조특법 제99조의3에 따른 감면소득 계산시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득시점까지 양도소득은 감면대상에 해당하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1982.2.16. OOO 토지 228㎡를 취득하고, 2002.12.5. 그 지상에 다세대주택(이하 “신축주택”이라 한다)을 신축하였으며, 2009.6.3. 동 주택을 양도하고, 2009.8.11.조세특례제한법제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용(감면세액: OOO원)하여 양도소득세를 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 기획점검 결과, 청구인이 신축주택 취득전 양도소득금액을 감면소득금액에 포함하여 양도소득세를 신고한 사실을 확인하고, 토지 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 부인하여 2013.6.10. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득세에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득에서 차감하는 규정이다. 처분청은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 같은 법 시행령 제40조 제1항 규정을 준용하였는바, 동 규정의 산식을 보면 취득당시의 기준시가는 분모나 분자 모두 동일한 개념으로 되어 있다. 그럼에도 불구하고 처분청은 법령상 근거없이 분모와 분자의 취득당시 기준시가를 다르게 적용하여 감면소득금액을 계산한 것이므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식은 신축주택을 그 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우 취득일로부터 5년이 되는 날의 실제 양도가액이 존재하지 않기 때문에소득세법제95조 제1항에 의하여 산출한 양도소득금액(양도소득의 총수입금액-필요경비-장기보유 특별공제액)을 ‘취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이다(대법원 2012두8588 판결, 2013.1.31.). 조세특례제한법제99조의3에 따른 과세특례 적용대상의 감면대상 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산하는 것이고, 그 계산식의 분모 중 취득당시의 기준시가는 종전주택(토지)의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이므로 이 건 양도소득세 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따라 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하는 경우, 토지의 취득당시 기준시가를 분모의 취득당시 기준시가 로 적용할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 보면, 조세특례제한법제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제1항에는 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 면제하고, 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에는 법 제99조의3 제1항을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항에는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 다음 산식에 의해 계산한 금액을 말한다고 규정되어 있다. 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

(2) 처분청은 취득당시의 기준시가를 분모는 기존토지의 취득당시 기준시가, 분자는 신축주택의 기준시가로 적용하여 감면대상 소득금액을 계산하였다.

(3) 살피건대, 청구인은 분모와 분자의 취득당시 기준시가를 다르게 적용하여 감면소득금액을 계산하는 것은 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법제99조의3 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이고, 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식상 분자의 “취득당시의 기준시가”는 신축주택의 취득당시 기준시가이고, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보는 것이 신축주택의 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한조세특례제한법제99조의3 규정의 입법취지에 부합한다(조심 2012서5116, 2013.1.31. 등 다수 같은 뜻임) 할 것이므로 처분청이 감면소득금액을 계산함에 있어 토지의 취득당시 기준시가를 분모의 취득당시 기준시가로 적용한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.