쟁점물적분할이 사업의 양도에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1959.8.5. 설립된 OOO 주식회사가 2001년경 OOO 주식회사와 합병하여 OOO 주식회사로 상호변경되었다가, 2008.5.1. OOO 일대에 소재한 염화칼슘, 아염소산소다, 시약제품의 제조 판매와 함께 도시개발업을 운영하던 동 법인의 OOO공장을 물적분할(이하 “쟁점물적분할”이라 한다)하여 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 신설하였고, 2009.4.1. 각종 화학약품 및 폴리실리콘 등을 제조․판매하는 분할존속법인(청구법인, 연결모법인)은 현재 상호로 변경되었다.
• 나. 청구법인은 쟁점물적분할로 발생한 자산양도차익 OOO원을 법인세법 제47조 제1항 의 요건을 충족한 적격분할에서 발생한 자산양도차익으로 보아 동 금액을 2008사업연도 법인세 신고시 손금산입으로 세무조정하고, 쟁점물적분할을 부가가치세법상 사업의 양도에 해당한다고 보아 매출세금계산서를 발행하지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 1963년 6월경부터 1967년 2월경까지OOO공장에 대한 건설허가 및 공유수면매립면허를 받고 공장용지, 폐석회 투기장(소다회를 생산하는 공정에서는 석회석잔류물인 폐석회가 나오게 됨), 저수지 조성 목적으로 공유수면을 매립하였다. 이 과정에서 청구법인은 공장용지는 해수면 + 10m, 폐석회 투기장은 해수면 + 6.5m로 매립하기로 하고 매립공사를 실시하여 1968년 4월경부터 1971년 6월경까지 준공인가를 받았다. 청구법인은 2004년 3월경 OOO공장의 소다회 생산을 중단하였는데, 그 이전까지 수십 년간 폐석회를 즉시 처리하지 못하고 OOO공장 부지 내에 적치함에 따라 침전지(폐석회를 투석하여 매립된 토지로 추후 도시개발 등 이용이 가능한 나대지 상태로 정지 작업이 이루어짐)의 폐석회 적치 표고가 공유수면매립면허에서의 표고인 해수면보다 6.5m를 초과하게 되었다(이하 공유수면매립면허의 표고를 초과하여 적치된 폐석회를 “상부폐석회”라 한다). 또한, 1991년 9월경부터 폐석회가 폐기물관리법상 폐기물로 분류됨에 따라 상부폐석회에 대한 처리의무가 발생하게 되었고, OOO공장 주변에 새로이 들어선 아파트의 주민들이 폐석회로 인하여 피해를 입었다는 이유로 민원을 제기하기 시작하였다. 이러한 상황에서 2002년 11월경 OOO 폐석회의 적정 처리방안 모색을 위한 시민위원회가 구성되었다. 청구법인은 시민위원회가 2003년 4월경 작성한 ‘OOO 폐석회 처리 방안 보고서’를 토대로 2003.12.31. OOO, 시민위원회와 “폐석회 처리 협약서”를 작성하였는데, 그 주요내용은 ‘① OOO공장 내 해수저수지(청구법인이 공업용수로 사용하던 곳으로 OOO의 5필지 토지 합계 325,183㎡로, 이하 “이 건 유수지”라 하고, 추후 잡종지 등으로 지목이 변경됨)에 상부폐석회 전량을 매립하고, ② OOO로 포위되는 반월형 수면에 OOO시민들이 사용할 보트장 시설을 건립하여 OOO에 기부채납하며, ③ 위 ①항에 따른 폐석회 매립부지를 녹지 및 유원지로 조성한 후 OOO시민들이 자유롭게 이용할 수 있도록 관리기간 종료시점에 OOO에 지상권을 설정하여 줌으로써 영구적으로 개방하고, ④ OOO공장의 폐쇄 및 공장 부지에 대한 도시계획과 용도지정 완료시점에 지역주민의 복지시설 및 공공시설용 부지로 사용할 수 있는 7,700평의 토지를 OOO에 기부하는 것’이다. 이후 보트장 설치 예정지가 경제자유구역과 중첩된다는 이유로 OOO경제자유구역청이 보트장 건립에 반대의견을 표명함에 따라 보트장 건립 사업이 표류하다가, 쟁점물적분할 이후인 2008년 10월경 OOO에 위치한 OOO대공원의 호수에 대해 친환경 호수조성사업을 하여 OOO에 기부채납하는 것으로 결정되었고, 이에 따라 쟁점법인은 2009.3.17. OOO, 시민위원회와 보트장 건립 대신 인천대공원 호수에 친환경 호수조성사업을 하고, 지하폐석회가 노출되는 경우 이 건 유수지에 매립하는 것을 주된 변경내용으로 하는 ‘폐석회 처리 변경협약서’를 작성하였다(이하 “이 건 변경협약”이라 한다).
• 라. 청구법인은 2008사업연도에 폐석회 처리비용으로 지급한 OOO원을 복구손실충당금에서 차감한 후, 세무조정을 통해 손금산입하여 2008사업연도 법인세를 신고․납부하였고, 2008년 제1기 부가가치세 과세기간에 폐석회 처리 관련 매입세액 OOO원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다. 또한, 청구법인은 이 건 변경협약에 따라 OOO대공원 호수에 대한 친환경 호수조성사업을 시행하고, 이와 관련한 매입세액OOO을 각 매출세액에서 공제하여 각 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 마. OOO국세청장은 2013년 3월경 청구법인에 대한 법인세 통합조사 등을 실시한 결과, 쟁점물적분할이 부가가치세법 제6조 의 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하지 않는 것으로, 폐석회 매립에 소요된 비용OOO원(2008년 제1기분) 및 대체보트장 시설공사(OOO대공원 호수에 대한 친환경 호수조성사업)에 지출한 비용 OOO원(2009년 제2기분은 OOO원이고, 2010년 제1기분은 OOO원이며, 이하 폐석회 매립에 소요된 비용과 대체보트장 시설공사에 지출한 비용을 각 “쟁점①비용” 및 “쟁점②비용”이라 한다)이 토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 과세하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2013.7.11. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 OOO원, 2009년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2010년 제1기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점물적분할 당시 분할계약서에 명시되어 있는 것과 같이 OOO공장 고유의 모든 영업자산과 영업부채를 분할신설법인인 OOO에 승계하였으므로 적격분할에 해당한다. 따라서, 쟁점물적분할은 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 양도에 해당하므로 이 건 부가가치세 처분은 부당하다.

