영세율세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 가산세를 부과한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2013.2.20. 청구인에게 한 2009년 제2기 부가가치세(세금계산서 기재불성실가산세) OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2002.3.7. 설립되어 전자부품을 수출하고 있는 법인으로서, 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 구매확인서 발급 전에 영세율 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하고 영세율을 적용하여 2009년 제2기 부가가치세 예정 및 확정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 재화 공급일의 다음달 10일 이 후에 구매확인서를 발급받았다 하여 2010.6.16. 청구법인에게부가가치세법(2010.12.27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제2항 제1호에 따른 가산세 납부대상이라는 취지의 수정신고 안내를 하였고, 이에 따라 청구법인은 2010.7.13. 세금계산서 기재불성실가산세(1%)에 대하여 수정신고․납부 후, 2013.1.22. 처분청에 청구법인이 납부한 세금계산서 기재불성실가산세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.2.20. 경정 거부처분을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.5.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 수정신고의 근거가 된 조세심판원 결정(조심 2009중44, 2009.4.1.)은 그 이후(2010.6.29.) 입장을 바꾸어 구매확인서가 발급되지 않은 상태에서 재화를 공급하고 그 거래시기에 영세율 세금계산서를 교부한 것은 일부 절차를 생략한 것에 불과하며, 영세율 세금계산서가 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있으므로 세금계산서 기재불성실가산세를 부과하는 것은 잘못이라는 새로운 결정(조심 2009중4136, 2010.6.29.)이 있었고, 이 후 모든 심판결정에서 동일한 취지의 결정을 하고 있어 종전의 결정(조심 2009중44, 2009.4.1.)만으로는 가산세 근거로 삼을 수 없다. 따라서, 처분청이 청구법인의 2009년 제2기 부가가치세 세금계산서 기재불성실가산세의 환급을 구하는 경정청구에 대하여 경정 거부처분을 하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 2007년 제1기분～2009년 제1기분 부가가치세 세금계산서 기재불성실가산세 수정신고․납부에 대한 고충청구(2013.2.4. 신청)는 납세자권익존중위원회에서 ‘인용불가’ 결정된바, 동일한 취지의 2009년 제2기 부가가치세 세금계산서 불성실가산세의 환급을 구하는 경정청구에 대하여 보면, 국세청 질의(법규과-1551, 2010.10.14. 및 법규과-1282, 2011.9.30.)와 같이 사업자가 구매확인서가 발급되지 않은 상태에서 재화를 공급하고 그 거래시기에 영세율 세금계산서를 발행한 경우에는 사실과 다른 세금계산서를 발급한 것으로 보아부가가치세법제22조 제2항 제1호에서 규정하는 가산세를 적용하는 것이다. 아울러, 청구법인이 원용하여 줄 것을 주장하는 조세심판원의 결정례(조심 2009중4136, 2010.6.29., 조심 2010중3262, 2012.2.15.)는 당해 사건에만 국한하는 것으로서 청구법인의 경우에는 원용할 수 없다. 따라서, 청구법인은 구매확인서 발급 전에 재화를 공급하면서 그 거래시기에 일반세금계산서를 교부하지 아니하고, 영세율 세금계산서를 교부한 것은 가산세 적용대상이므로 청구법인의 세금계산서 기재불성실가산세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 최초 거래시 영세율 세금계산서를 발행하였으나, 구매확인서는 공급시기가 속하는 날의 다음달 10일을 경과하여 과세기간 종료 후 20일내에 발급된 것에 대하여 영세율 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 가산세 관련 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 구매확인서가 발급되지 않은 상태에서 재화를 공급하고 그 거래시기에 영세율 세금계산서를 발행한 경우에는 사실과 다른 세금계산서를 발급한 것으로 보아부가가치세법제22조 제2항 제1호에서 규정하는 가산세를 적용하는 것이 정당하다면서, 경정청구 거부통지서, 과세표준 및 세액의 경정청구서, 납세자권익존중위원회의 심의결과 등을 제시하였다.

(2) 청구법인은 구매확인서가 발급되지 않은 상태에서 재화를 공급하고 그 거래시기에 영세율 세금계산서를 교 부한 것은 일부 절차를 생략한 것에 불과하고, 영세율 세금계산서가 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있는데도 처분청이 세금계산서 기재불성실가산세의 환급을 구하는 경정청구에 대하여 경정 거부처분을 하는 것은 부당하다고 주장하면서, 2009년 제2기 부가가치세 예정 및 확정 경정청구서, 처분청의 수정신고 안내문, 조세심판원 결정문 (조심 2009중4136, 2010.6.29., 조심 2010중3262, 2012.2.15.) 등을 제출하였다. (3) 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조의3 제2항은 법 제16조 제1항 및 제2항에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정된 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙(2010.3.31. 기획재정부령 제140호로 개 정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조의2 제2항은 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의2에서 규정 하는 구매확인서라 함은 대외무역법 시행령제31조 및 제91조 제11항에 따라 외국환은행의 장이 제1항의 내 국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종 료 후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관 한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재된 것을 말한다고 규정하고 있다.

(4) 쟁점에 대하여 본다. (가) 처분청과 청구법인이 제출한 구매확인서 발급내역에 의하면, OOO은행장이 2009.8.17.～2010.1.19. 기간동안 청구법인에게 총 13매의 구매확인서(OOO원 상당)를 발급한 내역이 기재되어 있어, 이 건의 경우 재화가 공급된 과세기간의 종료일은 2009.12.31.로서 위 13매의 구매확인서는 모두 동 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급된 것으로 확인된다. (나) 살피건대, 재화가 공급된 과세기간의 종료 후 20일 이내에 발급된 구매확인서는 부가가치세법 시행규칙제9조의2의 규정에 의해 영세율이 인정되는 적법한 구매확인서에 해당되고, 동 구매확인서에 근거하여 교부한 세금계산서는 거래의 실질에 부합하는 적법한 영세율 세금계산서에 해당되는 것인바(조심 2011중3375, 2012.2.15. 외 다수 같은 뜻임), 청구법인의 경우, 재화의 공급시기는 2009.7.1.～2009.12.31.이고 동 재화의 공급과 관련하여 청구법인이 OOO은행장으로부터 발급받은 구매확인서(13매)는 2009.8.17.～2010.1.19. 발급되어 재화가 공급된 과세기간의 종료(2009.12.31.) 후 20일 이내에 발급된 적법한 구매확인서에 해당되는 점, 쟁점세금계산서는 부가가치세법 시행령제70조의3 제1항의 규정에 따라 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당되는 점, 청구법인은 동 구매확인서에 근거하여 영세율 세금계산서인 쟁점세금계산서를 발행한 점, 비록 청구법인이 부가가치세법 시행령제59조 제4호의 규정에 따라 수정세금계산서를 작성․교부하지 아니하였으나 이는 일부 절차를 생략한 것에 불과한 점, 동 영세율의 쟁점세금계산서는 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서가부가가치세법제22조 제2항의 세금계산서 기재불성실가산세가 적용되는 사실과 다른 세금계산서에 해당되는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.