수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는 것으로 되어 있고, 청구법인이 쟁점토지처분이익을 정기예금에 예치하여 비영리사업업회계(정기예금)로 전출한 것은 명복뿐인 경우로, 그 치출한 날이 속하는 사업연도의 익음에 산입함이 타당함
수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는 것으로 되어 있고, 청구법인이 쟁점토지처분이익을 정기예금에 예치하여 비영리사업업회계(정기예금)로 전출한 것은 명복뿐인 경우로, 그 치출한 날이 속하는 사업연도의 익음에 산입함이 타당함
심판청구를 기각한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.
4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
⑤ 제4항 제4호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다 제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.
1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (3) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조제1항제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (4) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 (6) 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】④ 법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 해당 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.
(1) 청구법인이 제시한 법인세 신고서 및 결산서 등에 따르면, 쟁점토지의 처분과 수익사업용 부동산 취득시 회계처리한 내용은 아래와 같이 나타난다. O OOOO OOO(OOOOOOOOOO) OOOO OO,OOO,OOO,OOOO O OO OOO,OOO,OOOO OOOOOOOO OO,OOO,OOO,OOOO OOOOOOOOOOOO O OOOOOOOOO OO,OOO,OOO,OOOO OO,OOO,OOO,OOOO O OOOO OOOOOOOOO OO,OOO,OOO,OOOO O OOOO OO,OOO,OOO,OOOO (OOOOOOOO OO) O OOOOO OOO OOO(OOOOOOOOO) O O OO,OOO,OOO,OOOO O OOOO OO,OOO,OOO,OOOO
(2) 청구법인은 2010년 5월 2009.3.1.～2010.2.28.사업연도 법인세 신고시 유형고정자산처분이익 OOO원을 계상하고, 전액 고유목적사업준비금 설정 및 손금계상하였으며, 비영리사업회계인 정기예금으로 전출한 후 2011.7.5. 경기교육청의 허가를 받아 기본재산인 정기예금으로 수익사업용 부동산을 취득하였고, 2011.7.11. 부동산 임대를 업종으로 지점 사업자등록(120-82-10***)을 하여 부가가치세 OOO원을 환급받은 사실이 있다.
(3) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 법인세법제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산을 제외한 모든 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 과세소득으로 삼고 있어 쟁점토지의 처분으로 인한 수입도 과세소득에 해당하고, 같은 법 제29조 제1항에서 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위한 경우 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입할 수 있으며, 같은 법 시행령 제56조 제6항에서 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액으로 한정하고 있어 수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는 것으로 되어 있다.
(4) 청구법인은 비영리사업회계에 속한 쟁점토지처분이익은 대금수령 즉시 비영리사업회계의 정기예금으로 예치(전출)하였으며, 법인세신고를 위해 세무조정절차상 결산조정에 의한 고유목적사업준비금을 설정한 후 당해 소득이 발생한 비영리사업회계에 귀속하여 당해 사업연도 말 현재 쟁점토지 처분으로 인한 고유목적사업준비금은 없음에도 처분청이 고유목적사업준비금의 사용이나 임의환입으로 수익용 부동산을 취득하였다고 봄은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지처분이익을 정기예금으로 예치하여 비영리사업회계로 전출한 것은 그 행위가 명목뿐인 경우로 고유목적사업 지출로 볼 수 없다 할 것이고(대법원 2012두690, 2013.3.28. 참조), 위에서 살펴본 바와 같이 법인세법제29조 제4항 제4호에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 5년 이내 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하도록 규정하고 있으므로, 청구법인이 고정자산처분이익을 금원으로 하여 수익용 부동산을 취득하는데 지출한 비용은 그 지출된 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하여야 하는 것으로 해석함이 타당하다 할 것이다. 또한, 상속세 및 증여세법제48조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제38조 제4항에서 학교법인이 출연받은 기부금인 수익용 기본재산을 매각하고 그 매각대금으로 대체수익용 기본재산을 취득하는 경우 증여세를 과세하지 않도록 규정하고 있다하더라도 이를 법인세법에 그대로 인용하여 법인세까지 과세하지 않는 것으로 보기는 어렵다 할 것이고, 청구법인이 취득한 수익사업용 부동산이 “수익용 부동산”이어서 청구법인이 고정자산처분이익을 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 수익사업용 부동산을 취득하면서 과세사업인 부동산 임대업으로 지점 사업자등록을 하고 부가가치세를 환급받은 사실 등을 감안할 때 청구주장을 받아들이기 어렵다. 따라서, 청구법인이 수익사업용 부동산을 취득하는데 사용한 102억원에 대하여 처분청이 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보아 그 지출한 날이 속하는 사업연도에 익금산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.