청구인의 쟁점주택 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2012.8.7. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 처분청이 경기도 OOO의 취득가액 및 필요경비를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 1999.8.9. 경기도 OOO(이하 “쟁점주택”이라고 한다)를 취득하고, 2005.10.20. 경기도 O OO OOO OOOO OOO OOOOOOO OOOO OOOO(이하 “다른주택” 이라고 한다)를 추가로 취득하여 보유하던 중 쟁점주택이 2005.12.28. 관리처분계획인가를 받아 조합원입주권(이하 “입주권”이라고 한다)인 상태에서 2008.4.21. 입주권을 양도하고 양도소득세를 무신고하였다.
• 나. 처분청은 입주권 양도 당시 다른 주택이 있어 소득세법시행령 제155조의 1세대 1주택 특례규정에 해당하지 아니하여 지방자치단체에 신고된 실거래계약서 및 기준시가 등에 의해 입주권 양도가액은 실거래신고가액인 OOO원으로, 쟁점주택의 평가액은 OOO원으로, 추가 납부한 청산금은 OOO원으로, 쟁점주택의 취득가액은 기준시가에 의한 환산가액 OOO원으로, 필요경비는 OOO원으로 하여 관리처분계획인가후 양도차익인 입주권에 대한 양도차익 OOO원과 관리처분계획인가전 양도차익인 쟁점주택의 양도차익 OOO원을 합한 OOO원에 대하여 장기보유특별공제 없이 2012.8.7. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인이 이에 불복하고 2012.10.9. 이의신청을 제기하여 2012.11.2. 쟁점주택의 관리처분계획인가전 양도차익 산정시 장기보유특별공제를 적용하지 아니한 것은 부당하다고 하여 관리처분계획인가전 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 과세표준과 세액을 경정하는 것으로 결정됨에 따라 처분청은 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 경정하였고, 청구인은 이에 불복하여 2012.12.5. 심판청구를 제기하였다(잔여 2008년 귀속 양도소득세 OOO원).

• 가. 청구인 주장

(1) 1999.8.9. 쟁점주택 취득시 취득금액은 OOO원임이 청구인의 은행계좌 등에 의해 확인되며, 쟁점주택의 취득가액에 대한 실거래가액, 환산가액, 감정가액을 취득일과 감정평가일간에 비교 분석해보면, 다음 <표1>과 같이 기준시가는 125% 상승하였고, 청구인이 주장하는 실거래가액은 감정가액과 비교하여 상승률이 129%로 기준시가 상승률에 비해 4%의 작은 차이를 보이고 있으나, 처분청이 주장하는 환산가액은 감정가액과 비교하여 상승률이 168%로서 43%의 큰 차이를 보이고 있어, 청구인이 주장하는 실거래가액이 합리적인 가액임이 입증되고 대부분의 금액이 증빙자료로 확인되며, 쟁점주택의 취득가액이 OOO원임이 취득당시 부동산 중개보조원이었던 이OOO의 증언과 전소유자의 남편과 전화통화한 녹취록에 의하여 확인되고 있음에도 불구하고 처분청이 환산가액을 적용하여 과세한 것은 위법 부당한 처분이며, 소득세법 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제1항에 비추어 볼 때 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 있으며 그 중요한 부분이 완비되어 있음에도 불구하고 처분청은 어떠한 확인조사도 없이 취득가액을 확인할 수 없다고 보아 환산가액을 적용하여 과세한 것은 부당하므로 청구주장 실거래가액을 인정하거나 청구인이 제시하는 증빙에 의하여 재조사하여야 한다.

