주거지역에 편입된 날부터 3년이 경과한 후 농지를 양도하면 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제

OOO세무서장이 2012.7.27. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 1. 청구인이 2009.12.30. 양도한 OOO 전 5㎡에서 발생한 소득에 대하여 양도소득세를 감면(8년 자경농지)하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1982.7.13. OOO 전 1,352㎡, 같은 동 -1 전 1,6㎡{이상 2필지(2,648㎡)는 이후 7필지로 분할된바, -1(1,345㎡)과 -4(299㎡) 2필지(1,644㎡)는 이하 “쟁점1농지”라 하고, -4(5㎡)과 -8(268㎡) 2필지(273㎡)는 이하 “쟁점2농지”라 한다)}를 취득하여 자경하던 중 쟁점1농지를OOO동 제36호 경관녹지 도시계획시설사업에 따라 2009.12.30. 사업시행자인 주식회사 OOO(이하 “사업시행자”라 한다)에 수용·양도하고, 쟁점2농지를OOO동 도시계획도로개설사업에 따라 2009.12.30. 수원시에 수용·양도하였다. 한편, 수원시는 2006.8.14. 지구단위계획을 수립하면서 쟁점1, 2농지를 제1종 주거지역에 편입하였다가 2007.9.3. 제2종 주거지역(경관녹지 및 도로)으로 도시관리계획을 결정·고시하였고, 이에 청구인은 2008.6.10. 수원지방법원에 동 도시관리계획결정의 취소를 구하는 소송을 제기하여 2010.10.28. 대법원에서 원고패소로 판결받은 후 동 판결일을 양도일로 하여 2010.10.31. 양도소득세 신고시 자경농지에 해당한다고 보아 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 2006.8.14. 자연녹지지역에서 주거지역으로 편입된 쟁점1, 2농지가 동 편입일로부터 3년이 경과된 2009.12.30.(수용으로 인한 소유권이전등기일)에 양도된 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제77조의 공익사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 동 감면세액을 OOO원으로 하여 2012.7.27. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.11. 이의신청을 거쳐 2013.3.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점1, 2농지는 2006.8.14. 수원시 고시 제2006-1*4호에 의하여 제1종 주거지역으로 편입되어 소유권이전일인 2009.12.30.까지 3년이 경과되었으나 쟁점1농지는 사업시행자에 의하여 수용되어 기부채납하는 조건으로 2007.9.3. 용도지역이 변경되었으며, 이후 경관녹지사업이 2009.9.15.에 비로소 사업이 시행된바, 청구인의 의사와는 관계없이 3년이 경과한 후에 사업시행을 실시하게 되었으므로 조특법 제66조 제4항 제1호 나목 및 같은 법 시행규칙 제27조 제5항의 규정에 의하여 주거지역 편입일로부터 3년이 경과하였더라도 양도소득세 감면대상에 해당된다. 쟁점1, 2농지가 2006.8.14. 제1종 주거지역에 편입되었고, 2007.9.3.에 최종적으로 제2종 주거지역으로 변경된바, 편입 및 용도가 확정된 2007.9.3.을 주거지역 편입일로 보아야 하며, 이를 기준으로 하면 쟁점1, 2농지의 양도일(2009.12.30.)은 3년이내에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점1, 2농지의 주거지역편입일은 2006.8.14.로, 주거지역편입일로부터 3년(2009.8.13.)내에 토지수용에 따른 협의보상절차가 진행되었으나 사업시행자가 제시한 토지보상가액에 청구인이 이의를 제기하고 합의가 되지 않아 2009.12.30. 보상가액을 법원에 공탁함으로서 강제수용된 것인바, 도시계획에 따른 사업시행 이전에 이미 주거지역에 편입되었고, 이후에 도시계획 수립에 의한 사업시행이 진행된 것으로 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인하여 3년이 경과되었다고 보기 어렵고, 수용에 따른 보상의 지연이 청구인의 보상가액 이의에 따른 재결신청에 원인이 있는 바 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정할 만한 명백한 근거가 없어 예외적 감면사유에 해당하지 아니한다. 쟁점1, 2농지는 자연녹지지역에서 2006.8.14. 제1종 주거지역으로 편입되었다가 2007.9.3. 제2종 주거지역으로 용도변경되었지만, 이것은 자연녹지지역으로 환원되었다가 다시 제2종 주거지역으로 변경된 것이 아닌 제1종 주거지역에서 제2종 주거지역으로만 변경되었을뿐 도시지역내 주거지역이라는 대분류 자체가 변경된 것은 아니므로 2007.9.3.을 주거지역 편입일로 보아야 한다는 청구인의 주장은 타당성이 없다.

