신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위에 해당하지 아니함.

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1996.3.16. OOO 8-389 소재 3층 303호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2000.1.16. OOO타운재건축사업으로 종전주택을 멸실(2000.8.21. 멸실등기)하고, 2002.11.29. 사용승인 받은 OOO아파트 103-1203호(이하 “신축주택”이라 한다)를 보유하다가 2007.4.3. 이OOO에게 OOO원에 양도한 후, 2007.7.24. 신축주택 양도에 따른 양도소득세 신고를 하면서 종전주택 취득시점부터 신축주택 양도시점까지의 전체 양도소득금액에 대하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 규정에 따른 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면을 배제하고, 2013.2.25. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.2.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 국세청의 종전 유권해석(서사-2109, 2005.11.8.)에서 준공일부터 5년내 양도하는 경우에는 양도차익 전체금액이 감면되고, 5년이 경과한 이후에는 제40조에 의한 산식의 감면비율에 해당하는 양도차익이 되다고 하는 공적인 의사표시가 있었고, 이에 따라 청구인은 100% 감면신청을 하였던바, 처분청이 종전해석을 뒤집고 이 건 양도소득세를 부과한 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 부당한 처분에 해당하고, 일반적으로 새로운 해석이 종전해석과 상이한 경우에는 새로운 해석(국세청 재산-227, 2009.1.20.)이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 유권해석을 적용하는 것임에도 기존 유권해석에 따라 이 건 양도소득세를 부과하였으므로 이는 소급과세금지 원칙에도 위배된다.
• 나. 처분청 의견 납세지 관할세무서장은소득세법제114조에 따라 예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정하며 그 결정 또는 경정에 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다고 규정하고 있으므로 부과제척기간내의 경우 예외없이 경정이 가능하며, 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 규정하지 아니하므로 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분이 신의칙 및 소급과세금지 원칙에 위배되는 부당한 처분이라고 볼 수 없고, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면적용시 종전주택에서 발생한 소득에 대해 감면을 배제한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 감면규정 적용에 있어 새로운 유권해석에 따라 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면을 배제한 것이 신의칙 및 소급과세금지원칙에 위배된 것이라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지>에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 국세통합전산망 조회자료, 등기부등본 및 건축물대장 등에 나타난 종전주택 취득시점부터 신축주택 양도시점까지의 사건 진행사항은 <표1>과 같다. <표1> 일 자 내 용 비 고 1996.3.16. 종전주택 취득 OOO 2000.8.21. 종전주택 멸실 등기 2000.1.6. 멸실원인 2002.11.29. 신축주택취득(사용승인) 및 소유자 등록 OOO 2007.4.3. 신축주택 양도 거래가액 금 OOO원 2007.7.24. 양도소득세 예정신고 산출세액 OOO원 감면신청 2013.2.25. 이 건 경정고지 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득 감면배제

(2) 청구인의 이 건 양도소득세 신고내역 및 처분청 경정결의 내역은 <표2>와 같은바, 처분청은 청구인이 당초 신고한 양도소득세 감면세액 OOO원 중 OOO원만 감면 시인하고 나머지는 감면 배제한 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO (OO: O)

(3) 처분청 조사담당 공무원이 작성한 신축주택 감면세액 계산의 적정여부 검토보고서에 의하면, 감면소득금액의 적정여부와 관련하여 청구인의 신고 감면소득은 OOO원(양도소득 기본공제 전 양도소득금액)이나, 조특법 시행령 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항 규정에 따라 계산한 적정 감면소득은 OOO원으로 OOO원이 과다 감면신고된 것으로 보았고, 감면세액의 적정여부와 관련하여 청구인의 신고 감면세액은 OOO원이나, 처분청이 계산한 적정 감면세액은 OOO원(소득세법제90조 제1항)으로 OOO원이 과다 감면신고된 것으로 판단하였으며, 감면세액의 재계산에 따라 농어촌특별세액도 당초 신고한 OOO원에서 OOO원으로 감액되어 OOO원이 감소된 것으로 판단하는 등 신축주택 보유기간 5년 이내의 양도소득만 감면결정하고, 종전주택의 양도소득에 대해서는 감면을 배제하는 것으로 검토하였다.

(4) 살피건대, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 종전 국세청 유권해석(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.) 등에서 종전주택 보유기간에 해당하는 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 해석하지 아니하는 점, 기타 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 고려하면 이 건 양도소득세 부과처분이 신의칙이나 소급과세금지 원칙에 위배되는 위법․부당한 처분에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기 본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한

• 다. <별지>

□ 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 (2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이

소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.