(2) 쟁점①비용은 폐석회를 처리하기 위한 것으로 그 과정에서 토지가 조성되었다고 하더라도 이 건 유수지를 토지로 조성하기 위한 목적이 아니므로 토지의 자본적 지출이 아니어서 매입세액으로 공제되어야 한다.

(3) 쟁점②비용은 기존에 OOO공장에서 공업용수 취수장으로 사용하던 해수저수지가 청구법인의 사유재산으로 외부인들의 이용을 금지하였음에도 일부 시민들이 이용하여 오다가, 폐석회 처리과정에서 위 저수지에 폐석회를 매립하여 시민들이 사용할 수 없게 된다는 이유로 OOO, 시민위원회가 이를 대체할 시설을 요구하여 발생하게 된 것으로 청구법인 소유 토지의 객관적 가치 증가와 아무런 관련이 없어 토지의 자본적 지출로 볼 수 없다고 할 것이어서 매입세액으로 공제되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) OOO가 제기한 물적분할 승계자산에 대한 취득세 등에 대한 심판청구에서 쟁점물적분할은 분할하는 사업부문의 자산․부채가 포괄적으로 승계되지 않았다고 결정(조심 2012지356, 2013.7.10.)된 점 등을 볼 때, 쟁점물적분할은 사업의 양도에 해당하지 아니하므로 부가가치세법상 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점①비용은 폐석회가 적치된 침전지 토지를 도시개발이 가능한 상태의 토지로 만드는 과정에서 사용되었고, 폐석회 처리를 통해 침전지 토지의 가치가 현실적으로 증가하였으므로 자본적 지출에 해당한다.

