쟁점부동산과 기계장치 일괄양도가액 구분이 불분명하므로 감정평가액 비율로 안분계산하여 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.6.26. OOO공장용지 3,936㎡, 위 지상 제에이동호 건물 165㎡, 제비동호 건물 490㎡, 제씨동호 329㎡, 창고등 1,089㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)와 기계장치 8점(이하 “쟁점기계장치”라 한다)을 공매로 취득하여 ‘OOO프라스틱’이라는 상호로 플라스틱사출업을 영위하다가, 2006.8.17. 쟁점부동산과 쟁점기계장치를 주식회사 OOO엠비(이하 “양수법인”이라 한다)에게 양도하고 2006.10.31. 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. OOO세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여, 청구인이 쟁점부동산과 쟁점기계장치를 OOO원(부가가치세 포함)에 양도한 것으로 보아 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)으로 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2012.8.6. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO,OOO,OOO원을 경정․고지하였다가, 청구인의 2012.11.2. 이의신청에 대하여 OOO지방국세청장은 쟁점기계장치와 쟁점부동산의 양도가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다 하여, 쟁점부동산과 쟁점기계장치의 총 양도가액 OOO원을 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서 규정에 의거 공매로 취득시 OOO의 감정평가가액으로 안분 하여 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원(토지OOO원, 건물 OOO원)으로 결정함에 따라, 처분청은 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액․경정하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.5.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 양도가액은 OOO원, 쟁점기계장치를 포함한 기계장치의 양도가액을 OOO원(공급가액)에 매매하기로 양수법인과 협의하여 양도하였음에도, 단지 세금계산서의 기재 착오를 이유로 당초 쟁점부동산 양도가액을 OOO원으로 신고한 것을 부인하여 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 하여 과세한 당초 처분은 부당한 바, 청구인은 성형사출업을 영위할 생각으로 2006.6.26. 쟁점부동산과 쟁점기계장치를 공매로 OOO원에 취득하였으나 자금경색으로 인하여 취득 후 2개월 만인 2006.8.17. 쟁점부동산과 쟁점기계장치를 양도하였고, 양도당시 청구인은 공매로 취득한 쟁점기계장치 외에 사출기계 및 금형틀 10여점을 보유하고 있었으며 이를 포함하여 양수법인에게 양도하였고, 양도당시 양도대금 OOO원 중에 쟁점부동산은 OOO원으로 나머지 대금은 기계장치 양도대금으로 하기로 합의하였으며 이 사실은 양수법인이 확인하여 주고 있으며, 처분청은 청구인이 쟁점부동산 양도시 발행한 세금계산서 2매에 대하여 1매(공급가액 OOO원)는 쟁점기계장치의 양도와 관련한 세금계산서로 나머지 1매(공급가액 OOO원)는 양감공장매각건이라는 기재사항을 근거로 이를 쟁점부동산의 건물양도분 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 쟁점부동산의 건물분의 양도가액으로 보았으나, 청구인은 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄양도양수에 해당하는 관계로 쟁점부동산에 대하여는 세금계산서를 발행하지 않는 것으로 알고 있어 세금계산서를 별도로 발행하지 않았음에도, 처분청이 쟁점부동산의 