매입누락액에 대해 매출액으로 환산한 금액을 사외유출되었다고 추정하는 경우 환산매출액에 대응하는 매입대금을 지급한 것으로 봄

OOO세무서장이 2013.4.16. 청구인에게 한 2007년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은, 청구인에 대한 상여처분액 중 OOO원을 소득금액에서 차감하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)는 1980.1.20.∼2009.10.31.까지 음향기기 제조업을 영위한 법인으로서, 청구인은 2006.12.7.∼2007.7.6.까지 OOO의 대표이사를 역임하였다.
• 나. OOO세무서장은 자료상 조사과정에서 OOO가 2007사업연도 중 OOO세관장으로부터 OOO원 상당액 및 OOO세관장으로부터 OOO원 상당액의 수입계산서(이하 ‘쟁점계산서’라 한다)를 수취하고도 이를 계산서합계표에 기재하지 아니한 사실 및 주식회사 AAA그룹(이하 ‘AAA’라 한다)으로부터 실물거래 없이 가공으로 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서를 수취한 사실을 확인한 후, 매입액에 대응하는 매출도 누락하였다고 보아 동 매입액을 매출액으로 환산한 OOO원의 수입금액을 익금산입하는 한편, 가공매입액 OOO원은 손금불산입하고, 그 결과 증가된 OOO의 소득금액 중 OOO원을 대표자인 청구인에게 상여처분하여 소득금액변동통지를 하고 처분청에 과세자료로 통보하였다.
• 다. 처분청은 청구인에게 상여처분된 OOO원을 소득금액에 가산하여 2012.2.12. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다가 OOO세무서장으로부터 청구인에 대한 상여처분액을 OOO원 감액(상여처분액을 OOO원으로 경정)한다는 취지의 과세자료를 통보받고 동 금액을 소득금액에서 차감하여 청구인의 2007년 귀속 종합소득세 OOO원을 감액경정하였다.
• 라. 청구인이 이에 불복하여 2012.2.23. 이의신청을 거쳐 2012.7.6. 심판청구를 제기한데 대하여 조세심판원은 이를 기각결정(조심 2010중3260, 2012.12.21.)하였고 이에 청구인은 행정소송을 제기하였다.
• 마. 이 후 처분청은 다시 OOO세무서장으로부터 청구인에 대한 상여처분액을 OOO원으로 증액(사유: 매입신고누락한 계산서에 거래처의 교부일자가 확인되어 청구인과 후임 대표이사 이OOO 귀속분에 대한 매출환산금액을 재계산)한다는 과세자료를 통보받고 2013.4.16. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.5. 심판청구를 제기하였다

• 가. 청구인 주장 매출환산의 근거가 된 매입누락액은 세관장으로부터 교부받은 수입계산서로서 이는 법인세법 제121조 제3항 및 제5항의 규정에 의거 매입처별계산서합계표 제출의무가 면제된 것임에도 이를 매입누락으로 보아 매출환산하여 청구인에게 소득처분하고 처분청이 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 것은 부당하다. 또한, AAA 가공매입분 OOO원에 대한 소득처분은 가공매입이 부가가치세법상 신고여부가 아닌 법인세법상 비용으로 계상되어 있는지에 따라 판단하는 것으로서, 매입원장에 AAA 가공매입분 OOO원이 비용으로 계상되어 있다면 손금불산입하고 상여처분하는 것이 맞으나, 매입원장에 비용으로 계상되어 있지 아니하다면 손금불산입도 이에 따른 상여처분도 할 수 없는 것이다. 그런데도 과세관청은 매입원장 조차 입수하지 않으면서 마치 매입원장에 부가가치세법상 가공매입분이 법인세법상의 비용으로 계상되어 있다는 의견이나 이는 명백한 오류이며, 입증책임은 주장하는 자에게 있으므로 과세관청은 AAA 가공매입이 매입원장에 비용으로 계상되어 있다는 것을 입증할 의무가 있다. 따라서, 세관장이 발행한 수입계산서는 매입처별 계산서합계표에 기재하지 않아도 된다는 기본적인 세법 조항조차 숙지하지 못한 결과 청구인에게 부당한 과세처분을 하였고, 처분청이 매입원장의 입수가 가능하고 검토할 수 있었음에도 의도적으로 이를 검토하지 아니하고 청구인에게 부당한 과세처분을 하고 있으므로 이러한 근거 없는 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점계산서에 대하여 법인세법에 따라 성실하게 신고하였다고 주장할 뿐, 신고여부를 확인할 수 있는 매입원장 등 장부의 제출이 없으며, 당초 OOO에 대한 세무조사시 ‘과세자료에 따른 소득처분은 과세자료 발생당시 대표자에게 귀속된다’는 과세자료 해명안내를 하였으나 이에 대해 해명을 하지 않았으므로 정상적으로 신고하였다고 볼 근거가 없어 쟁점계산서를 매입누락으로 보아 매출환산하여 익금산입하고 증가된 법인소득금액의 귀속이 불분명한 사유로 대표이사에게 상여처분한 것으로서 당초 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 매입누락금액으로 매출환산한 금액 및 가공세금계산서 수취분에 대하여 이를 사외유출로 보아 대표자 상여처분하고 종합소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 OOO가 쟁점계산서에 대하여 정상적인 신고를 하였다고 볼 근거가 없으므로 동 금액을 매입누락으로 보아 매출환산하고 증가된 법인소득금액의 귀속이 불분명하다고 보아 OOO의 대표자인 청구인에게 상여처분하고 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다면서, 상여처분 변동내역 검토서, 쟁점계산서 사본, OOO세무서장의 거래질서관련 조사종결(예정) 보고서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 세관장으로부터 교부받은 수입계산서는 법인세법 제121조 제3항 및 제5항의 규정에 의해 매입처별계산서합계표 제출의무가 면제된 것임에도 이를 매입누락으로 보아 매출환산하고, AAA 가공매입분에 대하여 청구인에게 상여처분하고 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하면서, 소득금액변동통지서, 납세고지서, 조세심판원 결정서(조심 2012중3260, 2012.12.21.) 등을 제출하였다. (3) 법인세법 제121조 제3항 에서 세관장은 수입되는 재화에 대하여 재화를 수입하는 법인에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서를 발급하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항에서 법인은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출․매입합계표를 대통령령으로 정하는 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정한 뒤, 그 단서에서 제3항에 따라 계산서를 발급받은 법인은 그 계산서의 매입처별 합계표를 제출하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.

