국내자회사가 재출자한 국외계열회사는 법인세법 제18조의3 제1항 제4호의 계열회사에 포함된다고 보기 어려움

OOO세무서장이 2012.11.1. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 청구법인이 출자한 OOO해운 주식회사(이하 “OOO해운”이라 한다), OOO석유 주식회사(이하 “OOO석유”라 한다) 등으로부터 2006사업연도부터 2008사업연도까지 배당을 받았고, 각사업연도 법인세과세표준 신고시 배당금을 지급한 계열회사인 OOO해운이 국외계열회사들에 재출자를 하고 국외계열회사들로부터 수령한 배당금에 대하여는 구법인세법제18조의3 제1항에 따라 수입배당금 익금불산입액을 산정하여 각 사업연도 법인세과세표준 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2006사업연도부터 2008사업연도까지 OOO해운, OOO석유로부터 배당을 받고 각사업연도 법인세 신고시 수입배당금에 대한 익금불산입액 조정과정에서 OOO해운의 국외소재 손자회사인 OOO 등 6개 국외계열회사에 대한 재출자분을 반영하지 아니하고 수익배당금 익금불산입액을 산정하였다 하여, OOO해운이 국외계열회사들에 대해 재출자한 부분을 구법인세법제18조의3 제1항 제4호 규정에 의한 수입배당금 익금불산입 배제대상으로 보아, OOO해운이 국외계열회사들로부터 수령한 배당금과 관련된 금액을 청구법인의 익금불산입 대상에서 제외하여, 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO을 각 사업연도 익금에 산입하고, 2009사업연도 과세표준 경정시 위 금액OOO을 이월결손금에서 차감하여(2006․2007․2008사업연도 결손), 2012.11.1. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 “공정거래법”이라 한다)개정으로 1999년 4월부터 설립이 허용된 지주회사의 경우 자회사로부터의 배당금이 주된 수입원임을 감안하여 지주회사가 자회사로부터 받은 수입배당금을 익금불산입하는 제도가 도입되었고(1999.12.28.법인세법개정), 1년 후 일반회사에 대해서도 지주회사와의 과세형평성 도모 차원에서 수입배당금 익금불산입 제도가 도입(2000.12.29.법인세법개정)되었으며, 자회사 재출자 제한 규정(지주회사의 경우법인세법제18조의2 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제17조의2 제6항 제2호 / 일반회사의 경우법인세법제18조의3 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제17조의3 제4항)이 지주회사는 물론 일반회사의 경우에도 도입된 이후 그 적용범위가 계속 축소되어 온 점과, 법인세법 시행령규정이 ‘내국법인’에서 ‘계열회사’로 변경(규제대상 재출자 법인이 ‘내국법인’에서 ‘계열회사’로 변경)된 것이법인세법상 ‘계열회사 외의 다른 내국법인에 1% 초과하여 출자한 경우’라는 문언이 삭제된 것에 맞추어 조문을 정비한 것에 불과한 점을 종합할 때 그 개정의 의도가 규제 범위를 확대하기 위한 것이 아님을 알 수 있다. 자회사의 재출자 제한 규정은 국내에서의 경제력 집중 억제를 위한 규정으로 자회사가 국외계열회사에 출자한 경우는 도입 당시부터도 규제대상이 아니었고(공정거래법제8조의2는 지주회사의 행위제한을 규정하면서 같은 조 제3항 제2호에서 사업관련 손자회사 외의 ‘국내계열회사’의 주식의 소유를 금지하고 있음), 2005.12.31.법인세법개정 당시의 개정세법 해설 내용을 감안할 때, 일반회사의 자회사가 계열회사에 재출자시에도 지주회사의 경우와 마찬가지로 수입배당금 익금불산입을 배제하되,공정거래법에서 지주회사의 자회사가 국내계열회사의 주식을 소유하는 것을 금지하고 있는 점을 감안하여 익금불산입 배제 대상을 국내계열회사, 즉 내국법인으로 한정하려는 것이 입법취지임을 알 수 있고, 다만 조문 정비과정에서 ‘내국법인’이라는 문언 대신 ‘계열회사’라는 문언을 채용함으로써 혼란이 생겼다 할 것으로, 이러한 취지에 비추어 보아도 자회사의 재출자 제한 규정은 국내에서의 경제력 집중을 억제하기 위한 것으로서 그 규제대상이 내국법인에 한정되는 것으로 해석하는 것이 합리적이다. 따라서, 지주회사 및 일반회사의 수입배당금 익금불산입 규정의 도입 취지, 자회사 재출자 제한 규정의 도입 배경과 그 개정연혁을 고려할 때,법인세법제18조의3 제1항 제4호의 ‘계열회사’ 및 법인세법 시행령제17조의3 제4항의 ‘계열회사’ 의 범위는 내국법인으로 제한하여 해석되어야 하므로, 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 구법인세법제18조의3 제1항 제4호에서 일반회사의 자회사가 다른 계열회사에 재출자하는 경우 ‘수입배당금 익금불산입 적용을 배제’ 하도록 규정하고 있고, ‘계열회사’라 함은 같은 법 제18조2 제1항 제4호에서 ‘공정거래법에 의한 계열회사’라고 지칭하고 있는바,공정거래법상 계열회사란 ‘2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사’라고 규정하고 있으며, 동일한 기업집단에 속하는 회사의 범위에 국외에 소재하는 회사를 제외하고 있지 아니하고,공정거래법의 집행기관인 공정거래위원회도 기업집단현황 공시제도를 운용함에 있어서 국외계열회사를 공시항목에 포함하도록 하고 있어공정거래법이 국내계열회사만을 대상으로 하고 있는 것이 아니므로, 청구법인에 배당금을 지급한 OOO해운이 국외에 소재하는 계열회사에 재출자한 경우를 구법인세법제18조의3 제1항 제4호의 규정에 의한 수입배당금 익금불산입 배제대상으로 보아 이 건 법인세를 경정ㆍ고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 출자한 국내자회사가 재출자한 국외계열회사들을법인세법제18조의3 제1항 제4호의 “계열회사”에 해당된다고 보아 재출자한 비율 상당분에 대하여 수입배당금 익금불산입 배제대상으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장 ․ ․ ․ ․ ․ ․ (중간생략) ․ ․ ․ ․ ․ ․ 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

