[요지] 청구법인이 제시하고 있는 자료만으로 쟁점세금계산서가 정상거래이거나 선의의 거래당사자에 해당한다고 보기 어려우나, ○○자원과의 거래에 있어서는 청구법인이 당시 실지 운송을 했던 기사들을 찾아 운송사실확인서를 받은 점, ○○자원 대표 ◇◇◇을 찾아 업무수첩 및 농협중앙회의 금융거래명세표를 건네 받아 운송비 지급사실을 확인한 점 등에 비추어 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정할 수 있다고 보임
[요지] 청구법인이 제시하고 있는 자료만으로 쟁점세금계산서가 정상거래이거나 선의의 거래당사자에 해당한다고 보기 어려우나, ○○자원과의 거래에 있어서는 청구법인이 당시 실지 운송을 했던 기사들을 찾아 운송사실확인서를 받은 점, ○○자원 대표 ◇◇◇을 찾아 업무수첩 및 농협중앙회의 금융거래명세표를 건네 받아 운송비 지급사실을 확인한 점 등에 비추어 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정할 수 있다고 보임
[주 문] OOO세무서장이 2012.11.5. 청구법인에게 한 2010년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 OOO으로부터 수취한 세금계산서 2010년 제2기분 공급가액 OOO천원에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) OOO 대표 전OOO은 OOO 대표 김OOO가 2010년 6월경 청구법인을 처음으로 방문하여 서로를 소개하고 명함을 받았고, 그 후 2010년 7월 중순경 전OOO 혼자 청구법인을 방문하여 OOO과 금전관계로 사이가 좋지 않은 상태임을 언급하며 전OOO 명의의 사업장을 OOO 하치장OOO에 운영하려고 하니 거래를 하였으면 좋겠다고 하여 사업자등록증, 통장사본, 신분증(운전면허증)사본, 인감증명서를 제출하게 하고, 국세청 홈페이지 사업자과세유형·휴폐업여부를 확인한 결과 일반과세자로 계속사업자임을 확인하여, 2010.7.23. 첫거래를 시작으로 30회에 공급대가 OOO천원의 폐동을 매입하면서 외부공인계근업소와 청구법인 사업장 내 계근대에서 2회에 걸친 계근 및 청구법인 사업장에 입고 및 계근장면을 청구법인 사업장 계근대 앞에 설치된 CCTV로 촬영을 하고 OOO의 OOO로 49회에 걸쳐 OOO천원을 송금하였으며, 계량증명서(외부 및 청구법인), 차량출입기록부 및 청구법인 사업장 설치 CCTV 녹화장면을 근거로 작성한 입고내역에서와 같이, OOO 사업장에서 청구법인 사업장으로 운송한 일자, 차량번호, 입고량, 운송회사 또는 운전기사, 운전기사의 전화번호까지 파악이 가능하고, 조사를 받는 과정 및 불복청구서 작성 과정에서 당시 실지로 운송을 했던 기사들을 찾아 운송사실확인서를 받을 수 있었으며, 도피중인 전OOO을 찾아 휴대하고 다니던 개인 업무수첩도 청구법인이 임시 보관하기로 하였고, 운송기사들에게 운송비를 온라인으로 지급한 전OOO의 OOO 보통예금계좌OOO의 거래명세표를 전OOO을 대동하여 은행으로 가서 출력하여 건네받았으며, 동 거래명세표상에 박OOO, 김OOO, 이OOO, 박OOO, 서OOO 등 27인에게 59회에 걸쳐 지급한 OOO천원은 매출처에 폐동을 운송하고 지급한 운송비라는 사실을 확인받았으며, 전OOO의 개인 업무수첩에서도 OOO이 기재되어 있고, 계량증명서와 차량출입기록부에서 박OOO는 OOO 화물을 2010.7.23. 등 7회, OOO 화물 1회, 주식회사 OOO 화물 3회, 이OOO은 2010.7.31. OOO 화물 1회, 박OOO은 2010.9.7. 등 OOO 화물 2회, 서OOO는 2010.8.9. 1회 OOO 화물을 싣고 청구법인을 출입한 것으로 나타나고 있으며, 전OOO의 OOO계좌에서 박OOO에게 19회 OOO천원, 이OOO에게 2010.7.31. OOO천원, 박OOO에게 7회 OOO천원, 서OOO에게 2010.8.9. OOO천원을 송금한 사실이 각각 나타나고 있고, 전OOO의 2011.11.10.자 확인서에서도 일자별로 청구법인에 매출한 폐동의 매입처, 수량, 단가, 공급가액, 운송회사 또는 운전기사를 구체적으로 기재하고 있는데, 박OOO, 박OOO 등의 운전기사 명단이 나타나고 있으며, OOO은 2010.7.22.에 개업하여 2011.3.31. 폐업한 것으로 되어 있으나, 청구법인과 같은 매입자는 OOO과의 거래 당시는 공급자가 추후에 부가가치세를 신고 또는 납부할 것인지를 알 수 없다는 점에서, 2011.3.31. 폐업후 3개월이 지난 시점인 2011.6.14.에 조사 착수하여 OOO 사업장을 찾아 컨테이너박스 1개만 있었을 뿐, 고철 등은 전혀 발견할 수 없었다고 하는 것은 적절하지 아니하고, 청구법인의 직원OOO이 OOO 폐동을 2010.7.23.과 2010.8.23. 2회 청구법인의 집게차OOO로 싣고 온 적이 있는데, 그 중 2010.7.23.에는 OOO 사업장에 가서 싣고 왔으며, 2010.8.23.에는 정확한 장소는 기억이 나지는 않지만 전OOO이 지정하는 장소로 가서 폐동을 싣고 왔다고 확인하고 있고, 자금력이 없는 대부분의 영세사업자는 매입 즉시 매출을 하여야 하므로 사업장이야 사업자등록을 위해서 임차를 하지만(하치장이 없으면 사업자등록증발급거부) 매입처에서 폐동을 매입해 직접 매출처로 판매하는 경우도 많아 사실상 사업장과 계근대(외부공인계근업소 사용)가 없어도 폐동 도매업을 할 수 있어 사업장 반출·입 및 폐동의 사업장 야적여부가 실물거래여부의 판단기준이 될 수 없으며, 처분청은 청구법인이 2010년 제2기에 주식회사 OOO로부터의 매입액OOO은 실거래로 인정하면서, OOO세무서장은 동일한 과세기간에 OOO이 OOO에 매출한 매출액OOO은 실거래를 부인하였고, OOO이 OOO으로부터 OOO백만원을 매입하여 청구법인에 OOO백만원, 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)에 OOO백만원을 매출하였는데 청구법인이 OOO으로부터 매입한 공급가액 OOO백만원은 정상거래로 인정하는 등 모순된 처분을 하고 있으며, 전OOO이 처분청에 제시한 확인서에서 매입처는 OOO이며, 그 중 OOO로부터는 세금계산서를 수취하였고, 나머지 매입처는 무자료로 매입했다고 주장하면서 전OOO이 OOO 등 5개 업체에 송금한 금액이 총 OOO천원으로 그 중 OOO천원을 온라인으로 송금한 것으로 되어 있어, 설령 OOO이 OOO로부터 수취한 세금계산서가 가공세금계산서로 본다고 하더라도 OOO이 발행한 세금계산서 전체를 가공세금계산서로 보아서는 아니되며, 고액의 매출대금 입금과 고액의 현금인출은 거래경위서에서 밝히고 있는 바와 같이 출금의 경우는 무자료매입처에 물건대금을 현금으로 지급하기 위해 또는 차입금상환을 위한 것이라고 주장하고 있고, 청구법인의 경우는 전OOO의 OOO계좌로 전액 온라인 송금하였지, 현금으로 입금한 바는 없다.
