포괄적 주식교환시 외부평가기관에 의뢰하여 평가한 쟁점주식 교환가액을 시가로 볼 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인 진OOO은 비상장법인인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 대표이사 겸 주주(총발행주식의 약 20%인 107,900주 보유)이었던 자이고, 청구인 김OOO은 진OOO의 배우자로서 OOO 발행주식 11,500주를 보유하고 있었다.
• 나. OOO는 2006.5.25. 코스닥상장법인인 주식회사 OOO(2007.10.31. 주식회사 OOO으로 상호가 변경되었으며, 이하 “OOO”라 한다)의 대주주 승OOO과 ‘주식 양수도 및 공동경영 계약’을 체결하여, 2006.6.16. OOO 발행주식 1백만주(9.59%)를OOO에 취득한 사실이 있다.
• 다. OOO 와 OOO는 2006.5.26. 주식교환계약(이하 “쟁점주식교환계약” 이라 한다)을 체결하였고, 2006.7.14. 각각 임시주주총회를 개최하여 쟁 점주식교환계약에 대한 주주총회 승인을 득하였으며, 쟁점주식교환계약에 따라 2006.8.18. OOO가 발행한 신주 8,022,427주와 OOO의 주주들이 보유한 OOO주식 693,374주를 아래 <표1>과 같은 교환비율로 교환(이하 “쟁점주식교환”이라 한다)하여 OOO는 OOO의 완전모회사가 되었다.
• 라. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2009.8.25.부터 2009.10.20.까지 OOO에 대한 법인세통합조사를 실시하여, OOO와 OOO 가 2006.5.26. 체결한 포괄적 주식교환이 2006.7.14. 주주총회에서 승인되었으므로 쟁점주식교환계약의 성립일은 2006.7.14.이고, OOO주주 중 청구인 진OOO(이하 6인을 “주요개인주주들”이라 하며, 소유주식수는 221,400주로 31.93%임)은 2006.7.14. 현재 OOO의 주주인 OOO(당시 OOO는 OOO의 지분 9.59%를 보유)의 임원 또는 임원의 배우자로서 주요개인주주들과 OOO는 법인세법 시행령 제87조 제1항 제3호 에 규정된 특수관계자에 해당한다고 보고, OOO가 특수관계자인 주요개인주주들로부터 아래 <표2>와 같이 OOO주식을 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가액OOO보다 높은 가액으로 매입OOO한 것으로 보아 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인규정을 적용하여 시가와 거래가액과의 차액 OOO을 OOO의 2006사업연도 법인세 소득금액 계산 시 손금불산입하고 주요개인주주들의 기타소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지(원천징수 예상세액 OOO원)하겠다는 세무조사결과를 2010.1.4. OOO에게 통지하였고, OOO는 2010.2.3. 과세전적부심사를 신청하였으나 2010.9.10. 불채택되었다(이후 OOO가 불복청구를 한 사실은 나타나지 아니함). OOO
• 마. 한편, 청구인들은 2006.8.18. 쟁점주식교환으로 청구인들이 각 보유한 OOO주식(진OOO 107,900주 및 김OOO 11,500주 합계 119,400주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)이 양도된 것으로 보고, 쟁점주식 취득가액(필요경비 포함)과 쟁점주식 교환으로 취득하는 OOO 신주의 시가(쟁점주식 1주와 OOO원 상당의 OOO 신주를 교환)와의 차액을 양도차익으로 하여, 청구인 진OOO은 2007.5.28.경, 청구인 김OOO은 2007.5.31.경 각각 양도소득세를 신고OOO하였고, 처분청은 그 즈음 납부불성실가산세를 가산하여 양도소득세를 경정OOO하였으며, 청구인들은 동 양도소득세를 납부한 것으로 나타난다.
