시설물관리 및 유지보수 등의 지출과 관련한 매입세액 등을 공통매입세액으로 보아 매입세액을 공제할 수 있음

OOO세무서장이 2013.2.1. 청구법인에게 한 부가가치세 OOO원(2009년 제2기～2012년 제1기)의 경정청구에 대한 거부처분은 청구법인이 각 과세기간에 지출한 시설물관리 및 유지보수비(공급가액 OOO,OOO,OOO원)와 공공요금(공급가액 OOO원)을 공통매입세액에 관련된 것으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항 제3호에 따라 안분계산한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1986.8.1. 지방자치법 제114조에 근거하여 여성의 권익 및 복지증진과 교육을 위하여 설립된 ○○○○시 소속 행정기관(비영리법인)이며, 2007.1.18. 부동산임대사업을 추가한 과․면세 겸영사업자로서 2009년 제2기～2012년 제1기 과세기간의 공통매입세액을 건물면적기준으로 안분계산하여 매입세액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구서를 2012.12.5. 처분청에 제출하였다.
• 나. 처분청은 이에 대하여 2011년 제2기 공급가액 OOO원에 대해서만 부동산임대업과 관련한 지출로 보아 환급결정하고, 나머지 과세기간은 고유목적사업과 관련한 지출로 보아 2013.2.1. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.20. 이의신청을 거쳐 2013.6.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 2007.1.1.부터 “부동산임대업” 등에 대하여는 지방자치단체인 경우에도 일반과세사업자와 동일하게 과세사업자로 전환되었는데 청구법인은 매출세액의 신고납부의무만 있는 것으로 잘못 인지하여 관련 매입세액 공제를 청구하지 않다가, 지방자치단체도 매입세액 공제가 가능하다는 사실을 2012년 8월에 비로소 인지하게 되어 2009년 제2기부터 2012년 제1기까지의 과세기간에 대해 (1)과세사업과 직접 관련 있는 매입세액은 전액 공제(과세)대상으로, (2)과세사업과 관련이 없는 매입세액은 전액 불공제(면세) 대상으로, (3)과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 구분이 불가능한 매입세액에 대하여는 “공통매입세액”으로 각각 분류하였으며, 공통매입세액의 안분계산을 위하여 시설물의 예정사용면적을 기준으로 산정한 과세 및 면세비율에 따라 각각 매입세액 공제 및 불공제 대상으로 구분하여 2012.12.5 처분청에 경정청구하였는바, 처분청이 당해 건축물의 관리 및 유지보수 등과 관련된 매입세액을 “부동산임대업과 관련 없이 복지관고유사업과 관련하여 지출한 것으로 당초 신고와 같이 공제받지 못할 세액”이라고 하는 것은 부당하다. 또한, OOOOO 운영의 근본취지가 부가가치 창출에 있지 아니하고 사회복지증진에 있다고 한다면, 면세사업인 사회복지사업의 용역을 제공하면서 이에 부수되는 부동산임대용역을 제공하는 것으로 보아 부가가치세법제12조 제3항의 규정에 따라 부가가치세를 면제하여야 하 며 기존에 착오로 납부한 부가가치세 매출세액은 전액 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 부동산임대업은 일반적으로 거론되는 부가가치의 창출목적에 있지 아니하고 사회복지증진에 있으므로, 해당 시설물의 유지 및 보수와 관련된 매입세액은 부가가치세법제17조 제2항 제2호의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하여야 할 매입세액에 해당된다고 판단되며, 설령 청구법인의 주장을 수용한다 하더라도 청구법인의 안분기준은 청구법인에게 유리하게 작위적으로 계산한 측면이 있는바, 대강당 등의 경우 신고내용상 임대시간은 2011년도 과세기간 기준으로, 1년을 통틀어 전체 임대목적물을 단지 81시간밖에 임대(강의실, 세미나실 전체 누계분으로 강의실당 시간이 아님)하지 않아 청구법인의 안분기준은 합리적인 기준으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 시설물관리 및 유지보수 등의 지출과 관련한 매입세액 등을 공통매입세액으로 보아 안분계산한 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【 납부세액 】