(2) OOO의 경우 대표 김OOO는 OOO 대표 전OOO과 2010년 6월경 청구법인을 처음으로 방문하여 서로를 소개하고 명함을 받았으며, 그 후 몇 번의 전화연락과 몇 번의 청구법인 방문이 있어 정상적인 영업을 하는 사업자인지 확인하기 위하여 하치장OOO을 방문하여 보니 컨테이너 사무실과 1톤짜리 계근대를 갖추고 있고, 약간의 동스크랩도 보여 정상적으로 운영하는 업체로 판단되어 거래를 하기로 결정하고 사업자등록증과 통장사본을 제출하게 하고 국세청 홈페이지 사업자과세유형·휴폐업여부를 확인한 결과 일반과세자로 계속사업자임을 확인하였으며, 2010.7.7. 첫거래를 시작으로 6회에 공급대가 OOO천원의 폐동을 매입하면서 외부공인계근업소와 청구법인 사업장 내 계근대에서 2회에 걸친 계근을 하고 청구법인 사업장에서의 입고 및 계근장면을 청구법인 사업장 계근대 앞에 설치된 CCTV로 촬영을 하고 OOO의 OOO로 9회에 걸쳐 OOO천원을 송금하였으며, 계량증명서(외부공인 및 청구법인), 차량출입기록부 및 청구법인 사업장 설치 CCTV 녹화장면을 근거로 작성한 입고내역에서와 같이, OOO 사업장에서 청구법인 사업장으로 운송한 일자, 차량번호, 실중량, 운송회사 또는 운전기사, 운전기사의 전화번호까지 파악이 가능하며, 당시 실지로 운송을 했던 기사들 중 연락이 닿은 박OOO는 OOO에서 청구법인 하치장까지 운송했다고 운송사실확인서에서 확인하고 있고, 청구법인이 세무조사를 받으면서 2010년 2기에 OOO로부터의 매입분에 대하여 실거래를 입증하기 위하여 김OOO를 찾았으나, OOO의 동업자인 전OOO이 김OOO를 공금횡령혐의로 고발한 관계로 김OOO가 도피 중으로 만나지 못하고 동업자인 전OOO으로부터 김OOO의 OOO 거래명세표를 건네받았으며, 김OOO 등 5명에게 송금된 OOO천원(6회)은 청구법인을 포함한 매출처에 물건을 운송해 준 차주에게 온라인으로 송금해 준 운송비임을 확인받았고, 계량증명서(외부 및 청구법인), 차량출입기록부 및 CCTV 녹화장면에 의하면 2010.7.8. OOO가 10,270㎏, 2010.7.8. OOO가 11,530㎏, 2010.7.9. OOO이 8,430㎏, 2010.7.9. OOO가 6,940㎏을 운송한 사실이 나타나고 2010.7.8. 운송한 박OOO도 확인서에서 OOO에서 청구법인에 운송한 사실을 인정하고 있고, 당시 동업자였던 전OOO(매입·매출업무 담당)도 2011년 11월 작성 확인서에서도 박OOO 등이 운송한 사실을 확인하였으며, 2010년 6월경OOO 청구법인 사업장을 김OOO가 전OOO을 대동하고 방문하여, 김OOO가 OOO 대표 명함과 사업자등록증 사본을 제시하며 영업을 담당한다는 전OOO을 소개하였는데, 전OOO을 OOO의 실지 대표자로 믿을 사람은 아무도 없고 오히려 전OOO이 영업담당 월급여자로 생각하는 것이 사회통념이며, 처분청 의견대로 김OOO가 OOO의 월급여자로 근무했다고 본다면 김OOO가 OOO에 어떤 형태로든 근무를 했다는 것을 인정하고 있는 것이고, 김OOO가 OOO의 실대표인지, 월급여자인지를 구분할 의무를 거래하는 자에게 지우는 것은 어불성설이며, 설령 전OOO이 OOO의 실사업자라고 하더라도 과세관청도 모르고 사업자등록증을 김OOO를 대표자로 발급해 주고도 실사업자를 몰랐다는데 대한 책임을 납세자에게 돌리는 것은 지나친 국고주의적 발상이다.
(3) OOO의 경우 김OOO이 2010년 9월경 청구법인 사업장을 찾아와 명함을 제시하였고 그 후 몇 차례의 방문과 전화통화로 거래조건에 합의하여 거래를 하기로 결정하고 사업자등록증과 통장사본을 제출하게 하였으며, 국세청 홈페이지 사업자과세유형·휴폐업여부를 확인한 결과 일반과세자로 계속사업자임을 확인하고, 2010.9.6. 첫 거래를 시작으로 9회에 공급대가 OOO천원의 폐동을 매입하면서 외부공인계근업소와 청구법인 사업장 내 계근대에서 2회에 걸친 계근을 하고 청구법인 사업장에서의 입고 및 계근장면을 청구법인 사업장 계근대 앞에 설치된 CCTV로 촬영을 하고 OOO의 OOO로 14회에 걸쳐 OOO천원을 송금하였으며, 계량증명서(외부공인 및 청구법인), 차량출입기록부 및 CCTV 녹화장면을 근거로 작성한 입고내역에서와 같이 OOO 사업장에서 청구법인 사업장으로 운송한 일자, 차량번호, 실중량, 운송회사 또는 운전기사, 운전기사의 전화번호까지 파악이 가능하며, 2010.9.16. 10,210㎏, 2010.9.28. 16,350㎏을 운송했던 박OOO, 2010.9.8. 17,830㎏을 운송했던 강OOO, 2010.9.16. 17,790㎏, 2010.9.28. 6,950㎏을 운송했던 박OOO는 OOO에서 청구법인 하치장까지 운송했다고 운송사실확인서에서 확인하고 있고, 김OOO도 청구법인과의 거래는 실거래라고 확인하고 있음에도, 처분청은 OOO이 OOO으로부터 OOO백만원을 매입하여 청구법인에 OOO백만원, OOO백만원을 매출한 점을 사실과 다른 세금계산서로 보는 이유 중의 하나로 드나, 처분청은 청구법인이 OOO으로부터 매입한 공급가액 OOO백만원을 정상거래로 인정하고 있는데, OOO이 자료상이라면 청구법인이 OOO으로부터 매입한 OOO백만원도 가공거래로 거래부인하였어야 할 것이다.