• 가. 쟁 점 주거지역에 편입된 날부터 3년이 경과한 후 농지를 양도하였다 하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 청구인은 1982.7.13. 쟁점1, 2농지를 취득하였고, 2006.8.14. 쟁점1, 2농지 중 조원동 56-1, 57-4, 57-8이 주거지역으로 편입(수원시 고시 제2006-14호)되어 자연녹지지역에서 제1종 주거지역으로 변경되었다가 2007.8.28. 제2종 주거지역으로 조정{수원시 고시 제2007-18호, 수원 도시관리계획(조원동 제1종 지구단위계획)}되고 토지용도는 도시계획시설(경관녹지, 도로)로 결정되었다. 이와 관련하여 우리 원이 수원시에 조회하여 회신(수원시 도시계획과-556, 2013.5.3.)된 바에 의하면, 쟁점2농지 중 OOO(5㎡)는 취득시 부터 자연녹지지역이고, 양도일(2009.11.30.) 현재까지 주거지역 등으로 변동된 사실은 없는 것으로 확인된다. 그 후인 2008.10.27. 쟁점2농지가 포함된 ‘OOO동 도시계획도로개설사업’이 시행인가(수원시 고시 제2008-22호)되어 쟁점2농지에 대한 청구인과 수원시 간에 도로보상절차가 시작되었으나 도로편입과 토지가격 산정에 청구인의 이의제기로 합의가 지연되어 2009.12.30. 수원시가 보상금을 공탁하고 쟁점2농지를 수용하였고, 2009.9.15. 쟁점1농지가 포함된 ‘수원시 제36호 경관녹지 도시계획시설사업’이 시행인가(수원시 고시 제2009-3*0호)되어 쟁점1농지에 대한 청구인과 사업시행자인 OOO 간에 보상절차가 시작되었으나 청구인이 보상금액에 이의를 제기하며 협의 양도를 거부하여 2009.12.30. OOO가 보상금을 공탁하고 쟁점1농지를 수용하였다. 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 하겠는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 조특법 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항에서 8년 이상 거주하면서 농지를 경작한 자가 농지를 양도한 경우에는 양도소득세의 100분의 100에 상당한 세액을 감면받을 수 있으나, 양도일 현재 특별시·광역시·시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 감면받을 수 없으며, 다만, 이 경우에도 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 감면받을 수 있도록 규정하고 있다. 살피건대, 청구인은 쟁점1, 2토지가 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 감면대상이라고 주장하나, 청구인이 쟁점1, 2농지를 2009.12.30. 양도하였고, 쟁점1, 2농지OOO가 포함된 OOO 일원(62,080㎡)은 2006.8.14. 제1종 주거지역으로 지정·고시된 후, 쟁점1농지는 2009.9.15. ‘수원시 제36호 경관녹지 도시계획시설사업’의 시행인가 및 2009.12.30. 사업시행자인 수원시의 수용으로, 쟁점2농지는 2008.10.28. ‘OOO동 도시계획도로개설사업’의 시행인가 및 2009.12.30. 사업시행자인 OOO의 수용으로 주거지역으로 편입된 날부터 3년이 경과한 이후에 각각 양도되었는바, 도시계획시설사업이 시행되기 이전에 이미 주거지역으로 편입되어 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업으로 인하여 주거지역에 편입된 농지에 해당한다고 볼 수 없으므로, 쟁점1, 2농지(주거지역에 편입되지 아니하고 양도일 현재까지 자연녹지지역에 속한 조원동 56-4를 제외한다)는 조특법 제69조 제1항에 의한 양도소득세 감면대상으로 볼 수 없다 하겠다(조심 2011중833, 2011.6.28. 같은 뜻). 따라서, 청구인이 양도한 쟁점1, 2농지 중 위에서 본 바와 같이 자연녹지지역에서 주거지역으로 편입되지 아니한 상태로 양도된 OOO 전 5㎡의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여만 조특법 제69조 제1항의 규정에 따라 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.