쟁점금액은 토지에 대한 자본적 지출로서 매입세액 불공제 대상임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2009년 제1기～2010년 제1기 부가가치세 신고시 주식 회사 OOO(이하 “양도법인”이라 한다)로부터 경기도 OOO OO O OOO OOO-O외 7필지(총면적 312,644㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 있는 골프장(이하 “쟁점골프장”이라 한다)을 인수하는 과정에서 수취한 합계 OOO원(공급가액 OOO원)의 세금계산서 3매(공급가액 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원)를 토지에 대한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제 대상으로 하여 신고하였다.
• 나. 이후 청구법인은 위 세금계산서를 사업권의 양수에 따른 것으로 보고 2011.10.31. 처분청에 세금계산서 상의 매입세액을 공제하여 달라는 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 2011.12.23. 양도법인으로부터 수취한 세금계산서의 공급가액 중 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 토지에 대한 자본적 지출로서 매입세액 불공제대상에 해당하고, 나머지 OOO원(2009년 제2기 OOO원과 2010년 제1기 OOO원)을 사업권의 양수에 따른 것으로 보아 매입세액 공제를 인정하여 해당 부가가치세를 환급결정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.21. 심판청구(조심 2012중1575)를 제기하였고 2012.10.16. 우리 원은 처분청의 청구법인에 대한2011.12.23. 경정청구 거부처분은 청구법인이 골프장 사업과 함께 양수한 양도법인 명의의 용역계약 및 외주공사비 지출액에 대한 구체적인 용역계약내용과 수행결과, 지출내역 등을 토대로 토지조성을 위한 지출과의 관련 여부를 재조사한 결과에 따라서 그 세액을 경정하도록 결정하였다.
• 라. 처분청은 이에 따라 재조사를 실시하였고 그 결과, 쟁점금액 중 OOO,OOO,OOO원을 매입세액공제 대상으로 인정하여 2012.12.24. 청구법인에게 OOO원을 환급하는 내용의 세무조사 결과를 통지하였고, 2013.1.8. 해당 부가가치세액을 환급하였으나 환급 시점에 청구법인의 체납이 존재하여 전액 충당되었다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 골프장사업을 추진하기 위해 충분한 인적구성을 갖추고 있지 않았고 새로 골프장사업을 추진하기 위해서는 상당기간이 소요될 것이며, 이를 위해 상당한 비용이 필요할 수 있으므로 양도법인이 진행하여 온 쟁점골프장의 사업권을 양수하는 편이 유리하다는 판단을 하였고 2009.4.2. 양도법인과 사업권 양수도 계약을 체결하였다. 계약 당시 양도법인은 해당 사업부지에서 2006년부터 3년간 대중골프장 사업인허가 작업을 진행하여 왔고 2008년 3월 해당 사업부지에 대한 도시계획결정(체육시설 및 도로)을 받고 최종 인허가를 위해 환경영향평가용역 등 상당한 용역을 진행하고 있었으므로 골프장 사업을 최종적으로 마무리하기 위해 청구법인은 양도법인의 절대적인 도움이 필요하였으며, 이에 따라 양도법인이 3년간 지출한 사업비와 동 사업이 완료될 때까지 컨설팅 용역을 제공받는 데 대한 대가로 사업권 대가를 지급하였다. 2009년 4월 양수․도 당시 양도법인은 인허가를 위해 3년 동안 상당한 작업을 진행하여 유무형의 비용을 소요하였고, 청구법인은 인적, 물적 구성이 제대로 갖추어져 있지 않아 양도법인으로부터 업무조력을 받을 수밖에 없는 상황이었으며, 이에 따라 계약시 최종 사업인허가 여부에 따라 대가를 나누어 지급하는 계약을 하였다. 대법원 판례(대법원 2009두20649, 2010.3.10.)는 6년간 많은 비용과 노력을 들여 사업을 진행해왔으며, 관계 행정기관으로부터도 사업을 지원하겠다는 약속을 받는 등 사업이 상당한 정도로 진척되었으므로 사업권을 양수함에는 그에 사용하는 충분한 대가를 지급함이 상당하다는 점, 그 설립경위 및 구성원에 비추어 사업을 계속 진행하기 위해 지출된 금액으로 볼 수 있다고 판시하고 있으며, 이에 따를 경우 청구법인이 양도법인에게 지급한 사업권 대가는 그 대가지급관계, 실체여부, 용역제공여부에 비추어 볼 때, 사업권 대가로 볼 수 있으며 이에 따른 매입세액은 공제가능하다. 청구법인은 2009년 4월 이OOO으로부터 사업부지 토지를 매입하였고 이와 별도로 동 사업부지에서 골프장 사업을 추진중이던 양도 법인 으로부터 사업권을 매입하였다. 심사결정례(심사부가 2009-216, 2010.3.30.)