과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복여부의 결정 등에 지장을 받지 않는 것이 명백하다면 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있어 청구주장을 받아들이기 어려움
과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복여부의 결정 등에 지장을 받지 않는 것이 명백하다면 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있어 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다
(1) 처분청은 납세고지서상 과세년도란을 기재함에 있어 아래와 같이 귀속연도 적용에 중대한 잘못이 있고, 세액산출 근거법령을 잘 못 적용하여 부당하다. (가) 처분청은 2008.4.16. 수용된 쟁점토지①은 2008년 귀속 법인세로 경정하여야 하나 2009년 귀속 법인세로 경정하였고, 또한 같은 물건에 대한 부동산양도차익에 대하여법인세법제66조 제2항에 따라 경정하여야하나법인세법제62조의2 규정에 따라 소득세법을 준용하여 종합소득 세율로 경정하였으며, (나) 2010.11.19. 수용된 쟁점토지②는 2010년 귀속 법인세로 경정하여야 하나, 2011년 귀속 법인세로 경정하여 중대한 잘못이 있다. (2) 법인세법 시행규칙제76조 제4항에서 ‘학교법인 등이조세특례제한법제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리회계로 전입한 경우 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다’고 규정한 취지는 사실상 고유목적사업비로 사용할 것을 전제로 하여 전입하기만 하여도 전입시점에 고유목적사업에 지출한 것과 동일하게 보겠다는 의미이므로, 수익용 기본자산에서 발생한 자산매각대금을 정기예탁한 것은 사실상 비영리 사업에 전입한 것으로 보아야 할 것이어서, 청구법인이 쟁점토지에서 발생한 자산매각대금을 강원도 교육청의 수익용 기본재산 처분허가 사항에 따라 정기예탁하고, 그 발생한 이자수입은 학교회계로 전출하여 직접공익목적에 사용하고 있으므로, 처분청이 쟁점토지의 처분이익에 대한 법인세 신고 누락을 이유로 과세한 처분은 공익법인 조세지원제도에 대한 법리를 오해한 처분으로써 취소되어야 한다.
(1) 청구법인의 사업연도는 당해연도 3월 1일 ∼ 익년 2월 말일(12개월)이므로 납세의무 성립일 기준인 과세기간 종료일을 기준으로 납세고지서에 기재한 것은 정당한 것이며,법인세법제66조 제2항, 법인세법 시행령제72조에 따라 경정하였으므로,법인세법제62조의2 규정에 따라소득세법을 준용하여 종합소득세율로 경정하였다는 청구주장은 이유 없다.
(2) 청구법인은 쟁점토지 양도차익은 고유목적사업준비금 설정 및 직접공익목적사업에 사용한것으로 보아야한다고 주장하나, 국세청 사전답변(법규법인 2010-164, 2010.6.9.)에 의하면, ‘사립학교법에 따른 학교법인이법인세법제3조 제3항 제5호의 고정자산 처분으로 인하여 발생된 소득을조세특례제한법제74조 제1항 제1호에 따라 고유목적사업준비금으로 손금산입한 후, 해당 금액을 수익용 기본재산인 예금으로 재예치하고 비영리사업회계에 전출한 경우라도 법인세법제29조 제2항의 고유목적사업에 지출된 것으로 볼 수 없다.’고 하고 있으며, 청구법인의 경우 쟁점토지 처분이익에 대하여 각사업년도의 소득으로 익금산입 및조세특례제한법제74조 제1항 제1호에 따라 고유목적사업준비금으로 손금산입 등 하여 법인세를 신고한 사실이 없으므로 당초의 과세처분은 정당하다.
① 납세고지서상 귀속년도 기재에 오류가 있고 산출세액의 근거법령 적용이 위법하다는 청구주장의 당부
② 수익사업에서 발생한 소득을 정기예탁한 경우 고유목적사업준비금을 설정하거나 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
(1) 국세징수법(2013.1.1. 법률 제11605호로 개정된 것) 제9조【납세의 고지 등】① 세무서장은 국세를 징수하려면 납세자에게 그 국세의 과세기간, 세목, 세액 및 그 산출 근거, 납부기한과 납부장소를 적은 납세고지서를 발급하여야 한다.
(2) 국세기본법(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정된 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
13. "과세기간"이란 세법에 따라 국세의 과세표준 계산의 기초가 되는 기간을 말한다.
