구주택을 멸실하고 신축하여 양도한 1세대 1주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제 적용시 구주택 보유기간을 포함하여야 함

OOO세무서장이 2012.11.7. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO,OOO,OOO원 의 부과처분 금액 중 토지분 양도차익에서 신축주택 부수 토지(75.93㎡)에 대하여 구주택 부수토지 보유기간을 통산하여 10년 이상에 해당하는 장기보유특별공제율(소득세법제95조 제2항 [표2]의 공제율 100분의 80)을 적용, 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 1996.9.20. OOO빌라 제25동 제101호 아파트 179.06㎡, 대 173.45㎡(이하 “구주택”이라 한다)를 청구외 OOO로부터 취득하여 보유하다가, 2008.3.14. 구주택을 멸실하고 2010.4.26. OOO 제201동 제101호 아파트 403.21㎡(이하 “신축주택”이라 한다), 대 75.93㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 신축하였고, 이후, 청구인은 2010.12.24. 구주택의 부수토지 대 173.45㎡ 중 97.52㎡를 분할하여 양도하고, 1세대1주택의 부수토지 양도로 보아 비과세양도차익을 OOO원으로 계산하는 한편, 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 OOO원을 공제하여 신고하였으며, 2010.12.29. 신축주택을 양도하고 신축주택 및 그 부수토지 75.93㎡에 대한 비과세양도차익을 OOO원으로 계산하고 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 OOO원을 공제하여 양도소득세를 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 분할 양도한 구주택의 부수토지는 1세대1주택의 부수토지가 아닌 것으로 보아 비과세양도차익 OOO,OOO,OOO원을 부인하고, 30%의 장기보유특별공제율을 적용하여 과다공제한 장기보유특별공제액 OOO원을 부인하였으며, 신축주택에 대하여는 비과세양도차익을 OOO원으로 재계산하는 한편, 신축주택의 부수토지는 1세대1주택의 부수토지로서는 보유기간이 3년 미만에 해당하여 장기보유특별공제를 받을 수 없고, 1세대1주택의 부수토지가 아닌 토지로서는 보유기간이 10년 이상에 해당하여 30%의 장기보유특별공제율이 적용된다 하여 30%의 장기보유특별공제율을 적용하여 과다공제한 장기보유특별공제액 OOO원을 부인하여 2012.11.7. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.2.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 1세대1주택 양도소득세 비과세 적용 시 구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 양도하는 경우, 노후 등으로 멸실되어 재건축한 주택의 경우, 멸실된 주택과 재건축한 주택의 거주기간과 보유기간을 통산하여 1세대1주택 해당 여부를 판단하도록 정한 소득세법시행령제154조 제8항의 제1호를 적용하여야 하므로, 장기보유특별공제액 계산 시 자산의 보유기간에 대하여도 이를 준용하여 구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 1세대1주택으로 양도하는 경우 주택 부수토지의 보유기간은 멸실 전 구주택 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하는 것이 타당하다.(조심 2010서1610, 2010.11.17. 같은 뜻임)

(2) 청구인이 소유한 구주택은 1996.09.20. 취득하여 2008.3.17. 멸실까지 10년 이상을 보유한 주택으로, 소득세법제95조 제2항, 제4항에서 ‘1세대1주택에 해당하는 자산의 경우 양도차익에서 공제되는 장기보유특별공제액 계산 시 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’고 정하면서 구주택을 멸실하고 신축한 주택을 양도하는 경우에 대하여 달리 정한 바가 없으므로, 따라서 구주택의 노후로 인한 재건축에 해당하므로 구주택 보유기간과 신축주택 보유기간을 합산하여 1세대1주택 비과세를 적용하고 그에 대한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 장기보유특별공제액 계산 시 멸실 전 구주택의 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제95조 (양도소득금액)의 장기보유특별공제는 멸실된 주택과 재건축한 주택의 거주기간과 보유기간을 통산하여 1세대1주택 해당 여부 판단 시 적용하는 보유기간 등을 통산하는 것과 같이 적용해야 한다고 청구인이 주장하나 장기보유특별공제의 경우에는 다르다.