건물 양도분으로 단정한 양감공장매각건이라고 기재된 세금계산서에는 건물 양도분에 대한 세금계산서라는 어떠한 표현도 없고 양감공장의 기계장치를 양도하면서 세금계산서를 발행하는 과정에서 청구인이 기계장치라는 표현을 누락한 것으로, 쟁점부동산의 양도가액은 청구인이 당초 신고한 OOO원이므로 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산 및 쟁점기계장치 양도시 양수법인과 협의를 거쳐 쟁점부동산은 OOO원, 기계장치 OOO원에 양도하였고, 발행한 세금계산서는 기계장치에 대한 세금계산서라고 주장하나, 포괄양수도시 기계장치․건물을 포함하여 전체에 대한 세금계산서를 발급 한 후 매수인측이 부가가치세 환급신청을 하는 것이 통상적인 거래형태로 청구인이 발행한 세금계산서 2매가 포괄양수도 중 건물분을 제외한 기계장치에 대한 세금계산서 발급분이라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없고, 양수법인의 주요계정명세서상 토지의 장부가액이OOO원, 건물 장부가액이 OOO원으로 계상되어 있는 점, 조사당시 제출된 양도가액 OOO원의 매매계약서상 기계장치(8점)의 가액이 OOO원으로 기재되어 있는 점, 청구인이 양도소득세 신고시 토지 양도가액 OOO원, 건물 양도가액 OOO원으로 구분기재하였는 바, 이는 청구인이 발행한 양감공장매각건 세금계산서 발급분의 공급가액 OOO원과 일치하여 청구인이 발행한 세금계산서는 쟁점기계장치와 쟁점부동산의 건물에 대한 세금계산서로 확인되는 점, 청구인은 낙찰 받은 기계장치 외에 추가로 보유하고 있던 기계장치를 양수법인에 매각하였다고 주장하나 양수법인에 기계장치 추가매입에 대한 장부상 계상내역이 없으며 청구인 또한 기계장치를 추가 매입하였다고 주장할 뿐 이에 대한 증빙서류를 제시하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 발행한 세금계산서 2매 중 공급가액 OOO원의 세금계산서는 쟁점기계장치의 양도와 관련된 세금계산서이고, 양감공장매각건이라고 기재되어 있는 세금계산서는 쟁점부동산 중 건물분의 양도가액으로 이 건 과세처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 청구인이 신고한 쟁점부동산에 대한 양도가액의 적정 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

④ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사관서는 2012.3.29.부터 2012.4.17.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 쟁점부동산과 쟁점기계장치를 OOO원(부가가치세 OOO원 포함)에 양도한 것으로, 청구인이 발행한 매출세금계산서 중 공급가액 OOO원의 세금계산서는 쟁점기계장치의 세금계산서로, 공급가액 OOO원의 세금계산서는 쟁점부동산 중 건물분의 세금계산서로 조사하여, 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)으로 경정하였는 바, 조사관서의 조사종결복명서 및 과세논거는 다음과 같다. (가) 청구인은 2006.6.26. 쟁점부동산 및 쟁점기계장치를 공매로 취득하여 2006.8.17. 양수법인에게 양도하고 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원(토지OOO원, 건물 OOO원)으로 양도소득세를 신고하고, 매출세금계산서 2매(공급가액으로 성형사출기외 OOO원, 양감공장매각건 OOO원)를 교부하였다. (나) 양수법인은 당시 건물과 토지를 포함하여 총 OOO원에 취득하였다고 소명하면서 이에 대한 확인서, 금융이체 내역을 아래의 〈표1〉과 같이 제출하였고, 양수법인이 쟁점부동산 등의 자산별 취득가액서류는 없다고 진술하였다. OOOOOOOOO OO OOOO OO (OO: O) (다) 청구인이 제출한 실제 매매계약서상 양도대금 OOO원과 실제 지급받은 양도대금 OOO원(확인서 작성분)과의 차액에 대하여 소명을 요구한 바, 양도대금을 할인한 것으로 진술하며 추가 계약서를 작성한 사실은 없다고 