청구인이 건물신축공사중인 쟁점토지를 취득한 것으로 보아「조세특례제한법」제98조의3을 적용 배제하여 과세한 처분의 당부

OOO세무서장이 2012.9.26. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 인천광역시OOO대 208㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 그 지상의 건물 42㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다), 같은 리 00-00 전 7㎡(이하 토지, 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 2011.8.17. 양도하고, 2011.8.24. 양도소득세 예정신고시조세특례제한법제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 건물 신축공사에 착공한 쟁점토지를 취득하여 쟁점부동산이 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니하는 것으로 보아 2012.9.26. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.12.20. 이의신청을 거쳐 2013.5.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지의 전 소유자 이OOO에게 쟁점부동산 인근의 주택(OOO 각 30평씩 2동의 주택)을 신축 공사하는 계약 (2009.8.30. 청구인의 배우자 오OOO이 작성한 계약서로 이하󰡒쟁점①계약서󰡓라 한다)을 체결하고 그 대가로 대물로 쟁점토지를 취득하고, 2009.8.31. 쟁점주택 신축공사계약(도급자 이OOO이고, 이하󰡒쟁점②계약서󰡓라 한다)을 한 바, 이는 쟁점토지 취득과 관련한 쟁점①계약서상 쟁점토지는󰡐부지󰡑로만 기재되어 있고, 2009년 촬영한 항공사진에도 공사착공 사실이 없는 것으로 나타나는 바, 처분청이 공사 중인 주택을 취득한 것으로 보아 감면배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2009.8.30. 쟁점토지를 취득하고, 2009.8.31. 쟁점주택 공사계약을 하여 쟁점부동산이 감면요건을 충족하였다는 주장이나, 청구인이 대물변제로 취득한 쟁점토지에 대한 대금청산일이 불분명하므로 쟁점토지의 취득시기는 등기접수일인 2010.1.19.로 보아야 하는 점, 청구인이 2010.1.8. 건축 및 착공 신고서상의 건축관계자를 변경한 점, 청구인이 쟁점토지를 대물로 받고 신축하여 주었다는 주택(같은 리 00-0, 00-000)의 사용승인일이 2010.2.9.인 점, 쟁점토지 매매계약서(2009.12.21. 매도인 이OOO, 매수인 청구인으로 기재된 검인계약서, 이하󰡒쟁점③계약서󰡓라 한다)상의 잔금일자가 2009.12.21.인 점 등을 감안할 때, 청구인이 쟁점주택 신축공사에 착공한 이후에 쟁점토지를 취득한 것이므로 쟁점부동산에 대한 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 건물 신축공사 중인 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 조세특례제한법제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제98조의3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(소득세법 제104조의2 에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 주택법 제38조 에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

③ 소득세법 제89조제1항제3호 및 제104조제1항제4호부터 제7호까지의 규정을 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

④ 제1항 및 제2항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법 제95조제2항 및 제104조제1항제2호부터 제7호까지의 규정에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.

1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 소득세법 제95조제2항 표1(같은 조 제2항 단서에 해당하는 경우에는 표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

2. 세율: 소득세법 제104조제1항제1호 에 따른 세율

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2011.8.17. 쟁점부동산을 양도하고 조세특례제한법 제98조의3 의 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 청구인이 신축주택 취득기간(2009.2.12.～2010.2.11.) 중에 공사에 착공하여야 하나 쟁점토지의 전 소유주인 이OOO이 주택 신축(공사착공일: 2008.12.17.) 중인 쟁점토지를 취득한 것으로 보고 쟁점부동산이 양도소득세 과세특례 요건을 충족하지 아니하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 국세통합전산망(TIS) 등 처분청 심리자료에 의하면, 청구인의 쟁점부동산의 취득시기 및 건축허가 변경내용은 아래 <표1>, <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOOO OOOO(OOOOO, OOOOO O)