• 바. 이후, OOO 관할 OOO세무서장은 OOO가 원천징수신고납부의무를 이행하지 아니하고 폐업하자 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2013.2.1.경 청구인 진OOO에게 2007년 귀속 기타소득금액 OOO원을 소득금액변동통지한 후 청구인 진OOO이 종합소득세를 신고․납부하지 아니하자 2013.6.17. 청구인 진OOO에게 2007년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정․고지하였고, 2012년 4월경 청구인 김OOO에게 2007년 귀속 기타소득금액 OOO원을 소득금액변동통지한 후 청구인 김OOO이 종합소득세를 신고․납부하지 아니하자 2013.2.12. 청구 인 김OOO에게 2007년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 사. 청구인 진OOO은 이에 불복하여 2013.8.26. 심판청구를 제기하였고, 청구인 김OOO은 이에 불복하여 2013.5.13. 이의신청을 거쳐 2013.8.23. 심판청구를 제기하였다.
• 아. 조사청은 당초 청구인들의 양도차익 결정시 OOO 신주의 시가와 쟁점주식 취득가액과의 차익을 쟁점주식의 양도차익으로 결정한 내용이 일부 잘못(일부 중복과세)되었다고 보아, OOO 신주의 시가와 처분청이 보충적 평가방법으로 산정한 쟁점주식의 시가와의 차액은(기타소득으로 과세되었으므로) 제외하고, 쟁점주식의 시가와 취득가액의 차액만 양도차익 으로 하여 양도소득세를 경정OOO 하도록 2014.8.13. 처분청에 제세결정상황을 통보하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 쟁점주식교환은 OOO주식(비상장)과 OOO주식(상장)을 시가에 따라 정당하게 거래한 것이므로, OOO가 OOO주식을 시가보다 고가에 매입한 것이 아니고, 처분청이 OOO주식을 보충적 방법으로 평가하는 방법도 잘못되었다.
• 가. 쟁점주식교환은 단순히 청구인 등 주요개인주주들(OOO 대주주) 및 승OOO(OOO 대주주)만이 개입된 거래가 아니라, 승OOO 이외의 많은 OOO 주주들과 청구인 등 주요개인주주들 이외의 많은 OOO 주주들이 동시에 당사자가 된 거래인바, 전체적으로 불특정 다수인 사이에 자유로운 거래가 이루어진 경우라고 볼 수 있고, 따라서 그 가격은 시가라고 보아야 한다.
• 나. 포괄적 주식교환거래에 대하여 부당행위계산부인규정이 아니라 증여세 규정을 적용한 사례에서, 대법원은 증권거래법령이 정하는 바에 따라 교환비율이 정해지고, 반대주주의 주식매수청구권 부여 등 공정한 절차를 거쳤으며, 완전자회사가 되는 회사의 구주주들이 모두 완전모회사가 되는 회사와 특수관계에 있는 자에 해당하는 것이 아닌 점, 교환계약을 전후하여 완전모회사가 되는 회사의 주가가 급등한 사정 등을 고려하여 “거래의 관행상 정당한 사유 없이 시가보다 현저히 높은 가액으로 재산을 양도한 경우에 해당한다고 볼 수 없다.”고 판단하였다(대법원 2011.12.22. 선고 2011두22075 판결).
