청구법인이 당초 교부받은 세금계산서는 착오로 잘못 기재된 경우에 해당하여 쟁점수정세금계산서를 재교부 받은 것으로 볼 수있다.

OOO세무서장이 2013.4.30. 청구법인에게 한 2012년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 자동차 엔진용 부품 등을 제조하여 완성차 업체와 OOO 업체(이하 “갑”이라 한다)에게 판매하는 법인으로서, 프랑스 법인인 OOO를 모법인으로 하고, 손자회사로 국내에 OOO 유한회사(이하 OOO’라 한다)등이 있다. 청구법인은 아래 <그림>과 같이 직접 갑에게, OOO를 포함한 OOO는 청구법인을 통하여 갑에게 머플러 등 자동차용 부품을 제조 및 납품(이하 “통상거래”라 한다)하고 있고, 갑이 지정한 업체(이하 “하도급업체”라 한다)로부터 백금 등이 포함된 촉매제 등의 고가부품을 청구법인을 통해 OOO가 전달받은 후 가공을 완료하여 다시 청구법인을 통해 갑에게 납품(이하 “유상사급거래”라 한다)하고 있으며, 기타 부수적으로 청구법인과 OOO 간에 부족한 원재료를 공급하는 거래(이하 “원재료공급거래”라 한다)를 하고 있는바, OOO는 청구법인에게 통상거래 및 유상사급거래를 통해 공급한 통상의 재화 및 유상사급용역 금액을 확정한 후 공급품목을 OOO”로 하고, 청구법인에게 원재료공급거래를 통해 공급한 원재료에 대해서는 공급품목을 “원자재판매 외”로 하여 각 월합계 전자세금계산서를 교부하고 있다.
• 나. 청구법인은 2012.8.31. OOO로부터 공급품목을 “원자재판매 외”로, 공급가액을 OOO원으로 하여 월합계 전자세금계산서(이하 “당초세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세를 신고하였다가, OOO가 통상거래 및 유상사급거래와 관련하여 공급품목을 “EN Sales”로, 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 한 월합계 전자세금계산서를 교부하지 못하고 이를 누락하여 부가가치세 신고를 한 사실을 인지하고, 2013.2.21. 작성일자를 2012.8.31.로, 공급품목을 “원자재판매 외”로, 공급가액을 OOO원(당초 원자재판매 외 OOO원 + 쟁점금액 OOO원)으로, 세액을 OOO원으로 하여 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 청구법인에게 교부[당초세금계산서는 음수(-)로 수정 교부하고, 같은 날 수정신고와 함께 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원을 납부]함에 따라, 청구법인은 2013.2.22. 쟁점수정세금계산서와 관련하여 2012년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2013.4.10.∼2013.4.23. 기간 동안 현지확인 후, 청구법인의 쟁점수정세금계산서는 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간의 확정신고기한 이후 작성되어 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보아 2013.4.30. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구법인은 2012년 8월 뿐만 아니라 모든 과세기간에 걸쳐 OOO로부터 세금계산서를 적법하게 수취하고 있으며, OOO는 2012.8.31.자로 청구법인에게 OOO원을 공급가액으로 하여 당초세금계산서를 발급하였으나, 동 세금계산서에는 EN Sales 공급가액 OOO원이 담당자의 업무미숙에 따른 착오로 인하여 합산되지 아니하였는바, 이는 필요적 기재사항이 착오로 기재된 것으로서 부가가치세법 시행령제59조 제1항 제5호에 따른 수정세금계산서 발급사유에 해당하며, OOO는 처분청의 쟁점금액 관련 처분이나 통지 전에 수정세금계산서를 발급하여 수정신고하였고, 청구법인은 적법한 절차에 의하여 발급된 수정세금계산서에 따라 경정청구한 것으로, 공급자가 기교부한 세금계산서에 공급가액 등의 필요적 기재사항을 착오로 잘못 기재한 경우에는 해당 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한이 경과한 경우라 하더라도 해당 공급자는 수정세금계산서를 발행할 수 있고, 해당 공급자로부터 재화 또는 용역을 공급받은 자는 해당 수정세금계산서에 의해 매입세액 공제가 가능하다 할 것이다.

