쟁점세금계산서 내역은 아래 <표2>와 같고, 쟁점사업장의 손익계산서상 매출원가 계상내역과 원가율 변동내역은 아래 <표3>․<표4>와 같다.

○○○ (다) 청구인이 제출한 쟁점사업장의 계정별원장(상품) 및 거래처원장(본사 ㈜OOO)에 의하면 쟁점세금계산서 중 쟁점②세금계산서는 누락하고 쟁점①세금계산서만을 계상하였음이 확인된다. (라) 쟁점세금계산서와 관련하여 처분청이 매입과다를 사유로 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 2011.7.31. 납기로 고지하자 청구인은 해당금액을 납부한 사실이 국세청 전산자료 등에 의하여 확인된다. (마) 청구인은 쟁점세금계산서와 관련하여 2011.8.9. 재고자산 OOO천원 을 감액하여 필요경비에 산입하는 내용의 2007년～2010년 귀속 종합소득세 수정신고를 하였으며, 관련 수정신고 내역은 아래 <표5>․<표6>과 같다.

○○○ (바) 청구인은 당초 쟁점세금계산서 전체 금액 중 OOO천원만이 반영되었을 뿐 OOO천원은 반영되지 아니하였고, OOO천원은 기말재고로 이월되었다가 2011.1.31. 폐업시 기초재고에 포함되었어 반품되었음을 이유로 2007년부터 2010년까지의 종합소득세 수정신고시 OOO천원과 부가가치세 OOO천원을 합하여 총 OOO천원을 필요경비산입(△유보처분) 하였다가 2011년 귀속 종합소득세 신고시 필요경비불산입(유보처분) 하였음이 확인된다. (사) 청구인은 2011.1.31. 폐업하면서 폐업시 재고자산 OOO천원에 대해서는 반품세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고․납부하였음이 확인된다. (아) 청구인이 제출한 기부금 영수증OOO을 보면 청구인이 OOO에 OOO천원 상당의 의류를 후원한 사실은 영수증으로 확인되나, 청구인이 이를 장부에 계상하지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 의류 소매업종인 쟁점사업장의 2007년을 제외한 2006년～2010년 4개년의 평균원가율은 79.82%인데 쟁점①세금계산서를 매출원가에서 제외한다면 2007년 원가율은 70%에서 50.6%로 지나치게 낮아지게 되는 점, 쟁점사업장은 의류 소매업을 하는 소규모 아울렛 매장으로 정확한 재고를 파악하는 것이 어려워 보이는 점, 청구인이 OOO에 OOO천원 상당의 의류를 후원한 사실이 기부금 영수증에 의하여 나타나나 장부상에 계상하지 않은 사실이 확인되는바, 청구인이 부가가치세 신고시 부가가치율에 의하여 쟁점사업장의 매출을 산정하여 신고하였음에 비추어 실지 재고와 장부상의 재고가 일치하지 않는다는 이유〔폐업시 청구인이 ㈜OOO에 반품한 물량이 2011년 기초재고자산보다 쟁점①세금계산서의 매입액만큼 과소계상되지 아니함〕를 들어 쟁점①세금계산서의 매입액이 중복계상되었다는 청구주장을 배척하기 어 려운 점, 청구인이 2007년도에 계상된 장부상 기말재고 금액을 OOO천원 에서 OOO천원으로 OOO원을 감액하여 수정신고하여 세무조정으로 감액조정한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점①세금계산서의 중복계상은 세무사 사무실 직원의 단순착오에 의한 것이고, 이는 단지 숫자상으로만 재고자산으로 허수계상된 것일 뿐 매출원가가 과대계상된 것이 아니라는 청구주장이 신빙성이 있으므로 쟁점①세금계산서상의 금액이 이중계상되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 종합소득세 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본 법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.