(3) 청구인은 실제로는 2009.8.30. 이OOO으로부터 쟁점토지를 취득하고 쟁점주택을 신축(착공일: 2009.8.31.)한 것으로 주장하며 쟁점토지 취득 및 쟁점주택의 신축공사와 관련한 쟁점①계약서, 쟁점②계약서, 계좌거래내역서 및 항공사진 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 계약일이 2009.8.30.인 쟁점①계약서에 의하면, 이OOO은 인천광역시OOO 각 30평의 주택신축 공사를 공급가액OOO원에 오OOO에게 하도급하면서, 공사대금 중 OOO원을 부동산(OOO부지)으로 대물변제하고, 도로공사비(OOO원을 별도 지급하기로 약정한 것으로 나타난다. (나) 도급자 이OOO, 수급자 오OO, OOOO OOO 간에 2009.8.31. 체결된 쟁점②계약서에 의하면, 인천광역시 OOO OOO OOO OO-O, OO-O, OO-O의 부지정리 및 토목도로공사, 목조조립식 원룸주택 13평을 공급가액 OOO원에 신축계약을 한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 쟁점주택 공사대금 OOO원 중 2009.8.31. 계약금 OOO원, 2011.8.21. 잔금 OOO원을 하수급자인 이OOO에게 계좌로 송금한 것으로 나타나고, 2009년 가을부터 겨울사이 쟁점주택을 신축한 사실이 있다는 이장 이OOO외 2인의 확인서를 제출하였다. (라) 항공사진(2008년～2010년)에 의하면, 촬영시기가 2010년인 항공사진에는 쟁점주택이 확인되나, 2008년, 2009년(촬영일: 2009.9.19.)에 촬영된 항공사진에는 쟁점토지 위에 건축공사 등의 흔적은 확인되지 아니한다.

(4) 처분청이 2012.12.12. 쟁점토지 전 소유주인 이OOO에게 거래내역을 조회한 바, 2012.12.28. 이OOO은 쟁점②계약서와 같이 도급계약을 한 사실이 없고, 다만, 오OOO이 OOO건설공사 하도급 계약일(2009.8.30. 쟁점①계약서) 이후에 공사비 대가로 받은 쟁점토지 위에 오OOO의 비용으로 건물을 짓기 위하여 하수급인(이OOO)과 계약을 하였는데, 당시 쟁점토지의 소유권 명의가 이OOO의 이름으로 되어 있어 형식상 도급인을 이OOO으로 하고 막도장을 각인하여 날인하였다는 내용의 거래내역서를 제출한 것으로 나타난다. (5)조세특례제한법제98조의3 (미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에는 거주자가 서울특별시 밖의 지역에 있는 미분양주택을 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 주택을 공급하는 해당 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 경우 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 제2항에서는 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공하고, 사용승인을 받은 주택을 포함한다고 규정하고 있다.

(6) 살피건대, 처분청은 청구인이 건물 신축공사에 착공한 쟁점토지를 취득하여 쟁점부동산이 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니한다는 의견이나, 청구인의 남편 오OOO과 쟁점토지의 전 소유자 이OOO 간 2009.8.30. 쟁점토지와 연접한 토지(53-1, 53-10) 위에 건물공사 계약을 하면서 쟁점토지를 공사대금으로 대물변제 하기로 한 점에 비추어 이OOO이 위 계약 이후 대물변제 예정인 쟁점토지 위에 건물(쟁점주택) 신축공사를 하였다고 보기 어렵고, 2009.8.31.자 쟁점주택 신축계약서에 도급자가 이OOO으로 되어 있으나 당시 쟁점토지 등기부상 소유자가 이OOO임에 따라 기재되어 있을 뿐 실제는 수급자인 오OOO과 하수급자인 이OOO 간의 계약으로 보이며, 촬영시기가 2010년인 항공사진에 의하면 쟁점주택이 확인되나, 2008년, 2009년(촬영일 2009.9.19.)까지는 쟁점토지 지상에 건물 등의 신축공사 흔적이 없는 점 등을 감안할 때, 청구인이 신축 중인 쟁점주택을 취득한 것으로 보기는 어렵고, 최소한 항공사진 촬영일인 2009.9.19. 이후에 쟁점토지를 실제 취득하여 그 위에 쟁점주택을 착공한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 쟁점주택은 미분양주택 취득기간(2009.2.12.～2010.2.11.) 내에 청구인이 착공 및 사용승인을 받은 주택에 해당하므로 처분청이 쟁점부동산이 양도소득세 과세특례 요건을 충족하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.