청구법인의 경우 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 원천징수세액은 기납부세액 공제대상이 아님

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은한국환경공단법에 따라 환경오염방지 및 환경개선사업 등을 수행하기 위하여 구 환경관리공단과 구 환경자원재생공사가 통합하여 2009.2.6. 설립된 비영리 내국법인으로서 환경부 및 지방자치단체(이하 “환경부등”이라 한다)로부터 환경시설의 설치?관리?운영 등 환경보전 및 환경개선과 관련한 사업(이하 “정부업무대행사업”이라 한다)을 위탁받고, 환경부등으로부터 정부업무대행사업비를 배정받아 청구법인 명의의 예금계좌에 입금하여 사용한 후 사업연도 말이나 다음 사업연도 초에 정산하고 있다.
• 나. 청구법인은 2010년도에 환경부등으로 배정받은 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득 OOO원(이하 “쟁점이자소득”이라 하다)을 익금에 산입하고, 쟁점이자소득 중 원천징수된 세액 OOO원(이하 “쟁점원천징수세액”이라 한다)을 기납부세액으로 공제하며, 환경부등에 반납한 OOO원을 손금에 산입하는 것으로 2010사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.
• 다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질 귀속자는 환경부등인 것으로 보아 익금사입한 쟁점이자소득OOO을 익금불산입하고, 기납부세액으로 공제한 쟁점원천징수세액OOO을 공제부인하며, 손금산입한 반납액OOO을 손금불산입하는 것으로 하여 2012.12.3. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정?고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 판례 및 선결정례, 국세청의 유권해석에서도 국가 등으로부터 업무를 위탁받은 경우 법률상 유효하게 이루어진 수탁자의 거래관계는 수탁자에게 귀속되어야 하므로, 위탁자로부터 지급받은 금원을 금융기관에 예치하여 발생한 이자소득이나 그로 인한 법률관계 역시 수탁자인 예금명의자에게 귀속되는 것으로 판단하고 있음에도 이를 인정하지 아니하고 정부업무대행사업비에서 발생한 쟁점이자소득을 위탁자인 환경부등에 귀속되는 소득으로 봄은 부당하다. (2)금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률(이하 ‘금융실명법’이라 한다)에 따라 실명확인절차를 거쳐 예금계좌를 개설한 이상 그 예금계좌의 예금주는 그 명의자인 청구법인이라 할 것이므로 쟁점이자소득의 실질 소유자를 환경부등으로 봄은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 환경부등으로부터 지급받는 정부업무대행사업비에 대한 이자는 단지 청구법인 명의의 계좌에서 발생할 뿐, 이자를 사업연도말 정산하여 반납하거나, 대행사업 종료시 정산 반납하는 것이어서 실질적인 귀속자는 환경부등이라 할 수 있으므로 쟁점원천징수세액을 청구법인의 기납부세액으로 공제하지 아니함은 정당하다.

(2) 청구법인의 경우 이자소득금액에서 원천징수당한 세액을 차감한 금액인 세후이자소득을 반납하는 것이어서 청구법인의 소득에서 원천세상당액을 징수당한 사실도 없으면서도 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하는 것은 부당한 것이므로 쟁점원천징수세액을 청구법인의 기납부세액으로 공제하지 아니함은 정당하다.

• 가. 쟁 점 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득에 대한 원천징수세액을 청구법인의 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)법인세법제4조 제1항은 자산이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다고 규정하고 있고, 제2항은 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 환경부등으로부터 환경시설의 설치?관리?운영 등 환경보전 및 환경개선과 관련한 사업 등 정부업무대행사업을 위탁받고, 환경부등으로부터 정부업무대행사업비를 배정받아 청구법인 명의의 예금계좌에 입금하여 사용한 후 사업연도말이나 다음 사업연도초에 정산하고 있는 사실이 처분청의 답변서 등의 의하여 확인된다.

(3) 청구법인이 2010사업연도 법인세 과세표준신고시 익금에 산입한 이자수익, 기납부세액으로 공제한 원천납부세액, 손금에 산입한 이자비용 등은 다음의 <표>와 같은 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. OOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOOO O OO (OO OOO)

(4) 청구법인은 처분청이 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질귀속자를 환경부등인 것으로 보아 쟁점원천징수세액OOO을 청구법인의 기납부세액으로 공제하지 아니함은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 환경부등으로부터 환경시설의 설치?관리?운영 등 환경보전 및 환경개선과 관련한 정부업무대행사업 등을 위탁박아 그에 필요한 예산을 지원받아 사용하고 사업연도말 정산을 거쳐 남는 금액을 반납하거나 부족한 금액을 추가로 지원받고 있어 정부업무대행사업비의 사실상 소유자는 환경부등이라 할 수 있으므로 정부업무대행사업비에서 발생하는 쟁점이자소득 또한 실질귀속자는 청구법인이 아닌 환경부등이라 할 수 있다. (나) 예금에서 발생하는 이자소득에 대하여 반환특약 등에 따라 세전이자소득 상당전액을 실질소유자에게 반환하는 경우 명의상 소유자인 당해 법인의 법인세에서 공제받을 수 있는 것(국세청 서이46012-11295. 2003.7.9. 같은 뜻)이나, 이 건의 경우는 청구법인이 쟁점이자소득금액에서 원천징수당한 세액을 차감한 금액인 세후이자소득을 반납한 것이므로 청구법인의 이자소득에서 원천세상당액을 징수당한 사실이 없음에도 동 원천징수세액을 청구법인의 기납부세액으로 공제하는 것은 타당하지 아니하다. 따라서, 처분청이 기납부세액으로 공제한 쟁점원천징수세액을 공제부인하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.