는 당해 토지의 소유자가 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액으로 볼 수 없다고 판시하고 있으므로 토지소유주가 아닌 양도법인에게 사업권 대가로 지급한 금액을 토지관련 매입세액으로 볼 수 없다. “골프장 사업권 양도 약정서” 제1조를 보면, 양도대상 사업권을 ‘해당사업부지에 추진하는 대중골프장사업에 관한 일체의 권리’로 정의하고 있어 동 사업권 대가가 향후 발생할 골프장 매출에 대한 매입임을 확인할 수 있다. 계약의 진행에 있어서도 변호사를 통해 계약이 진행되었고 그 대가의 지급 또한 법인간의 대금수수로 사업권의 실체가 없다고 볼 수 있는 부분이 존재하지 않는다. 심판결정례(국심 2006구3845, 2007.7.13.)에서는 양도법인이 22개월간 추진해 온 아파트 분양사업 시행에 관한 권리를 OOO원에 평가하여 지급하기로 하였는바, 이러한 사업권은 영업권으로서 사업용 자산과 별개인 아파트 분양사업의 인허가 등 법률상의 지위나 사업입지요건이 유리한 점을 인정하여 사업권 대가를 지급한 것으로 사업관련 지출로 인정된다고 판시하고 있으므로 청구법인이 그 대가를 산정하여 지급한 동 사업권 또한 사업관련 지출로 볼 수 있다. 계약 당시, 환경영향평가에 대해 관계행정기관으로부터도 지원하겠다는 약속을 받는 등 사업이 상당한 정도로 진척되어 사업권을 양수함에는 그에 사용하는 충분한 대가를 지급함이 상당한 것으로 보이는 점, 최종 사업인허가를 위해 청구법인이 별도로 진행한 인허가 용역이 없다는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 지급한 사업권 대가는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요된 비용으로 볼 수 없으므로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이라고 할 수 없다. 위와 같은 내용에도 불구하고 처분청은 양도법인과 기존 토지소유주였던 이OOO과의 특수관계로 인해 청구법인이 양수받은 사업권을 토지의 일부로 보아 양도법인의 지출내역 중 토지와 관련없는 지출에 해당하는 금액에 한하여만 사업권 대가로 인정하였으나 이는 타당하지 않다. 처분청은 청구법인이 양도법인으로부터 양수한 사업권을 토지 취득에 따른 자본적 지출로 보고 있으나, 이는 청구법인과 무관한 양도법인의 비용을 기준으로, 세금계산서를 교부한 과세거래를 거래 전 단계에 발생한 매입거래에 의해 판단한 것이다. 비록 양도법인이 사업추진과정에서 사용한 비용이 통상 토지 취득에 소요되는 비용이라 할지라고 동 금액에 따른 매입세액은 이미 양도법인의 부가가치세 신고과정에서 면세 매입으로 매입세액불공제 되었을 것이며, 이러한 면세매입이 양도법인과 청구법인간에 사업권 거래를 통해 과세거래로 전환되었음에도 이를 부인하고 다시 이를 면세 매입으로 보게 될 경우 동일한 사항을 이중으로 불공제하는 결과를 초래하게 된다. 처분청은 청구법인이 양수한 사업권 거래를 토지매입의 일부로 보고 있으나, 사업권 거래가 토지매입의 일부일 경우 청구법인은 애시당초 부가가치세를 지급할 필요가 없었을 것이고, 양도법인 또한 납부할 필요가 없었을 것이다. 양도법인과 이OOO을 동일한 실체로 보아 양도법인의 지출에 따라 판단하더라도 이OOO의 토지취득시점(2007.2.15.) 이전에 양도법인이 골프장 건설과 관련하여 지출한 계약과 금액은 토지 취득 전 지출에 해당하므로 사업권대가로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세심판원은 재조사 결정에서 경정청구 결정 당시 매입세액불공제된 비용 OOO원의 토지조성 관련 비용여부에 대한 확인을 주문하였고, 해당 결정문에 관한 내용에 대해 재조사가 이루어진바, 양도법인의 쟁점사업권에 대한 투입비용(양도법인으로부터 양수받은 용역계약 12건, 외주공사비 6건)에 대한 재조사 결과에 따르면 처분청은 구축물 관련 비용으로 확인된 (주)OOO의 OOO 설계용역 OOO원, (주)OOO의 부지외 진입도로 확장관련 용역 OOO원, OOO의 수목이식 비용 OOO원 중 양도법인이 회수한 OOO원을 사업권 대상에 포함하여, 합계 OOO원을 토지조성과 관련된 비용이 아니라는 판단을 하고 매입세액공제를 인정하였다. 처분청은 심판결정문에 따라 쟁점용역의 토지조성을 위한 지출과의 관련여부를 검토하여 경정하였으나 청구인은 당초 재조사결정의 취지와 다르게 당초 경정청구 금액 전체의 사업성을 주장하고 청구세액의 전액 환급을 주장하고 있다. 본 재조사는 심판결정의 주문에 한정된 조사로 청구인의 영업권 대가를 근거로 한 전액환급 주장은 재조사 범위를 벗어난 것으로 판단되는 바 본 조사결과에 대한 불복으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점금액이 토지에 대한 자본적 지출이 아닌 사업권의 양수대가로서 매입세액 공제 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 쟁점세금계산서의 내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 쟁점세금계산서 내역 (OO: O)