(3) 쟁점②비용은 이 건 협약에 따라 OOO공장부지의 침전지 토지 조성 및 유수지 토지 조성의 대가로서 투입된 비용으로 토지 조성 등과 관련된 비용에 해당한다. 토지 공급이 면세재화이기 때문에 토지 관련 매입세액을 불공제하는 법 취지에 비추어 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 경우에는 동 비용은 토지 관련 매입세액에 해당하는 것으로 청구법인이 OOO대공원 공사비를 부담한 이유는 분할시 침전지 토지를 공업나지 상태로 평가하여 양도하고, 침전지의 폐석회 공사비를 청구법인이 부담하기로 약정한 ‘조건부 거래’에 의한 의무이행을 위한 지출이라고 본다면, 쟁점②비용은 분할시 양도한 토지의 취득가액을 구성하는 요소로 봄이 타당하다. 토지 양도일인 분할일 이전에 청구법인이 지출하였다면 당연히 토지 관련 매입세액으로 매입세액불공제될 비용을 조건부거래일 이후에 사후적으로 지출하였다 하여 그 성격을 달리 볼 수는 없으므로 쟁점②비용 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 불공제되어야 한다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점물적분할이 사업의 양도에 해당하는지 여부

② 쟁점①비용이 자본적 지출에 해당하여 부가가치세 매입세액불공제 대상인지 여부

③ 쟁점②비용 이 자본적 지출에 해당하여 부가가치세 매입세액불공제 대상인지 여부

• 나. 관련 법령 등 <쟁점① 관련>

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제17조【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】② 법 제6조 제6항 제2호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것

(3) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제46조【분할평가차익상당액의 손금산입】① 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것 (4) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제82조【분할평가차익상당액의 손금산입】③ 법 제46조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것”이라 함은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

2. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 기획재정부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

4. 분할합병의 경우 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인일 것 (5) 법인세법 시행규칙(2010.6.30. 기획재정부령 제159호로 개정되기 전의 것) 제41조의2【포괄승계의 예외가 인정되는 자산ㆍ부채의 범위】영 제82조 제3항 제2호 단서에서 “공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 자산 및 부채를 말한다.

• 가. 변전시설ㆍ폐수처리시설ㆍ전력시설ㆍ용수시설ㆍ증기시설
• 나. 사무실ㆍ창고ㆍ식당ㆍ연수원ㆍ사택
• 다. 기타 물리적으로 분할이 불가능한 공동의 생산시설 및 사업지원시설과 그 부속토지

• 가. 지급어음
• 나. 차입조건상 차입자의 명의변경이 제한된 차입금
• 다. 분할로 인하여 약정상 차입자의 차입조건이 불리하게 변경되는 차입금
• 라. 분할되는 사업부문에 직접 사용되지 아니한 공동의 차입금 <쟁점②․③ 관련>

(1) 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 쟁점물적분할을 목적으로 작성한 분할계획서의 주요 내용은 아래 <표1>과 같다. (나) 쟁점물적분할 전 OOO공장의 화학제품제조 사업부문에는 95명의 직원이 근무하고 있었는데, 그 중 8명OOO이 전적동의서를 작성하고 OOO에 승계되었다. 한편, 쟁점물적분할 당시 OOO의 조직도에 의하면, 대표이사 이외에 위와 같이 승계된 8명을 포함하여 2개 팀 총 11명(업무팀: 9명, 관리팀: 2명)으로 되어 있고, 그 중 도시개발사업 담당 직원은 1명이다. (다) OOO는 쟁점물적분할 직후인 2008.5.9. 청구법인과 아래 <표2>와 같은 내용의 용역위탁계약을 체결하였다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점채무는 청구법인이 분할계약서에 OOO공장 사업부문과 관련된 채무라고 스스로 명시하였음에도 쟁점채무를 승계하지 않은 점, 쟁점 물적분할시 청구법인 OOO사업부 직원 중 제조업을 운영하기 위한 필수자격 소지자 8명만을 OOO에 승계함으로써 제조사업 부문과 도시개발사업 부문 인적시설(종업원)을 승계하지 않은 점, 쟁점물적분할 이후 OOO는 제조사업 부문은 청구법인과 위탁용역계약을 체결하고 화학 제품의 생산업무, 생산업무에 부대하는 환경관리, 제조설비 유지보수, 시설경비, 생산 및 관리업무에 수반되는 자금관련 업무를 청구법인에 위탁하여 운영한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점물적분할을 하면서 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계 하였다고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점물적분할이 부가가치세법상 사업의 양도에 해당하지 않는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 2003.12.31. OOO, 청구법인 및 폐석회적정처리방안 모색을 위한 시민위원회가 협약당사자로서 체결된OOO공장 부지내 협약의 주요 내용은 다음과 같다.

