쟁점위탁용역비용 중 법원의 조정결정에 의하여 지급의무가 면제된 금액을 제외한 것에 대하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하는 것이 타당함
쟁점위탁용역비용 중 법원의 조정결정에 의하여 지급의무가 면제된 금액을 제외한 것에 대하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하는 것이 타당함
OOO세무서장이 2013.1.17. 청구법인에게 한 2008․2009사업연도 법인세 OOO의 환급 경정청구에 대한 거부처분은 2008․2009사업연도에 발생한 통합정보시스템(ERP) 구축비용 OOO에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 의약품 제조업체로 2008․2009사업연도에 지출한 통합정보시스템(ERP) 개발과 관련한 쟁점위탁용역비용에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받지 아니하였고 또한 OOO와의 위탁용역은 정상적으로 수행되지 않아 2010.3.16. 용역대금 반납 및 손해배상 소송을 제기하였으나 2012.11.21. 청구법인이 패소하여 지급의무가 확정되었다. 청구법인은조세특례제한법제10조 제1항 같은 법 시행령 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)에서 규정하는 제조업을 영위하는 법인으로 통합정보시스템(ERP) 구축을 위해 2008․2009사업연도에 OOO에 지출한 OOO에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받지 아니하였고, OOO은 기술개발촉진법 시행령제15조에 따라 기업부설연구소로 인가받은 기술연구소를 보유하고 있다.
(2) 처분청이 경정청구를 거부한 사유로 제시한 조세특례제한법 시행령[별표6] 연구인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항)과 관련된 규정은 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것으로 동 개정내용의 적용은 2010.1.1.이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로, 2008․2009사업연도에 지출한 통합정보시스템(ERP) 구축을 위한 쟁점위탁용역비용은 개정전 조세특례제한법 시행령[별표6]에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(2) 통합정보시스템(ERP) 구축비용과 관련하여 국세청 예규(법규과-37, 2012.1.11.) 및 국세법령해석 공보(공보1209-26, 2012.9.30.)에 의하면, 금융보험업 외의 업종을 영위하는 법인은 신제품 또는 신기술 개발 목적으로 통합정보시스템(ERP)을 구축한 것으로 볼 수 없어 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.
(1) 청구법인이 2008.2.13. OOO와 통합정보시스템(ERP)구축 도급계약을 체결하여, 청구법인의 본사와 OOO공장에 OOO 서버 등 통합정보시스템(ERP)관련 장비를 납품하고 통합정보시스템(ERP)을 구축하는 과정에서 하자 등을 사유로 청구법인이 OOO를 상대로 용역대금 반납 및 손해배상 소송을 제기하였으나, OOO 제36민사부에서 패소하여 용역대금 지급이 확정되었음이 판결서(2012.11.21. 선고, 2010가합35966)에 나타나며, 청구법인은 1심에서 패소한 후, OOO에 항소(OOO 2012나104948, 2014.3.15. 본소, 2012나104955, 반소)하여 원고․피고 공히 법원조정에 승낙하였는바, 그 조정조서에 기재된 조정조항을 보면, “1. 원고(반소피고)는 본소청구를, 피고(반소원고)는 반소청구를 각 포기한다. 2. 소송총비용 및 조정비용은 각자 부담한다”고 기재되어 있으며, 청구취지의 본소 부분에서 피고(반소원고)는 원고(반소피고)에게 OOO에 대해 소장부본 송달일까지 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라는 내용이 기재되어 있다.
(2) 처분청의 경정청구 검토서에 의하면 2008사업연도 법인세는 청구일(2012.12.20.)현재 법정신고기한으로부터 3년이 경과하였으나, 당초 신고에 미반영하였던 위탁용역비용에 대한 소송 판결(2012.11.21.)에 따라 지급의무가 확정되었으므로국세기본법제45조의2 제2항 제1호에 규정한 후발적 사유에 의하여 적법하게 청구한 것으로 판단하였다.
(3) 청구법인은 당초 통합정보시스템(ERP) 구축과 관련하여 대금지급내역과 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 내용을 아래 <표1>, <표2>와 같이 제출하였다. <표1> 쟁점위탁용역비용 내역 OOO
(4) OOO의 조정조서(2012나104948, 2014.3.15. 본소, 2012나104955, 반소)에 의하면, 원고․피고 모두 법원조정에 승낙하였는바, 그 조정조서에 기재된 조정조항을 보면, “1. 원고(반소피고)는 본소청구를, 피고(반소원고)는 반소청구를 각 포기한다. 2. 소송총비용 및 조정비용은 각자 부담한다”고 기재되어 있고, 원고(반소피고)에게 OOO에 대해 소장부본 송달일까지 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라는 내용이 기재되어 있다.
