연구・인력개발비 연평균 발생액을 48개월로 환산하여 재계산후 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 건설업 및 철근 콘크리트공사업을 영위해 온 중소기업으로서 2006.12.18. 전담부서(조세특례제한법 시행령 별표 6의 제1호 가목)를 설립하였으며, 2008사업연도 및 2009사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 (2010.1.1. 법률 제9924호로 일부개정되기 전의 것) 제10조 1항 제1호 가목을 적용하여 해당 과세연도에 발생한 연구․인력개발비(이하 “ 쟁점연구인력개발비”라 한다) 가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 세액공제 신청하면서, 연평균발생액을 계산함에 있어 단순 4분하여 계산하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 조세특례제한법 제10조 제1항 가목의 방법에 따라 초과발생액을 계산함에 있어 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 (2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정되기 전의 것)에서 규정하는 바와 같이 해당 법인의 연구․인력개발비가 최초로 발생한 사업연도의 개시일부터 해당 사업연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 연구인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 합계액으로 보아 증가발생금액을 계산하여야 함에도 직전 4년간 발생 합계액을 48개월로 환산하지 않고 단순 4분하여 증가발생금액을 계산하였다고 보아, 이를 재계산한 후 2013.2.6. 청구법인에게 법인세 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.19. 이의신청을 거쳐 2013.4.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 2008사업연도 및 2009사업연도 법인세 신고당시 적용되었던 개정전 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 하단에 표시된 산식이 “당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4 × 당해 과세연도의 월수/12”으로 규정되어 있어 연구 및 인력개발비의 합계액을 계수인 4로 나누는 것이 맞다고 판단하여 단순4분 하였다. 2012.2.2. 조세특례제한법 시행령(대통령령 23590호) 제9조 제4항이 “해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구․인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수/12”로 개정됨에 따라 개정전 법령에서는 과세연도의 수가 아닌 계수 “4”가 개정후 법령에서는 “과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)”로 바뀐 것을 보면 당시 법령에 따라 계산하였을 경우 이런 애매모호함 때문에 개정시 반영되었을 것이라고 판단된다. 개정전 법령에는 “연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다”고 규정되어 있지만, 48개월로 환산한다는 부분이 어떠한 계산법에 의거하여 48개월로 바꾸어 계산되어야 하는지는 명확히 제시되지 않았음에도 불구하고 연구 및 인력개발비가 발생한 과세연도의 개월 수로 나누는 것이 적법한 환산식이라고 주장하는 것은 불합리하다. 또한, 당시 세무조정 프로그램에 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 반영할 때에도 연구 및 인력개발비가 발생하지 않은 과세연도의 금액란에 “0”이라는 값을 입력했을 때와 아무 값도 입력하지 않았을 때의 연구 및 인력개발비의 연평균 발생액이 다르게 산출되는 것도 논란의 여지가 될 수 있다고 판단된다.

(2) 청구법인과 같은 중소기업의 세무실무자들이 판단하기 어려운 법령의 애매한 해석상의 이유로 OOO원이 넘는 가산세를 추징당하는 것은 계속되는 경기불황 속에 고군분투하는 중소기업을 더욱 어려운 궁지로 몰아넣는 것으로 이 건 가산세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제9조 제4항의 개정 취지는 연구 및 인력개발 비용이 최초로 발생한 과세연도부터 해당 과세연도까지의 기간이 48개월 이상인 경우와 아닌 경우 아래와 같이 세액공제 대상금액이 달라지는 문제를 해소하기 위한 것으로, 청구법인이 불복이유에서 언급한 것처럼 개정 전 법령이 모호해서 개정한 것이 아님에도 청구법인은 이를 오해하고 있는 것으로 판단된다. 한편, 2012년 시행령 개정내용으로 청구법인의 2008∼2009사업연도에 공제받을 수 있는 연구 및 인력개발비 세액공제액을 다시 계산해도 당초 경정한 내용과 동일한 결과가 된다. (가) 연구 및 개발비가 최초로 발생한 연도부터의 기간이 4년에 미달하는 경우 직전 4년간 연평균 발생액을 계산하는 산식을 48개월로 환산하도록 한 것은 4년간 발생액을 단순 4분할 경우 연구개발비가 최초로 발생한 연도로부터의 기간이 4년에 미달하는 납세자가 4년 이상인 납세자에 비해 상대적으로 4년간 연평균 발생액이 적어져 더 많은 세액을 공제받게 되는 모순을 없이 하고자 한 것인데 청구법인은 이를 이해하지 못한 것으로 판단되고, (나) 청구법인은 연구 및 인력개발비의 최초 발생연도가 4년 이상인 경우와 4년에 미달하는 경우에 공제대상 금액이 달라지는 점을 개선한 조세특례제한법 시행령제9조 제4항의 개정취지를 잘못 이해하고 있는 것으로 판단되며, 따라서 2012.2.2. 개정 전 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 의 규정을 적용하여 청구법인의 2008사업연도와 2009사업연도 법인세를 경정한 것은 정당하다. (2) 국세기본법 제48조 에 규정하는 가산세를 감면할 수 있는 사유에 해당하지 아니하므로 이 건 납부불성실가산세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점연구인력개발비에 대한 세액공제액을 산출함에 있어 4년간의 연구․인력개발비 연평균 발생액을 48개월로 환산하여 재계산후 과세한 처분의 당부

② 이 건 가산세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 (2010.1.1. 법률 제9924호로 일부개정되기 전의 것) 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

② 제1항제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법시행령(2009.12.30. 대통령령 제21914호로 일부개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. ｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)｝

⑥ 제4항의 산식을 적용함에 있어서 월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하고, 과세연도종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니한다.

(3) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 일부개정된 것) 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

⑥ 제4항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다. (5) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인의 사업연도별 연구 및 인력개발비 발생내역(쟁점연구인력개발비 포함)은 아래 <표1>과 같다. <표1> (나) 청구법인이 당초 신고한 4년간 연평균 발생액 계산 내역과 처분청의 경정 계산 내역을 비교하면 아래 <표2>와 같다. <표2> (다) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9924호로 일부개정되기 전의 것) 제10조 제2항에서 연평균 발생액의 구분 및 계산을 대통령령에 위임하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2009.12.30. 대통령령 제21914호로 일부개정되기 전의 것) 제9조 제4항에서 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 보도록 규정하고 있으므로 쟁점연구인력개발비와 관련하여 연평균 발생액을 계산함에 있어 단순4분(단순하게 4로 나눔)하여 계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점연구인력개발비에 대한 세액공제액을 산출함에 있어 4년간의 연구․인력개발비 연평균 발생액을 48개월로 환산하여 재계산후 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 애매모호한 법령의 해석상 등의 이유로 이 건 가산세 처분이 부당하다고 주장하나, 위 쟁점①에서 살펴본 것처럼 관련 법령이 명확하고, 또한 국세기본법 제48조 에 의하면 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 청구주장은 위의 규정에 해당한다고 볼 수 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.