• 다. 또한, 유사한 거래구조(비상장법인이 상장법인의 주식 26%를 인수하고, 비상장법인 대표이사가 상장법인의 주식 3%를 보유한 이후 두 회사가 포괄적 주식교환을 하였고, 비상장법인의 대표이사인 청구인은 비상장법인의 주식을 13.4%만 보유하고 있었음)에서 역시 증여세 처분을 한 사례에 대하여 OOO국세청장의 과세적부심사결정에서도 “비상장법인의 주식지분 13%를 소유한 청구인의 경우 상장법인의 신주를 인수함에 따라 동사의 주주가 되어 거래당시 특수관계자에 해당하나, 청구인을 제외한 지분의 대부분을 소유하고 있는 비상장법인의 구주주 전원 160명은 교환거래 당시 상장법인과 특수관계가 성립되지 아니하는바, 비상장법인 구주주들과 상장법인과의 포괄적 주식교환은 특수관계 없는 제3자 간의 거래에 해당한다.”고 판단하였고(OOO청 2008-149 결정), 국심 2006서4527(2007.6.8.) 사례를 보면 증권거래법 및 유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정에 의하여 평가한 교환계약서상의 교환가액을 양도가액(시가)으로 보아 양도소득세를 과세하였다.
• 라. 쟁점주식교환의 경우, 증권거래법령에 따라 외부평가기관의 평가액에 근거하여 교환비율이 정해졌고, OOO 총발행주식 10,423,869주 중 227,698주에 해당하는 92명의 주주는 주식매수청구권을 행사하고 총발행주식의 97.82%에 해당하는 주주는 주식매수청구권을 행사하지 않았으며, 주식매수청구권을 행사하지 아니한 OOO 주주와 OOO의 주주(주요개인주주들 31.93%, 그 외 주주들 68.07%)는 서로 특수관계에 있지도 아니하고, OOO의 주요개인주주들 외의 다른 주주에게도 동일한 교환비율이 적용되었으며, 쟁점주식교환 이후 1년 이상 주가가 쟁점주식교환 당시 OOO의 주가 OOO원보다 훨씬 높은 수준(OOO원)이 유지되고 있었으므로 거래의 관행상 정당한 사유 없이 시가보다 현저히 높은 가액으로 재산을 양도한 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 쟁점교환거래는 특수관계 없는 제3자 간의 거래로서 시가성이 인정되어야 한다.
• 마. 특히, 종래 OOO의 주식 37.8%를 소유하고 있던 대주주 승OOO은 2006.5.25. OOO에게 주식 100만주(약 9.5%)를 양도한 이후에도 28.2%를 유지한 최대주주였는바, 승OOO이 자신의 이익을 OOO의 주주들에게 분여할 아무런 합리적인 이유가 없다. 처분청은 OOO가 승OOO의 주식을 지나치게 고가에 매입한 점을 강조하고 있으나, 이는 승OOO과 OOO 사이에 합리적으로 결정된 가액이고, 처분청이 계산한 기준에 의하면 교환비율의 비정상성으로 인해 OOO 주주 전체가 얻는 이익이 약 OOO원이고 이는 곧 OOO 구주주들의 손해인바, 그 중 승OOO(당시 지분비율 28.2%)의 손해는 OOO원 상당에 해당한다. 이러한 점에서 보더라도 승OOO이 합리적인 이유 없이 엄청난 손실을 부담하면서 교환비율을 정하였다고 볼 근거가 없다. 승OOO이 OOO에게 주식 100만주(약 9.5%)를 OOO원에 매각하고 쟁점주식교환으로 OOO원의 손실을 입으면 결국 100만주를 OOO원(1주당 약 OOO원)에 매각한 것으로 되는바, 쟁점주식교환 이후에도 승OOO이 OOO주식을 OOO원 수준으로 매각하였던 점을 고려하면, 승OOO이 그처럼 낮은 가격에 주식을 매각할 이유가 없다.
• 바. OOO는 국내업체로서 최초로 염료승화방식의 인화지 및 인화필름을 자체기술로 개발하였고, 정부혁신 세계포럼에 디지털사진인화키오스크제품을 출시한 바 있으며, 2005년 8월에는 (주)OOO이 보유하고 있는 OOO부분과 OOO가 보유하고 있는 키오스크부문의 시너지효과를 통한 기업가치극대화를 위해 (주)OOO을 흡수합병하여 장래가 촉망되는 미래성장가능성이 있는 회사로 자리매김하고 있었다.
