종합부동산액 산출시 공제할 재산세액을 종합부동산세법 및 지방세법상 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것은 타당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2012년도 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 재산세 종합합산 과세대상인 OOO 외 34필지의 토지 (이하 “쟁점토지”라 한다)를 소유하고 있다.
• 나. 처분청은 2012년도 종합부동산세 산출세액 OOO원에서 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2)에 의하여 계산한 재산세액 OOO원을 공제하여 2012.11.22. 청구법인에게 2012년 귀속 종합부동산세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원을 결정‧고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.14. 이의신청을 거쳐 2013.6.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2) 상의 계산방식을 적용한 결과 종합부동산세 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액 중 공정시장가액비율이 적용된 만큼만 공제하고 나머지 부분{재산세액 × (1 - 공정시장가액비율)}은 공제하지 않게 되어, 이 부분은 동일한 과세 대상에 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되어 허용되지 아니하는 것이므로 공정시장가액비율을 이중 적용하여 과소 공제한 종합부동산세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 공제되는 재산세액은 2009.2.4. 개정된 종합부동산세법 시행령 제5조의3 등에 명확히 규정된 내용에 의하여 산정된 것이며, 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는 부분은 공시가격 합계액 중 종합소득세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액인데 개정 규정에 따라 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 금액에 대한 재산세 상당액을 공제하고 있어 이중과세 문제는 발생하지 아니하므로 처분청이 청구법인에게 부과한 종합부동산세는 적법하다.

• 가. 쟁 점 종합부동산세 계산 시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정 시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)종합부동산세법제13조 제1항 및 제2항에는 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세의 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 한다고 규정되어 있고, 지방세법 제110조 제1항 에는 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 한다고 규정되어 있으며, 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항에는 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중 종합․별도합산과세대상 토지를 합산하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액에서 종합․별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 한다고 규정되어 있고, 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령 7번에는 과세표준 표준세율 재산세액은 “{감면 후 공시가격 - (종합․별도합산토지는 5억원․80억원, 이하 “과세기준금액”이라 한다) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%(또는 0.5%)}”로 계산한다고 규정되어 있다.

(2) 처분청은 종합부동산세 과세대상 주택 및 토지의 각 공시가격에서 각 과세기준금액을 공제한 금액에 공정시장가액비율(80%)을 적용하여 과세표준을 산정한 후, 동 과세표준에 따라 계산된 종합부동산세액에서 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2) 및 그 작성방법 6.～8.에 의하여 아래 산식과 같이 계산한 금액에 의하여 산출된 재산세액을 공제하여 종합부동산세를 과세하였다. 공제할 재산세액 = 해당연도 재산세액 × {(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%(또는 0.5%)} / {재산세 과세표준(= 감면후 공시가격 × 재산세 공정시장가액비율) × 세율 - 누진공제액}

(3) 청구법인은 종합부동산세 과세대상이 되는 부분에 부과된 재산세액 중 종합부동산세 공정시장가액비율이 적용된 부분만 공제되고 나머지 부분은 공제되지 않아 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되므로 위법․부당하다고 주장한다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령, 제시증빙 등을 종합하여 살펴보면, 종합부동산세법상 재산세액의 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 종합․별도합산과세대상인 토지에 부과된 재산세액을 납부할 종합부동산 세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다고 할 것이고,종합부동산세법은 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준 으로,지방세법은 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항의 산식 중 분자에 해당하는 “종합 ․별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합․별도합산과세 대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액 비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준 세율을 적용한 금액을 말한다고 할 것이므로(조심 2010서2242, 2010.9.3. 외, 같은 뜻임) 처분청이 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2) 등에 의하여 산정한 공제할 재산세액을 종합부동산세액에서 공제하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.