현재 진행중으로 과세사업과 별도의 독립된 연구용역을 제공한 것으로 봄이 합리적인 점, 관련한 과세매출이 발생하지 않는 점, 안분계산 대상으로 판단한 매입세액이 과세사업에 귀속되는지를 확인하기 어렵고 같은 과세기간에 교부한 매출세금계산서와의 관련여부도 불분명하므로 연구개발 관련 매입세액 외의 매입세액을 공통매입세액으로 보아 과세한 처분은 정당함
현재 진행중으로 과세사업과 별도의 독립된 연구용역을 제공한 것으로 봄이 합리적인 점, 관련한 과세매출이 발생하지 않는 점, 안분계산 대상으로 판단한 매입세액이 과세사업에 귀속되는지를 확인하기 어렵고 같은 과세기간에 교부한 매출세금계산서와의 관련여부도 불분명하므로 연구개발 관련 매입세액 외의 매입세액을 공통매입세액으로 보아 과세한 처분은 정당함
심판청구를 기각한다.
(1) 청구법인은 수질오염방지설비의 시공을 주업으로 하는 벤처기업으로서 주업과 관련하여 필수적으로 부수되는 수질오염방지에 관한 연구개발을 시행하고 있고, 쟁점연구개발은 환경부와 협약에 따라 공동으로 사업비를 출연하여 ‘하·폐수 방류수 고품질화 및 재이용수 생산을 위한 시스템 구축’ 등에 참여하여 협동으로 수행한 것으로 연구개발로 취득한 기술과 경험은 미래 청구법인의 과세사업 수익을 창출하는 기반이 되고 별도의 위탁을 받거나 대가를 받고 독립적으로 면세용역을 공급한 사실이 없으므로, 쟁점연구개발과 관련된 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 부당하다.
(2) 쟁점연구개발이 면세 용역제공이라고 보더라도 과세사업과 면세사업에의 귀속이 불분명한 경우에 안분계산하여야 함에도 불구하고, 처분청은 OOO 주식회사로부터의 기계시제품 가액 관련 매입세액 OOO원을 불공제하고, 전체 매입세액 OOO원 중에서 이를 제외한 매입세액 OOO원OOO 전부를 공통매입세액 안분계산하였는바 이는 부당하다.
(1) 계약서 등에 의하면, 청구법인이 제출한 연구결과가 OOO 등 평가기관으로부터 “성공”으로 평가받은 경우 비로소 청구법인이 참여기업으로서 기술실시계약 등에 따라 기술료를 납부하고 동 시스템을 납품 및 설치용역을 제공하는 수익사업이 발생하는 것인데, 청구법인이 OOO 및 OOO과의 계약에 따라 수행한 쟁점연구개발은 기술연구용역 제공에 해당하고, 2012년 제2기 과세기간 종료일 현재 연구계약기간 및 협약기간이 진행 중으로서 연구결과에 대한 성공여부평가가 이루어지기 이전의 상태이므로, 2012년도 중 청구법인이 계약에 따라 연구결과가 성공으로 평가받기 이전의 연구용역을 제공한 것은 연구결과가 ‘성공’으로 평가받은 이후에 청구법인이 직접 참여하여 시스템 납품 및 설치 관리용역을 제공하는 과세사업과는 별도의 독립된 연구용역을 제공한 것으로서 쟁점연구개발이 과세사업에 필수적으로 부수되는 연구용역으로 볼 여지가 없다.
(2) 현지확인을 거쳐 2012년도 중 청구법인이 OOO 주식회사로부터 수취한 매입세금계산서를 제외한 매입은 청구법인이 OOO지역본부에 교부한 매출세금계산서에 대응하는 매입과의 직접 대응 여부가 불분명하므로 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 에 따라 총매입가액에 대한 면세사업관련된 매입가액 비율로 매입세액 불공제 금액을 안분계산하여 매입세액 불공제액한 처분은 정당하다.
① (주위적 청구) 쟁점연구개발을 부가가치세가 면제되는 기술연구용역의 제공으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부
② (예비적 청구) 과․면세사업에의 귀속이 불분명한 경우에 해당하지 아니하므로 공통매입세액 안분계산을 한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
② 납세지 관할세무서장 ․ ․ ․ ․ ․ ․ (중간생략) ․ ․ ․ ․ ․ ․ 경정한다.
1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 (2) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】
① 법 제80조 제3항 단서에서 ․ ․ ․ ․ ․ ․ (중간생략) ․ ․ ․ ․ ․ ․ 경우를 말한다.
1. 과세표준을 ․ ․ ․ ․ ․ ․ (중간생략) ․ ․ ․ ․ ․ ․ 허위인 경우 (1) 부가가치세법 제12조 【면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
14. 저술가ㆍ작곡가나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역 부가가치세법 제17조 【납부세액】
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 부가가치세법 제13조
② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
(2) 부가가치세법 시행령 제35조 【인적용역의 범위】 법 제12조 제1항 제14호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다.