1. 적용의 범위(제1조)는 협약일 현재 청구법인의 소다회 생산활동과 관련하여 OOO공장의 부지 또는 인접 토지에 적치되어 있거나, 이 합의에 의한 매립이 완료되는 시점까지 추가로 발생하는 폐석회의 처리에 관하여 적용한다.

2. 청구법인의 주요 의무부담 사항 등은 아래 <표3>과 같다. (나) 청구법인은 물적분할 자산에 대한 시가평가를 위해 OOO공장부지 토지를 평가하면서 폐석회가 적치된 침전지 18필지 736,472㎡를 폐석회가 존재하지 않는 나대지로 가정하여OOO원(㎡당 OOO원, 침전지로 평가할 경우 ㎡당 OOO원)으로 평가하고 동 평가금액으로 분할신설법인이 승계하였다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 의뢰로 행해진 감정평가에서 감정평가법인은 침전지를 공업나지를 전제로 평가하였고, 그 결과 침전지 상태일 때 보다 동 토지의 가치가 OOO원 상승한 것으로 나타나는 점, 이 건 유수지의 경우 비록 매립 후 유원지를 개발하여 OOO에게 개방하고 OOO에 지상권을 설정하여 주기로 하였으나, 이 건 유수지의 매립으로 인하여 그 지목이 잡종지 등으로 변경된 점 등에 비추어 쟁점①비용은 토지의 취득 및 형질변경 등과 관련된 지출로서 토지의 자본적 지출로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 마지막으로, 쟁점

③ 에 대하여 살펴본다. (가) 이 건 변경협약에 의하면, 매립대상 토지의 범위에 기존의 법령에 의해 이미 매립되어 있더라도 현행 법령상 처리대상이 되는 물량을 포함하도록 하고, 매립공사 완료 후 발생하는 폐석회 등에 대하여는 청구법인이 처리하도록 하였으며, 대체보트장 조성공사를 OOO대공원 친환경호수재정비사업으로 변경한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 쟁점②비용이 자본적 지출이 아닌 당기 비용으로서 OOO대공원 호수정비사업 비용은 청구법인이 OOO사업장에서 멀리 떨어진 타인소유 토지에 대하여 공익차원에서 부담한 것이므로 매입세액으로 공제되어야 한다(대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결 같은 뜻임)고 주장한다. (다) 처분청은 타인소유 토지(임차토지) 관련 매입세액이 공제가 가능하다는 대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결의 취지가 타인소유 토지를 임차하여 과세사업을 영위하는 경우, 임차 토지에 대한 자본적 지출 성격의 비용은 토지원가를 구성할 수 없고, 과세사업과 관련된 비용이므로 매입세액 공제가 가능하다는 취지이며, 과세사업과 관련 없이 이루어진 타인소유 토지에 대한 공사 관련 매입세액까지 공제가 가능 하다는 취지는 아니므로 쟁점②비용 관련 매입 세액이 공제대상에 해당하지 않는다는 의견을 제시하고 있다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO대공원 조경공사는 폐석회처리 공사의 인허가 전제조건으로 이루어진 것으로 인허가 대상인 폐석회처리 공사비용을 토지의 자본적 지출로 본 것처럼 인허가를 위한 비용인 쟁점②비용도 토지원가를 구성하는 토지의 자본적 지출로 봄이 타당하다고 할 것이어서 처분청이 쟁점②비용을 토지의 자본적 지출에 해당한 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.