소유권이전등기한 쟁점토지에 대하여 의제취득일(85.1.1.)을 취득시기로 하여 과세한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2012.5.16. 청구종중에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. OOO(이하 “청구종중”이라 한다)은 1995.3.31. OOO OOO OOO 산2 임야 2,380㎡, 같은 곳 산3 임야 3,868㎡, 같은 시 OOO 산 33 임야 5,355㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와 1994.12.29. 같은 시 OOO 41-4 답 3,621㎡(이하 “쟁점②토지”라 하며, 쟁점①․②토지를 합하여 “쟁점토지”라 한다)를부동산소유권이전등기등에관한특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 의하여 소유권보존 등기하고 2006.12.28. 대한주택공사에 양도한 후 특별조치법에 따른 소유권보존등기접수일을 취득시기로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구종중이 의제취득시기 전부터 보유하던 쟁점토지를 1994.12.29. 및 1995.3.31. 소유권보존등기한 것으로 보아 취득시기를 의제취득시기인 1985.1.1.로 하여 2012.5.16. 청구종중에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.30. 이의신청을 거쳐 2012.12.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구종중은 22대손인 정OOO의 묘소를 관리하기 위하여 1981년에 설립된 소종중으로 정OOO 외 8명이 소유자로 등기되어 있던 쟁점토지에 대하여 1994년 특별조치법에 의하여 청구종중 명의로 소유권을 이전하게 된 것으로 특별조치법에 의하여 소유권이전 등기를 한 경우라 할지라도 등기원인 외에 다른 내용을 확인하여 그 매매대금의 청산일이 확인되면 대금청산일을 취득시기로 보아야 하고, 불분명한 경우에는 등기접수일로 보아야 하나, 매매대금의 청산일이 불분명한 경우에 해당하므로 소유권이전등기접수일을 취득시기로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 특별조치법은 부동산등기법에 따라 등기하여야 할 부동산으로서 사실상 매매․증여․교환 등 법률행위로 인하여 소유권을 취득한 권리자가 사정상 등기하지 못한 것을 비교적 간단한 절차로 이전등기가 가능하도록 제정된 것으로, 청구종중이 특별조치법에 의한 등기절차 이행을 위하여 OOO에 제출한 확인서발급신청서와 보증서에는 실제 취득일자가 의제취득일 이전인 1967.11.30. 및 1971.12.20.로 기재되어 있고 등기절차 및 원인이 부적합하지 아니한 이상 등기원인일을 취득시기로 보아야 하는 바, 처분청이 청구종중의 쟁점토지 취득시기를 의제취득일인 1985.1.1.로 보아 한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종중원으로부터 매매를 원인으로 취득한 쟁점토지의 취득시기가 등기원일인지 아니면 소유권이전등기 접수일인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부등본 과 임야대장 및 OOO시장의 공고문에 의하면, 1967.11.30. 정OOO 외 8인이 쟁점토지에 대한 소유권보존등기를 하였고, 1994.12.29.과 1995.3.31. 특별조치법에 따라 1985.1.1. 매매를 원인으 로 청구종중에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

(2) 청구종중이 특별조치법에 따라 쟁점토지의 소유권이전등기를 하기 위하여 작성된 보증서에 의하면, 청구종중이 임야대장에 등록된 소유자인 정OOO 외 8인으로부터 쟁점토지를 1967.11.30.부터 위토로 매수하여 현재 사실상 소유하고 있다는 내용과 정OOO, 정OOO, 김OOO이 보증인으로 기재되어 있으며, 청구종중은 동 보증서를 근거로 OOO시장으로부터 등기시 필요한 확인서를 발급받은 것으로 확인된다.

(3) 처분청은 청구종중이 정OOO 외 8인에게 쟁점토지의 매매대금을 청산한 날이 언제인지를 입증할 수 있는 증빙 및 청구종중이 쟁점토지를 정OOO 외 8인으로부터 매매 외의 사유로 취득하였음을 입증할 수 있는 증빙은 제출하지 못하고 있다.

(4) 살피건대,소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 당해 자산의 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일로 하도록 규정하면서 특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 취득 및 양도시기에 대하여 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 경우라 하더라도 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라야 하는 것이고, 특별조치법은 1995.6.30. 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산에 대한 등기부의 정리를 간편한 절차에 의하여 할 수 있도록 한 것에 불과하므로 특별조치법 에 의한 소유권 이전등기가 있었다 하더라도 동법에 의하여 소유권 이전등기가 된 법률행위가 언제나 1995.6.30. 이전에 이루어진 것이라고 보아야 하는 것은 아니며(대법원 83누283, 1983.12.13. 참고), 특별조치법에 따른 소유권이전등기시 기재된 등기원인일은 확인서발급신청서 및 인근주민의 보증서에서 확인되는 매매일이기는 하나, 이 날 매매대금이 청산되었다고 보기는 어려우므로소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라 대금을 청산한 날이 분명하 지 아니한 경우에는 등기접수일을 취득시기로 봄이 타당한 바(조심 2012광100, 2012.3.20., 국심 95구2814, 1996.8.8. 합동회의 등 다수 참고), 매매 계약서 등 기타 증빙에 의하여 청구종중이 정OOO 외 8인에게 쟁점 토지의 매매대금을 청산한 날이 확인되지 아니하고 등기부상 쟁점토지는 매매를 원인으로 소유권이전등기된 것으로 나타나므로, 처분청에서 쟁점토지의 매 매대금이 실제로 수수된 사실이 없다는 사실을 입증하거나 종중 관계자로부터 쟁점토지가 당초부터 청구종중이 명의신탁한 부동산이었다는 내용의 확인을 받았어야 할 것이나, 이에 관한 입증을 하지 못하고 있으므로 쟁점토지의 소유권이전을 명의신탁 해제를 원인으로 한 소유권의 환원으로 보기도 어려우므로소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라 소유권이전등기접수일을 취득시기로 봄이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.