• 사. OOO는 2005년 10월 OOO(주)와 OOO(주)로부터 1주당 OOO원에 투자유치를 받는 등 그 기업의 가치를 인정받고 있었고, 쟁점주식교환 직전에는 OOO(주)와 OOO(주) 등 기관투자자뿐만 아니라 제3자들로부터 1주당 OOO원에 OOO원의 유상증자를 두 차례 실시한 바 있으며, 또한 쟁점주식교환 계약 후 약 3개월 후인 2006년 8월경 OOO(주)와 청구외 조OOO와 1주당OOO원에 장외거래가 된 사실도 있는 등 그 당시 OOO는 장래가 상당히 촉망되는 미래 성장가능성이 있는 회사이므로 처분청의 과세와 같이 1주당 평가액을 OOO원으로 하는 것은 부당하다.
• 아. 청구외 이OOO가 제기하였던 양도소득세 등 부과처분 취소소송(OOO법원 2012.11.27. 선고 2012구합411 판결)과 이 건은 청구취지 및 주식평가의 목적 등이 달라 다르게 취급되어야 하는바, 위 판결에서의 쟁점과 주식평가목적이 양도소득세 산정이라는 제한적 관점에서 판단이 되었으므로 판결문에서 적시한 사유 외에 추가로 시가성 여부(승OOO과 OOO의 구주매입 거래에 대한 검토 등)를 고려하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 OOO가 특수관계자인 주요개인주주들로부터 OOO주식을 상증법상 보충적 평가액보다 높은 가액으로 매입하였기에 청구인들이 제시한 교환가액을 시가로 볼 수 없다.
• 가. OOO은 OOO의 미래 추정손익계산서를 작성하고 이를 근거로 OOO주식의 1주당 본질가치를 산정하였으나, 미래 추정손익계산서 작성 시 영업외적인 요인 등 시장상황을 고려하지 않고 OOO가 작성하여 제시한 재무자료 및 OOO 담당자와 면담한 결과만을 기초로 하였고, 제출된 자료 및 담당자 진술내용의 진위여부에 대한 검토를 수행한 사실이 없는 등 객관성과 공정성이 결여되어 있다.
• 나. OOO이 OOO주식을 평가하기 전인 2006년 1월～3월까지의 OOO의 매출은 OOO에 불과하나, OOO은 주식가치평가시 OOO의 2006년 전체 매출액을 OOO으로 약 2배에 상당하는 것으로 추정하여 매출액 및 총이익을 과대계상하였다.
• 다. OOO은 주식가치평가시 OOO의 추정이익을 OOO원으로 보았으나, 실제 OOO는 OOO원의 손실을 입었다.
• 라. OOO은 주식가치평가시 1주당 자산가치 OOO원, 수익가치 OOO원을 가중산술평균하여 OOO원으로 산정하였음에도, 별다른 객관적인 근거 없이 9%를 할인하여 OOO원을 기준으로 교환비 율을 산정하였으므로 이는 임의적 평가가액에 해당하여 신뢰할 수 없다.
• 마. 교환된 OOO주식은 비상장주식으로서 법인세법 시행령 제89조 제1항 에 규정된 ‘당해 법인이 특수관계자 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격’ 또는 ‘특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’이 존재하지 아니하고, OOO의 평가액은 객관적․합리적인 가액으로 볼 수 없어 시가로 인정할 수 없다.
• 바. 개인주요주주들 중 한 명인 이OOO가 제기한 양도소득세 부과처분취소소송(OOO법원 2012.11.27. 선고 2012구합411 판결)에서, 법원은 OOO법인의 주식가치평가는 객관적인 교환가치를 반영한 가액으로 볼 수 없고, 처분청이 보충적 평가방법에 따라 OOO주식가액을 1주당 OOO원으로 평가하여 이 사건 양도소득세 및 증권거래세를 산정한 것은 정당하다고 판시하였다.