(2) 청구인의 경정청구에 대한 처분청의 2011.12.23. 거부처분에 대해 재조사를 결정한 심판청구(조심 2012중1575, 2012.10.16.)의 결정문에는 주문이 OOO세무서장이 2011.12.23. 청구법인에게 한 경정거부처분(2009년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2009년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급청구)은 청구법인이 골프장 사업권과 함께 양수한 주식회사 OOO 명의의 용역계약(12건, 공급가액 OOO원) 및 외주공사비 지출액 등(6건, 공급가액 OOO원)에 대한 구체적인 용역계약내용과 수행결과, 지출내역 등을 토대로 토지조성을 위한 지출과의 관련 여부를 재조사한 결과에 따라서 그 세액을 경정한다.”고 나타나고, 사실관계 및 판단 부분은 다음과 같이 나타난다. (가) 처분청의 경정청구 검토보고서, 토지등기부등본 등 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 확인된다.

① 이OOO은 2006년부터 쟁점골프장을 조성할 목적으로 2007.11.6. 쟁점토지를 OOO원에 취득하고, 양도법인(이OOO이 100% 지분권자임)에게 골프장 건설에 따른 인․허가업무 를 비롯한 부지조성공사를 의뢰하여 쟁점골프장 건설을 시작하였다.

② 도시계획시설 결정고시 이후 환경영향평가 등을 남겨놓은 상태에서 자금사정이 어려워지자, 양도법인은 2009.4.2. “골프장 사업권 양도약정서”에 따라 쟁점골프장 건설과 관련된 일체의 권리(이하 “쟁점권리”라 한다)를 청구법인에게 OOO원(공급대가)에 양도하였고, 이OOO은 2009.4.2. 쟁점토지를 청구법인에게 OOO원에 양도하였다. 한편, 쟁점토지는 국토의계획및이용에관한법률상 토지거래허가지역에 속한 토지였다가 2010.5.30. 토지거래허가지역이 해제되어 2011.6.23. 청구법인에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다(등기원인은 2011.6.22. 매매임).

③ 양 도법인 및 이OOO에 대한 OOO지방국세청장의 조사 (2011.4.12.～2011.6.30.)내용에 근거한 양도법인의 쟁점골프장 공사내역 및 매입세액 공제․불공제 대상은 다음과 같은데, 처분청은 청구법인이 수취한 매입세금계산서의 공급가액 OOO원 중 OOO원은 쟁점골프장 인․허가를 받기 위한 것으로 토지에 대한 자본적 지 출에 해당되므로 매입세액 불공제대상이고, 나머지 OOO원만이 사업권의 양수에 따른 것으로서 매입세액 공제대상이라는 의견이다. O O 또한, 쟁점골프장 인․허가를 받기 위한 사업타당성분석, 그린벨트 관리계획 변경, 설계인가신청 등의 신청자는 쟁점토지의 소유자였던 이OOO 명의로 되어 있다. (나) 청구법인은 쟁점금액과 관련한 쟁점골프장 공사내역은 쟁점권리 양수시점(2009.4.2.)이전에 발생한 인․허가 관련 용역비 및 토지조성공사비 등으로 청구법인과 무관하고, 쟁점권리 양수이후 골프장 건설과 관련하여 발생한 일체의 비용은 청구법인이 부담하였다고 주장하면서 2010사업연도 재무제표, “골프장 사업권 양도약정서” 등을 제시하고 있는데, 계정별 원장 및 대차대조표에 의하면 쟁점권리 양수 이후 골프장 건설과 관련한 각종 용역비 및 공사비 등은 청구법인이 부 담한 것으로 계상되어 있고, 사업권 대가 상당액 OOO원을 포 함한 OOO원은 영업권으로, 2011사업연도 상각비는 OOO 원으로 각각 나타나며(2011.8.15. 영업개시), “골프장 사업권 양도약정서”를 보면 양도대상 사업권은 쟁점토지에 추진하는 대중골프장사업에 관한 일체의 권리를 의미하고(제1조), 양도법인은 인허가와 관련하여 현재 진행중인 실시계획인가업무를 완수하며(제4조), 기존에 체결된 10건의 용역은 양도법인의 부담으로 수행하고, 그 외의 추가용역비는 청구법인이 부담(제5조)하기로 약정한 것으로 되어있다. (다) 쟁점토지가 속한 지역이 2010.5.30. 토지거래허가지역에서 해제되었고 2011.6.23. 청구법인에게 소유권이전등기가 되었는바 양도법인이 쟁점권리 양도 이전에 골프장 건설을 위해 추진중이던 일련의 공사는 결과적으로 청구법인 소유의 토지의 가치 증가로 귀결되는 것이라 하더라도, 청구법인이 쟁점권리의 양도법인으로부터 양수받은 용역계약(12건) 및 외주공사비 지출액 등(6건)의 내역에는 진입도로확장공사, 클럽하우스 설계용역 등 구축물과 관련되는 비용 등으로 토지조성을 위한 지출과 관련이 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라 일부는 사업권의 양수대가와 관련한 것으로도 볼 수 있어 매입세액 공제대상에 해당한다 할 것인데도, 처분청이 이에 대한 구체적인 확인·조사 없이 양도법인으로부터 제출받은 세금계산서상의 내역만을 근거로 쟁점금액 전액을 토지에 대한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제대상으로 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.

