쟁점세금계산서가 공급시기가 속한 과세기간에 발급받은 것으로 볼 수 없다 하여 당해 매입세액의 환급을 거부한 처분의 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 제조업(프라스틱제품)을 영위하는 법인으로서 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 OOO의 공장용지 3,152㎡ 및 그 지상 공장건물 602㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 매입하고 동 부가가치세 과세기간에 동 매입을 신고하지 아니하였다.
• 나. OOO은 2011년 제1기 부가가치세 신고시 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 쟁점건물에 대한 매출을 누락하고(2011.12.21. 쟁점금액만큼 전자세금계산서 발급한 후 같은 날 취소시켰음), 청구법인이 매입세액 공제가 불가능하게 되자 2012.2.21. 쟁점금액에 대한 매출을 수정신고하였다(전자세금계산서는 발급하지 않았음).
• 다. 청구법인은 2012.8.13. 쟁점금액 관련 매입세액을 공제하여 달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 2012.10.19. 청구법인이 제시한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)가 재화의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 것으로 볼 수 없다 하여 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.30. 이의신청을 거쳐 2013.1.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 거래처인 OOO이 2011년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점금액에 대한 매출신고를 누락하였으나, 2012.2.21. 수정신고하였다(2011.12.21. 전자세금계산서를 발행하였다가 취소시키고 2011년 제1기 부가가치세 확정신고기간 내 전자세금계산서를 발행하지 못하여 청구법인이 매입세액 공제가 불가능하게 되자 이후 종이세금계산서를 발행하고 수정신고를 통해 매출신고하였음).

(2) 청구법인이 거래처 OOO로부터 정상적으로 건물을 매입하고 대금을 결제한 내역이 확인됨에도, 쟁점세금계산서에 해당하는 매입세액을 공제할 수 없다는 내용의 경정청구 거부처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 부가가치세법제16조 제2항에 의하면 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서를 발급하여야 하고, 같은 법 제17조 제2항 제2호에 의하면 법 제16조에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 매입세액이 매출세액에서 공제되지 않지만 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 공제 가능한바, 위의 대통령령으로 정하는 경우란, 같은 법 시행령 제60조 제2항 제5호에 의하여 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고 그 거래사실도 확인되는 경우로서, 2011.6.15.(2011년 제1기 과세기간)에 재화의 공급이 실제 있었다고 하더라도 세금계산서를 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우에 한하여 매입세액을 공제받을 수 있는바, 그 이유는 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행․교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행부가가치세법체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세 뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이라 할 것이므로(조심 2012중672, 2012.3.29. 같은 뜻임), 청구법인이 당초 쟁점세금계산서를 누락하여 신고한 점, OOO이 2011.12.21.(2011년 제2기 과세기간)에 이 건과 관련하여 전자 세금계산서를 발급하였다가 같은 날 취소한 점, 청구법인이 2011년 제1기 과세기간에 쟁점세금계산서에 상응하는 부가가치세를 OOO에 지급하였는지가 불분명한 점 등 청구법인이 쟁점세금계산서를 당초 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받았다고 보기 어려운 것으로 판단되므로 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서가 공급시기가 속한 과세기간에 발급받은 것으로 볼 수 없다 하여 당해 매입세액의 환급을 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다.

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.

④ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급·전송할 수 있다.

⑥ 세금계산서를 발급하기 어렵거나 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 작성·발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 제17조 【납부세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제60조(매입세액의 범위) ②법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항에 따른 사업자등록증발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

4. 법 제16조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다), 그 거래사실도 확인되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 매입한 쟁점건물의 등기부등본상 등기접수일은 2011.6.15.로 나타난다.

(2) 청구법인은 이 건 경정청구내역에서 쟁점건물의 매입 공급가액 OOO원을 매입세액에 포함하여 경정청구한 내용이 나타나고, 청구법인이 제시한 쟁점세금계산서에는 공급자는 OOO로, 공급받 는 자는 청구법인으로, 작성일자는 2011.6.15.로, 공급가액은 OOO원 으로 기재된 것으로 나타난다.

(3) 이 건 부동산 매매계약서에는 매도인인 김OOO(OOO 대표) 외 2인이 이 건 부동산을 매수인 청구법인의 대표 김OOO에게 매매대금 OOO원(계약금 계약시 OOO원, 잔금 2011.5.6. OOO원, 융자금 채권최고액 OOO원을 특약사항에 별도명시)에 매도하기로 2011.4.9. 계약체결한 내용이 나타나고, 특약사항에는 ① 계약은 현상태에서 쌍방합의 하에 매매하고, ② 현재 공장내부 집기류는 4월16일까지 철수하며, ③ 4월30일 잔금지급후 어떠한 문제가 생기면 모든 책임과 이익손실에 대한 모든 책임은 매도인에게 법적 책임을 취하고, ④ OOO 가압류건은 4월20일까지 매도인이 해결하며, ⑤ 본 물건의 근저당설정은 잔금지급날 동시에 해결한다는 내용이 나타난다.

(4) 청구법인은 OOO은행 대출금으로 대금을 지급하였다고 하면서 OOO원 상당의 대출금(2011.6.15.자) 및 OOO원 상당의 대출금(2011.6.15.) 증빙 등을 제시하고 있다.

(5) 청구법인은 공급자인 OOO이 2011.12.21. 전자세금계산서를 발행하였다가 취소시키고 2011년 1기 부가가치세 신고기간 내 전자세금계산서서를 발행하지 못하여 청구법인의 매입세액 공제가 불가능하게 되자 이후 종이세금계산서를 수정신고하였다는 주장이다.

(6) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO로부터 정상적으로 건물매입이 이루어졌고 대금결제내역도 확인되므로 관련 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다고 주장하나, 재화의 공급시기에 세금계산서를 발행하고 교부받아 부가가치세를 신고하는 경우에는 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하지만, 재화의 실제 공급이 있었다고 하더라도 세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받지 않고 당해 과세기간을 경과하여 발급받은 경우 해당 매입세액을 공제받을 수 없는 것인바, 쟁점세금계산서와 관련한 계약이 위와 같이 2011.6.15. 이루어진 것으로 나타나는 반면, 청구법인과 거래처인 OOO이 쟁점세금계산서를 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 신고하지 아니하여 동 과세기간에 쟁점세금계산서가 발행된 것으로 확인되지 아니하는 점, 이 건 계약서 등에 부가가치세가 기재되지 아니하고 청구법인이 거래처인 OOO에게 관련 부가가치세를 지급한 것인지 여부가 불분명한 점과 청구법인의 거래처인 OOO이 해당 과세기간에 매출신고를 하지 않고 2012.2.21. 수정신고한 점 등을 볼 때, 쟁점세금계산서를 재화의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 것으로 볼 수 없다 하여 경정거부한 처분청 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.