연구인력개발비가 최초로 발생한 과세연도에 초과발생액 기준에 의한 세액공제를 적용할 수 있음

OOO세무서장이 2013.1.7. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거분처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2010사업연도(2010.1.1.～2010.12.31.) 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목의 규정에 따라 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비(당초에는 OOO원이었으나, 2013년 2월에 법인세를 수정신고하면서 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되지 아니하는 OOO원을 제외하여 OOO원으로 수정하였고, 이하 수정된 금액을 “쟁점연구인력개발비”라 한다)를 기준(이하 “당기분 방식”이라 한다)으로 연구·인력개발비 세액공제액 OOO원(2013년 2월에 법인세를 수정신고하면서 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되지 아니하는 OOO원을 제외하여 OOO원으로 수정함)을 산출하였다가, 2012.11.30. 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목의 규정에 따라 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액에 대한 연구·인력개발비 세액공제액(이하 “증가분 방식”이라 한다)를 재계산하여 법인세 OOO원을 환급해 달라고 처분청에 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2013.1.7. 증가분 방식으로 연구·인력개발비를 세액공제 하는 경우는 직전 4년내에 연구·인력개발비가 발생하였다는 것을 전제로 그 연평균발생액을 초과하는 연구·인력개발비에 적용하는 것으로 청구법인과 같이 2010사업연도에 최초로 연구·인력개발비가 발생한 경우에는 초과발생액의 비교대상자체가 없으므로 근본적으로 연평균발생액 기준에 의한 세액을 받을 수 없다는 이유로 2013.1.7. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 청구법인의 2010사업연도에 최초로 발생한 연구․인력개발비 세액공제와 관련하여 당기분 방식을 적용한 것은 ① 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제10조의 취지와 동 규정이 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하지 아니하고, ② 같은 법 시행령에서도 이러한 비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 보도록 규정하고 있는 점, ③ 심판결정례(조심 2011서4790, 2012.9.19.)에서도 증가분 방식이 인정된 점 등으로 보아 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제10조 의 연구·인력개발비 세액공제가 기업의 연구·인력개발비 증가투자를 유도하기 위해 당해연도 지출분과 증가지출분으로 나누고 증가지출분에 대하여 상대적으로 높은 세액공제율을 적용하도록 세액공제율을 차등으로 운용하고 있으므로 2010사업연도에 최초로 발생한 연구·인력개발비는 초과발생액의 비교대상자체가 없으므로 근본적으로 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 적용받을 수 없다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 제10조 의 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어서 최초로 쟁점연구인력개발비가 발생한 경우 해당 사업연도에 전액 증가 지출금액으로 보아 세액공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (단서 생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비" 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (단서 생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액 (2011. 12. 31. 단서신설)

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 부칙(2011.12.31. 법률 제11133호) 제1조【시행일】이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조【일반적 적용례】① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】③ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구ㆍ인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일 부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)

⑤ 제3항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인과 같이 2010사업연도 최초 발생한 연구․인력개발비의 경우 초과 발생액의 비교가 되는 연평균 발생액 자체가 없으므로 해당연도 발생액의 25%를 적용하여야 하며, 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법은 직전 4년내에 연구․인력개발비가 발생하였다는 것을 전제로 그 연평균발생액을 초과하는 연구․인력개발비에 대해 적용하는 것으로, 기업의 연구․인력개발비 증가 투자를 유도하기 위하여 증가지출분에 대해서는 상대적으로 높은 세액공제율을 적용하도록 하여 차등 운용하고 있는 점을 감안하면 최초로 발생한 연구․인력개발비에 대해서는 연평균발생액을 기준으로 세액공제를 받을 수 없다고 하면서, 심판결정례(조심 2010서1900, 2010.10.12., 조심 2011서47900, 2012.9.19.), 판결례(대법원 2010.4.29. 선고 2009두22454 판결), 질의회신사례(법인세과-566. 2009.5.12., 법인세과-1285, 2009.11.17, 법규과-1173. 2011.9.2.) 등을 제시하였다.

(2) 청구법인이 연구 및 인력개발비 세액공제 관련 경정청구에 대한 환급청구세액은 아래 <표>와 같다. OOOOOOOOO O OO OOO OOOOO OOOOOOO OOO,OOO,OOOOOOOO, OOOOO OO O OOOOO OO O OOOOO OOOOO OOOO OOOO OOOOOOOO(O OO O OOOOO OOO O,OOO,OOO,OOOO O OOOO OOO OO OOOO OO O,OOO,OOOOO OOOO OOOO), OOOOO OOO OOOOOO OOOO O OOOOOOO OOO,OOO,OOOOO (3) 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제9조 제3항에 의하면, 내국인이 각 과세연도에 (일반)연구․인력개발비가 있는 경우, 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우 100분의 50)에 상당하는 금액과 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비에 일정 계산식(100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구․인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1)에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제받을 수 있고, 이 경우 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액은｛(당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 개월 수/12)}의 산식으로 계산하되, 일반연구ㆍ인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 본다고 규정되어 있다.

(4) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 연구․인력개발비가 최초로 발생한 청구법인의 2010사업연도에 대해 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목에서 규정하는 증가분 방식을 적용할 수 없다는 의견이나, 조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발비의 세액공제 제도의 취지와 동 규정이 직전 4년간 연구ㆍ인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하고 있지 않은 점, 그 시행령에서도 이러한 비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 보도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 직전 4년간 지출되지 아니하고 해당 과세연도에 비로소 지출되었다 하더라도 그 투자액 전부를 초과발생액으로 보아 세액공제를 하는 것이 타당하다고 할 것이다(대법원 2010.4.29. 선고 2009두22454 판결, 조심 2011서4790, 2012.9.19. 등 참조). 따라서 청구법인이 2010사업연도에 최초로 발생한 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액에 대해 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목의 증가분 방식이 적용되지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.