(1) 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제18조의2 (지주회사의 수입배당금액의 익금불산입) ① 내국법인 중독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사 중 대통령령이 정하는 지주회사(금융지주회사법에 의한 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)가 자회사(당해 지주회사가 출자한 법인으로서 지주회사의 자회사에 대한 출자비율 등을 감안하여 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 내국법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)로부터 받은 이익의 배당액이나 잉여금의 분배액과 제16조의 규정에 의한 배당금 또는 분배금의 의제액(이하 이 조 및 제18조의3에서 “수입배당금액”이라 한다) 중 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액이 제3호 및 제4호의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

1. 자회사의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 경우에는 100분의 40)을 초과하여 출자한 경우에는 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액에 100분의 90을 곱하여 산출한 금액. 다만, 자회사의 발행주식총수 또는 출자총액의 전액을 출자한 경우에는 자회사로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다.

2. 자회사에 출자한 비율이 제1호에서 정한 율 이하인 경우에는 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액에 100분의 60을 곱하여 산출한 금액

3. 지주회사가 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 차입금의 이자 중 제1호 및 제2호의 규정에 의한 익금불산입비율 및 자회사에 출자한 금액이 지주회사의 자산총액에서 차지하는 비율 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액

4. 자회사가 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 계열회사(이하 이 호 및 제18조의 3에서 "계열회사" 라 한다)에 출자한 경우 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액에 당해 자회사가 계열회사에 출자한 금액을 감안하여 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우를 제외한다.

