구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 않는 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.7.19. OOO(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하여 재건축 조합에 출자하고, 2004.12.14. 사용승인된 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 분양받아 보유하다가 2007.5.30. 양도한 후 양도소득세 OOO원을 납부하였다가, 2008.7.21.조세특례제한법제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 신고납부한 양도소득세 100분의 100을 감면하는 내용의 고충청구서를 OOO세무서에 제출함에 따라 2008.7.30. 감면대상 신축주택으로 보아 양도소득세를 전액 환급하였다.
• 나. 처분청은 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 기획점검에 따라조세특례제한법제99조의3 규정을 적용함에 있어서 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 2012.4.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.4.30. 이의신청을 거쳐 2013.9.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 당초 환급을 결정한 것은 처분청이 쟁점주택에 대해 감면대상이라는 견해를 공적 표명한 것으로 이에 대해 다시 과세하는 것은 소급과세금지원칙 및 신뢰성보호 원칙에 어긋나고, 조세특례제한법제99조의3의 취지상 준공 후 5년 내 양도시 양도소득세 전액을 감면하는 것으로 보아야 하므로 종전주택 취득부터 신축주택 취득까지의 양도소득에 대하여 감면 부인한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제114조에 의거하여 당초 환급결정에 오류가 발견되어 이를 경정 고지한 것이 부당하다 할 수 없고, 조세특례제한법제99조의3의 감면소득에 구주택의 양도소득도 포함되는가와 관련하여 법조문 상 “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면한다”고 명기되어있어 이를 구주택 취득일까지 확대해석할 이유가 없으므로 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지 발생한 양도소득에 대하여 감면 배제하여 경정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 재개발로 신축한 쟁점주택에 대하여 양도소득세를 전액 감면신청한데 대하여 신고시인하였다가 신축주택 완공일로부터 양도일까지의 양도소득에 대하여만 감면하는 것으로 경정하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 조세특례제한법제99조의3의 규정에 의하여 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것인 바, 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로써 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이므로 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2013서3328, 2013.10.4. 외 다수 같은 뜻).

(2) 한편, 청구인은 처분청이 청구인이 납부한 양도소득세에 대하여 환급결정하였으므로 비과세관행이 성립되었고, 감면대상이라는 견해를 표명한 것으로 볼 수 있어 이를 번복하여 양도소득세를 과세한 처분은 신뢰성보호의 원칙 등에 위배되어 부당하다고 주장하고 있으나, 소득세법제114조 제3항에 의하면, 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다고 규정하고 있으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.