조세심판원 심판청구 양도소득세

과세표준 신고시까지 특약을 체결하지 않고 확인서류를 제출하지 않았다면 위 규정에 따른 감면요건을 갖추지 못한 것임

사건번호 조심-2013-중-1303 선고일 2013.12.31

조세특례제한법제77조 등에 의하면 ‘양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류의 제출’이 만기보유채권에 대한 감면율 적용요건으로 규정되어 있어, 동 과세연도의 과세표준 신고시까지 특약을 체결하지 않고 확인서류를 제출하지 않았다면 감면요건을 갖추지 못한 것임

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1978.9.25. 매매 취득했던 OOO번지 임야 18,446㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 2010.5.11. OOO(이하 “사업시행자”라 한다)에게 수용되면서 쟁점토지에 대한 보상금 OOO원을 현금 OOO원과 채권 OOO원(이하 “쟁점보상채권”이라 한다)으로 수령하였고, 2010.7.29. 보상금 OOO원을 양도가액으로, 환산가액 OOO원을 취득가액으로 하여조세특례제한법제77조의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면규정에 따라 현금보상분에 대한 감면율 20%와 보상채권분에 대한 감면율 25%를 각각 적용하여 감면세액 OOO원을 산출세액에서 공제한 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다. 이후 청구인은 2012.8.30. 사업시행자와 쟁점보상채권을 채권 만기일(2013.5.31.)까지 보유하기로 특약을 체결하고 2012.9.4. 쟁점보상채권을 사업시행자를 예탁자로 하여 개설된 계좌를 통하여 OOO에 예탁한 뒤, 쟁점보상채권이 만기 3년 이상의 보상채권에 해당하므로 감면율 40%를 적용하여야 한다는 취지로 2012.10.22. 처분청에 경정청구를 하였다[감면세액 OOO원(이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 공제한 양도소득세 OOO원으로 당초 신고액보다 OOO원이 감액되고, 농어촌특별세는 OOO원으로 OOO원 증액됨].
  • 나. 처분청은 이에 대하여 청구인이 조세특례제한법제77조 제1항 및 같은 법 시행령 제72조 제8항에 따라 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 보상채권을 만기까지 보유하기로 사업시행자와 특약을 체결한 사실 및 해당 사업시행자를 예탁자로 하여 개설된 계좌를 통하여 OOO에 보상채권을 예탁한 사실이 확인되는 서류를 납세지 관할세무서장에게 제출하지 아니하였는 바, 쟁점보상채권을 3년 만기 보유채권의 감면요건에 부합하지 아니한 것으로 보아 2012.12.18. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.1.2. 이의신청을 거쳐 2013.3.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 처분청은 청구인이 쟁점토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한까지 쟁점보상채권을 만기까지 보유하기로 사업시행자와 특약을 체결한 사실이 없고 사업시행자를 예탁자로 하여 개설된 계좌를 통하여 OOO에 쟁점보상채권을 예탁한 사실도 없다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 청구인이 사업시행자로부터 받은 ‘실물채권의 등록채권 전환 안내문’에 의하면, 공탁용으로 실물발행한 용지보상채권이 증권사 입고를 통한 예탁이 제한됨에 따라 유통상 제약이 발생할 수 있어 채권 만기일(2013.5.10.)의 20일 전까지 실물채권을 등록발행 채권으로 전환하여 준다고 기재되어 있었기에 등록전환 신청 가능기한(2013.4.20.)이 곧 쟁점감면세액을 적용받을 수 있는 쟁점보상채권의 만기보유특약 체결 가능기한인 것으로 이해하게 되었다.

(3) 그리하여 청구인은 만기가 도래하기 전인 2012.8.30. 실물채권인 쟁점보상채권을 만기까지 보유하기로 사업시행자와 특약을 체결하게 되었고 2012.9.4. 사업시행자를 예탁자로 하여 개설된 계좌를 통하여 쟁점보상채권을 OOO에 예탁하게 되었는 바, 설사 청구인이 쟁점토지의 양도소득세 과세표준 신고기한까지 쟁점보상채권에 대하여 관련법령에서 규정한 감면요건을 충족하지 못하였다 하더라도, 세법에 대하여 무지한 일반인인 청구인이 쟁점보상채권에 대한 감면요건을 사전에 인지하기란 사실상 불가능에 가까운 점, 청구인이 국세기본법 제45조의2 에서 규정된 경정청구 가능기한 내에 쟁점보상채권에 대한 만기보유 특약을 체결하고 동 채권을 OOO에 예탁한 점 및 보상채권에 대한 만기보유 특약의 입법 취지 등의 사항이 쟁점감면세액을 적용함에 있어서 먼저 고려되어야 할 것이다.