(5) 위 조정내역에 의해 청구법인의 쟁점위탁용역비용 OOO을 기준으로 청구법인의 통합정보시스템(ERP) 구축과 관련하여 대금지급내역과 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 산정하면 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점위탁용역비용 및 세액공제 내역 OOO
(6) 처분청은 청구법인의 경정청구에 대한 검토서에서조세특례제한법제10조 및 같은 법 시행령 [별표6]에서 세액공제가 가능한 비용을 열거하고 있는데, 구 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)에는 통합정보시스템(ERP) 구축과 관련한 비용에 대하여 세액공제를 적용한다는 명시적인 규정이 없고, 위탁연구인력개발비의 일종으로 본다는 일부 해석사례만 존재하였으나, 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것)에서 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다.”라고 명문화하면서, 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 개정하였다. 한편, 국세청 예규(법규과-37, 2012.1.11., 법인세과-1008, 2009.9.17.)에 의하면, 처분청은 금융보험업 외의 업종을 영위하는 법인은 신제품 또는 신기술 개발목적으로 통합정보시스템(ERP)을 개발한 것으로 볼 수 없다고 해석하고 있으므로 청구법인의 통합정보시스템(ERP) 구축을 위해 지출한 비용은 인구 및 인력개발비 세액공제 적용대상이 아니라는 입장이다.
(7) 청구법인은조세특례제한법제10조 제1항 같은 법 시행령 제9조에서 규정하는 연구 및 인력개발비세액공제 대상 업종을 영위하는 제조업체로서 쟁점위탁용역비용은 세액공제 대상에 해당되고, OOO 및 OOO은 기술개발촉진법 시행령제15조에 따라 기업부설연구소로 인가받은 기술연구소를 보유하고 있으므로 환급 경정청구는 정당하다고 주장한다.
(8) 위의 사실관계 및 관련볍령 등을 종합하여 살피건대, 통합정보시스템(ERP)을 구축한 OOO 및 OOO이 조세특례제한법 시행규칙제7조에서 규정하는 연구개발전담부서인 기술연구소를 보유하고 있는 점, 쟁점위탁용역비용이 조세특례제한법 시행령[별표6](2010.2.18. 개정된 것)의 개정전인 2008․2009사업연도에 지출된 점, 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용을 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외한 조세특례제한법 시행령[별표6]이 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용되는 점 등에 비추어 쟁점위탁용역비용은 구조세특례제한법제10조의 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 있다 할 것이다. 다만, 당초 ERP시스템 구축을 위한 위탁용역비용으로서 2008․2009사업연도에 OOO와 OOO에 지급하기로 한 비용은 OOO이었으나, 청구법인이 1심에서 패소 후, OOO에 항소(OOO 2012나104948, 2014.3.15. 본소, 2012나104955, 반소)하여 원고․피고 모두 법원조정에 승낙하였는바, OOO가 포기한 부분 OOO을 제외한 나머지 금액 OOO에 대 하여 위 규정에 의한 세액공제를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
(2) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25 (3) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구 개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.
② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 "대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비"라 함은 별표 6 제1호 나목 및 제2호 가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발·교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다.
1. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학
3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 [별표 6] <개정 2009.11.20.> 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제8조 제1항 관련) 구분 비용
① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 (4) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) [별표 6] <개정 2010.2.18.> 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제8조 제1항 관련) 구분 비용
① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학
(5) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 부칙 <법률 제9921호, 2010.1.1.> 제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제37조, 제38조, 제38조의2제2항 각 호 외의 부분(" 법인세법 제46조제2항 "의 개정부분만 해당한다), 제46조제4항, 제47조의3("2012년 12월 31일"의 개정부분은 제외한다) 및 제117조제1항제14호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제111조, 제111조의2, 제113조 및 제140조의 개정규정 중 교통·에너지·환경세의 폐지와 관련된 부분은 법률 제9346호 교통·에너지·환경세법 폐지법률의 시행일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (6) 조세특례제한법 시행규칙(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.
1. 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서
결정 내용은 붙임과 같습니다.