쟁점금액의 매출원가 과다계상 여부에 대한 재조사

OOO세무서장이 2013.7.18. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은, 청구법인의 회계장부 중 상품 계정별원장의 기말잔액 OOO원과 표준손익계산서상의 기말재고액 OOO원과의 차액 OOO원이 청구법인이 2010사업연도 중 주식회사 OOO로부터 매입할인 받은 것인지를 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 OOO에서 의료용품 도․소매업을 영위하는 법인으로서, 2010사업연도 법인세를 신고하면서 그 부속서류로서 기초재고액을 OOO원으로, 당기매입원가를 OOO원으로, 기말재고액을 OOO원으로, 당기 매출원가를 OOO원으로 하는 표준손익계산서 등을 제출하였다.
• 나. 처분청은 2013.3.25.2013.4.23. 기간 중 청구법인에 대해 법인세 통합조사를 실시한 결과, 상품 계정별원장의 기말잔액이 OOO원인 것을 확인하고, 표준손익계산서상의 기말재고액 OOO원과의 차액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)만큼 매출원가가 과다계상된 것으로 보아 동 금액을 손금부인하여 2013.7.18. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.1. 심판청구를 제기하였다

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점금액은 청구법인의 거래처인 주식회사 OOO로부터 매입할인 받은 것으로, 청구법인의 매입할인계정, 합계잔액시산표, 손익계산서 및 외상매입금 거래처원장에서도 그 내용을 확인할 수 있고, 회계에서 당기상품매출원가계산은 전기이월상품액(기초상품재고액)에 당기상품매입액을 더하고 기말상품재고액을 차감하여 계산하고 있으며, 이때 매입할인액(매입처에서 받은 판매장려금 포함)은 매입액에서 차감하여 표시하도록 회계기준에서 정하고 있으며법인세법에서도 이를 준용하고 있는바, 이에 따라 청구법인은 적법하게 회계처리를 하고 법인세 신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 상품수불부나 기말재고조사표 등의 자료제시가 없어 실제 기말재고 금액을 확인할 수 없다고 하였으나, 청구법인의 영업형태는 상품을 대량으로 보관하여 판매하는 것이 아니라 판매처에서 주문이 오면 그때그때 필요에 따라 매입처에 주문하여 바로 매출처에 납품하는 형태로서 별도의 상품수불부가 필요하지 않으며, 거래명세서만으로도 상품의 재고상태를 즉시 파악할 수 있고, 별도의 재고조사표가 필요한 것도 아니며, 상품계정의 기말잔액이 OOO원으로 기재되어 있지만 동 금액이 바로 기말재고가 되는 것은 아니고, 매입할인액이 발생할 때마다 상품매입금액에서 차감하는 기장을 하는 것과 매입할인계정으로 처리해 두었다가 기말에 상품매입금액에서 차감하는 기장을 하는 것은 결과가 같은바, 매입할인액을 당기 상품 매입계정에서 차감한 후 표시하지 않고 별도의 매입할인계정으로 표시한 표준대차대조표를 제출하였다 하여, 매입할인금액을 기말재고자산누락액으로 계산하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 실지재고조사의 방법으로 기말재고를 조사하고 있는바, 재고관리와 관련하여 재고명세서 외에 상품수불부나 기말재고조사표 등의 자료제시가 없어 실제 기말재고 금액을 확인할 수 없으며, 매입할인 받는 경우 당연히 당초 상품매입에서 할인금액 만큼을 차감하고 계산하여야 하나 이를 이행하지 않은 것으로 보아 총계정원장상 상품 기말재고금액 OOO원이 정당한 기말재고 금액이라고 판단된다. 따라서, 청구법인이 주장하는 기말상품잔액 OOO원은 매입할인에 대한 정상적 기장 방법이라고 보기 어렵고, 또한 재고자산에 대한 실사 등 정확한 기록도 없이 분개로만 기말재고 자산액이 맞다는 주장은 신뢰하기 어려워, 기말재고를 과소계상함에 따라 쟁점금액이 과대계상된 것으로 보아 쟁점금액을 손금부인한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 2010년 법인세 신고시 매출원가 OOO원을 과다계상한 것으로 보아 동 금액을 손금부인한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 상품수불부나 기말재고조사표 등 재고관리와 관련한 장부의 제시가 없어 실제 기말재고 금액을 확인할 수 없으며, 매입할인 받는 경우 당연히 당초 상품매입에서 할인금액 만큼을 차감하고 계산하여야 하나 이를 이행하지 않은 것으로 보아 청구법인이 주장하는 기말상품잔액 OOO원은 매입할인에 대한 정상적 기장 방법이라고 보기 어렵고, 기말재고를 과소계상함에 따라 쟁점금액이 과대계상된 것으로 보아 쟁점금액을 손금부인한 처분은 정당하다면서, 과세전적부심사결정서, 법인사업자 조사종결보고서, 법인세 경정결의서, 표준손익계산서, 계정별원장 등을 제시하였다.