(4) 따라서, 쟁점보상채권은 감면율 40%가 적용되는 3년 이상 만기보상채권의 감면요건을 실질적으로 충족하였다고 봄이 타당하므로 처분청이 청구인의 경정청구에 대하여 한 거부통지는 위의 사실관계를 고려하지 않은 것으로 부당하다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 쟁점보상채권이 관련법령에서 규정된 감면율 40%가 적용되는 3년 이상 만기보상채권의 감면요건을 실질적으로 충족하였으므로 처분청이 청구인의 경정청구에 대하여 한 거부통지는 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법제77조 제1항 및 같은 법 시행령 제72조 제8항에서는 공익사업용 수용토지에 대한 양도소득세의 감면을 신청함에 있어서 그 감면신청자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 보상채권을 만기까지 보유하기로 사업시행자와 특약을 체결한 사실 및 해당 사업시행자를 예탁자로 하여 개설된 계좌를 통하여 한국예탁결제원에 보상채권을 예탁한 사실이 확인되는 서류를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있는 바, 설사 청구인이 쟁점토지의 양도소득세 신고에 대한 경정청구 기한 내에 쟁점보상채권을 만기까지 보유하기로 사업시행자와 특약을 체결하고 사업시행자의 명의로 개설된 계좌를 통하여 OOO에 예탁하였다 하더라도, 청구인은 쟁점토지에 대한 양도소득세 과세표준 신고(예정신고 및 확정신고)기한까지 쟁점보상채권의 만기보유 특약체결 사실 및 예탁사실이 확인되는 서류를 처분청에게 제출한 사실이 있지 아니할 뿐만 아니라, 보상금 수령일(2010.5.10.)부터 2010년 귀속 양도소득세 확정신고기한(2011.5.31.)까지 쟁점보상채권에 대한 만기보유 특약을 체결한 사실이 없고 사업시행자를 예탁자로 하여 개설된 계좌를 통하여 OOO에 보상채권을 예탁한 사실이 없으므로 쟁점보상채권을 관련 법령에서 규정한 감면율 40%가 적용되는 3년 이상 만기보상채권의 감면요건에 부합한 것으로 볼 수 없다.

(2) 따라서 청구인의 2010년 귀속 양도소득세에 대하여 쟁점감면세액을 적용할 수 없는 바, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 통지는 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 확정신고기한 경과 후 쟁점보상채권 만기보유특약을 체결하고 예탁한 경우 만기보유특약 감면율(40%)적용이 가능한 지 여부
  • 나. 사실관계 및 판단 (1)조세특례제한법제77조 제1항에 의하면 공익사업용 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 에 대해서는 양도소득세의 20%(양도대금을 채권으로 받는 부분에 대해서는 25%로 하되, 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 40%)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정되어 있고 같은 법 시행령 제72조 제3항에 의하면 대통령령으로 정하는 방법이란 보상채권을 해당 사업시행자를 예탁자로 하여 개설된 계좌를 통하여 OOO에 만기까지 예탁하는 것을 말한다고 되어 있으며 같은 조 제8항에 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 처분청 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다. 1) 쟁점토지의 등기부등본 및 임야대장에 의하면, 쟁점토지는 19 78.9.25. 매매를 원인으로 청구인에게 등기이전되었다가 2008.7.31. 동 토지에 토지개발사업이 시행된 뒤 2010.5.26. OOO에게 수용된 것으로 나타난다.

2. 청구인은 2010.7.29. 보상금 OOO원을 양도가액으로 하여 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면규정에 따라 현금보상분에 대한 감면율 20%와 보상채권분에 대한 감면율 25%를 각각 적용하여 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하면서 세액감면신고에 대한 증빙서류로 수용확인원을 제출한 것으로 확인된다.

3. 청구인은 위 양도소득세 신고에 대하여 2012.10.22. 경정청구를 하였는 바, 현금보상분에 대하여 감면율 20%를 적용한 것은 당초 신고분과 차이가 없으나, 보상채권분에 대한 감면세액에 대하여는 당초 25%를 적용한 것과는 달리 3년 이상 만기보유채권 보상분에 대한 40% 감면율을 적용한 것으로 <표1>과 같이 나타난다. <표1> 청구인의 2010년 귀속 양도소득세 신고에 대한 경정청구 (OO: OO)

4. 청구인은 OOO로부터 받은 안내문에 채권 만기일 20일 전까지 채권의 등록전환을 신청하라고 되어 있어 등록전환 신청기한이 곧 쟁점보상채권의 특약체결 가능기한인 것으로 이해하였다고 주장하면서 동 안내문을 그 근거자료로 제시하였다.

5. 청구인은 쟁점보상채권에 대한 만기보유 특약을 이 건 양도소득세의 경정청구 기한 내에 실질적으로 체결하였다고 주장하였고, 이에 청구인이 사업시행자와 2012.8.30. 쟁점보상채권에 대한 만기보유 특약을 체결하면서 작성한 ‘보상채권 만기보유 특약사항’에 대한 약정서를 입증자료로 제출하였다.

6. 처분청은 쟁점보상채권에 대한 만기보유 특약 및 OOO으로의 예탁이 관련법령에서 규정한 기한(해당토지의 양도소득세 과세표준 신고기한)까지 이행된 사실이 없으므로 쟁점보상채 권에 대하여 3년 이상 만기보상채권의 감면율 40%를 적용할 수 없다고 주장하면서 사업시행자가 2012.9.6. 처분청에게 공문으로 통보한 쟁점보상채권의 만기보유 특약체결에 대한 보상명세서를 그 근거자료로 제출하였는 바, 이를 다음과 같이 살펴본다.