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조 제1호 의 3의 규정에 의한 자회사가 공정거래위원회가 정하는 사업관련 손자회사에 출자한 경우
• 나. 금융지주회사법 제2조 제1항 제2호 의 규정에 의한 자회사가 동항 제3호의 규정에 의한 손자회사에 출자한 경우
• 다. 금융지주회사법 제2조 제1항 제2호 의 규정에 의한 자회사가 제18조 제6호의 규정에 의한 기관투자자에 해당하는 경우 제18조의3 (수입배당금액의 익금불산입) ① 내국법인이 당해 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의2의 규정을 적용받는 수입배당금액을 제외한다) 중 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액이 제3호 및 제4호의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액. 다만, 발행주식총수 또는 출자총액의 전액을 출자한 경우에는 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다.

2. 내국법인이 제1호에서 정한 율 이하로 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액

3. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 제18조의2 제1항 제3호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액

4. 당해 내국법인에게 배당을 지급한 다른 내국법인이 계열회사에 출자한 경우에는 제18조의 2 제1항 제4호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액 (2) 법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정된 것) 제17조의2 (지주회사의 수입배당금액의 익금불산입) ①～⑤ (생 략)

⑥ 법 제18조의2 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 율" 이라 함은 제1호의 규정에 의한 율에 제2호의 규정에 의하여 계산한 비율을 곱하여 계산한 율을 말한다.

1. 지주회사가 자회사에 출자한 비율이 법 제18조의2 제1항 제1호 본문에 해당하는 경우에는 100분의 90, 동호 단서에 해당하는 경우에는 100분의 100, 법 제18조의2 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 100분의 60. 이 경우 자회사가 2 이상인 때에는 각 자회사별로 그에 해당되는 율로 한다.

2. 당해 자회사가 계열회사에 출자하여 취득한 주식 등의 장부가액이 당해 자회사가 지주회사로부터 출자받은 금액(지주회사가 자회사에 출자하여 취득한 주식 등의 장부가액을 말한다)에서 차지하는 비율. 이 경우 그 비율이 100분의 100을 초과하는 때에는 이를 100분의 100으로 한다. 제17조의3 (일반법인의 수입배당금액의 익금불산입) ①～③ (생 략)

④ 법 제18조의3 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 계열회사에 출자한 다른 내국법인(이하 이 조에서 "배당지급법인" 이라 한다)으로부터 받은 수입배당금액에 제1호의 규정에 따른 율과 제2호의 규정에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 내국법인이 배당지급법인에 출자한 비율이 법 제18조의3 제1항 제1호 본문에 해당하는 경우에는 100분의 50, 동호 단서에 해당하는 경우에는 100분의 100, 법 제18조의3 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 100분의 30. 이 경우 배당지급법인이 2 이상인 때에는 각 배당지급법인별로 그에 해당하는 율로 한다.

2. 당해 배당지급법인이 계열회사에 출자하여 취득한 주식 등의 장부가액이 당해 배당지급법인이 내국법인으로부터 출자받은 금액(내국법인이 배당지급법인에 출자하여 취득한 주식 등의 장부가액을 말한다)에서 차지하는 비율. 이 경우 그 비율이 100분의 100을 초과하는 때에는 이를 100분의 100으로 본다.

(3) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1.․2. (생 략)

3. "계열회사"라 함은 2이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사라 한다. 제8조의2 (지주회사 등의 행위제한 등) ①․② (생 략)

③ 일반지주회사의 자회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다.

1. 사업관련 손자회사의 주식을 당해 사업관련 손자회사 발행주식총수의 100분의 40(그 사업관련손자회사가 상장법인 또는 국외상장법인이거나 공동출자법인인 경우에는 100분의 20으로 한다. 이하 이 조에서 "사업관련 손자회사 주식보유기준"이라 한다) 미만으로 소유하는 행위. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 인하여 사업관련손자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

