[요지] 청구법인이 분양 해지된 아파트를 다른 아파트들과는 달리 특수관계자에게 잔금을 선납하도록 하면서 할인분양한 것은 부당행위계산부인규정의 적용대상이라고 보기 어렵고, 시공사에게 추가로 지급한 금액은 공사도급금액의 증액에 따라 지급한 공사원가로 보이므로 관련 매입세액을 공통매입세액으로 보기 어려움
[요지] 청구법인이 분양 해지된 아파트를 다른 아파트들과는 달리 특수관계자에게 잔금을 선납하도록 하면서 할인분양한 것은 부당행위계산부인규정의 적용대상이라고 보기 어렵고, 시공사에게 추가로 지급한 금액은 공사도급금액의 증액에 따라 지급한 공사원가로 보이므로 관련 매입세액을 공통매입세액으로 보기 어려움
[주 문] OOO세무서장이 2012.10.17. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세OOO및 2010년 제2기 부가가치세 OOO부과처분은법인소득금액 계산시 OOO익금불산입하고, 2010.11.22.OOO건설 주식회사가 발급한 세금계산서(공급가액 OOO의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을각 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점아파트에 대한 할인분양한 이유는 다른 미분양 아파트의 경우 잔금의 60%를 계약일로부터 2년 후에 납입하도록 하여 잔금유예액에 대해 당좌대출이자율을 적용한 2년의 이자상당액이 OOO억원을 상회하였기에할인가액을 OOO억원으로 결정한 것이며, 실지로 쟁점아파트의선납액을 동일하게 당좌대출이자율을 적용하여 비교하여 보면A동 1003호의경우 이자상당액이 OOO백만원이고, B동 2904호의 경우 OOO백만원이므로 OOO억원의 할인분양액은 일반적인 미분양아파트의 선납할인액 등을감안하면 사회통념상 타당한 가액이라 할 것이므로 쟁점아파트를 특수관계자에게 저가분양한 것으로 보아부당행위계산 부인규정을 적용한 것은 부당하다. (2)처분청은 쟁점②금액을 과·면세사업의 공통매입인 분양대행비용으로 보았으나, 동 금액은 2005.8.1. OOO건설과 작성한 공사도급약정서에 따라 도급공사비 증액분으로 지급하였으므로 건축비에 해당하며, 아파트 분양대행과 관련하여서는 모델하우스 임차·건립·운영비로 OOO백만원, 광고홍보비로 OOO백만원, 분양수수료로 총분양금액의 1.5%인 OOO백만원을 별도로 지급하였는바, 쟁점②금액을 공사원가가아닌 분양대행경비에 해당되는 것으로 보아 관련 매입세액을 공통매입세액에 대한 안분계산을 하여 불공제한 처분은 부당하다.
(2) OOO건설은 아파트공사와 관련하여 시공뿐만 아니라 분양대행까지 하였던 건설사로서 건축비는 15회에 걸쳐 기성청구를 하여2010.9.30. 건축공사비를 전액 회수하였으므로, 쟁점②금액은건축공사가완료된 후 정산시점에서 공사비를 정산한 것이 아니고평당분양가액이 OOO천만원 이상이 되어 그에 따른 인센티브를지급한 것이므로 공사원가가아닌 분양대행경비에 해당되어 관련 매입세액에 대하여 아파트 및 상가분양에 따른 공통매입세액으로안분계산한 것은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점아파트를 특수관계자에게 저가로 분양한 것으로보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 처분의 당부
② 쟁점②금액을 과·면세사업의 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 과세한처분의 당부
(1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수 관계인” 이라한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라한다)에 관계없이 그 법인의 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수 관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ 이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”로 한다)을 기준으로 한다.