진술하였고, 양수법인이 소명한 실제 취득대금 OOO원에 대하여 토지장부가액을 OOO원으로 계상한 근거를 질의한 바, 당시 추가로 구입한 기계장치가 있어 기계장치 등 시설비로 OOO원(공급가액)을 지급한 것이나 이에 대한 구입목록이나 보관서류는 없는 상태라고 확인하였다. (라) 쟁점부동산 등의 거래와 관련하여 세금계산서 발행시 기재된 품목이 양감공장매각건 1매 OOO원(공급가액) 및 성형사출기 외 1매 OOO원(공급가액)으로 총 2매인데, 청구인의 부가가치세 신고서상의 매출금액 OOO원(공급가액)이 모두 기계장치 등 시설비라는 양수법인의 주장은 당시 감정평가서상의 각 물건(토지, 건물, 기계)의 평가금액에 상반되는 주장으로 신빙성이 없다. (마) 청구인이 쟁점부동산 등을 양도하고 양도소득세 신고 및 부가가치세 신고한 내역은 아래의 〈표2〉및 〈표3〉과 같다. OOOOOOOOO OO(OOOOOOOOOOO) OO (OO: O, OO) (바) 청구인과 양수법인 간에 작성한 쟁점부동산 및 쟁점기계장치에 대한 매매계약서는 총 4개로 아래와 같다. O O OOOO OOO OOOOO(O) (사) 쟁점부동산 및 쟁점기계장치에 대한 한국감정원의 감정평가내역은 아래의 〈표4〉와 같다. OOOOOOOOO O OOO OOOOOO (OO: OO) (아) 양수법인이 2006.8.17. 쟁점부동산 및 쟁점기계장치를 취득한 후 각 사업연도의 법인 결산시 계상한 토지, 건물, 기계장치의 장부가액은 아래의 〈표5〉와 같다. OOOOOOOOO OOOO OO (OO: O)

(2) 청구인은 쟁점부동산의 양도가액이 OOO원이라는 주장으로, 양수법인의 대표이사 전OOO의 확인서, 세금계산서 등을 증빙자료로 제시하였다. (가) 양수법인의 대표이사 전OOO의 확인서에는 기계장치에 대한 대가로 OOO원을 지급하였다고 기재되어 있다. (나) 청구인은 공매로 취득하였던 쟁점기계장치 이외에 추가로 기계장치를 매입하여 이를 양수법인에 매각하였고, 양수법인이 교부한 세금계산서 사본 12매를 제출하였으며 그 내용은 다음과 같다.

(3) 청구인은 이의신청에서 주위적 청구로 쟁점부동산의 양도가액은 OOO원, 예비적 청구로 쟁점부동산과 쟁점기계장치의 양도가액을 취득당시의 감정가액으로 안분하여야 한다고 주장하였고, OOO지방국 세청장은 주위적 청구는 기각하고, 예비적 청구를 받아들여 쟁점부동산 및 쟁점기계장치의 양도가액 OOO원을 청구인의 취득당시 감정가액을 기준으로 안분계산하도록 결정하였고, 처분청은 이의신청 결정에 따라 쟁점부동산의 토지 양도가액은 OOO원, 쟁점부동산의 건물 양도가액은 OOO원(공급가액)으로 감액․경정하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 양도가액이 OOO원이고, 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄양수도에 해당되어 건물분에 대하여는 세금계산서를 발행하지 아니한 것이라는 주장이나, 쟁점부동산이 사업의 포괄양수도에 해당된다는 주장에 대하여 별다른 입증자료를 제시하지 못하고 있는 반면, 청구인이 매출세금계산서의 공급가액을 양감공장매각건으로 OOO원, 성형사출기 외로 OOO원을 발급하여 부가가치세를 신고하였고, 쟁점부동산 등의 매매와 관련하여 서로 다른 내용의 매매계약서가 4개가 작성되었으나 청구인의 실지 매매대금 수취내역이 매매계약서와 일치하지 않아 청구인이 제시하는 매매계약서를 신뢰할 수 없는 점, 대금지급 내역 등에 비추어 쟁점부동산 및 쟁점기계장치의 실지 거래가액에 근접하는 총 매매대금 OOO원의 매매계약서상에 토지 및 건물의 가액이 구분되어 있지 아니한 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산 및 쟁점기계장치의 양도가액이 불분명한 경우에 해당되는 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점부동산과 쟁점기계장치를 취득시 OOO이 평가한 감정평가가액(토지 OOO원, 건물 OOO원, 기계기구 OOO원)을 기준으로 하여 토지 및 건물의 양도가액을 산정하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.