쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당되어 양도소득세 감면대상인지 여부

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인은 1993.10.7. OOO번지 창고용지 600㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 부동산소유권이전 등에 관한 특별조치법에 의하여 청구인 명의로 소유권이전 등기를 경료하고 보유하다가 2 009.2.20. 양도하고 양도소득세를 무신고하였다.
• 나. 처분청은 2009.2.20. 청구인이 양도하고 무신고한 OOO번지 답 5,842(이하 “OOO”라 한다)와 쟁점토지를 합산결정하면서 쟁점토지는 양도당시 농지가 아닌 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2012.5.8. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.6. 이의신청을 거쳐 2012.12.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지의 지상에 신축된 건물은 농막, 농가창고 시설로 건립된 후 청구인은 농자재 및 농기계 보관 창고로 사용하였으며, 청구인은 농지원부의 농지소유 현황과 같이 쟁점토지 매매 이전의 농지 규모가 적은 관계로 경운기, 이앙기, 트랙터, 콤바인 등 작업기는 곽OOO(친형)이 구입하여 공동사용 하였으며 보관은 청구인의 쟁점토지 위 창고(농막)에 보관하였다. OOO은 쟁점토지 위 농산물 집하장(농막)을 지원하기 위해 OOO원을 배정하였으며, OOO지점 확인서와 같이 20년 만기 상환융자금을 2005.6.8.자로 곽OOO의 도움을 받아 10년만에 전액 상환하였으므로 농산물집하장(농막)이 OOO의 소유였다면 청구인이 10년을 앞당겨 상환할 필요가 없었을 것이다. 또한, 처분청의 통합전산망에는 OOO은 쟁점토지 매매일인 2009.2.20일 보다 약 10년 전인 1999.12.31.자로 직권폐업되었음이 나타난다. 쟁점토지 위 건물의 공부상 명의는 OOO 법인이나 실질적 소유자는 청구인이며, 부동산 매매계약서 체결에 따라 이루어진 매매대금 일체는 청구인이 전액수령하였고 OOO에는 일체 지급되지 않았다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지의 취득일은 1993.10.7.로 쟁점토지 위에 OOO 대표 박OOO 명의로 농산물집하장 용도의 건축물이 1996.1.4. 사용승인되었고, 건축물에 대한 소유권보존등기가 2008.7.1. 접수 되었으며, 쟁점토지의 지목이 2008.12.29. 답에서 창고용지로 변경되었다. OOO(115671-0000***)의 등기부등본 상 청구인의 조합원 해당여부가 확인되지 않으며, OOO의 ’95 시설채소생산, 유통지원사업 자부담금 입금 공문(1995.9.), OOO의 ’95 시설채소 생산, 유통지원사업 융자금 배정 공문(산업51240-2203, 1995.10.31.), OOO의 ’95 시설채소 생산유통 지원사업 보조금 지급내역 보고 공문(산업 51240-729, 1993.3.19.)을 통해 곽OOO이 OOO의 사업을 영위한 사실은 있으나 쟁점토지 및 쟁점토지 위 지상물과의 관련성은 확인되지 아니한다. 청구인이 보유한 농기계는 부모님에게 상속받은 온수보일러 밖에 없으며, 온수보일러 역시 청구인 보유농지인 OOO에 설치되어 있어 별도로 보관할 농기계를 보유하고 있지 않다. 위와 같이 청구인 소유의 농기계가 없는 등 농기계창고로 사용하였다는 구체적인 증빙이 없는 점, 쟁점토지 위 지상물은 청구인의 소유가 아닌 OOO의 소유이며, 등기부등본 및 계약서상 농산물집하장으로 되어있는 점, 농산물집하장은 농산물판매시설에 해당하며 농산물재배시설로 볼 수 없는 점, 양도 당시 쟁점토지가 창고용지로 형질 변경된 점으로 보아 쟁점토지를 8년 자경 양도소득세 감면 규정의 적용을 배제한 당초 처분 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당되어 양도소득세 감면대상인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항이 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전․답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막․퇴비사․양수장․지소․농도․수로 등을 포함하는 것으로 한다. 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 2009.2.20. OOO 1,930㎡ (이하 “OOO”이라 한다)로 부터 분할된 OOO 1,300㎡(이하 “OOO”이라 한다)을 쟁점토지와 같이 양도한 후 OOO만 자경농지 감면규정을 적용하여 예정신고를 한 바, 2009.6.16. 양도하고 무신고한 OOO와 쟁점토지를 합산결정하면서, 쟁점토지는 양도당시 농지가 아니라고 보아 자경농지 감면규정 적용을 배제하였다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점토지의 등기부등본에는 양도당시 지목이 창고용지로 등재되어 있고, 쟁점토지 위에 신축된 건물의 등기부등본에는 2008.7.1. 영농조합법인의 소유로 소유권보존등기 접수가 된 것으로 나타나며, 건축물대장에는 건축 면적이 165.6㎡, 구조는 샌드위치판넬, 용도는 농산물집하장의 지상1층 건물로 1996.1.4. 사용승인 받은 것으로 기재되어 있다. (나) 1995.3월 OOO면장, 1995.10월 및 1996.3월 OOO이 영농조합법인의 시설채소․생산유통 지원사업을 위해 지출한 보조금 및 융자금 등의 주요 내역은 아래와 같다.