(4) 쟁점에 대하여 본다. (가) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구인이 OOO의 대표이사로 재직 중인 2007.4.20.에 OOO세관장이 OOO원의 수입계산서를, 후임 대표이사가 재직 중인 2007.7.25.에는 OOO세관장이 OOO원의 수입계산서를 OOO에게 각 발급하였고, 처분청은 위 금액을 매입누락으로 보아 매출환산한 OOO원을 익금에 산입하는 한편, 익금산입한 OOO원 전액에 대하여 귀속자가 불분명한 것으로 보아 청구인과 후임 대표이사에게 각 안분하여 소득금액을 산출한 것으로 나타난다. (나) OOO세무서장의 OOO에 대한 조사내용 등에 의하면, OOO세무서장은 세금계산서 전산대사 일람표, 수입계산서 사본 등을 토대로 OOO가 매입으로 신고한 계산서의 공급자 AAA가 이를 매출로 신고하지 아니한 사실을 확인하고 OOO의 2007사업연도 익금에 산입할 금액을 조사하여 2010.2.5. 청구인에 대한 소명 요구를 거쳐 가공매입액 OOO원은 손금 불산입한 것으로 되어 있다. (다) 살피건대, 법인세법 제121조 제5항 단서규정에서 세관장으로부터 계산서를 발급받은 법인은 그 계산서의 매입처별 합계표를 제출하지 아니할 수 있다고 규정하고 있으나 매입처별 합계표 제출과 매입․매출누락에 대한 입증은 별개의 사항으로서, 쟁점계산서 상당의 매입액 및 그에 대응하는 매출액이 법인세 신고시에 포함되었다는 사실에 대하여 당해 기간에 OOO의 대표이사이었던 청구인이 입증을 하지 못하고 있는 이상, 처분청이 쟁점계산서상 금액을 매입누락으로 보아 매출환산한 것은 달리 잘못이 없어 보인다. 다만, 이 경우에도 매출누락금액은 매입누락금액이 확인되어 이를 매출액으로 환산한 후 이를 사외유출되었다고 추정하는 점에서 매출누락금액의 사외유출을 직접 확인하여 상여처분하는 경우와는 차이가 있어 환산매출액에 대응하는 매입대금을 지급한 것으로 보는 것이 합리적이고, 따라서 OOO의 대표자인 청구인에게 상여처분할 금액은 환산매출금액에서 매입금액 OOO원을 차감한 금액이라 할 것이므로 위에서 본 바와 같이 처분청이 환산매출금액 전액을 사외유출된 것으로 보아 과세 한 처분은 부당하다고 판단된다(조심 2011서1964, 2011.12.13. 같은 뜻임). 한편, OOO세무서장이 세금계산서 전산대사 일람표, 수입계산서 사본 등을 토대로 OOO의 가공매입액 및 매입누락액을 확인하고 청구인에게 정상거래 여부에 대한 소명요구를 거쳐 위 과세자료에 따른 소득처분을 한 사실이 확인되므로 AAA 가공매입분 OOO원에 대한 소득처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다(조심 2012중3260, 2012.12.21. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.