(2) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 이외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격인 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가 법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액).다만, 주식 등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및조세특례제한법제101조를 준용 하여 평가한 금액
(3) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제17조(납부세액) ② 다음 각항은 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지관련 매입세액
(4) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제61조(매입세액의 안분계산) ①사업자가과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통 매입세액”이라한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×면세공급가액/총공급가액
(1) 쟁점①과 관련한 쟁점아파트의 매매계약 및 대금수령 내역은 <표1>·<표2>와 같고,청구법인이 2007년 아파트 분양공고를 한 후미분양아파트 12채에대해 분양가의 60%상당액을 최소 2년～2년 6개월간 잔금을 유예한현황과 잔금유예금액을 당좌대출이자율(년 8.5%)과 유예기간으로 환산한 할인효과의 제시내역은 <표3>과 같다. 또한,청구법인이 쟁점아파트의 분양가격결정은 다른 미분양아파트의2년 잔금유예를 반영하였을 때 그 이자상당액이 OOO억원을 상회하기때문에 그 가격을 참고하여 분양가액을 결정하였다고 주장하면서 선납금액에 대한 이자상당액을 <표4>와 같이 제출하였다.
(2) 쟁점②와 관련한 사실관계는 아래와 같다. (가) 처분청은 쟁점②금액을 2010년 제2기 부가가치세 과세기간의 공통매입세액에 해당한 것으로 보아 안분계산한 매입세액 OOO천원을 불공제한것으로 나타난다. (나) 청구법인과 OOO건설은 2005.8.1. OOO신축·분양사업’과 관련하여 체결한 공사도급약정서의 제6조(하한책임분양가)를 보면,청구법인과 OOO건설은 상호합의하여 결정하는 것을 원칙으로 하되어떠한 경우든 평당 평균분양가는 OOO천원(부가가치세 포함)이상으로하고, 평당 평균분양가 이상 분양시 증액된 분양수입금액의 40%에 해당하는 금액은 도급공사비를 증액하는 방법으로 OOO건설에 지급하도록 되어 있다. (다)2010.11.22. 청구법인과 OOO건설이 작성한 ‘사업 정산 합의서’의제2조(공사도급금액의 확정)에서 청구법인과 OOO건설은 ‘도급약정서’ 및 ‘기존합의서’에 의거 본 사업의 최종도급금액을OOO부가가치세 별도)으로, 제3조(공사도급금액의정산)에서 본 합의서 체결일 현재 본 사업과 관련하여 청구법인이OOO건설에게 미지급한 공사도급금액이OOO부가가치세 별도)으로 되어 있고, ‘공사도급액정산내역서’를 보면 건축공사비 OOO백만원(부가가치세 별도, 연면적기준 평당 OOO백만원)과 부대공사비 OOO백만원 합계OOO백만원을, 분양대행경비로 모델하우스 부지임차 및 건립비OOO백만원, 모델하우스 운영비 OOO백만원, 광고홍보비 OOO백만원,분양수수료 OOO백만원, 합계 OOO백만원, 그리고 쟁점②금액으로 나타난다. (라)청구법인이 OOO건설에게 쟁점②금액을 지급하기 위하여 작성한지출결의서에는 ‘도급금액 증액정산에 따른 지급의 건’으로,세금계산서의 ‘품목’란에는 OOO지구 준공금’으로 표기되어 있다. (마) 청구법인과 OOO건설이 주고받은 문서를 보면, 공사도급 약정서보다 분양가를 높게 책정하려면 주민편의시설을 대폭 늘려야 하므로 상가 일부를 주민편의시설로 확충하고 그에 대한 공사비는 인센티브 정산시 정산할 것이라고 되어 있다. (3)법인세법 제52조 제1항에서 내국법인의 행위 또는 소득금액의계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있도록 규정하고 있고, 제2항에서 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로하도록 규정하고 있으며, 또한, 부가가치세법 제17조 제2항 제6호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며, 같은 법 시행령 제61조에서 사업자가과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 특수관계자에게 자산을 시가보다저가로 양도하거나 법인의 이익을 분여한 사실이 있어야 하는 바, 청구법인이 분양계약이 해지된 쟁점아파트 2채와 미분양아파트 12채를 추가분양하면서 미분양아파트의 경우 분양가의 60%에 상당한 잔금을 계약일로부터 2년～2년 6개월 후에 납입하도록 하여 이에 따른 잔금유예 이자상당액(당좌대월이자율 적용)이 OOO원에 달하고, 쟁점아파트의 경우 당초 분양금액에서 OOO억원을 할인해주는 대신 잔금(분양가의 60%상당액)을 선입금하도록 한 결과 그 이자상당액(당좌대월이자율 적용)이 OOO원과 OOO으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 분양해지된 쟁점아파트를 특수관계에 있는 자에게할인분양하면서 다른 미분양아파트와 달리 잔금을선납하도록 한 것이이들에게 시가보다 저가로 분양하였다거나 이익을분여하였다고 하기보다는 사회통념상 합리적인 가액으로 분양하였다고보이므로, 청구법인이 쟁점아파트를 특수관계자에게 시가보다 저가로 분양한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.