(4) OOO의 경우 최OOO이 2010년 7월경 청구법인 사업장을 찾아와 명함을 제시하며 거래를 요청하였고, 두 번째 방문시 사업자등록증, 통장사본 및 인감증명서를 받은 후 OOO 하치장OOO을 방문하여 보니 창고 안에 사무실이 있었으며 계근대를 설치하려고 기초작업을 하고 있기에 정상적으로 운영하는 업체로 판단하고 거래를 하기로 결정하여 사업자등록증과 통장사본을 제출하게 하고, 국세청 홈페이지 사업자과세유형·휴폐업여부를 확인한 결과 일반과세자로 계속사업자임을 확인하였으며, 2010.7.21. 첫거래를 시작으로 2010.10.22.까지 17회에 걸쳐 공급대가 OOO천원의 폐동을 매입하면서 외부공인계근업소와 청구법인 사업장 내 계근대에서 2회에 걸친 계근을 하고 청구법인 사업장에서의 입고 및 계근장면을 청구법인 사업장 계근대 앞에 설치된 CCTV로 촬영을 하였고, OOO의 OOO은행계좌OOO로 26회에 걸쳐 OOO원을 송금하였으며, 납품을 받으면서 물건상태도 좋지 아니하고 가격도 맞지 아니하여 거래를 중단하려고 사업장OOO을 사전예고 없이 방문하였으나 OOO이란 간판은 없고 OOO이란 간판을 걸고 있어 최OOO을 만나 OOO 대표라는 새로운 명함을 받았으며, 계근대 설치공사도 중단된 상태고 하치장에 물건도 없어 거래를 중단하게 되었고, 계량증명서(외부공인 및 청구법인), 차량출입기록부 및 CCTV 녹화장면을 근거로 작성한 입고내역에서와 같이, OOO에서 청구법인 사업장으로 운송한 일자, 차량번호, 실중량, 운송회사 또는 운전기사, 운전기사의 전화번호까지 파악이 가능하며, 2010.7.21. 등 9회에 걸쳐 109,490㎏을 OOO 사업장에서 청구법인 사업장으로 운송한 운전기사 심OOO으로부터 운송사실확인서를 받았고, 2010.7.21. 및 2010.7.22. 2회 13,570㎏을 운송한 사실이 있는 청구법인의 직원 김OOO도 OOO 사업장에서 청구법인 사업장으로 운송한 사실이 있다고 확인하고 있으며, OOO 대표 최OOO도 청구법인과의 거래는 실거래라고 확인하고 있는바. OOO과 청구법인과는 2010.10.22. 거래를 끝으로 거래가 중단되었고 OOO의 폐업일은 2010.12.31.인 것으로 알고 있으나, 조사기간은 2011.01.14.～2011.5.16.이나 구체적으로 언제 현지확인을 나갔는지 모르지만, 폐업일 이후의 사업장 현지확인을 통하여 확인된 사업장 현황을 근거로 당해 사업자가 자료상이라고 판단하는 것은 이치에 맞지 아니하다.
(5) 주식회사 OOO의 경우 2010년 11월경 청구법인 거래처에서 흑연동을 취급하는 업체가 있다며 구입할 의사가 있는지 물어 보기에 단가를 협의하여 물품을 받아 보기로 하고 사업자등록증 사본과 통장사본을 팩스로 먼저 받고 국세청 홈페이지 사업자과세유형·휴폐업여부를 확인한 결과 일반과세자로 계속사업자임을 확인하고, 2010.11.16. 폐동 입고시 외부공인계근업소를 거치지 아니하고 직접 청구법인 사업장으로 입고 후 OOO로 공급대가 OOO천원을 송금하고 믿음이 가지 아니하여 단 1회의 거래로 거래를 끊었으며, 2010.11.16. 폐동 10,550㎏을 운송한 OOO 운전자 김OOO도 OOO 사업장OOO에서 청구법인 사업장으로 운송한 사실을 확인하고 있다.
(6) 주식회사 OOO의 경우 2010년 10월경 청구법인의 또 다른 매입처인 OOO의 하치장OOO을 영업차 방문하였으나, 상호가 OOO으로 되어 있어 확인해 보니, OOO 대표 심OOO으로부터 동 사업장에 있던 OOO은 다른 곳으로 이전하였다는 말을 듣게 되었고, OOO 대표 심OOO으로부터 명함, 사업자등록증 사본, 법인통장 사본, 법인등기부등본, 법인인감증명서를 받고 국세청 홈페이지 사업자과세유형·휴폐업여부를 확인한 결과 일반과세자로 계속사업자임을 확인하고, 2010.11.12. 첫 거래를 시작으로 2010.12.27.까지 7회에 걸쳐 공급대가 OOO천원의 폐동을 매입하면서 외부공인계근업소와 청구법인 사업장 내 계근대에서 2회에 걸친 계근을 하여 청구법인 사업장에의 입고 및 계근장면을 청구법인 사업장 계근대 앞에 설치된 CCTV로 촬영을 하였고, OOO의 OOO로 9회에 걸쳐 OOO천원을 송금하였으며, 계량증명서(외부공인 및 청구법인), 차량출입기록부 및 CCTV 녹화장면을 근거로 작성한 쟁점세금계산서관련 입고내역에서와 같이 OOO에서 청구법인 사업장으로 운송한 일자, 차량번호, 실중량, 운송회사 또는 운전기사, 운전기사의 전화번호까지 파악이 가능하며, 2010.12.13. 및 2010.12.24. 2회 22,900㎏을 운송한 사실이 있는 청구법인의 직원 김OOO도 OOO 사업장에서 청구법인 사업장으로 운송한 사실이 있다고 확인하고 있다.
