[요지] 청구법인은 쟁점부동산 매매계약을 체결하면서 토지.건물가액 및 부가가치세를 구분하여 계약서를 작성한 사실이 확인되는 점, 달리 조세회피를 위해 토지와 건물가액을 임의로 산정한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산의 건물공급가액을 임의로 산정하여 세금계산서를 교부받았다고 보아 과세한 처분은 잘못이 있음
[요지] 청구법인은 쟁점부동산 매매계약을 체결하면서 토지.건물가액 및 부가가치세를 구분하여 계약서를 작성한 사실이 확인되는 점, 달리 조세회피를 위해 토지와 건물가액을 임의로 산정한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산의 건물공급가액을 임의로 산정하여 세금계산서를 교부받았다고 보아 과세한 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO이 2013.3.8. 청구법인에게 한 2012년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가
(2) 부가가치세법 시행령 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. 1.토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.
2. 토지와 건물 등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.
(1) 청구법인의 항변서 및 처분청의 심리자료에는 다음과 같은 사실 들이 나타난다. (가) 청구법인은 2012.5.11. ㈜OOO으로부터 쟁점부동산의 토지 5,566㎡와 건물 7,905.42㎡분의 4,121.82㎡를 매매대금 OOO원(건물 부가가치세 별도)에 양수하기로 하는 부동산매매계약을 체결하였다. (나) 청구법인과 ㈜OOO 사이에 체결된 쟁점부동산 매매계약서의 주요내용은 <표1>과 같다. (다) 청구법인은 ㈜OOO으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서 1매(건물분) 및 공급가액 OOO원의 계산서 1매(토지분)를 교부받아 2012년 제1기 부가가치세 확정신고시 매입세액으로 아래 <표2>와 같이 공제하였다. <표2> (라) ㈜OOO은 쟁점부동산을 포함한 아래의 토지 및 건물을 현물출자 및 매매 등을 원인으로 취득하여 보유하던 중 ㈜OOO 등의 매매예약 가등기를 거쳐 2012.5.11. 청구법인과 2012.5.18. ㈜OOO에 각각 양도한 사실이 부동산등기부등본에 의하여 아래 <표3>과 같이 확인된다. (마) ㈜OOO과 ㈜OOO, OOO㈜가 2012.3.13. 체결한 것으로 기재된 쟁점부동산 매매 예약 계약서의 주요 내용은 아래 <표4>·<표5>와 같다. (바) ㈜OOO과 ㈜OOO가 2012.3.13. 체결한 것으로 기재된 토지 부동산 매매예약계약서의 주요 내용은 아래 <표6>과 같다. (사) 쟁점부동산에 대한 ㈜OOO의 가등기권은 2012.3.16. ㈜OOO으로 양도되었으며, 2012.5.11. 다시 청구법인으로 양도된 사실이 부동산등기부 등본 및 가등기양도양수계약서에 의하여 확인되고, 청구법인이 제출한 가등기양도양수계약서에는 아래 <표7>과 같이 쟁점부동산의 가등기 양도양수 관련 거래대금에 관한 사항은 기재되어 있지 아니하다. (아) 쟁점부동산 등에 대한 담보 평가목적으로 OOO이 평가를 의뢰하여 OOO이 2011.3.17. 작성한 감정평가서OOO에 기재된 쟁점부동산의 감정평가액(가격시점 2011.3.16)은 아래 <표8>과 같다. <표8> (자) 쟁점부동산의 양도일인 2012.5.11. 현재 기준시가는 아래 <표9>와 같다. <표9> (차) 청구법인이 제출한 쟁점부동산의 전소유자 ㈜OOO의 고정자산관리대장에 기재된 건물 및 구축물의 장부가액은 아래 <표10>과 같다. <표10> (카) 청구법인이 제출한 OOO의 지방세 과세자료 화면에 의하면 2012.5.18. 청구법인이 쟁점부동산을 OOO원에 취득한 것으로 하여 취득세 등 OOO원을 신용카드로 납부한 사실이 확인되고, 또한 청구법인의 대체 전표를 보면 토지 취득세 OOO원, 건물 취득세 OOO만으로 구분하여 장부에 계상한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우 그 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다는 점에서는 신·구법령에서 동일하게 규정하고 있고, 다만 실지거래가액 중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 건물의 공급가액을 계산하는 기준에 관하여만 달리 규정하고 있는바, 위 보충적 계산기준은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 때에 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 규정으로서, 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분기장되어 있는 경우에는, 그 기재에 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 적용되지 아니한다고 봄이국세기본법제16조의 근거과세의 원칙에 비추어 보아도 타당하다고 할 것(대법원 89누169, 1989.12.26., 같은 뜻임), 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체를 의미하는 것이고, 청구법인은 (주)OOO과 쟁점부동산 매매계약을 체결하면서 토지가액, 건물가액 및 부가가치세를 구분하여 매매계약서를 작성하였고, 등기부등본상 그 금액대로 기재되어 있으며, 전 소유자와 최초 매매예약가등기한 (주)OOO 사이에 체결된 가액으로 건물가액을 산정한 사실이 확인되는 점, 전 소유자의 건물 등의 장부가액도 OOO원이어서 토지와 건물가액을 산정함에 있어서 조세를 회피하기 위하여 임의로 산정한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 제출한 OOO의 지방세 과세자료 화면에 의하면 청구법인이 쟁점부동산을 OOO원에 취득한 것으로 하여 취득세 등 OOO원을 신용카드로 납부한 사실이 확인되고, 청구법인의 대체 전표를 보면 토지 취득세 OOO원, 건물 취득세 OOO원으로 구분하여 장부에 계상한 것으로 나타나는 점, 쟁점매매계약서를 허위로 보기 위해서는 그 기재 내용과 다른 약정이 있어야 할 것이나, 달리 그러한 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 분양계약서에 기재된 건물가액을 허위라고 보기 어려우므로 청구법인이 건물공급가액을 임의로 산정하여 세금계산서를 교부받았다고 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.