• 가. 쟁 점 포괄적 주식교환시 외부평가기관에 의뢰하여 평가한 가액에 의하여 적정하게 교환가액이 결정되었는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특 수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께하는 친족 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

8. 다음 각 목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우

• 나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채․신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정․인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조 제3항 의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우 8의2. 제8호 외의 경우로서 증자․감자, 합병(분할합병을 포함한다)․분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항 에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환․인수․교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우.(단서 생략)

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자 간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.(단서 생략) 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

(3) 상속세 및 증여세법(2007.5.17. 법률 제8435호로 개정되기 전의 것) 제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권등의 평가는 다음 각 호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

• 가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일이전·이후 각 2월 간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액.(단서 생략)
• 나. 대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식 및 출자지분중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다. 이 경우 “한국 증권거래소 최종시세가액”은 “증권업협회 기준가격”으로 본다.
• 다. 나목 외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것) 제54조【비상장주식의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 “비상장 주식”이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인(소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. 1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 / 금융기관이 보증한 3년만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 “순손익가치환원율”이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 / 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다) (5) 증권거래법 제190조의2【합병 등】① 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 다른 법인과 합병하고자 하는 경우에는 금융감독위원회와 거래소에 신고하여야 한다. 이 경우 주권상장법인 또는 코스닥상장법인은 대통령령이 정하는 합병요건․절차 등 합병기준에 따라 합병관련사항을 신고하여야 한다.

② 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 다음 각 호의 1의 사유에 해당하는 경우에는 제1항의 규정을 준용한다.

2. 주식의 포괄적 교환 또는 포괄적 이전을 하고자 하는 경우 (6) 증권거래법 시행령 제84조의7【합병의 요건, 절차 등】② 주권상장법인이 주권비상장법인과 합병하여 주권상장법인이 되는 경우에는 다음 각 호의 요건을 충족하여야 한다.

1. 합병비율의 적정성에 대하여 재정경제부령이 정하는 외부평가기관의 평가를 받을 것

④ 주권상장법인 또는 코스닥 상장법인이 다른 법인과 합병하여 주권상장법인 및 코스닥상장법인이 아닌 법인이 되는 경우에는 제2항 제1호의 외부평가기관에 의한 평가를 받아야 한다. (7) 상법 제360조【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 “완전모회사”라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 “완전자회사”라 한다.

② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 “주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다. 제360조의3【주식교환계약서의 작성과 주주총회의 승인】① 주식교환을 하고자 하는 회사는 주식교환 계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO와 OOO 사이에 체결된 포괄적 주식교환 계약의 진행과정은 아래와 같다. (가) 청구인 진OOO은 OOO의 대표이사이고, 청구인 김OOO은 진OOO의 배우자이며, OOO는 2006.5.25. OOO 주식 1백만주(9.59%)를 OOO의 대주주인 승OOO으로부터 OOO원에 취득하는 계약을 체결하고, 같은 날 계약금 OOO원, 2006.6.21. 잔금 OOO원을 지급하였으며, 주권실물 수령 및 명의개서 절차를 완료하였다. (나) 2006.5.26. OOO와 OOO 간 포괄적 주식교환 계약을 체결하였고, 2006.5.29. OOO는 포괄적 주식교환 관련 이사회 결의사항에 대하여 반대하는 주주의 주식매수청구방법, 절차를 증권예탁결제원에 통보하였으며, 2006.7.14. OOO 및 OOO는 각각 임시주주총회를 개최하여 OOO와 OOO의 포괄적 주식교환 체결 등의 안건을 승인하였다(청구인 진OOO은 2006.7.14. OOO의 이사로 선임됨). (다) 2006.8.3. OOO는 주주 92명(227,698주)으로부터 주식매수청구 신청을 받고 동 주식을 청구일로부터 1월 이내에 매수하기로 하였고, 2006.8.18.(포괄적 주식교환 계약서에 기재된 실제 주식교환일) OOO는 신주 8,022,427주를 발행하여 OOO주식 693,374주와 교환하였으며, 2006.8.22. OOO는 금융감독원에 주식교환․이전 종료보고서를 제출하였다(전자공시시스템).

(2) 2006.5.26. OOO와 OOO 간에 체결된 주식교환계약서의 주요내용은 아래 <표3>과 같다.

(3) 처분청의 심리자료(김OOO에 대한 이의신청결정서)에 나타나는 OOO의 주주별 주식교환 현황은 아래 <표4>와 같다.

(4) 처분청 심리자료(김OOO에 대한 이의신청결정서)에 나타나는 주요개인주주별 기타소득 처분내역은 아래 <표5>와 같다.