(7) (종합) 처분청은 거래의 중간단계에 부가가치세를 정상적으로 신고·납부한 정상사업자가 있으면 도관업체 또는 간판조라는 이유로, 신고하고 무납부 후 도주하는 업체가 있다면 폭탄업체라는 이유를 들어 그 이후의 거래단계업체를 부인하고 있으나, OOO의 경우는 단 1회의 거래를 하였고, 제3자인 폐동을 운반한 운전기사도 OOO에서 운송한 사실을 인정하고 있으며, 온라인으로 지급한 폐동 매입대금이 청구법인에게 반환되지 않았으며, 청구법인이 2010년 2기 과세기간 중 총 공급가액 OOO원의 매입을 했는데, 그 중 OOO만원의 매입액을 실지매입처로부터 세금계산서를 받지 아니하여 자료상인 OOO으로부터 세금계산서를 받았다고 보는 것은 지나친 행정편의주의적인 과세처분이고, OOO은 2010년 2기에 신고·납부한 정상적인 사업자인데도 OOO지방국세청장은 정상거래로 위장하기 위하여 만들어진 도관업체라는 이유를 들어 매출액 전액 가공매출로 확정하였으나, 도관업체라는 것은 과세관청이 임의적으로 만들어 낸 용어로서 도관업체는 누군가가 필요(정상거래로 위장)에 의해서 만들어진 업체라면 누가 만들었고 누구로부터 세금계산서 발행(도관역할)에 대한 대가를 받았는지를 밝히지 않으면서 거래의 앞·뒤에 부가가치세를 납부한 정상적인 사업자는 합당한 이유를 제시하지 않으면서 도관업체 또는 간판조라는 이유를 들어 거래를 부인하고 있으며, 처분청은 OOO이 자료상으로 기고발 조치된 OOO이 있었던 사업장에 OOO이 폐업직후 동일사업장에 사업자등록한 점도 OOO으로부터의 매입을 위장거래로 보고 있으나, 아이러니하게도 처분청은 청구법인이 OOO으로부터의 매입은 실거래로 인정하고 있고, 계량증명서(외부공인 및 청구법인), 차량출입기록부 및 CCTV 녹화장면을 근거로 청구법인 사업장으로 운송한 일자, 차량번호, 실중량, 운송회사 또는 운전기사, 운전기사의 전화번호까지 구체적으로 파악이 가능하며, 직접 운송했던 기사들이 쟁점매입처들로부터 청구법인 사업장으로 운송했다는 사실을 확인하고 있고, OOO과 OOO의 경우 운송기사들에게 운송비를 지급한 금융자료가 제시되고 있으며 OOO의 대표이자 OOO의 동업자인 전OOO이 무자료매입처 및 매입대금결제내역을 구체적으로 제시하고 청구법인에게 세금계산서만 발행하지 않았다고 확인하고 있으며, 처분청은 실물입고사실은 인정하면서 쟁점매입처들로부터 세금계산서만 수취하였다고 결론지었다면 청구법인이 일정금액의 수수료를 쟁점매입처들에 지급한 증빙을 제시하여야 하나 제시하지 못하며 청구법인이 쟁점매입처들에 송금한 매입대금이 청구법인에게 반환되었다는 증거도 제시하지 못하고 있고, 처분청에서 청구법인을 공급자가 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 이유로 고발하였으나 검찰은 무혐의처분하고 있고, OOO과 OOO에 대한 사업장 현지확인을 폐업일 이후에 하고 이를 자료상 판단의 하나로 열거하고 있지만, OOO의 대표이면서 OOO의 공동사업자인 전OOO, OOO 대표 김OOO 및 OOO 대표 최OOO도 청구법인과의 거래를 실거래라고 확인하는 점 등을 보더라도 청구법인은 쟁점매입처들로부터 실물과 함께 세금계산서를 받은 것으로서 이 건 처분은 취소되어야 한다.
(8) 또한, 청구법인은 선의의 거래 당사자에 해당하는바, 쟁점매입처들은 소개 내지 인터넷OOO 등을 통해 청구법인을 알고 거래요청을 한 곳으로, 거래전 단계에서부터 정상적인 사업영위 여부를 확인하기 위해 거래요청 업체의 명함과 사업자등록증, 신분증 등을 확인하고, 해당 업체의 대표 내지 법인명의 통장을 확인한 후 계좌이체 함으로써 정상거래를 위해 부단히 노력하였으며, 실제 거래단계에서도 CCTV 촬영 및 사진촬영을 하며, 내부계근 뿐만 아니라 외부공인계량소에서 계근을 함으로써, 청구법인은 거래개시 시점 및 거래진행과정에서 부가가치세 성실 납세자로서의 정당한 주의의무를 다하기 위하여 최선의 노력을 경주하였음에도, 처분청이 이를 부인하는 것은 부당하다.
(1) OOO에 대한 OOO세무서장의 조사 당시, OOO의 사업장 소재지OOO에는 사무실 용도의 컨테이너박스 1개만 있었을 뿐, 고철 등 상품은 전혀 발견할 수 없었고(컨테이너 외에 계근대도 없음), 임대인 OOO의 배우자 안OOO에게 확인한바 전OOO은 연락이 두절된 상태이고 임대차계약 체결 이후 사업장 소재지에는 고물 등 상품 반입 및 반출이 없었다고 확인되었으나(사업장을 실지 운영한 사실이 없는 업체임), 청구법인 대표 김OOO는 거래 당시 OOO을 방문하였고 방문시 계근대가 있었다고 진술하는 등 OOO세무서장의 조사내용과 다르며, 실제 OOO의 사업장을 방문하였다면 정상사업자가 아님을 알 수 있었는데도 이를 확인하지 아니한 것으로 판단되고, 전OOO은 2011.11.16. 처분청 조사과에 출석하여 OOO를 통해 물량을 확보한 후 우연히 청구법인을 알게 되어 거래하게 되었다고 진술하였고, 청구법인에 매출한 상동 등은 OOO 등에서 매입하여 청구법인에 정상매출OOO하였으며 청구법인 또한 계량증명서, 대금지급내역 증빙을 제시하며 정상거래임을 주장하나, OOO지방국세청장의 OOO에 대한 2010년 제2기 자료상 조사 결과, 매입이 전무한 상태에서 OOO백만원을 매출하여 전액 가공매출 확정으로 조사 종결되었고, OOO세무서장의 OOO에 대한 자료상 조사결과 또한 매출액 OOO백만원 전액, 매입액 OOO백만원 전액에 대하여 가공으로 확정하여 고발 조치되었으며, 청구법인 계좌에서 OOO 계좌로 고액이 입금되면 즉시 현금으로 인출되는 등 이는 금융추적을 회피하기 위한 자료상행위의 전형적인 수법으로 판단되어 OOO과의 거래는 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취한 거래로 확정하였다. 또한, 청구법인은 OOO이 정상사업자이며 정상거래를 하였다는 주장이나, 위 내용과 같이 OOO은 실물거래없이 세금계산서만 발급한 자료상 업체로서 대표 전OOO은 철거업체에 일용근로자로 간간이 근무한 이력만 있을 뿐 고철·비철 업종의 사업경험도 전무하고 폐동의 수집에 대한 노하우와 현금과 같은 폐동의 매집에 필요한 자금력도 없이 사업을 개시하여 9개월 만에 폐업하였고 자료상인 OOO의 실행위자로도 고발된 자로서, 청구법인의 대표자 김OOO는 20여년 이상 고철·비철 도매업을 영위하였고 OOO 지역에서만 10여년 이상의 사업경험이 있는 자로서 업계 사정에 정통하고 폐동 등의 주요 취급자 및 거래내역에 사정이 밝을 수밖에 없으나 별다른 사업이력이 없고 계근대도 없이 사업장을 운영도 하지 않는 전OOO을 정상사업자로 보고 상차지도 불분명하며 상차지에 대한 계근내역도 없는 거래를 하였다는 것은 정상적인 거래로 볼 수 없다.