(2) 청구법인은 주식회사 OOO로부터 쟁점금액을 매입할인 받은 것으로서, 상품계정의 기말잔액이 OOO원으로 기재되어 있지만 동 금액이 바로 기말재고가 되는 것은 아니고, 매입할인액이 발생할 때마다 상품매입금액에서 차감하는 기장을 하는 것과 매입할인계정으로 처리해 두었다가 기말에 상품매입금액에서 차감하는 기장을 하는 것은 결과가 같다고 주장하면서, 표준대차대조표, 2010년 재고명세서, 표준손익계산서, 합계잔액시산표, 재무상태표, 매입할인 계정, 거래처원장 등을 제출하였다. (3)법인세법제19조 제1항에서 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제19조 제1항에서는 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용을 손비의 범위에 포함하고 있다.

(4) 처분청과 청구법인이 제시한 증빙자료들과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청이 제시한 2010사업연도 청구법인의 표준대차대조표, 표준손익계산서상 상품의 기말재고액이 OOO원으로 기장되어 있는 반면, 상품 계정별원장의 기말잔액은 OOO원으로 기장되어 있고, 그 차액은 OOO원으로서 매입할인 계정별원장에 동 금액이 잔액으로 기장되어 있는 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제출한 2010년 재고명세서에는 슈커버 10개, 간호사캡 53개, 의사용캡 45개, 수술용마스크 100개 등 27개 품목이며, 수량은 최소 4개∼최대 135개이고, 재고금액은 총 OOO원이며, 2010.12.31. 현재 합계잔액시산표상에는 상품계정의 차변 잔액이 OOO원으로, 매입할인의 대변 잔액이 OOO원이고, 2010.12.31. 현재 재무상태표상 재고자산(상품)은 OOO원으로 나타난다. (다) 살피건대,국세기본법제20조에서 국세의 과세표준을 조사·결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다고 규정하고 있는바, 이 건의 경우, 2010사업연도 청구법인의 표준손익계산서, 합계잔액시산표, 표준대차대조표, 재고명세서, 재무상태표, 손익계산서, 계정별원장(매입할인) 등 거의 대부분의 회계장부에서 기말재고액이 OOO원으로 나타나는 반면, 상품 계정별 원장에서만 기말잔액이 OOO원으로 되어 있고, 처분청은 동 상품 계정별원장상 기말잔액이 OOO원이라는 이유와 상품수불부나 기말재고조사표 등 재고관리 장부 등이 존재하지 아니한다는 사실에 근거하여 이 건 부과처분을 하였다. 이에 대해 보면, 청구법인은 기말재고수량을 증명하기 위하여 2010년 재고명세서를 제출하고 있고, 동 재고명세서에 의하면 청구법인의 재고품목수가 27개로서, 그 수량이 최소 4개∼최대 135개에 지나지 아니하는 것으로 보아 상품수불부나 기말재고조사표가 필요하지 아니하고 거래명세서만으로 상품의 재고상태를 즉시 파악할 수 있다는 청구주장에 일응 수긍이 가는 점, 매입할인액이 발생할 때마다 상품매입금액에서 차감하는 기장을 하는 것과 매입할인계정으로 처리해 두었다가 기말에 상품매입금액에서 차감하는 기장을 하는 것은 결과적으로 동일한 결과를 초래하는 점, 기업의 회계처리방식의 선택은 기업자율에 관한 사항인 점 등에 비추어 처분청이 단지 상품 계정별원장상 기말잔액이 상이하고 상품수불부나 기말재고조사표 등 재고관리 장부 등이 존재하지 아니한다는 이유만으로 과세를 한 것은 무리가 있어 보인다. 따라서, 처분청은 2010사업연도 중 실제로 주식회사 OOO가 청구법인에 대하여 쟁점금액을 매입할인 하였는지, 청구법인이 매입할인에 대하여 다른 사업연도에도 2010사업연도와 동일한 방법으로 회계처리를 하였는지 등을 조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.