(5) 쟁점주식교환 시 주식평가 내용은 아래와 같다. (가) OOO법인이 2006년 5월 작성한 ‘주식회사 OOO 주식교환이전비율 평가의견서’를 보면, OOO주식(비상장)의 1주당 자산가치는 OOO원, 수익가치는 OOO원으로 하여 본질가치를 OOO원으로 평가하고, 상대가치는 본질가치 OOO원에서 약 9%를 할인하여 1주당 OOO원으로 산정하며, OOO(상장)의 1주당 기준주가를 OOO원으로 산정하고, OOO가 상장회사이므로 기준주가 OOO원을 1주당 가액으로 산정하였다. (나) OOO주식에 대한 처분청의 비상장주식 평가조서를 보면, 평가기준일(2006.8.18.) 현재 1주당 순자산가액은 OOO원, 1주당 순손익가액(3년 평균)은 OOO원으로서, 1주당 평가액을 OOO원으로 계산하였고, 조사청이 제시한 OOO의 실제 손익과 OOO이 작성한 미래 추정손익의 내용은 다음 <표6>과 같으며, 조사청은 OOO이 OOO의 미래 추정이익을 임의로 과다하게 평가하였다는 의견이다. (다) 주요개인주주들 중 이OOO가 양도소득세 부과처분 취소를 구한 소송에서, OOO법원 2012.11.27. 선고 2012구합411 판결)은 OOO의 OOO주식 평가에 대하여 아래 <표7>과 같이 판결한 것으로 나타난다.

(6) OOO와 OOO의 쟁점주식교환의 절차는 주식교환계약체결(2006.5.26.), OOO의 이사회 의결(2006.5.26.), OOO 및 OOO의 임시주주총회 의결(각 2006.7.14.), 주식교환․이전 종료보고서 제출 등을 거쳐 진행되었고, 2006.7.14.부터 2006.8.3.까지 92명이 쟁점주식교환에 반대하여 주식매수청구권(청구주식수 227,698주)을 행사하였으며, 2006.8.16. 기준으로 1주당 OOO원으로 매수된 것으로 나타나고, 쟁점주식교환 후 OOO 주식 보유현황을 보면, 청구인 진OOO이 959,163주(5.20%), OOO가 1,000,000주(5.42%)를 보유하게 된 것으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 포괄적 주식교환은 청구인들뿐만 아니라 개인주주 등 수많은 이해관계자가 참여하여 이루어진 것이고, 외부평가기관의 평가를 거쳐 교환비율을 결정하였으므로 시가로 이루어진 거래라고 주장하고 있는 반면에 처분청은 청구인들과 OOO는 특수관계에 있고, 외부평기관의 평가는 추정이익을 근거 없이 과다하게 산정하는 등 신뢰할 수 없으므로 보충적 평가방법으로 평가하여야 한다는 의견을 제시하고 있는바, 비상장주식인 쟁점주식의 경우 특수관계자 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격이나 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 것으로 볼 수 있는 가격이 존재하지 아니하고, 청구인들의 주식평가액을 시가로 볼만한 특별한 사정이 보이지 아니하므로 교환일 현재의 시가를 산정하기 어려운 경우로 보아 상증법상 보충적 평가방법에 의하여 그 가액을 산정하는 것이 타당해 보이는 점, OOO의 주요개인주주 중 청구외 이OOO가 OOO세무서장의 양도소득세 및 증권거래세 부과처분 대하여 제기한 양소소득세등부과처분취소소송(OOO법원 2012.11.27. 선고, 2012구합411 판결)에서 법원은 청구인들이 제시한 쟁점주식 교환가액을 객관적인 교환가치를 반영한 가액으로 볼 수 없으므로 보충적 평가방법으로 주식가치를 평가한 처분은 적법하다고 판결한 사실이 있는 점, 증권거래법령에 의한 평가액이라는 사실만으로는 이를 그대로 적정한 시가로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 OOO가 청구인들로부터 쟁점주식을 시가보다 높은 가액으로 매입한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금산입하고 청구인들에게 기타소득으로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.