(2) OOO은 OOO과 동일한 사업장 소재지에 대표자가 당초 김OOO로 되어 있었으나 실제는 전OOO이 김OOO에게 월급을 주는 조건으로 김OOO의 명의를 빌려 2010.6.1. 개업한 업체로서, 재화·용역의 공급 없이 허위로 청구법인 등에 OOO백만원을 매출한 혐의로 2011년 4월 고발 조치되었고, 청구법인과의 거래OOO는 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취한 거래로 확정하였으며, OOO은 2010년 6월 개업하여 2010년 7월 관할세무서로부터 사업장 없음으로 직권폐업당한 업체로 동일 장소에서 같은 달 OOO의 자료상 실행위자 전OOO이 OOO의 상호로 개업하였으며 OOO은 불과 1개월의 사업기간 중에 OOO백만원의 거액을 발생시킨 업체로 청구법인은 2010년 6월경(개업일 2010.6.1.) 사업장을 방문하여 보니 계근대도 있고 동스크랩도 보여 정상적인 업체로 판단하였다 하나, OOO은 자료상업체인 OOO과 동일소재지의 직전사업체로OOO과 마찬가지로 계근대가 설치되어 있지 아니하여 사실과 다르고, 청구법인은 공인계근소 및 청구법인 등에서 2회의 계근을 하였다는 주장이나, 외부 공인계근소는 실제 상차지나 OOO의 사업장 인근이 아닌 청구법인의 소재지 인근에 소재하는 업체로서 OOO과 거래하였다는 폐동 등은 고물 중에서 가격이 비싸고 환금성이 좋아 관련 업체에서는 거의 현금과 같이 취급되어 상차시에 반드시 정확한 계근을 하여야 거래처와도 마찰이 없고 더욱이 상차지에서 하차지까지 이동시 운전기사의 횡령의 우려가 있어 상차시에는 반드시 상차지 인근에서 계근을 하여야 함에도 상차지가 아닌 청구법인의 인근 소재지까지 와서 계근을 하였다는 것은 아무런 의미가 없는 계근으로서 거래증빙을 만들기 위한 것으로 밖에 볼 수 없고, 두 사업자OOO 모두 동종업계의 사업이력이 없는데도 불구하고 업계사정에 밝은 청구법인이 정상사업자인줄로 알고 거래하였다는 것은 신빙성이 없는 주장이다.
(3) OOO 또한 당초 조사시 OOO번지 사업장을 현장 확인한바 OOO이 아닌 OOO이라는 간판만 남아 있을 뿐 폐문상태로 영업을 하지 아니하고 있었고, 임대인 이OOO에게 확인한바 OOO 대표 최OOO과는 이미 계약이 만료되었음이 확인되었으며, 청구법인에서 OOO의 사업장을 방문하였다면 정상사업자가 아님을 알 수 있었는데도 이를 확인하지 아니한 것으로 판단되고, 최OOO은 고철/비철 도소매업에 종사한 이력이 전무한 상황에서(2002～2006년까지 도박장 개장 등의 혐의로 집행유예를 받은 이력이 있음) 2010.2.5.자로 OOO을 개업하여 4개월(2010년 7월～10월)여만에 매입이 전혀 없이 고액의 매출OOO을 신고하였으며, OOO지방국세청장의 조사 결과 사업자등록 이후 매출세금계산서 발행과 매출처로부터 대금입금을 위한 계좌 사용 및 현금인출(고액현금 입금 후 즉시 현금인출) 역할만을 맡았을 뿐, 실제 사업을 영위하지 아니한 것으로 확인되어 청구법인에 매출한 금액을 포함한 매출액 전액에 대하여 가공 매출한 혐의로 고발 조치되었기에 청구법인의 OOO과의 거래분OOO은 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취한 거래로 확정하였으며, 제출된 계근증빙을 살펴보면 타업체와 마찬가지로 거의가 상차지 및 OOO의 인근 계량소가 아닌 청구법인 인근의 공인계량소에서의 계근증빙으로 폐동 상차시의 계근증빙이 없고 계근증빙에 상호가 기재되었다는 것만으로 정상거래의 증빙이 될 수 없고, 실물운반에 대한 처분청의 청구법인에 대한 처분은 사실과 다른 세금계산서 수취에 의한 매입세액불공제 처분으로 운전기사들의 운반확인서는 상차지에 대한 구체적 언급 없이 작성된 운반확인서로 정상거래에 대한 증빙이 될 수 없으며, OOO의 폐업일은 OOO의 자료상조사 착수이전 관할 세무서에서 고지서가 계속 반송되어 확인결과 폐업으로 확인되어 201.12.31.자로 직권폐업한 것일 뿐 거래시기가 폐업일 이전이어서 정상거래라는 주장은 근거가 될 수 없다.
(4) OOO(사업기간 2010.6.11.～현재)은 조사 당시 사업장OOO은 존재하였으나, OOO지방국세청장의 조사결과 폭탄업체로부터 세금계산서를 수취(가공매입비율 99.5%, 매입근거자료 일체 없음)하여 2010년 제2기에 OOO백만원을 허위로 세금계산서를 발행한 것으로 확인되어 2011년 10월 고발조치되었고, 청구법인과의 거래분OOO은 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취한 거래로 확정하였으며, 청구법인이 OOO과 거래하였다는 폐동 등은 관련업계에서는 현금과 마찬가지로 취급되는 품목으로 반드시 상차시의 계근이 선행되어야 함에도 불구하고 상차시의 계근 내역이 없고, 처분청의 청구법인에 대한 처분은 사실과 다른 세금계산서 수취에 의한 매입세액불공제 처분으로 운전기사들의 운반확인서는 상차지에 대한 구체적 언급 없이 작성된 것으로 정상거래에 대한 증빙이 될 수 없다.
(5) OOO은 청구법인과는 원거리인 OOO에 위치하고 있었고 자료상으로 기 고발 조치된 OOO의 폐업직후 동일사업장에 사업자등록을 하였으며, 2011년 3월 OOO지방국세청 조사국에서 자료상 조사에 착수하여 조사한 결과, OOO 등 폭탄업체로부터 2010년 제2기에 실제거래 없이 OOO백만원을 매입하였고, 무자료로 거래되는 폐동을 정상적인 거래로 위장하기 위하여 설립된 법인으로 확인(도관업체)되어 매출액 OOO백만원 전액 가공으로 확정하여 고발조치되었으며, 청구법인 계좌에서 OOO 계좌로 입금과 동시에 OOO 등 폭탄업체에 즉시 송금되었음이 확인되는 등 상기 업체와의 거래는 정상거래로 볼 수 없어 매입금액OOO에 대하여 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취한 거래로 확정하였고, 제출된 계근증빙을 살펴보면 OOO은 OOO에 소재하는 업체임에도 불구하고 타업체와 마찬가지로 상차지 및 OOO의 인근 계량소가 아닌 청구법인 인근의 공인계량소에서의 계근 증빙으로 원거리사업자와의 거래분임에도 상차지의 계근내역이 없으며 운전기사의 운반확인서는 운송업자가 아닌 청구법인 직원의 확인서로 신빙성이 없어 정상거래의 증빙이 될 수 없고, 고철/비철 도소매업을 20여년 이상하여 업계사정에 정통한 청구법인의 대표자가 실물거래없이 가공세금계산서를 발행한 업체의 사업장(동일과세기간의 거래처였음)에 상호 및 사업자가 바뀐 줄도 모르고 영업차 방문하여 상호 및 사업자가 바뀌어 있는 상황에서 아무런 의심없이 정상사업자로 보고 또다시 거래를 계속 하였다는 것은 신빙성이 전혀 없다.