(3) 처분청이 제출한 처분청의 심판청구 재조사 종결보고서(2012년 11월)에는 “양도법인의 쟁점골프장 사업권에 대한 투입비용”이 다음 <표2>와 같다고 나타나고, “쟁점골프장 사업권은 양도법인의 투입비용과 그 외 순수사업권으로 나뉘며 투입비용 중 구축물 관련 비용 OOO원 및 순수 사업권에 양도법인의 식재 회수분 OOO원을 추가하여 매입세액 공제한 후 제세 경정후 종결코자 한다.”고 나타난다. <표2> 양도법인의 쟁점골프장 사업권에 대한 투입비용 (OO: OO)

(4) 처분청이 제출한 쟁점골프장의 사업부지의 부동산 매매 약정서(2009.4.2.)에는 이OOO이 청구법인에게 쟁점골프장의 사업부지를 양도한 것으로 나타나고, 제1조에서 매매약정 대상 목적물이 쟁점골프장 사업부지로 나타나며, 매매대금은 OOO원으로 나타난다.

(5) 청구법인은 골프장 사업권 양도 약정서(2009.4.2.)를 제출하였는 바, 제1조【양도대상 사업권】에는 양도대상 사업권이 대중골프장사업에 관한 일체의 권리를 의미한다고 나타나고, 제2조【양도대금】은 OOO원(부가가치세 포함)으로 나타나며, 제3조【양도대금 지급시기】에는 잔금을 실시계획인가를 받은 때로부터 6개월 이내에 “을”은 “갑”에게 지급한다고 나타난다. “갑”은 양도법인의 대표이사와 연대보증인 이OOO으로, “을”은 청구법인으로 나타난다.

(6) 청구인이 제출한 사업수지표에는 수입내역, 연도별(2011년～2021년) 자금수지, 투자비 지출(2009년～2011년), 투자비의 재원, 금융비용 고려시 7개년도 자금수지(2009년～2015년)이 나타나고, 결론에서는 사업권대가로 지불할 수 있는 최대 금액은 OOO원으로 예상된다고 나타난다.

(7) 살피건대, 청구인은 우리 원의 재조사 결정에 따라 처분청이 재조사를 한 후에도 매입세액 불공제되어 환급되지 않은 비용이 토지에 대한 자본적 지출이 아니고 쟁점골프장의 사업권에 대한 대가이므로 매입세액공제를 인정하여 환급하여야 하고, 설사 환급되지 않은 비용을 토지에 대한 자본적 지출로 본다 하더라도, 토지소유자인 이OOO이 토지를 취득한 시점 이전에 양도법인이 지출한 비용을 토지조성원가로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 처분청의 심판청구 재조사 종결보고서에 의하면 처분청은 우리 원의 재조사 결정에 따라 쟁점금액 지출과 관련하여 청구법인이 골프장 사업과 함께 양수한 양도법인 명의의 용역계약 및 외주공사비 지출액에 대한 구체적인 내용과 그 수행결과, 지출내역 등을 토대로 토지조성을 위한 지출과의 관련 여부를 재조사한 결과에 따라 그 세액을 경정한 것이므로 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점금액 중 일부만을 매입세액공제 대상으로 인정하여 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.