• 가. 자회사가 될 당시에 사업관련손자회사의 주식을 사업관련손자회사주식보유기준 미만으로 소유하고 있는 경우로서 자회사에 해당하게 된 날부터 2년 이내인 경우
• 나. 상장법인 또는 국외상장법인이거나 공동출자법인이었던 사업관련손자회사가 그에 해당하지 아니하게 되어 사업관련손자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 해당하지 아니하게 된 날부터 1년 이내인 경우
• 다. 사업관련손자회사가 주식을 모집 또는 매출하면서 증권거래법 제191조의7 (우리사주조합원에 대한 우선배정)의 규정에 따라 우리사주조합에 우선 배정하거나 당해 사업관련손자회사가 상법 제513조 (전환사채의 발행) 또는 제516조의2(신주인수권부사채의 발행)의 규정에 따라 발행한 전환사채 또는 신주인수권부사채의 전환이 청구되거나 신주인수권이 행사되어 사업관련손자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 미달하게 된 날부터 1년 이내인 경우
• 라. 사업관련손자회사가 아닌 회사가 사업관련손자회사에 해당하게 되고 사업관련손자회사주식보유기준에는 미달하는 경우로서 당해 회사가 사업관련손자회사에 해당하게 된 날부터 1년 이내인 경우
• 마. 사업관련손자회사를 사업관련손자회사에 해당하지 아니하게 하는 과정에서 사업관련손자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 미달하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간내에 사업관련손자회사에 해당하지 아니하게 된 경우에 한한다)

2. 사업관련 손자회사가 아닌 국내계열회사의 주식을 소유하는 행위. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 사유로 인하여 주식을 소유하고 있는 국내계열회사의 경우에는 그러하지 아니하다.

• 가. 자회사가 될 당시에 주식을 소유하고 있는 국내계열회사의 경우로서 자회사에 해당하게 된 날부터 2년 이내인 경우
• 나. 계열회사가 아닌 회사를 사업관련손자회사에 해당하게 하는 과정에서 당해 회사가 계열회사에 해당하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간내에 사업관련손자회사에 해당하게 된 경우에 한한다)
• 다. 주식을 소유하고 있지 아니한 국내계열회사를 사업관련손자회사에 해당하게 하는 과정에서 당해 계열회사의 주식을 소유하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간내에 사업관련손자회사에 해당하게 된 경우에 한한다)
• 라. 사업관련 손자회사를 사업관련 손자회사에 해당하지 아니하게 하는 과정에서 당해 사업관련 손자회사가 사업관련 손자회사에 해당하지 아니하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간내에 계열회사에 해당하지 아니하게 된 경우에 한한다) (4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조 (기업집단의 정의) 법 제2조(정의) 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 회사를 말한다.

1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각목의 1에 해당하는 자(이하 “동일인관련자”라 한다)와 합하여 당해 회사의 발행주식[ 상법 제370조 (의결권 없는 주식)의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조, 제3조의2(기업집단으로부터의 제외), 제17조의5(채무보증 금지대상의 제외요건) 및 제18조(기업결합의 신고등)에서 같다] 총수의 100분의 30이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사

• 가. 배우자, 8촌이내의 혈족, 4촌이내의 인척(이하 “친족”이라 한다)
• 나. 동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합하여 총출연금액의 100분의 30이상을 출연한 경우로서 최다출연자가 되거나 동일인 및 동일인관련자중 1인이 설립자인 비영리법인 또는 단체(법인격이 없는 사단 또는 재단을 말한다. 이하 같다)
• 다. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 임원의 구성이나 사업운용 등에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 비영리법인 또는 단체
• 라. 동일인이 이 호 또는 제2호의 규정에 의하여 사실상 사업내용을 지배하는 회사
• 마. 동일인 및 동일인과 나목 내지 라목의 관계에 해당하는 자의 사용인(법인인 경우에는 임원, 개인인 경우에는 상업사용인 및 고용계약에 의한 피용인을 말한다)

2. 다음 각목의 1에 해당하는 회사로서 당해 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사

• 가. 동일인이 다른 주요 주주와의 계약 또는 합의에 의하여 대표이사를 임면하거나 임원의 100분의 50이상을 선임하거나 선임할 수 있는 회사
• 나. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 당해 회사의 조직변경 또는 신규사업에의 투자등 주요 의사결정이나 업무집행에 지배적인 영향력을 행사하고 있는 회사
• 다. 동일인이 지배하는 회사(동일인이 회사인 경우에는 동일인을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)와 당해 회사간에 다음의 1에 해당하는 인사교류가 있는 회사