(6) OOO은 청구법인과는 원거리인 OOO에서 2010.7.27. 개업 후, 자료상으로 확정된 OOO으로부터 OOO백만원을 매입(OOO세무서장은 OOO 매출 전액 가공매출 확정)을 매입하고 청구법인에 OOO하여 2010년 제2기 예정신고하였으나, 2010년 제2기 확정신고부터 2011년 제2기까지 매출, 매입액 없이 무실적 신고 중으로 OOO 대표 김OOO은 OOO 대표 이OOO과 공모하여 실물거래 없이 세금계산서 OOO백만원을 발행한 혐의로 2011년 2월 OOO지방국세청장으로부터 고발조치되었으며, OOO세무서장의 조사시 청구법인 계좌에서 OOO의 계좌로 입금된 후 일정부분의 수수료(전제금액 대비 0.65%)를 제외한 금액이 즉시 OOO의 계좌로 이체된 후 현금출금된 것으로 확인되는 등 전형적인 자료상 거래의 형태로 상기 거래OOO에 대하여 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취한 거래로 확정하였고, 제출된 계량증명서를 살펴보면 타업체와 마찬가지로 상차지 및 OOO의 인근 계량소가 아닌 청구법인 인근의 공인계량소에서의 계근증빙으로 폐동 상차시의 계근증빙이 없고, 처분청의 청구법인에 대한 처분은 사실과 다른 세금계산서 수취에 의한 매입세액불공제 처분으로 실물운반에 대한 운전기사들의 운반확인서의 내용을 보면 OOO은 OOO에 소재한 업체임에도 불구하고 상차지에 대한 구체적 언급없이 작성된 운반확인서로 정상거래에 대한 증빙이 될 수 없으며, 또한 OOO이 자료상이라면 OOO으로부터 매입한 OOO과 청구법인과의 거래분도 거래부인하여야 한다는 주장은 OOO은 관할서 자료상 조사시 사업장 정상운영되며 매출은 정상적으로 이루어지나 매입은 사실과 다른 위장세금계산서를 수취하여 고발된 업체로서 청구법인과의 매출거래는 정상으로 조사된 건이며, OOO은 매출·매입 모두 가공거래로 조사된 업체로 모순되는 처분이 아니다.
(7) (종합) 청구법인은 쟁점매입처들과의 거래시 사업장을 방문하여 정상사업자 여부 확인에 세심한 주의를 기울였다고 주장하고 있으나, 거래 당시 실제 사업장을 방문하였다는 객관적인 증빙이 없고(실제 방문하였다면 수도권 인근 매입처인 OOO 등은 정상적인 사업자가 아님을 확인할 수 있었다고 판단되며, OOO은 청구법인과 원거리에 위치한 사업자임), 청구법인의 계량증명서에 의한 거래처명은 외부공인계량증명업소에서 계량시 매입처를 확인하여 기재하는 것이 아니고 청구법인 등에서 거래처명을 알려주면 계량증명서에 거래처명을 기재하고 있어 쟁점매입처들로부터 실제 폐동 등을 매입하였다는 객관적인 증빙자료로 볼 수 없고, 청구법인의 CCTV 촬영화면 또한 쟁점매입처들로부터 실제 폐동 등을 매입(상차)하는 화면이 아닌, 청구법인에 하차하는 장면으로 쟁점매입처들로부터 폐동 등을 실제 구입하였다고 판단할만한 증빙자료로 볼 수 없으며, 쟁점매입처들은 모두 대표자가 동종업계의 이력이나 사업경험도 없고 사업초기에 고가의 폐동 등을 대량 매집할 능력이나 자금원천이 전혀 없는 자들이며 관할세무서장이나 지방국세청장의 조사결과 가공의 세금계산서를 발행한 자료상으로 확정된 자들로서 청구법인이 추가 제출한 거래증빙들은 가공의 세금계산서가 발급되었더라도 얼마든지 작성가능한 서류로 객관적인 증빙이 될 수 없고, 쟁점매입처들과의 거래는 환금성이 뛰어난 고가의 폐동 거래로서 거래량의 정확성 및 운반과정에서의 손실 및 횡령 우려로 상차시의 계근이 필수적이나 상차지나 매출처에서의 계근 증빙이 없으며 청구법인 소재지까지 와서 인근의 공인계량소에서 계량한 계근 증빙은 별다른 의미가 없고, 상차지에 대한 구체적 언급 없이 회사명만 언급하며 운반하였다는 운전기사들의 사실확인서 역시 사후에 작성된 서류로 정상거래의 증빙서류로 볼 수 없으며, 더욱이 청구법인의 대표 김OOO는 고철/비철업계에서 20년 이상 도소매업을 영위하였고 OOO지역에서도 10년 이상 운영하고 있어 업계사정에 정통하고 폐동 등의 주요 취급자 및 거래내역에 사정이 밝을 수밖에 없고, 고철/비철업계가 자료상이 횡행하고 무자료 거래가 수시로 이루어지는 점을 잘 알고 있음에도 관련업종 종사 및 사업이력도 없고 자금여력도 없는 자료상 실행위자인 신규사업자들을 정상업체로 알고 거래하였다는 것은 신빙성이 전혀 없는 것으로서(OOO과 OOO은 같은 소재지에서 거래중에 상호와 사업자가 바뀌어도 모른 채 거래를 이후 사업자와 계속 수행 등), 위와 같이 쟁점매입처들과 실제 거래하였다고 주장하며 제시한 증빙자료는 실제 거래여부를 판단할 수 있는 객관적인 증빙자료로 볼 수 없으며, 쟁점매입처들은 2010년에 개업하여 대부분의 업체가 단기간에 폐업된 업체로서 조사당시 매출액에 대하여 가공매출인 것으로 확인되어 자료상으로 확정·고발되었기에 쟁점매입처들과의 거래는 정상거래로 볼 수 없다고 판단되어 실물거래없이 사실과 다른 세금계산서를 교부받은 것으로 보아 매입세액 불공제한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점세금계산서의 공급자가 사실과 다른 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부
② 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취함에 있어서 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 것으로 볼 수 있는지 여부
(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제17조 (납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 3.～7. (생 략)
③ ～⑦ (생 략)
(1) 청구법인이 쟁점매입처들로부터 수취한 쟁점세금계산서의 내역은 다음 <표1>과 같고, 청구법인의 각 과세기간별 부가가치세 신고내역은 다음 <표2>와 같다.