2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (라) 기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 부가가치세법 시행령 제61조 [매입세액의 안분계산]
① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.(산식 생략)
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 (3) 부가가치세법 시행규칙 제11조의3 【인적용역의 범위】
③ 영 제35조 제2호 라목에서 "기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.
(1) 이 건 조사종결보고서, 부가가치세 경정결의서 등에 의하면, 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구법인(2007.8.13. 과세사업자로 사업자등록)은 OOO에서 수질오염방지설비의 시공을 주업으로 하는 중소벤처기업으로서 주업과 관련되는 수질오염방지 등에 관한 기술개발을 하고 있고, 환경부에서 주관하는 “하폐수 방류수질 고품질화 및 재이용수 생산을 위한 시스템 구축”과 농림수산식품기술기획평가원에서 주관하는 “하수처리수의 농업용수 간접재이용시스템 개발과 적용”등의 과제에 참여하여 연구보조금을 받으며 협동으로 연구개발을 하고 있으며, 2012년 부가가치세 신고내용은 다음과 같다. (OO:OO) (나) 2012년 5월 청구법인과 OOO간 체결한 사업단과제 계약서의 주요내용은 다음과 같고, 2011.9.14. 청구법인과 OOO 간 체결한 연구개발계약서의 주요내용은 다음과 같다.
(2) 먼저, 주위적 청구에 대하여 본다. (가) 청구법인은 수질오염방지설비시공을 주업으로 영위하면서 주된 과세사업과 관련하여 필수적으로 부수되는 분야에 대한 연구와 국가기관에서 시행하는 환경관련 국책사업에 협동으로 참여하여 연구개발을 하고 이에 따른 연구개발비 중 일부를 국고보조금으로 수령하여 연구개발비를 집행하고 있으나, 수익사업의 일환으로 연구개발용역을 독립적으로 국가기관에 공급한 사실은 없으며, 정부에서는 국내의 열악한 녹색환경기술의 저변확대와 투자환경이 열악한 중소벤처기업의 기술력을 확보하여 국가의 환경보전과 녹색성장촉진을 위하여 관련기업을 국책사업에 참여시켜 기술을 개발하도록 지원하는 것으로 전체 개발비중 일부를 연구개발보조금으로 국고로 지급하는 것으로 보조금의 집행을 정부가 별도계정을 통하여 목적에 맞게 집행하는지를 관리감독하고 사용 후 잔액을 반납 받고 있으므로 청구법인은 본건 연구개발로 인하여 구조적으로 수익이 발생할 수 없을 뿐만 아니라 국가기관과 대가관계가 성립되지 아니하여 면세용역의 공급이 아니라고 주장하며 연구개발에 따른 결과물의 소유가 청구법인이라는 내용의 주관기관 확인서를 제시하고 있다. (나) 관련법령과 위의 사실관계를 종합하여 볼 때, 사업단과제계약서 등에 따르면 청구법인이 제출한 연구결과가 OOO 등 평가기관으로부터 “성공”으로 평가받은 경우 비로소 청구법인이 참여기업으로서 기술실시계약 등에 따라 기술료를 납부하고 동 시스템을 납품 및 설치용역을 제공하는 수익사업이 발생하는 것으로 나타나는바, 쟁점연구개발은 2012년 제2기 과세기간 종료일 현재 연구계약기간 및 협약기간이 진행 중으로서 연구결과에 대한 성공여부평가가 이루어지기 이전의 상태로서 청구법인이 수행하는 과세사업과는 별도의 독립된 연구용역을 제공한 것으로 보는 것이 합리적인 점, 쟁점연구개발과 관련한 과세 매출이 발생하지 아니한 점 등을 감안하면, 청구법인은 독립적으로 면세용역을 공급한 사실이 없으므로 쟁점연구개발과 관련된 매입세액이 전액 공제되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(3) 다음으로, 예비적 청구에 대하여 보면, 청구법인은 쟁점연구개발이 면세 용역제공이라고 보더라도 과․면세사업에의 귀속이 불분명한 경우에 안분계산하여야 함에도 불구하고, 처분청이 OOO 주식회사로부터의 기계시제품 가액 관련 매입세액 OOO원을 불공제하고, 전체 매입세액 OOO원 중에서 이를 제외한 매입세액 OOO원OOO 전부를 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 안분계산하는 것은 부당하다는 주장이나, 청구법인은 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점①의 쟁점연구개발에 관한 공급가액을 제외한 나머지 세금계산서의 공급가액도 과세사업과 관련되는 매입분이라고 주장하면서 제시한 부가가치세 신고서 등만으로는 과세사업에 귀속되는지를 확인하기 어렵고, 청구법인이 같은 과세기간에 교부한 매출세금계산서OOO와의 관련여부도 불분명하다 할 것이므로, 처분청이 부가가치세법 시행령 제61조 의 규정에 의거 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 안분계산한 매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.