  • 가) OOO사장이 2012.9.6. 처분청에게 통보한 것으로 되어있고 제목이 ‘OOO(2)지구 보상채권 만기보유특약 보상명세서(김OOO)’인 공문(OOO 2012.9.6. 시행, 보상1팀-1745호)에는 OOO(2)택지개발사업과 관련하여 조세특례제한법 시행령제72조 제6항에 따라 붙임과 같이 보상채권 만기보유특약 체결자의 보상명세서를 통보한다고 기재되어 있고, 그 붙임문서인 ‘보상채권 만기보유 특약체결자의 보상명세서’에는 수용물건이 쟁점토지, 수용물건의 양도자가 청구인, 보상금액이 쟁점보상채권 OOO원, 현금 OOO원 합계 OOO원으로 나타나며, 쟁점보상채권에 대한 만기보유특약 체결일이 2012.8.30. 쟁점보상채권의 예탁일과 만기일이 각각 2012.9.4. 및 2013.5.31.로 아래 <표2>와 같이 표기되어 있다. <표2> 보상채권 만기보유 특약체결자의 보상명세서 (OO: O, O)
  • 나) 청구인의 주장과 같이 고령인 청구인이 쟁점보상채권에 대한 감면요건을 사전에 인지할 수 없었던 오해나 사정이 있었다 하더라도, 쟁점감면세액은 감면을 적용받고자 하는 자의 과세표준 신고기한내 특약의 체결 및 관련 서류의 제출만을 감면의 적용요건으로 하고 있을 뿐, 납세자 개인의 특수한 사정은 쟁점감면세액을 적용함에 있어서 고려될 사항이 아니다. 또한, 청구인이 보상금 수령일인 2010.5.10부터 양도소득세 과세표준 예정신고 및 확정신고기간까지 사업시행자와 쟁점보상채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결한 사실과 사업시행자를 예탁자로 하여 개설된 계좌를 통해 OOO에 쟁점보상채권을 예탁한 사실이 당초 없었음은 물론 관련서류 등도 제출한 사실이 없는 이 건의 경우, 청구인이 주장하는 만기보유약정(특약체결 및 예탁사실)은 과세표준 신고일이 아니라 그 이후인 2012.8.30.에 사업시행자와 체결되었고, 2012.9.4. 사업시행자 명의의 계좌를 통하여 동 채권이 OOO에 예탁된 것으로 확인되고 있으므로, 쟁점보상채권은 관련 법령에서 규정한 감면율 40%가 적용되는 3년 이상 만기보유채권 보상분의 감면요건에 부합하지 않는 것으로 보이는 바, 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

(3) 청구인은 사업시행자로부터 받은 ‘실물채권의 등록채권 전환 안내문’에 채권 만기일(2013.5.10.)의 20일 전까지 실물채권을 등록발행 채권으로 전환하여 준다고 기재되어 있었기에 등록전환 신청 가능기한(2013.4.20.)이 곧 쟁점감면세액을 적용받을 수 있는 쟁점보상채권의 만기보유특약 체결 가능기한인 것으로 이해하여 2012.8.30. 쟁점보상채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하게 되었고 2012.9.4. 쟁점보상채권을 OOO에 예탁하게 되었는 바, 설사 청구인이 쟁점토지의 양도소득세 과세표준 신고기한까지 쟁점보상채권에 대하여 관련법령에서 규정한 감면요건을 충족하지 못하였다 하더라도, 세법에 대하여 무지한 일반인인 청구인이 쟁점보상채권에 대한 감면요건을 사전에 인지하기란 사실상 불가능에 가까운 점, 청구인이국세기본법제45조의2에서 규정된 경정청구 가능기한 내에 쟁점보상채권에 대한 만기보유 특약을 체결하고 동 채권을 OOO에 예탁한 점 등을 들어 쟁점보상채권은 감면율 40%가 적용되는 3년 이상 만기보상채권의 감면요건을 실질적으로 충족하였다고 보는 것이 타당하다고 주장하면서 OOOOOO 용지보상채권 등록전환안내문, OOO 등록채권 등록발행 신청서, 보상채권 만기보유 특약사항 등을 제출하고 있다.

(4) 살피건대,조세특례제한법제77조 제1항 및 같은 법 시행령 제72조 제8항에 의하면 ‘양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류의 제출’이 만기보유채권에 대한 감면율 적용요건으로 규정되어 있어 동 과세연도의 과세표준 신고시까지 특약을 체결하지 않고 확인서류를 제출하지 않았다면 위 규정에 따른 감면요건을 갖추지 못한 것으로 보아야 하며, 조세 감면요건에 대해서는 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것이므로, 2010.5.11. 사업시행자에게 수용된 후 쟁점보상채권 만기가 도래하기 9개월 전인 2012.8.30. 만기보유특약이 체결되고 2012.9.4. OOO에 예탁된 쟁점보상채권으로 보상금을 받는 부분에 대하여 40%의 양도소득세 감면율을 적용하는 것을 내용으로 하는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)