(2) 청구인은 쟁점주택 취득시 중개수수료는 1999.6.21., 국민주택할인료 및 등록세, 교육세는 1999.8.9. 지출된 것이 청구인의 등기권리증과 은행계좌 등에 의해 확인되며, 양도시 중개수수료도 2008.4.21. 지출된 것이 영수증에 의해 확인되므로 실지 지출된 취득비용 및 양도비용을 필요경비로 인정되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인이 쟁점주택을OOO원에 취득하였다며 제출한 은행계좌 거래내역 및 부동산임대차계약서를 보면, 청구인의 계좌에서 전소유자 박OOO에게 취득자금으로 지급되었다는 객관적인 사실은 확인되지 아니하고 단순히 출금 및 대체된 사실만 확인되어 쟁점주택의 취득금액임을 확인할 수 없고 부동산임대차계약서는 기재된 임대인의 성명과 실제 성명이 달라 계약서의 진위여부 또한 불분명하며, 당시 쟁점주택 중개보조원이었다는 이OOO이 작성한 확인서는 사인 간에 임의로 작성이 가능하여 쟁점주택의 취득금액을 객관적으로 확인할 수 있는 증빙으로 보기 어려우며, 전소유자의 남편과 전화통화 내용을 기록한 녹취록 또한 대화자 정보, 장소, 녹음일시 등이 청구인의 증언에 의한 내용으로 취득가액을 확인할 수 있는 객관적인 증빙으로 볼 수 없고, 청구인이 쟁점주택 취득관련 계약금을 지급한 날이 1999.6.21.이나 소유권이전등기신청서상 등기원인일은 1999.7.9.로 통상 소유권이전등기신청서상 등기원인일은 최초 계약서 작성일로 계약금 지급일이 계약일로부터 20여일 전이고 청구인이 소유권이전등기 완료한 날은 1999.8.9.이나 잔금 OOO원은 그 이후인 1999.8.27. 지급되어 통상적인 부동산거래관행으로 볼 때 납득하기 어려우며, 설령 지급되었더라도 그 대금이 쟁점주택의 취득대금인지 확인할 수 없고, 청구인은 2001년도 금융기관 대출시 감정 평가한 금액과 기준시가와의 차액과, 청구인의 실제 취득금액과 기준시가와의 차액을 비교하면서, 처분청의 환산취득가액보다 청구인이 주장하는 OOO원이 합리적인 가액이라고 주장하나 이는 단순추정으로 세법에서 정한 부동산 평가방법으로 볼 수 없어 인정할 수 없으므로 청구인이 쟁점주택 취득시 전소유자 박OOO에게 지급하였다는 OOO원은 소득세법 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제1항에 비추어 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당하여 환산취득가액을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

(2) 중개수수료는 잔금일 등 통상적으로 계약의 이행이 완료되었을 경우 지급되는 것인데 취득 중개수수료 지급일은 1999.6.21.이고 소유권이전등기신청서상 등기원인일 즉 계약일은 1999.7.9.로 계약일 이전에 출금된 금액이 취득 중개수수료인지 불분명하며, 국민주택할인료 및 등록세, 교육세 또한 지급일이라는 1999.8.9에 통장에서 대체된 금액만 있을 뿐 지출내역 및 지급처 등을 확인할 수 있는 객관적인 증빙이 없어 인정할 수 없다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점주택의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지거래가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

② 실지 지출된 취득비용과 양도비용을 쟁점주택의 필요경비로 하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인이 쟁점주택을 1999.8.9. 취득하여 보유하던 중 2005.12.28. 주택재건축사업 관리처분계획인가에 따라 쟁점주택을 재건축조합에 제공하고 입주권을 취득하였고, 입주권의 양도일인 2008.4.21. 현재 청구인이 다른 주택을 소유하고 있어 입주권이 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택으로 의제되는 입주권에 해당하지 아니한다. (나) 쟁점주택의 취득 및 양도, 다른 주택의 취득 내역은 다음과 같다. (다) 처분청이 제출한 이의신청결정서 등 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다.

1. 입주권 무신고자료가 발생한 시흥세무서에서 2010년 3월 양도소득세 기한 후신고 안내문을 발송하였으나, 청구인이 신고를 하지 아니하고 주소지를 경기도 부천시로 이전하여 위 무신고자료가 2011년 2월 처분청으로 통보되어 처분청이 2012년 8월 양도소득세를 과세하였다. 2) 처분청은 지방자치단체에 신고된 실거래계약서에 의하여 입주권의 양도가액이 OOO원이고 입주권의 분양금액은 총 OOO원으로 그 중 쟁점주택 평가액은 OOO원이며 추가 납부할 청산금은 OOO원임을 확인하였으나, 쟁점주택 취득시 실지거래가액 및 매매사례가액, 감정가액이 확인되지 아니하여 쟁점주택의 취득가액을 기준시가에 의한 환산가액 OOO원으로, 필요경비는 개산공제액 OOO원으로 하여 양도차익을 산정하고 2주택자 중과대상이라며 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 결정하였으나, 청구인이 이에 불복하고 이의신청을 제기하여 쟁점주택의 관리처분계획인가전 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 과세표준과 세액을 경정하는 것으로 결정됨에 따라 처분청은 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 다음과 같이 경정하였다.

3. 쟁점주택의 전소유자 박OOO는 청구인에게 양도 후 양도소득세를 무신고하였으나 1세대 1주택 비과세 결정되었으며, 입주권을 청구인으로부터 취득한 후소유자 하OOO외 1인은 현재 동 입주권으로 보존 등기하여 주택을 계속 보유 중인 것으로 확인된다.