(1) 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 (1)사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. <개정 1978.12.30, 1980.12.31, 1992.12.31, 2013.2.15> (4)제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. <개정 1992.12.31, 1995.12.30>1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

• 다. 사실관계 및 판단 (1)부가가치세법제17조 제1항 제1호 등에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액(자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액)에서 매입세액(자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 등)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제61조 제1항에서는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 산식에 따라 안분계산하도록 되어 있고, 같은 조 제4항 제3호에는 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 의하도록 규정하고 있다. (2) 청구법인이 매입세액공제와 관련하여 경정청구한 내역은 아래 <표1> 과 같고, 이에 대하여 처분청은 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 지출한 공급가액 OOO원에 대한 매입세액 OOO원을 과세사업에 관련된 것으로 보아 환급결정하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOO OO (3) 청구법인은 하나의 건축물이 부가가치세 과세사업과 면세사업에 각각 전용(專用)되고 있고, 대강당 등의 경우 과세사업과 면세사업에 공용(共用)되고 있으므로 당해 건축물의 관리 및 유지보수 등의 지출과 관련된 매입세액은 공통매입세액에 해당하고, 동 공통매입세액에 대해 사용면적을 기준으로 안분계산한 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하면서, 아래 <표2>의 청구법인 건물에 대한 과․면세 및 공통 사용면 적구분, <표3>의 공통매입세액의 유형별 분류현황을 제시하고 있다. OOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOO OO (OO: O) (4) 살피건대, 지방자치단체가 영위하는 사업 중 부동산임대업 등 일부 수익사업을 부가가치세 과세대상으로 전환한 것은 민간기업과 경쟁관계에 있는 유사한 성격의 사업을 공급주체에 따라 과세대상 또는 면세대상으로 차별하는 것이 합리적이지 않고 형평성에도 어긋나므로 조세부담의 불공평을 없애고, 공급가격의 차이로 인한 자원배분의 왜곡을 개선하기 위한 것이므로, 동 사업과 관련한 매입세액의 공제에 있어서도 청구법인과 같은 지방자치단체에 대해서는 일반사업자와 동일하게 부가가치세법이 적용되고 공통매입세액이 있는 경우 안분하여 공제하는 것이 합리적이라고 할 것인바, 청구법인이 2009년 제2기～2012년 제1기 과세기간에 위 <표3>과 같이 지출한 (1)시설물관리 및 유지보수비 OOO원(2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 OOO원, 2011년 제1기 OOO원, 2011년 제2기 OOO원, 2012년 제1기 OOO원), (2) 공공요금 OOO원(2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 OOO, 2011년 제1기 O O,OOO,OOO원, 2011년 제2기 OOO원, 2012년 제1기 OOO) 은 과세사업(부동산임대업)과 면세사업(사회복지사업)에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다 할 것이나, 나머지 관용차량유지비 등의 지출액은 고유목적사업(면세)과 관련한 지출로 보이는 한편, 청구법인이 과세사업에 전용한 건물(창업실, 창업지원센터)의 수선비 지출액(2011년 제2기 공급가액 OOO원 및 2012년 제1기 공급가액 OOO원)에 대한 매입세액 공제를 인정하여 달라고 주장하나, 청구법인이 제시한 입증자료만으로는 과세사업(부동산임대업)과 직접 관련된 것인지를 확인하기 어렵다. 따라서, 처분청이 청구법인의 이 건 과세기간 지출액 중 시설물관리 및 유지보수비(OOO원), 공공요금(OOO원) 관련 공통매입세액에 대해서는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 제1항 및 제4항 제3호에 따라 안분계 산한 세액을 매출세액에서 공제 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세 기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.