○○○
(2) 2013.1. 처분청 조사공무원이 작성한 청구법인에 대한 ‘자료상조사 종결 보고서’를 보면, 먼저 매출처 조사내용에서 OOO 등 21개 매출처에 대한 조사결과 청구법인에 보관된 계량증명서, 세금계산서, 대금지급내역이 명확하게 확인되어 정상거래로 확정하는 것으로 되어 있고, 매입처 조사내용에서 쟁점매입처들을 제외한 OOO 등 19개 업체에 대한 조사결과, 청구법인에서 보관중인 계량증명서, 세금계산서 등을 검토한바 품목, 수량이 일치하고 대금지급내역이 명확하여 정상거래로 확정하는 것으로 되어 있으며, 쟁점매입처들에 대한 조사내용은 다음과 같다. (가) OOO OOO 대표 전OOO이 2011.11.16. OOO세무서 조사과에 자진출석하여 확인한바 OOO를 통해 물량을 확보한 후 여러 사업장을 돌아다니다가 우연히 청구법인을 알게 되어 거래하게 되었고, 청구법인에 매출한 상동 등은 OOO 주식회사 등에서 물량을 확보하여 청구법인 등에 매출하였으나 매입 후 세금계산서를 받지 아니하였으며, 거래내역이 적힌 다이어리를 분실하였다고 진술하면서 청구법인과의 거래는 모두 정상거래라고 주장하였고, 청구법인 또한 계량증명서, 대금지급내역 증빙을 제시하며 정상거래임을 주장하나(실제 매입처로 주장하는 OOO 등의 대표자에게 전화로 확인한 바 거래사실 없는 것으로 확인됨), OOO지방국세청장의 OOO에 대한 2010년 제2기 자료상 조사결과 매입이 전무한 상태에서 OOO백만원을 매출하여 전액 가공매출로 확정하고 2011년 8월 조사종결되었으며, OOO세무서장의 OOO에 대한 자료상 조사결과 또한 매출액 OOO백만원 전액, 매입액 OOO백만원 전액에 대해 2011년 8월 가공으로 확정하여 고발조치되었으며 조사결과 청구법인 계좌에서 OOO 계좌로 입금된 후 즉시 현금으로 인출되는 등 금융추적을 회피하기 위한 자료상행위의 전형적인 수법으로 확인되어 자료상으로 확정된 OOO과의 거래금액에 대해 사실과 다른 거래로 확정하는 것으로 되어 있다. (나) OOO 상기업체에 대한 OOO세무서장의 자료상 조사결과 OOO 대표 전OOO은 김OOO에게 월급을 주는 조건으로 김OOO의 명의를 대여하여 2010.6.1. OOO을 개업하였으며, 매입액이 전무한 상태에서 재화·용역의 공급없이 허위로 청구법인 등에 OOO백만원을 매출한 혐의(일명 폭탄업체)로 2011년 4월 고발조치되었기에 상기 거래액 OOO천원에 대해 사실과 다른 거래로 확정하는 것으로 되어 있다. (다) OOO 상기 업체와는 꽈배기, 상동 등을 거래한 것으로 매입장에 기재되어 있으나, 상기업체 대표 최OOO은 고철·비철 도소매업에 종사한 이력이 없음에도 2010.2.5. OOO을 개업, 4개월(2010년 7월～10월)만에 매입이 거의 없는 상황OOO에서 고액의 매출OOO을 신고하였으며, OOO지방국세청장의 조사결과 매출세금계산서 발행과 매출처로부터 대금입금을 위한 계좌사용 및 현금인출(고액현금 입금 후 즉시 현금인출) 역할만을 했을 뿐 실제 사업을 영위하지 아니한 것으로 확인되는 등 전형적인 자료상(도관업체 또는 폭탄업체)으로 판단하여 청구법인에 매출한 금액을 포함한 매출액 전액에 대하여 가공매출한 혐의로 2011.5. 고발조치(청구법인으로부터 송금받은 매출대금을 당일 또는 그 다음날 전액 현금인출)되었기에 상기 거래액 OOO천원에 대해 사실과 다른 거래로 확정하는 것으로 되어 있다. (라) OOO(2010년 제2기 1매 OOO천원) 상기 거래는 폐동박을 매입한 거래로 상기업체는 OOO지방국세청 조사국의 조사결과 폭탄업체로부터 세금계산서를 수취(가공매입비율 99.5%, 매입근거자료 없음)하여 도매업체 등에 매출세금계산서를 교부하는 도관업체(간판업체)로 2010년 제2기 매출전액OOO이 가공매출인 것으로 확인되어 2011년 10월 고발조치되었기에 OOO과의 거래분에 대하여 사실과 다른 거래로 확정하는 것으로 되어 있다. (마) OOO(2010년 제2기 7매 OOO천원) 상기 거래는 상동 등을 매입한 거래로 매입장 등에 기재되어 있으나, 상기업체는 일명 폭탄업체로부터 실물거래없이 가짜세금계산서 수수혐의가 있어 2011년 3월 OOO지방국세청장의 자료상조사 결과 OOO 등 폭탄업체로부터 2010년 제2기 실제 거래없이 OOO백만원을 매입하였고, 무자료로 거래되는 폐동을 정상적인 거래로 위장하기 위하여 설립된 법인(도관업체)으로 확인되어 매출액 전액OOO 가공으로 확정하여 2011년 10월 고발조치되었으며, 또한 청구법인 계좌에서 OOO 계좌로 입금과 동시에 창성자원 등 폭탄업체에 즉시 송금되었음이 확인되는 등 상기 거래는 실제거래로 볼 수 없어 매입금액에 대하여 실제 거래사실과 다른 거래로 확정하는 것으로 되어 있다. (바) OOO 상기업체는 2010.7.27. 개업 후 자료상으로 확정된 OOO으로부터 OOO백만원을 매입(OOO세무서장이 OOO 매출전액 가공매출 확정)하고 청구법인에 OOO하여 2010년 제2기 예정신고하였으나, 2010년 제2기 확정신고부터 2011년 제2기까지 매출, 매입액 없이 무실적 신고중으로 OOO 대표 김OOO은 OOO대표 이OOO과 공모하여 실물거래없이 세금계산서 OOO백만원을 발행한 혐의로 2011년 2월 OOO지방국세청장으로부터 고발조치된 것으로 되어 있다.
(3) 한편, 청구법인에 대한 사업장 및 대표자에 대한 현황 조사내용을 보면, (가) 사업장 현황 조사와 관련하여, 사업장에 방문하여 확인한바 사무실내에 직원이 상주하고, 창고시설, 분류장비를 보유하고 있으며, 약 400여평 규모의 야적장에 집게차 1대, 운반트럭 2대(7.5톤, 9.5톤), 계근시설, 보안시설, CC카메라 시설을 갖추고 있고, 현재 현장직원 3명, 사무실(경리) 직원 1명을 고용하여 운영하고 있으며, 사무실 내에 대표자 김OOO의 개인적인 물건, 결재서류 등이 있으며 실제 김OOO가 사업을 운영하고 있는 것으로 확인되는 것으로 되어 있고, (나) 대표자에 대한 조사와 관련하여, 대표자 김OOO는 1997년부터 개인사업자로 동일 업종 사업이력이 있으며 2003.1.2. OOO을 개업한 후, 2009.9.15. 법인전환하여 현재까지 운영 중으로 주식은 김OOO가 70%, 배우자 연OOO가 30%를 보유하여 과점주주에 해당되는 것으로 되어 있으며, (다) 조사개요에서, 사업장에 방문하여 사업과 관련된 서류 및 컴퓨터에 보관된 파일을 예치하였으며, 예치한 주요서류는 매출·매입세금계산서, 계량증명서, 법인거래 통장, 경리직원이 수기로 작성한 매출·매입장 등이며, 예치한 주요 서류 중 매출·매입세금계산서, 계량증명서를 전산에 입력하여 분석한바 날짜, 품목, 수량, 단가 등이 일치하고 경리직원이 수기로 작성한 매출·매입장의 내용을 보면, 거래한 일자, 수량 단가, 금액을 기재하였으며, 대금 지급 및 입금내역이 거래처별로 상세하게 기록되어 있고, 작성상태, 수정한 내용 등으로 판단컨대 경리직원이 거래한 내용을 작성한 것으로 판단되며 수기로 작성된 매출·매입장 내용과 세금계산서, 계량증명서의 거래내용과 일치한다는 내용으로 되어 있다.