(2) 처분청은 쟁점수정세금계산서는 과세기간의 확정신고기한 이후 작성되어 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보고 있으나, 청구법인의 쟁점수정세금계산서는 착오의 사유로 작성된 것으로서 재화 및 용역의 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에라도 작성이 가능한 것이므로, 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 2012년 8월 교부한 매출세금계산서는 OOO만원이고 수취한 매입세금계산서는 쟁점금액를 포함하여 OOO만원으로 쟁점거래금액은 1역월의 매출 및 매입금액에 20%에 해당하는 고액이며, 통상 OOO와 청구법인 간의 1개월 거래금액은 평균 OOO원 이상으로 잘못 발행된 OOO원의 당초세금계산서를 수취한 2012년 8월의 경우 통상적인 거래금액보다 현격하게 적은 금액임에도 OOO원의 세금계산서를 정상거래금액으로 인지하고 수취하였다는 사실은 착오가 아니라 명백한 업무상 귀책사유에 해당한다.

(2) 따라서, 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제6호의 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유인 경우 확정신고기한까지 수정세금계산서를 발행할 수 있도록 규정하고 있고, 담당직원 및 관리자가 신고누락사실을 통상적으로 부가가치세 신고기간에 자기검증 할 수 있음에도 6개월여가 지난 2013년 2월에 오류를 인지하여 쟁점수정세금계산서를 교부받아 경정청구한 점, 또한 법률행위의 착오라 함은 표의자가 내심의 의사와 표시의 내용이 일치하지 않는 것을 알지 못하고 행한 의사표시로, 청구법인의 경우 쟁점금액은 내심의 의사와 표시의 내용의 일치여부와 관련없이 부가가치세 신고시 전산변환 작업중 쟁점금액을 최초 OOO원으로 매입신고하였다가 추후 실제 공급가액이 OOO원으로 확인된 단순 신고누락사항으로 법률행위의 착오에 해당하지 않는 점, 일반적인 착오는 단순 표시상의 착오로 표시행위자체를 잘못한 사례를 말하는것으로 청구법인이 고액의 금액인 OOO원을 OOO원의 세금계산서로 수취하여 매입세액을 공제받은 단순 신고누락사항은 표시행위자체를 잘못한 표시상 착오로 볼 수 없는 점 등을 감안할 때, 쟁점수정매입세금계산서가 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제6호의 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간의 확정신고기한 이후 작성되어 매입세액을 공제할 수 없는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에 해당하여 쟁점수정세금계산서를 적법한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 작성·발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제53조【세금계산서】① 법 제16조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각 호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호·성명·주소 2의2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

7. 사업자단위과세사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호 제54조【세금계산서의 발급특례】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(다음 달 10일이 공휴일 또는 토요일인 때에는 해당 일의 다음 날을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 해당 월의 말일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 제59조【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】① 법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 적고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 발급한다

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

• 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
• 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
• 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
• 라. 그 밖에 가목부터 다목까지에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 제60조【매입세액의 범위】②법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항에 따른 사업자등록증발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

4. 법 제16조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고(제54조제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다), 그 거래사실도 확인되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 심리자료에 따르면, 청구법인과 OOO의 부가가치세 담당자들은 청구법인의 OOO소속으로 모든 OOO 계열사의 부가가치세 업무를 담당하고 있으며, 아래와 같은 절차를 거쳐 세금계산서 발행 및 부가가치세를 신고하는 것으로 나타난다. <청구법인과 OOO의 세금계산서 발행 및 부가가치세 신고 절차>