(1) 동일인이 지배하는 회사와 당해 회사간에 임원의 겸임이 있는 경우

(2) 동일인이 지배하는 회사의 임·직원이 당해 회사의 임원으로 임명되었다가 동일인이 지배하는 회사로 복직하는 경우(동일인이 지배하는 회사 중 당초의 회사가 아닌 회사로 복직하는 경우를 포함한다)

(3) 당해 회사의 임원이 동일인이 지배하는 회사의 임·직원으로 임명되었다가 당해 회사 또는 당해 회사의 계열회사로 복직하는 경우

• 라. 통상적인 범위를 초과하여 동일인 또는 동일인관련자와 자금·자산·상품·용역 등의 거래를 하고 있거나 채무보증을 하거나 채무보증을 받고 있는 회사, 기타 당해 회사가 동일인의 기업집단의 계열회사로 인정될 수 있는 영업상의 표시행위를 하는 등 사회통념상 경제적 동일체로 인정되는 회사
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 출자한 OOO해운이 출자한 국외계열회사의 현황을 보면 다음 <표1>과 같은 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOO OOO OOOOO OO (OOOO)

(2) 청구법인의 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서의 부속서류인 수입배당금명세서의 익금불산입 명세에서 OOO해운과 OOO석유의 익금불산입액을 보면 다음 <표2>와 같은 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOO O OOOOO OO (OOOOOO)

(3) 처분청은 청구법인이 국내 소재 계열회사에 대한 출자금액에 대해서는 익금불산입 차감금액을 계산하였으나, OOO해운이 출자한 국외계열회사인 OOO 외 등 6개 계열회사에 대해서는 익금불산입 차감금액을 계산하지 아니하였다 하여, 아래 <표3>과 같이 수입배당금에 대한 익금불산입 상당액을 조정한 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOO OOOOOO OO OO (OOOOO)

(4) 기획재정부(구 재정경제부)에서 발간한 연도별 개정세법 해설책자에 의하면, 일반회사가 자회사로부터 수취한 수입배당금의 익금불산입과 관련한 제도의 주요 제․개정연혁은 다음과 같다. (가) 2000.12.29. 신설된법인세법제18조의3의 개정이유를 보면, 일반법인의 수입배당금에 대해서만 과세한다면 기업의 경영형태의 선택 등에 대하여 법인세제가 비중립적인 영향을 주게 된다는 비판 및 지주회사에 대해서만 이중과세를 벗어날 특권을 주는 것은 부당하다는 비판에 따라, 일반회사에 대한 수입배당금 익금불산입 규정을 신설하였고, 신설취지는 일반법인의 수취배당에 대해 이중과세조정 장치를 도입하여 기업과세제도의 선진화 및 지주회사와 일반법인간의 과세형평의 도모에 있다고 하고 있다. (나) 위 신설규정에 더하여 배당금을 지급한 내국법인이공정거래법상 ‘계열회사’에 재출자시 익금불산입을 배제하는 내용으로 2005.12.31. 구법인세법제18조의3 제1항 제4호를 신설하였는바, 그 취지를 일반법인의 경우에도 지주회사와 동일하게 자회사가 재출자 하는 경우 익금불산입을 배제하여 연쇄출자를 통한 계열확장을 억제하되, 다만공정거래법에서도 계열회사 외의 타법인에 대한 재출자를 규제하고 있지 않은 점을 감안하여 익금불산입을 허용한다고 밝히고 있다. (다) 2008.12.26.법인세법제18조의3을 개정하면서 계열회사 재출자시 수입배당금 익금불산입 배제를 규정한 같은 조 제1항 제4호를 폐지하였는바, 그 이유는 법인간 이중과세 조정이라는 수입배당금 익금불산입 제도의 본래 취지와 관계없는 규제를 폐지하기 위함이라고 하면서 2009.1.1.이후 배당받는 분부터 적용한다고 하고 있다.