(2) 신축주택은 도시 및 주거환경정비법에 의한 재건축이 아닌 일반주택의 재건축에 해당되는 바, 소득세법 제95조 의 장기보유특별공제를 적용하는 보유기간은 재건축한 당해 주택의 취득일부터 기산하는 바, 따라서, 주택 부수토지의 전체 보유기간에 대하여 소득세법 제95조 제2항 의 표1(“1세대1주택이 아닌 경우”)에 규정된 공제율 30%와 3년 미만의 주택에 대한 같은항 표2(“1세대1주택인 경우”)에 규정된 공제율 0% 中 큰 공제율인 30%를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 재건축 주택을 양도하는 경우 주택 부수토지의 장기보유특별공제율 적용 시 멸실된 구주택 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하는지 여부
• 나. 관련법령 [별첨]
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인은 1996.09.20. OOO빌라 제25동 제101호 아파트 179.06㎡, 대 173.45㎡(이하 “구주택”이라 한다)를 청구외 OOO로부터 취득하여 보유하다가, 2008.03.14. 구주택을 멸실하고, 아래 그림과 같이 2010.04.26. OO OO OO OOO-OO OOOOOO 제201동 제101호 아파트 403.21㎡(대지 75.93㎡)를 신축하였다. (나) 2010.12.24. 구주택의 부수토지 173.45㎡ 中 97.52㎡를 신축주택의 시행사 OOO도시개발(주)에게 매매대금 OOO원에 양도하였고, 75.93㎡는 신축주택의 대지권으로 등기한 후, 2010.12.29. 신축주택(1세대 1주택 고가주택에 해당함)을 매수자 송OOO에게 매매대금 OOO원에 양도하였다. (다) 청구인은 1세대1주택 고가주택 양도에 해당하므로 장기보유특별공제율을 10년이상 보유에 해당하는 80%를 적용하여 2011.3.3. 양도소득세를 신고, 납부하였다. (라) 분할 양도한 구주택 부수토지 97.52㎡에 대한 비과세양도차익 배제 및 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 부과처분한 것에 대하여는 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 다음과 같은 사유로 이 건 부과처분한 것이라고 답변서 등 심리자료에서 과세근거를 밝히고 있다. (가) 청구인은 주택 부수토지에 대한 장기보유특별공제액 계산 시 멸실 전 구주택의 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제95조 (양도소득금액)의 장기보유특별공제는 양도차익에서 공제하는 항목으로, 양도차익을 계산할 때 취득가액은 신축주택의 취득시기인 사용승인일의 가액을 기준으로 산정하므로 그 차액에 대한 장기보유특별공제율 적용 시에도 신축주택의 취득일부터 적용함이 타당하다. (나) 청구인이 구주택의 부수토지 및 신축주택을 양도하기 전 이미 공시된 기획재정부 재산-1597(2009.10.27)에서도 도시 및 주거환경정비법에 의한 재건축이외의 신축주택을 양도하는 경우에는 소득세법 제95조 의 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 재건축한 당해 주택의 취득일 부터 기산하는 것으로 해석하고 있는 바, 따라서, 당해 주택은 도시 및 주거환경정비법에 의한 재건축이 아닌 일반주택의 재건축에 해당되므로 주택 부수토지의 전체 보유기간에 따라 소득세법 제95조 제2항 의 표1(“1세대1주택이 아닌 경우”)에 규정된 공제율 30%와 같은항 표2(“1세대1주택인 경우”)에 규정된 3년 미만의 주택에 대한 공제율 0% 中 큰 공제율인 30%를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