① 회사 전산시스템(SAP)에서 매출자료를 다운로드

② 다운로드한 자료를 엑셀로 거래처 및 공급품목명 등으로 분류

③ 각 거래처 별 및 공급품목 별로 분류된 엑셀자료에 근거하여 전자세금계산서 작성 및 교부

④ 예정 및 확정신고기간에 대한 부가가치세 신고시 E세로에 전송한 전자세금계산서상 금액과 엑셀로 정리한 회사 매출자료를 대사

⑤ 부가가치세 신고 완료

(2) 청구법인이 쟁점금액의 세금계산서를 교부받지 못한 이유는 OOO의 회사전산시스템에서 2012년 8월 매출자료를 다운로드하여 엑셀로 가공하는 과정인 위 ②단계에서 “EN Sales" 자료금액을 누락하는 실수를 하였기 때문이며, OOO 부가가치세 담당자가 2012년 7월 중 입사한 신입사원(입사증빙 제출)으로서 1인이 4개 회사의 회계·세무·자금업무를 하다가 착오로 실수한 것이고, 이는 OOO 전임자가 2012년 9월에 퇴사(OOO 전임자 퇴사증빙 제출)함으로서 OOO의 2012년 제2기 예정신고기간에 대한 부가가치세 검증작업이 원활히 이루어지지 못한데서 비롯된 것이며, 청구법인 역시 매월 영세율 등 부가가치세 조기환급신고서를 제출하고 있으나 2012년 8월에 전임자가 퇴사(전임자 퇴사증빙 및 근태내역 제출)하여 후임자가 해당 월의 부가가치세 조기환급신청서에 대한 검증작업을 원활히 수행하지 못하였다고 소명하고 있다. 또한, 매년 8월은 휴가철로 매출이 급감하는 달로서, 청구법인과 OOO의 담당자가 2012년 8월 부가가치세 신고시 단순 착오로 쟁점금액이 과소하게 신고된 사실을 미처 발견하지 못하였다고 해명하고 있다.

(3) OOO의 2012년 8월 청구법인에 대한 매출내역서를 보면, 청구법인에 통상거래 및 유상사급거래를 통하여 OOO원(쟁점금액)의 재화와 용역을 공급한 사실이 나타나고, 이에 대하여는 처분청도 이견이 없다.

(4) OOO가 청구법인에게 2012년 4월∼12월 동안 교부한 세금계산서의 내역은 아래와 같이 나타난다.

(5) OOO 세무담당자는 다운로드한 매출자료를 엑셀로 가공하는 과정에서 2012년 8월 “EN Sales” 공급품목 자료를 누락함으로서 세금계산서가 교부되지 아니하였으며, 이에 “원자재판매 외” 공급가액 OOO원의 당초세금계산서를 음수(-)로 발급하고, 다시 공급가액을 OOO원으로 수정하여 쟁점수정세금계산서를 발행한 것으로 나타난다. (6)부가가치세법제16조 제1항에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하되, 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하면서, 같은 조 같은 항 제3호에서 ‘공급가액과 부가가치세액’을 들고 있으며, 부가가치세법 시행령제59조 제5호에서 수정세금계산서 교부사유의 하나로 ‘필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우’를 규정하고 있다.

(7) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ‘기재사항이 착오로 기재된 경우’의 ‘착오’(이하 “이 사건 착오”라 한다)의 개념에 관하여 규정하고 있거나 그 의미에 제한을 가하고 있는 법령이 있지 아니하고, 이 사건 착오를 법률적 성질이 다른 민법상 법률행위의 착오 또는 착오에 의한 의사표시에 있어서의 착오와 같이 해석할 수는 없으며, 이 사건 착오는 그 본래의 뜻에 따라 널리 의사형성에 있어서의 착각 또는 동기의 착오 등을 포함하는 넓은 의미로 해석하는 것이 타당하다고 보이는 점(대법원 2007.9.7. 선고, 2007두8959판결, 같은 뜻임), OOO로부터 교부받은 당초세금계산서의 공급가액, 공급품목이 잘못 기재된 것은 객관적으로 존재하는 거래사실을 회사담당자가 불일치하게 인식함에 따라 발생한 것으로 ‘착오’로 볼 수 있는 점, OOO가 매월 ‘원자재판매 외’와 ‘EN Sales’라는 공급품목으로 편의상 2장의 월합산 세금계산서를 교부하고 있으나 이는 거래당사자와 작성일자, 교부일자가 같은 사실상 1장의 세금계산서에 2개의 공급품목이 기재된 세금계산서와 다르지 아니하므로 이와 같은 견지에서 쟁점수정세금계산서를 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액이 착오로 잘못 기재되었다가 수정하여 발행한 ‘수정세금계산서’로 볼 수 있는 점, OOO도 쟁점금액 상당액을 매출과세표준에 가산하여 수정신고․납부하여 조세의 일실이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 당초세금계산서는 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액이 착오로 기재된 경우이고, 쟁점수정세금계산서는 이를 정정하여 적법하게 발급한 부가가치세법 시행령제59조 제1항 제5호의 수정세금계산서에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로, 처분청이 쟁점수정세금계산서를 재화의 공급일이 속하는 과세기간의 확정신고기한 이후 작성된 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못인것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.