(5) 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의법인세법제18조의3 제1항에서 내국법인(제1조 제2호의 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의2의 규정을 적용받는 수입배당금액을 제외한다) 중 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(단서생략)과 내국법인이 제1호에서 정한 율 이하로 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액의 합계액(제1호 및 제2호)이 내국법인이 각 사업 연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 제18조의2 제1항 제3호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액과 해당 내국법인에게 배당을 지급한 다른 내국법인(해당 내국법인의 계열회사인 경우로 한정한다)이 계열회사에 출자한 경우(2005.12.31. 제4호 신설)에는 제18조의2 제1항 제4호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 합계액(제3호 및 제4호)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다고 규정하였고, 제4호에서 준용하고 있는 같은 법 제18조의2 제1항 제4호에서는 제4호의 계산금액이 자회사가공정거래법에 따른 계열회사에 출자한 경우 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액에 당해 자회사가 계열회사에 출자한 금액을 감안하여 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액이라고 규정하면서, 단서에공정거래법제2조 제1호의3의 규정에 의한 자회사가 공정 거래위원회가 정하는 손자회사에 출자한 경우 등은 제외한다고 규정하였다가, 2008.12.26.법인세법개정시 제18조의3 제1항 제4호를 폐지하였다. 또한, 2005.12.31.법인세법제18조의3 제1항 제4호가 신설되기 전에 시행되었던 법인세법 시행령제17조의2 제6항 제2호는 익금불산입 배제액을 산정함에 있어 자회사가 ‘다른 내국법인’에 출자한 가액을 기준으로 하도록 규정하였다가, 2006.2.9. 시행령 개정시 위 조문 중 ‘다른 내국법인’을 ‘계열회사’로 개정하였다.

(6) 살피건대, 수입배입당금 익금불산입 과세근거 법령인법인세법제18조의2(1999.12.31. 신설)는 우리나라가 외환위기(1997년 12월)를 극복하는 과정에서 대기업의 연쇄출자를 통한 계열회사 확장을 억제 하고 주력업종의 국제경쟁력을 강화하고자 하는 차원에서 신설되었던 점, 국내자회사의 재출자에 대한 익금불산입 배제사항을 규정(2005.12.31. 신설)한 같은 법 제18조의3 제1항 제4호의 신설시 일반법인의 경우에도 지주회사와 동일하게 자회사가 재출자 하는 경우 익금불산입을 배제하여 연쇄출자를 통한 계열확장을 억제하되공정거래법에서 계열회사 외의 타법인에 대한 재출자를 규제하고 있지 않은 점을 감안하여 계열회사 외의 타법인에 대해서는 익금불산입을 허용하였던 사실(재정경제부 발간 2005간추린 개정세법 참조)에서 볼 때,법인세법상 출자에 대한 규제는공정거래법상의 규제와 궤를 같이 하고 있는 것으로 보이는 점, 2006.2.9. 개정전 구 법인세법 시행령제17조의2 제6항 제2호에서 지주회사의 수입배당금 익금불산입 배제액을 산정함에 있어 자회사가 ‘다른 내국법인’에 출자한 가액을 기준으로 하도록 규정하였던 점, 2005.12.31.법인세법제18조의3 개정으로 ‘계열회사’에 대한 출자 규제규정을 신설함에 있어 국외자회사로까지 규제대상을 확대 하려는 입법의도가 확인되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 국내자회사의 재출자에 대해 수입배당금 익금불산입을 배제하는 범위는 자회사가 국내계열회사에 재출자하는 경우만을 의미하는 것이지 국외계열회사에 재출자하는 경우까지 포함된다고 보기는 어려우므로, 처분청이 청구법인의 국내자회사인 SK해운이 국외손자회사에 재출자한 부분을법인세법제18조의3 제1항 제4호의 수입배당금 익금불산입 배제대상으로 보아 관련 금액을 익금산입(익금불산입 배제)하여 과세한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.