(3) 청구인은 이 건 부과처분이 다음과 같은 사유로 부당하다고 청구이유서 등 항변자료를 통하여 주장하고 있다. (가) 세대1주택 양도소득세 비과세 적용 시 구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 양도하는 경우, 양도하는 자산은 신축주택이므로 양도자산의 취득시기와 보유기간의 기산점을 신축주택의 완성시기로 볼 경우, 구주택을 그대로 보유하다가 양도한 경우에 비해 구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 양도한 경우가 지나치게 불리하게 되는 점을 고려하여, “거주하거나 보유하는 중 노후 등으로 재건축한 주택의 경우에는 멸실된 주택과 재건축한 주택의 거주기간과 보유기간을 통산”하여 1세대1주택 해당여부를 판단하도록 정한 소득세법 제154조 제8항 제1호 를 적용하며, 장기보유특별공제액 기간계산의 경우에도 이를 준용하여 구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 1세대 1주택으로 양도하는 경우 주택부속토지의 보유기간은 멸실 전 구주택 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하는 것이 타당하다.(조심 2010서1610, 2010.11.17. 같은 뜻임) (나) 청구인이 소유했던 구주택은 1996.9.20. 취득하여 2008.3.14. 멸실 때까지 10년 이상 보유한 주택으로 과세관청이 주택 부속토지에 대한 장기보유특별공제율적용 시 신축주택 취득일부터 기산하여 신축주택보유기간이 1년미만이므로, 일반토지의 장기보유공제율인 30%를 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 법 적용의 오류로 볼 수 있으며, 소득세법 제95조제2항,제4항에서 “1세대1주택에 해당하는 자산의 경우 양도차익에서 공제되는 장기보유특별공제액 계산 시 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다”고 정하면서 구주택을 멸실하고 신축한 주택을 양도하는 경우에 대하여 달리 정한 바가 없으며, 청구인의 경우 구주택의 노후로 인한 재건축에 해당하므로 구주택보유기간과 신축주택보유기간을 합산하여 1세대1주택 비과세 적용 및 그에 대한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다. (다) 소득세법 시행령 제154조제1항에는 비과세되는 1세대 1주택의 보유기간을 계산함에 있어서 구 주택을 멸실하고 신축주택을 양도하는 경우 당해주택의 보유기간을 구주택보유기간과 신축주택보유기간을 통산하여 판정하도록 규정되어 있으며, 이러한 법 취지는 1주택 장기보유자에 대한 실현이득을 보존 해주고자하는데 있는 것이며, 구주택을 양도한 경우보다 노후로 인하여 구 주택을 멸실하고 신축주택을 양도한 경우가 지나치게 불리한 법 적용을 받는다면 법적 안정성과 예측가능성에 위배될 뿐 아니라, 장기보유특별공제가 자산별로 적용하는 일반원칙에 어긋나는 바, 따라서, 청구인의 쟁점토지에 대한 양도소득 계산 시 장기보유특별공제율은 구주택보유기간과 신축주택보유기간을 통산하여 적용하는 것이 타당하다.

(4) 청구인은 구주택을 2008.3.14. 멸실하고 OOO도시개발주식회사에서 공사를 시행하여 2010.4.26. 신축주택을 완공한 것으로 건축물대장, 부동산 등기부등본에 나타난다.

(5) 살피건대, 도시 및 주거환경정비법등에 의하지 아니하고 임의재건축을 통해 구주택을 멸실한 후 주택을 신축하여 신축 전후에 1세대 1주택의 요건을 충족한 상태에서 이를 양도한 경우 그 부수토지에서 발생한 양도차익에 대한 장기보유특별공제는 멸실 전 구주택 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산한 보유기간에 해당하는 공제율을 적용하여야 할 것인 바(조심2012서2649 2012.10.11., 조심 2010서1610, 2010.11.17.외 다수 같은 뜻), 구주택 보유기간(약 11년6개월: 취득일 1996.9.20.～멸실일 2008.3.14.) 및 신축주택 보유기간(약 8개월: 사용승인일 2010.4.26.～양도일 2010.12.29.)을 통산한 1세대 1주택 부수토지로서의 쟁점토지 보유기간이 10년이상(장기보유특별공제율 100분의 80)에 해당하는 바, 처분청이 쟁점토지에서 발생한 양도차익에 대해 일반토지의 장기보유특별공제율인 30%를 적용하여 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별첨]: 관련법령 (1) 소득세법 제89조 [비과세 양도소득]

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

② 대통령령으로 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조 [양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[지적법에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조 【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

⑧ 제1항의 규정에 의한 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다.

1. 거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간 제159조의2【장기보유특별공제】법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조 [고가주택에 대한 양도차익등의 계산]

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법제95조제2항에따른 장기보유특별공제액×{(양도가액-9억원)/양도가액}