2010. 1. 1. 이전 연구기관 등을 보유한 기업에게 ERP 등 개발을 위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상임

OOO세무서장이 2013.6.13. 청구법인에게 한 2009사업연도의 전사적자원관리시스템 위탁개발용역비 OOO원을 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하고 2012사업연도의 법인세액에서 공제하여 OOO원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은, 청구법인이 지출한 금액 중 조세특례제한 법제10조 제1항과 같은 법 시행령 제9조 제2항 【별표 6】 의 연구기관 및 전담부서를 갖춘 연구 및 인력개발비를 재조사하고 그 결과에 따라 확인된 금액을 세액공제 적용대상으로 하여 해당 사업연도의 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2001.1.15. 설립되어 반도체검사장치 제조 및 판매사업을 영위하는 법인으로 2009.3.12. 전사적자원관리시스템 위탁개발용역을 기업부설연구소인 OOO(주) S/W기술연구소(연구소인정일: 2000.6.23.)를 보유한 OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)와 계약을 체결한 후, 2009사업연도에 <표1>과 같이 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 지급하고, 2009사업연도 법인세신고시 쟁점비용에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제신고를 하지 않았다. OOOOOOOOOO OOOO OOOO (OO:O)
• 나. 청구법인은 2009사업연도의 쟁점비용에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제 신청을 누락하여 2012사업연도에 법인세 OOO원을 과다하게 납부하였다고 하여 2013.3.28. 2009사업연도분, 2013.4.9. 2012사업연도분에 대해 처분청에 경정청구 신청을 하였으나, 처분청은 2013.6.13. 청구법인에게 제조업의 ERP위탁개발비용은 연구 및 인력개발비에 해당하지 않는다고 보아 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제10조 제1항 에서 도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외하고는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는바, 청구법인이 제조업을 영위하고 있다고 하여 청구법인이 지출한 전사적자원관리시스템 위탁개발비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아니라는 처분청의 주장은 타당하지 않고, 조세심판원에서도 “제조업을 영위하는 법인의 전사적자원관리시스템 개발비는 구 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당한다”라고 결정(조심2012서3991, 2013.7.23.)하고 있으며, 제조업을 영위하는 법인의 전사적자원관리시스템 위탁개발비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이라고 결정(조심2012중1855, 2012.8.27., 조심2012서1613, 2012.6.28. 참조)하였다. 그리고, 청구법인의 ERP 위탁개발비 중 소프트웨어와는 별도로 하드웨어 관련 구입비용이 포함되어 있는 것이 확인되어 청구법인의 ERP위탁개발비를 연구 및 인력개발비세액공제 대상으로 보기에 적합하지 않다는 처분청의 답변서와 관련하여, 설령 청구법인의 ERP 위탁개발비 중 소프트웨어와는 별도로 하드웨어 관련 구입비용이 포함되어 있다 하더라도 총 위탁개발비 중 하드웨어 등 구입비용 OOO원이 별도로 구분 가능하므로, 쟁점비용 중 하드웨어 등 구입비용 OOO원을 제외한 나머지 위탁개발비 OOO원은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이다.
• 나. 처분청 의견 기존해석사례가 ERP 위탁개발비에 대해 금융보험업종을 영위하는 법인에 한하여 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능한 것으로 해석하고 있고, 연구 및 인력개발비 세액공제 대한 입법취지가 신제품 또는 신기술 지원에 있다는 것을 고려하면 제조업을 영위하는 법인은 신제품 또는 신기술개발 목적으로 ERP 개발한 것으로 볼 수 없다. 청구법인과 OOO 간의 통합정보시스템(ERP/POP/SCM/GW)Package공급 및 적용계약서를 보면, 청구법인의 ERP 위탁개발비용은 재무·생산·회계·마케팅·물류 등 고객관리 및 내부통제에 사용되는 전사적자원관리시스템임을 알 수 있고, 또한 소프트웨어 부분과는 별도로 하드웨어 관련 구입비용이 있는 것을 확인할 수 있어 청구법인의 ERP 위탁개발비용을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보기에는 적법하지 않은 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 쟁점비용에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제 신청누락으로 경정청구를 한 것에 대해 상기와 같은 사유로 경정청구 거부한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 제조업을 영위하는 청구법인이 2010.1.1. 이전 ERP시스템 등 위탁개발비(2009사업연도)를 기업부설연구소를 보유한 법인에 지급한 금액이 연구 및 인력개발비 세액공제에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2009년 전사적자원관리시스템 위탁개발비 지출액 OOO원을 연구 및 인력개발비이월세액공제 신청을 누락하여, 2012사업연도에 OOO원의 법인세를 과다하게 납부하였다고 경정청구를 하였고, 처분청은 “제조업의 ERP위탁개발비용은 연구 및 인력개발비에 해당하지 않는다”는 이유로 경정청구 거부통지를 하였다.

(2) 청구법인은 2009.3.12.자 청구법인과 OOO간의 통합정보시스템(ERP/POP/SCM/GW) Package 공급 및 적용계약서, 2010.4.1.자 청구법인과 OOO간의 추가계약서, 2010.4.1.자 청구법인과 OOO 간의 추가계약서, 2013.10.4.자 OOO가 청구법인에게 보낸 『POP-Manager V2.0 구축 내역』을 제출하였다. (3) 살피건대, 전사적자원관리시스템 등 위탁개발에 따른 쟁점비용이 2010.1.1. 이전 사업연도에 지출된 점, 청구법인이 소비성서비스업이 아닌 제조업을 영위하고 있는 점, 전사적기업자원관리설비 등 시스템 개발에 관한 위탁비용을 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외한 조세특례제한법 시행령 【별표 6】은 2010.1.1. 이후 개 시하는 과세연도분부터 적용되는 점, 기존의 예규 등에서 ERP 등 시스템 개발을 연구전담부서를 보유한 법인에게 위탁하고 당해 개발비용을 지출하는 경우에 세액공제가 가능한 것으로 해석하여 온 점 등을 감안할 때, 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 다만, 이 건의 경우 쟁점비용과 관련하여 연구 및 인력개발용역을 위탁받은 OO OO 의 OOO(주) S/W기술연구소가 적법한 연구기관 또는 전담부서인지 여부 및 하드웨어 및 범용소프트웨어 구입비용을 제외한 연구 및 인력개발비용이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.