(4) 쟁점매입처들과 관련하여 OOO과 OOO을 조사한 OOO세무서장의 자료상 조사결과, OOO을 조사한 OOO지방국세청장의 조사결과, OOO과 OOO 및 OOO을 조사한 OOO지방국세청장의 조사결과, 쟁점매입처들은 자료상으로 확정 고발조치된 것으로 나타난다.
(5) 청구법인은 이 건 심리와 관련하여 입고내역표, 사업자등록증사본, 명함, 통장사본, 일자미상의 OOO 대표 전OOO의 거래내역사실확인서, 입금확인증, 촬영사진, 2013.7.30. 박OOO가 작성한 운송사실확인서, 계량증명서, 차량출입기록부, 개인업무수첩 사본 등을 제시하고 있고, 구체적인 거래형태와 관련하여, 기존거래선이나 인터넷 광고를 통하여 신규거래처의 거래요청이 있으며, 거래처 명함, 사업자등록증, 신분증, 통장등을 확인하고, 수도권 소재업체의 경우에는 현장방문을 거쳐 매입거래전 거래상대방을 확인하여 거래를 개시하고, 매입처에서 제시하는 단가, 물량 등을 검토한 후 거래여부를 결정(계약)하면, 매입처에서 운송차량섭외 후 청구법인으로 출발하고, 매입물량 도착 후 청구법인 인근 외부계량소에서 1차 계량을 하고, 청구법인 사업장 입고시 CCTV 및 사진촬영, 물량 내부계량, 차량일지 작성한 후, 청구법인 사업장 물량 입고시 내부계량을 하고, 공차중량을 청구법인 인근 외부계량소에서 2차 계량을 하고, 계약단가, 물량에 따라 대금 계좌이체 및 세금계산서 수수를 하는 것으로 주장하고 있다.
(6) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가)부가가치세법제17조 제2항 제2호에 의하면, 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 위 사실관계와 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인에게 폐동을 납품하였다는 쟁점매입처들은 실제 폐동에 관한 매입자료가 거의 없는 사업자들로 구체적인 폐동의 매입처를 소명하고 있지 못하고 있는 점, 쟁점매입처들과 관련하여 OOO과 OOO을 조사한 OOO세무서장의 자료상 조사결과, OOO을 조사한 OOO지방국세청장의 조사결과 및 OOO과 OOO 및 OOO을 조사한 OOO지방국세청장의 조사결과 쟁점매입처들은 자료상 확정 고발조치된 것으로 나타나고 있는 점, 쟁점매입처들은 청구법인이 입금한 거래대금을 금융기관으로부터 즉시 현금인출한 점, 쟁점매입처들이 부가가치세 신고를 한 후 신고한 부가가치세를 전액 무납부하고 무단폐업한 후 행방불명된 점 등으로 볼 때, 처분청이 쟁점세금계산서를 그 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가)부가가치세법제16조(세금계산서) 제1항에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 같은 법 제9조(거래시기)의 시기에 ⅰ) 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, ⅱ) 공급받는 자의 등록번호, ⅲ) 공급가액과 부가가치세액을 기재한 세금계산서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하도록 하면서, 같은 법 제17조(납부세액) 제2항에서 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 하고 있으며, 다만 부가가치세 기본통칙 21-0-1(명의위장사업자와 거래한 선의의 사업자에 대한 경정)에 의하면, 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는조세범처벌법에 의한 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 거래선이 위장사업자라는 사실을 알지 못하였으며 또 그 알지 못한 데에 잘못이 없는 선의의 거래당사자가 그 세금계산서에 의하여 부가가치세 예정 및 확정신고를 한 경우에는 그로 인하여 실지사업자가 아닌 자가 공급자로 되었더라도 소정의 기간 내에 그 매입세액은 공제되어야 하고 나아가 신고납부불성실가산세도 부과할 수 없다고 할 것이다. (나) 위 사실관계와 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한, 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 세금계산서에 재화 또는 용역을 공급하는 자로 기재된 자가 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못한 때라도 그 알지 못한데 대하여 과실이 없는 경우에 한하여 공급받는 자는 매입세액을 공제받을 수 있는 것이지만, 공급받는 자가 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 하는 것(대법원 2002.6.28.선고 2002두2277 판결, 참조)으로, 이 경우 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이나, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것(대법원 1997.9.30.선고 97누7660 판결, 참조)인바, 청구법인은 폐동 도매상의 경우 위장사업자가 있을 경우를 대비하고 실제 사업자인지 여부를 확인하기 위하여, 기존거래선이나 인터넷 광고를 통하여 신규거래처의 거래요청이 있으면 거래처 명함, 사업자등록증, 신분증, 통장 등을 확인하고, 수도권 소재업체의 경우에는 현장방문을 거쳐 매입거래전 거래상대방을 확인하여 거래를 개시하였고, 매입처에서 제시하는 단가, 물량 등을 검토한 후 거래여부를 결정(계약)하면, 매입처에서 운송차량섭외 후 청구법인으로 출발하고, 매입물량 도착 후 청구법인 인근 외부계량소에서 1차 계량을 하고, 청구법인 사업장 입고시 CCTV 및 사진촬영, 차량일지 작성한 후, 청구법인 사업장 물량 입고시 내부계량을 하고, 공차중량을 청구법인 인근 외부계량소에서 2차 계량을 하고, 계약단가, 물량에 따라 대금 계좌이체 및 세금계산서 수수를 하고 있는 것으로 나타나고 있고, 청구법인에 대한 처분청의 현장확인 조사에서 예치한 주요 서류 중 매출·매입세금계산서, 계량증명서를 전산에 입력하여 분석한바 날짜, 품목, 수량, 단가 등이 일치하고 경리직원이 수기로 작성한 매출·매입장의 내용을 보면, 거래한 일자, 수량 단가, 금액을 기재하였으며, 대금 지급 및 입금내역이 거래처별로 상세하게 기록되어 있고, 작성상태, 수정한 내용 등으로 판단컨대 경리직원이 거래한 내용을 작성한 것으로 판단되며 수기로 작성된 매출·매입장 내용과 세금계산서, 계량증명서의 거래내용과 일치한다는 내용으로 되어 있는 점에 비추어 볼 때, 청구법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 면이 있으나, 청구법인이 쟁점매입처들에 대한 거래와 관련된 형태 등이 사업자등록증사본, 통장사본, 신분증, 휴폐업여부확인, 실물 계근, 금융계좌 송금, 운송사실 확인 등 유사한 형태를 띠고 있고, 쟁점매입처들을 조사한 OOO세무서장, OOO지방국세청장, OOO지방국세청장이 쟁점매입처들을 자료상으로 확정고발하고 있어 청구법인이 제시하고 있는 자료만으로 이를 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보기 어렵다과 판단된다. 다만, OOO의 경우 위에서 언급한 제시자료 이외에 청구법인이 당시 실지 운송을 했던 OOO 등 기사들을 찾아 운송사실확인서를 받은 점, OOO 대표 전OOO을 찾아 업무수첩 및 OOO의 금융거래명세표를 건네 받아 운송비 지급사실을 확인하는 등 실물거래와 관련된 사실 확인을 하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO과의 거래에 있어서는 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다한 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.