1. 1995.3월 OOO면장 시행 공문: 영농조합법인의 생산․유통지원사업자부담금 입금을 이행하여 달라는 공문으로 조합원 11명에 대해 OOO원의 자부담금 발생액 중 청구인의 사업대상 면적인 1,200평에 대한 자부담금 발생액은 OOO원으로 기재되어 있다.

2. 1995.10월 OOO시장 시행 공문: 영농조합법인에 대한 사업 융자금 배정내역으로 청구인외 8명의 조합원의 개인토지에 파이프비닐온실 등을 지원하기 위해 10년 융자로 OOO원이 배정되었으며(청구인 융자배정액 OOO원), 공통으로 집하장 등을 지원하기 위해 20년 융자로 OOO원이 배정되었음이 나타난다. (다) 청구인이 처분청에 제출한 2003년부터 2009년까지의 면세유관리대장에는 청구인이 휴대용동력예취기, 온풍난방기, 온수보일러를 보유한 사실이 확인되고, 청구인과 유선통화시 온수보일러와 온풍난방기는 동소336-2번지 채소 농작물재배를 위하여 사용하였다고 진술하였다. (라) 2012.9.15. OOO시청 농업기술센터 담당공무원과 유선통화한 바, 영농조합법인의 집하장설치를 위해 융자금 등이 지원되었으면 건축시점부터 집하장으로 사용하여야 하고 지원시점부터 10년간 사후관리를 통해 부당사용여부를 확인 후 본래 용도에 벗어난 부당사용이 확인되었을 경우 환수조치를 하여야 한다고 확인하였다.

(4) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 2008.12.19. OOO은 OOO과 쟁점토지(600㎡)로 분할되었으며, 2008.12.29. 쟁점토지의 지목은 답에서 창고용지로 변경되었음이 등기부등본상에 나타나며, 2008.8.6.자 농지원부에는 쟁점토지가 답으로서 청구인이 자경한 것으로 나타난다. (나) OOO지점장의 확인서에는 OOO 법인 명의로 1995.12.1. 대출된 농어촌구조개선자금대출금(계좌번호 2 1514 -62003***) OOO원은 OOO 농산물집하장 시설자금으로 곽OOO이 2005.6.8.까지 완납하였음을 확인하고 있다. (다) OOOOOOOOOO의 법인등기부등본에 의하면, 1 995.7.7. 농업경영의 합리화로 농업생산성의 향상과 조합원의 소득증대를 도모함을 목적으로 하고 설립목적을 달성하기 위하여 농수산업의 경영․집단재배 및 공동작업에 관한 사업․농업에 관련된 공동이용시설의 설치 및 운영․농산물 가공 및 판매 등의 사업을 영위하기 위해 설립된 것으로 나타난다. (라) 2009.2.11. 청구인과 김OOO 간에 체결된 부동산매매계약서상에 양도부동산인 OOO을 OOO원(OOO 건물가 OOO원, 토지가 OOO원, OOO 토지가 OOO원)에 양도계약을 하였고, 토지의 지목은 창고용지․답으로, 건물의 구조 및 용도는 샌드위치판넬․농산물집하장으로 기재되어 있다.

(5) 살피건대, 청구인은 쟁점토지 위 지상 건물이 농막에 해당되므로 쟁점토지는 양도소득세가 감면되어야 한다고 주장하나, 등기부등본상에 쟁점토지 지목이 양도일인 2009.2.20. 이전인 2 008.12.29.에 답에서 창고용지로 변경되었고, 쟁점토지 위 지상 건물은 농산물집하장으로 나타나고 있으며, 부동산매매 계약서에도 양도건물의 용도가 농산물집하장인 것으로 기재되어 있는 점, 조세특례제한법 시행규칙제27조에서 농지의 범위는 ‘ 전․답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지, 농지경영에 직접 필요한 농막․퇴비사․양수장․지소․농도․수로 등’으로 규정하고 있어, 농산물집하장은 농산물판매시설로서 동 규정에 해당하지 않는 것으로 보이는 점, 쟁점토지의 건축물이 농기계창고 등의 용도로 사용되었다는 구체적인 증빙이 없는 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 쟁점토지 위 지상건물을 농막이 아닌 것으로 보아 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.