조세특례제한법 제133조에 따른 계산시 8년자경감면과 수용감면이 중복되는 경우 하나의 감면규정만을 적용해야 함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2010.4.30. OOO 내에 있는 OOO 토지 3,951㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 양도한 후,조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액 OOO원을 적용하여 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을, 2011.1.12 같은 동 419-2 토지 2,130㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 양도한 후, 조특법 제69조의 감면세액 OOO원을 적용하여 해당 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 2012.2.23. 위 양도소득세 신고내용에 대하여 2010년 귀속 감면세액을 자경농지 감면세액 OOO원, 공익사업토지 감면세액 OOO원으로, 2011년 귀속 감면세액을 자경농지 감면세액 OOO원으로 정정하여 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 경정청구에 따라 해당 세액을 환급하였다가, 다시 부인하여 2012.5.9. 청구인에게 2011 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.29. 이의신청을 거쳐 2012.11.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 양도소득세 감면을 적용함에 있어서 감면적용의 순서는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 적용하는 것이고, 감면종합한도를 적용함에 있어서는 감면받은 연도별 순서에 따라 적용하는 것은 법리를 오해한 것(5년간 8년 자경의 감면받는 세액의 합계액을 구할 때 당초의 경우는 ① 2010년 OOO원 + ② 2011년 OOO원=OOO원으로 계산하고, 경정의 경우는 ① 2010년 OOO원 + ② 2011년 OOO원=OOO원으로서 양도한 자산의 ①번, ②번 순서대로 합산한다는 의미임)으로 본건의 당해 거주자는 2011년 8년 자경감면을 먼저 적용받고, 2010년 양도필지에 대하여 8년 자경감면을 적용받는 것으로 5년간 종합한도 OOO원에 걸려 OOO원에 대하여는 8년 자경감면을 받고 나머지 한도초과분에 대하여는 수용감면(20%, 25%)을 적용받는 것이다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제127조(중복지원의 배제) 제7항에 따라 거주자가 토지 등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하는 것이고, 다만, 토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 규정을 적용할 수 있다고 규정하고 있는 바, 동 규정은 특정의 감면규정이 감면종합한도액에 해당하여 과세기간별로 한도액에 미달하는 경우 특정감면세액에 상당하는 소득금액을 제외한 나머지 소득금액에 대하여 다른 감면을 적용받을 수 있다는 의미이며, 2010년 귀속 양도소득에 대한 8년 자경농지 감면을 적용하여 감면세액한도인 OOO원 전액을 감면하고 2011년 귀속 양도소득에 대한 8년 자경농지감면에 대한 감면세액으로 OOO원을 적용하는 것으로서 2010년 양도한 쟁점부동산에 대하여 임의로 나누어 8년 자경감면과 수용감면 적용은 부당하다.

• 가. 쟁점 조특법 제133조에 따른 감면종합한도 계산방법 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[비과세·감면 및 소액부징수(少額不徵收) 대상을 포함한다]이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역 등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제77조 [공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[괄호 중략]에 상당하는 세액을 감면한다. 1.공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지 등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 제127조 [중복지원의 배제] ⑦ 거주자가 토지 등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다. 제133조 [양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각목의 금액 중 큰 금액

• 가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조(100분의20 및 100분의25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다), 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 5개 과세기간의 제69조, 제70조 또는 제77조(100분의 40 및 100분의 50의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(2) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제133조 [양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각목의 금액 중 큰 금액

• 가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조(100분의 20 및 100분의 25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다), 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 5개 과세기간의 제70조 및 제77조(100분의 20 및 100분의 25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 다. 5개 과세기간의 제69조, 제70조 또는 제77조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 <부칙 (2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)> 제49조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용특례) 제133조 제1항 제2호의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행 전에 제77조(100분의 20 및 100분의 25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고내역은 아래 <표1>과 같고, 경정청구내역은 아래 <표2>와 같다. <표1> 청구인의 양도소득세 신고내역

(2) 청구인은 2011년에 8년 자경감면을 먼저 적용받고, 2010년 양도필지에 대하여 8년 자경감면을 적용받는 것으로 5년간 종합한도 OOO원에 걸려 OOO원에 대하여는 8년 자경감면을 받고, 나머지 한도초과분에 대하여는 수용감면(20%, 25%)을 적용받을 수 있다고 주장하고 있고, 처분청은 조특법 제127조(중복지원의 배제) 제7항 단서규정은 특정의 감면규정이 감면종합한도액에 해당하여 과세기간별로 한도액에 미달하는 경우 특정감면세액에 상당하는 소득금액을 제외한 나머지 소득금액에 대하여 다른 감면을 적용받을 수 있다는 의미이므로 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이다.

(3) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 조특법 제127조(중복지원의 배제) 제7항에서 거주자가 토지 등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하도록 규정하고 있고, 다만, 토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다고 규정하고 있는바, 위 규정은 하나의 양도토지가 둘 이상의 감면규정에 동시에 해당되는 경우에는 하나의 감면규정만 적용하는 것을 원칙으로 하되, 양도토지의 일부가 특정의 감면규정에만 해당하여 특정의 감면규정을 적용한 결과, 감면세액이 감면한도액에 미달하는 경우에는 잔여부분에 대하여는 다른 감면규정을 적용할 수 있다는 의미로 해석되므로, 쟁점①토지와 같이 당초부터 감면세액이 감면한도액에 미달하지 아니하는 범위 내에서 8년 자경감면과 수용감면을 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 하나의 감면규정만을 적용하는 것이 타당하다고 보이므로(조심 2009중3425, 2009.12.28. 참조), 청구인의 위 경정청구를 부인한 처분청의 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.