(3) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 제1조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
5. "사업연도"라 함은 법인의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다. 제6조【사업연도】① 사업연도는 법령 또는 법인의 정관등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다. 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
1. 「소득세법 제16조 제1항 제1호 부터 제10호까지의 이자소득의 금액
2. 소득세법」제17조 제1항 제1호·제2호·제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.
3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.
1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
3. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는소득세법제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다 제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (4) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.
1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (5) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지법인세법제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 1.사립학교법에 따른 학교법인
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청은 2012.11.15. 청구법인에게 ‘해명할 사항 제출안내’(신고분석2과-2742)를 통해 2007～2010사업연도 출연재산보고 등 검토결과 쟁점토지 처분이익에 대한 손익반영 여부에 대하여 자료제출 할 것을 안내하고, 2012.12.20. ‘법인세 해명자료 검토 결과 안내’(신고분석2과-2971)를 통해 쟁점토지 양도자료에 대한 수정신고 안내를 하였으며, 2013.1.16. 과세예고 통지를 한 사실이 나타난다. (나) 처분청은 2013.3.8. 청구법인에게 쟁점고지서의 세액산출근거란과 납세고지서겸 영수증(납세자용) 및 납부서(수납기관용)의 과세년도란에 납세의무 성립일인 사업연도종료일을 기준으로 2009년, 2011년으로 각각 기재하여 다음 <표1>과 같이 고지한 사실이 나타난다. <표1> 쟁점토지 양도차익에 대한 법인세 결정고지 내역 (다) 청구법인은 2월 말일 결산 법인으로 각 사업연도별 법인세 과세표준 신고일자는 다음 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 법인세 과세표준 신고 일자(2003년～2009년) (라) 쟁점 납세고지서의 사업연도별 적용세율은 다음 <표3>, <표4>와 같이법인세법상 세율을 적용하고 있음이 결의서에 의하여 확인된다. <표3> 사업연도별 세율 적용 (마) 청구법인은 OOO의 기본재산 처분 허가 사항에 따라 토지보상금 전액을 정기예금으로 재투자 하였으므로 토지보상금에 대해서 고유목적사업준비금 설정과 동시에 학교법인 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하며 이에 대한 입증서류로 기본재산처분허가서 사본, 기본재산매각대금 징수 및 재투자결의서 사본, 정기예탁 통장사본, 기본재산(정기예금)수입 징수부 사본, 전출금 지출장부 등을 해명자료로 제출하였으며, 위 서류는 2012.11.22. 조사청에 공익법인 사후관리 관련 소명자료로 제출하였으나 조사청은 쟁점토지 처분이익에 대하여 각사업년도의 소득으로 익금산입 및조세특례제한법제74조 제1항 제1호에 따라 고유목적사업준비금으로 손금산입 등 하여 법인세를 신고한 사실이 없어 받아들이지 아니하였음이 나타난다.
(2) 위의 사실관계와 법령을 종합하여 (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 납세고지서의 귀속연도가 잘못 기재되었고 세액산출 근거법령을 잘못 적용하였으므로 과세처분이 무효라고 주장하나, 세율적용 등 세액산출 근거법령 적용에 있어 처분청은법인세법상 법인세율을 적용하고 있으며, 청구법인의 사업연도는 매년 3월 1일에 시작하여 익년 2월 28일에 종료하는바, 이와 같은 경우에는 납세고지서상 귀속연도를 2008.3.1.～2009.2.28.사업연도로 표기하는 것이 원칙이나, 이를 간략하게 표기하기 위하여 의사전달에 지장이 없는 범위내에서 2008사업연도 또는 2009사업연도로 표기할 수 있다 할 것이며, 이 건의 경우 처분청이 과세처분에 앞서 ‘법인세 해명자료 검토결과 안내’ 등을 통해 그 귀속을 명백히 한 것으로 나타날뿐만 아니라, 납세고지서에 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있더라도 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고 통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않은 것이 명백하다면，이로써 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있는것(대법원 2001.3.27. 선고 99두8039 판결, 같은 뜻임)이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,법인세법제29조에 의하면 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있는 한편, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 과세당국은 그 잔액에 대하여 법인세를 추징할 수 있는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제1항에서 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 이를 당해 사업연도의 손금에 계상한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점토지와 관련된 보상금 전액을 수익용 기본재산인 정기예금으로 예치한 것을 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 없다 할 것이고, 당초 법인세 신고시 세무조정계산서 등에 쟁점준비금을 계상하지도 아니한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지 양도차익을 익금에 산입하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.