연구인력개발비가 최초 발생한 연도에 초과발생액 기준으로 연구인력개발비 세액공제 가능함

OOO세무서장이 2012.9.22. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO원의 경정거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2002.1.11.부터 인천광역시 OOO에서 소프트웨어 개발공급업을 영위하는 중소기업으로서 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목에 따라 해당 과세연도에 발생한 일반연구‧인력개발비에 대한 공제율 25%를 적용하여 연구‧인력개발비에 대한 세액공제액을 계산하여 2011사업연도 법인세를 신고‧납부하였다가, 2012.7.23. 연구개발 전담부서의 인건비 누락금액 OOO원을 추가하고, 제10조 제1항 제3호 가목에 따라 해당 과세 연도의 개시일부터 소급하여 4년간의 일반연구‧인력개발비 의 연평균 발생액을 초과하는 금액에 대한 공제율인 50%(이하 ‘초과 발생 액 기준’이라 한다)를 적용하여 2011사업연도 법인세 OOO원 을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 과소계상한 인건비 OOO원은 인정하였으나, 연구‧인력개발비가 최초로 발생한 사업연도에는 초과 발생액 기준이 적용되지 않는다 하여 25%의 공제율을 적용하여 2012.9.22. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원만을 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.5. 이의신청을 거쳐 2013.2.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제10조에서 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 연구‧인력개발비가 지출되지 아니한 경우에는 초과 발생액 기준의 적용을 배제한다는 예외규정이 없는 점, 같은 법 시행령 제9조 제4항에서 연구‧인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구‧인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구‧인력개발비의 합계 액으로 보도록 규정하고 있는 점, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년 간 일반연구‧인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목을 적용하도록 2011.12.31. 세법이 개정되기는 하였으나, 동 개정법령은 2012.1.1.이후 개시하는 과세연도부터 적용하는 것인 점으로 볼 때, 처분청에서 법률상 근거없이 관련 법령을 임의적으로 해석하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 조세법률주의에 위배되는 위법한 처분에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목에서는 “해당 과세연도에 발생한 일반연구‧인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구‧인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우”라고 하여 연평균 발생액을 초과하는 경우 적용대상임을 명확히 규정하고 있는바, 소급하여 4년간 발생한 일반연구‧인력개발비가 OOO원인 경우에는 발생 자체가 이루어지지 않았으므로 초과 발생액 기준을 적용할 수 없다고 보이고, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년 간 일반연구‧인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목을 적용하도록 2011.12.31. 조세특례제한법을 개정하여 명확히 한 점, 판례와 심판례에서는 최초 발생한 사업년도에도 가목의 규정이 적용된다고 결정하고 있으나, 국세청에서는 최초 발생년도에는 연평균 발생액 공제율을 적용하지 아니하는 것으로 해석(법인세과-1285, 2009.11.17.)하고 있고, 연평균을 초과하여 발생한 금액에 대하여 높은 공제율을 적용하는 것은 연구비용을 증가시켜 연구‧인력개발을 장려하기 위함이지, 최초로 연구‧인력개발을 실시한 것에 대한 프리미엄으로 높은 공제율을 적용하는 것이 아니며, 청구주장에 따르면 중소기업이 최초로 연구‧인력개발비 세액공제를 받는 경우에는 무조건 50% 공제율을 적용받게 되어 초과 발생액 기준을 둔 취지를 무색하 게 하는 점으로 볼 때, 경정거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 해당 과세연도 직전 4년간 발생한 연구‧인력개발비가 없는 경우에 도 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목의 초과 발생액 기준을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제10조 [연구‧인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구‧인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구‧인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구‧인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구‧인력개발비" 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구‧인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구‧인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구‧인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25 (2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제10조 [연구‧인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구‧인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구‧인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구‧인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구‧인력개발비" 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구‧인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구‧인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구‧인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구‧인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25 부칙 <제11133호, 2011.12.31.> 제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ③ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구‧인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구‧인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구‧인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구‧인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구‧인력개발비의 합계액/4) × (해당 과세연도의 개월 수/12)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2002.1.11. 설립되어 현재 인천광역시 OO OOO OOO-O OOOOOO OOOO에서 소프트웨어 개발공급업을 영위하 는 중소기업이고, 2011.4.13. 사단법인 OOO에 기업부 설연구소 설립신고를 한 이후부터 최초로 연구‧인력개발비가 지출되었으며, 청구법인이 경정청구시 주장한 연구개발 전담부서의 인건비 누락금액 OOO원을 포함하여 총 OOO원의 연구‧인력개발비가 지출된 사실에 대하여는 처분청과 청구법인 간에 이견이 없다. (2) 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구‧인 력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 초과 발생액 기준에 의한 세액 공제규정을 적용하지 못하도록 2011.12.31. 조세특례제한법 제10 조 제1항 제3호 단서규정을 신설하였으나, 동 부칙에 따르면 개정법령 은 2012.1.1.부터 적용하는 것으로 되어 있다.

(3) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 처분청은 연구‧인력개발비가 최초로 발생한 청구법인의 2010사업연도에 대해 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목에서 규정하는 초과발생액 기준을 적용할 수 없다는 의견이나, 조세특례제한법 제10조 에서 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 연구‧인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하고 있지 않은 점, 같은 법 시행령 제9조 제4항에서 연구‧인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구‧인력개발비의 합계액을 48개월로 환산 한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구‧인력 개발비의 합계액으로 보도록 규정하고 있는 점, 해당 과세연도의 개 시일부터 소급하여 4년간 연구‧인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목을 적용하도록 2011.12.31. 세법이 개정되기는 하였으나, 동 개정법령은 2012.1.1.이후 개시하는 과세연도부터 적용하는 것인 점에 비추어, 연구‧인력개발비가 해당 과세연도의 직전 4년간 지출되지 아니하고 해당 과세연도에 비로소 지출되었다 하더라도 그 투자액 전부를 초과 발생액으로 보아 세액공제를 하는 것이 타당하다고 판단된다(대법원 2009두22454, 2010.4.29., 조심 2013구299, 2013.4.16., 기획재정부 조세특례제도과-237, 2008.6.4. 등 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.