(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 2005.8.1. OOO건설과 작성한 공사도급약정서에 건축공사비를 사업 승인된 건축면적당 OOO천원으로 하고, 평당 평균 분양가를 OOO 이상 분양시 증액된 분양수입금액의 40%를 도급공사비를 증액하는 방법으로 쟁점②금액을 지급하기로 하면서 분양금액 상향조정시 마감수준 조정에 따른 추가공사비를 쌍용건설의 부담으로 하였으며, 쟁점아파트 공사의 마감수준을 설계도서, 실시설계도서 및 모델하우스에 설치된 것으로 한다고 약정하여 OOO건설의 추가공사비에 대응하여 청구법인이 쟁점②금액을 지급한 것으로 보이는 점, 쟁점②금액은 쟁점아파트에 대한 평당 분양가액이 확정되지 아니하여 잠정적으로 평당 공사비를 산정하여 도급계약을 체결한 후 단지 분양가액이 상승함에 따라 추가로 공사비를 지급받은 것일 뿐 쟁점아파트의 분양률 수준과는 무관하여 사업성공에 따른 초과수익 또는 분양대행용역대가로 보기 어려운 점, 청구법인이 작성한 지출결의서및 세금계산서상에 ‘도급금액 증액정산에 따른 지급의 건’과OOO준공금’으로 각각 표기되어 있는 점, 일반기업회계기준에서 건설회사의 공사수익에 최초에 합의된 계약금액과 건설공사내용의 변경이나 보상금 또는 장려금의 지급에 따라 추가될 수익으로 정하고 있는 점, 청구법인이 쟁점아파트분양대행과 관련하여 지급한 분양수수료가 총분양금액의 1.5%인 OOO백만원인바, 동 금액의 168.6%인 쟁점②금액(OOO백만원)을 분양대행수수료로 추가 지급하였다고 보기 어려운 점, 일반적으로 분양실적이 저조한 경우에 분양대행수수료를 추가로 지급하면서 미분양 물량을 줄이려고 하지만 이 건의 경우에는 분양이 원활하게 잘 이루어져 추가적으로 분양대행수수료를 지급할 만한 요인이 없는 것으로 보이는 점, 이 건과 유사한 도시환경정비사업에있어 통상 기준분양가에 미달 또는 높은 가액으로 분양되는 경우 도급금액을 변경하도록 하고 이를 공사원가에 반영하는 점 등에 비추어 청구법인이 시공사인OOO건설에게 지급한 쟁점②금액은 비록 ‘공사도급액정산내역서’상에 분양대행경비로 기재되어 있으나 그 실질은 OOO건설이 분양대행용역을 제공한 대가라기보다는 공사도급금액의 증액에 따라 지급한 공사원가로 보는 점에 비추어쟁점②금액을분양대행용역의 제공대가로서 관련 매입세액이 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 안분계산하여 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.