취득후 5년 이내 양도한 쟁점주택의 과세특례 적용 부인

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1986.11.19. 취득한 OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 2002.11.4. OOO호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)의 사용승인을 받아, 2003.1.16. 소유권보존등기를 한 후 보유하다가 2007.4.3. 양도하고, 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 OOO원으로 보아 2013.5.13. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 정부는 외환위기 직후인 2001년 침체된 주택건설경기를 활성화하기 위하여 신축주택을 취득해 5년 이내에 양도하는 경우 양도소득세를 감면한다는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 을 신설하였고, 이에 따라 청구인은 전액 감면신청을 하였으며, 과세관청도 전액 감면결정하여 왔으나, 2009년 과세관청은 신축주택 취득일 이후의 양도차익은 감면대상에 포함되지만 종전주택에 대한 양도차익은 감면대상에 포함되지 않는다는 새로운 해석(재산-227, 2009.1.20.)으로 감면을 배제하고 경정고지한 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되어 위법하므로 이 건 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 과세특례 대상 신축주택을 취득일부터 5년 이내에 양도시 신축주택의 취득일 이후의 양도소득 전부에 대해서 감면하는 것이고, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없으며, 소급과세금지원칙 또는 신뢰보호원칙을 위반하였다고 할 수 없으므로(서울고등법원 2011누45193, 2012.12.21.) 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택을 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우 양도소득금액 전액에 대하여 양도소득세 과세특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의‧성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략) (3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1986.11.19. 종전주택을 취득하였고, 재건축사업에 따라 2002.11.4. 신축주택의 사용승인을 받아 2003.1.16. 소유권보존등기를 한 후 신축주택 취득일로부터 5년 이내인 2007.4.3. 동 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 OOO원으로 보아 종합소득세 OOO원을 고지하였고, 종합소득세 과세시 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 보아 총결정세액에서 공제 및 납부불성실가산세를 계산시 미납세액에서 차감한 것으로 나타난다.

(4) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 청구인은 주택재건축조합의 조합원이 기존주택이나 그 부수토지를 재건축조합에 제공하고 재건축을 통하여 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도한 경우에는 양도에 따라 발생하는 모든 소득에 대하여 양도소득세 과세특례를 적용하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있고, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상으로 보기 어려우므로 양도소득세 과세특례대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생한 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 하는 점, 재건축조합의 조합원이 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도한 경우 과세관청이 양도소득세 전액을 면제한 적이 일부 있었다고 하더라도 그러한 사정만으로는 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기는 어려우므로 소급과세금지의 원칙이나 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.