4. 쟁점주택의 등기부등본을 보면, 청구인이 1999.8.9. 취득하여 2006.5.18. OOO재건축정비사업조합에 신탁하였음이 확인되며, 전소유자 박OOO는 1989.6.14. 채권최고액OOO원(OOO은행 OOO지점)의 근저당권이 설정되어 2000.8.11. 해지되었고, 청구인은 1999.8.23. 채권최고액 OOO원(OOO보험주식회사), 2001.1.9. 채권최고액 OOO원(OOO은행 하안동지원센터)으로 설정된 근저당 권이 2001.6.25. 해지되었으며, 2001.6.25. 채권최고액 OOO원(OO OO은행 온수동지점), 2001.9.26. 채권최고액 OOO원(OOO은행 괴안동지점), 2004.6.16. 채권최고액 OOO원(OOO은행 괴안동지점)으로 설정된 근저당권은 2006.8.11. 해지되었고, 2006.5.18. 채권최고액 OOO원(OOO은행 OOO지점)의 근저당권이 설정되었음이 확인된다.

5. 청구인이 쟁점주택 취득시 지방자치단체에 제출한 검인계약서에는 매매대금이 OOO원으로 확인된다. (라) 쟁점주택 취득시 작성한 계약서는 제출되지 아니하였다. (마) 청구인이 제출한 쟁점주택의 취득대금 및 취득비용, 양도비용에 대한 은행계좌 거래내역 등은 다음과 같다. (바) 청구인이 쟁점주택 취득시 2차 중도금 지급 증빙으로 부동산임대차계약서를 제출하였는데, 주민등록표 초본에 의하면 청구인은 1997.3.25.～1999.8.3. 동안 부동산임대차계약서상의 부동산 소재인 서울특별시 OOO이 주소지로 되어 있음이 확인되고, 부동산임대차계약서상 임대인은 ‘이OOO’로 되어 있으나 국세통합전산망에 의하면 이름이 ‘이OOO’로 확인되며, 위 계약서는 공인중개사를 통하지 아니하고 작성된 계약서로 임대인과 임차인이 모두 서명 날인하였고, 위 계약서상의 임대보증금을 청구인이 지급받아 쟁점주택 전소유자인 박OOO에 입금하였음을 객관적으로 확인할 수 있는 금융증빙 등은 제출되지 아니하였다. (사) 청구인은 쟁점주택을 OOO원 중개하였다는 이OOO이 작성한 확인서와 쟁점주택을 OOO원에 거래했다는 취지의 김OOO(전소유자 박OOO의 남편)과의 전화통화 녹취록을 제출하였으며, 등기부등본에 의한 쟁점주택 취득일자는 1999.8.9.로 확인되나 청구인이 제시한 잔금지급일자는 1999.8.26.로 청구인은 당시 자금이 모자라 전소유자인 박OOO에게 부탁하여 소유권이전등기 후에 잔금 OOO원을 지급하기로 합의하였고 1999.8.26. OOO보험주식회사에서 OOO원을 대출받아 잔금을 지급하였다면서 청구인이 작성한 확인서를 제출하였다. (아) 청구인은 쟁점주택의 취득가액을 확인할 수 있는 근거로 OOO은행 괴안동지점장이 의뢰하여 한국감정원이 작성한 쟁점주택에 대한 감정평가서 내용은 다음과 같다. (자) 청구인과 세무대리인은 2013.3.28. 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 쟁점주택의 취득가액 입증을 위해 대금 입금 증빙, 중개인 확인서를 제출한 바 있고 심판청구시 매도인과의 전화통화 녹취록까지 제출했는데, 처분청은 매도인을 상대로 확인조사도 하지 않고 부인만 했다고 하면서 대금 입금 증빙이 계좌거래내용이 ‘대체’ 또는 ‘출금’이라고 되어 있어 인정을 못 받았는데 매도인이 협조하지 아니하여 매도인이 대금을 받은 내역을 확인하기가 어려우며, 대금을 매도자에게 계좌로 송금하지 아니하고 현금으로 직접 지급하는 것이 쟁점주택 취득 당시 부동산 거래의 현실이었으므로 거래사실을 인정해주기 바라고 인정하기 힘들다면 확인조사를 받을 수 있도록 해달라는 취지의 의견진술을 하였다. (차) 이상의 사실관계를 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 제출한 계좌거래내역에는 ‘출금’ 및 ‘대체’라고만 되어 있어 전소유자에게 취득자금으로 지급되었다는 객관적인 사실은 확인되지 아니하는 점, 중도금 지급 증빙으로 제출한 부동산임대차계약서에 기재된 임대인과 실제 임대인이 달라 보이는 점, 쟁점주택을 중개하였다는 이OOO이 작성한 확인서와 전소유자의 남편과의 전화통화 녹취록도 사인 간에 임의로 작성이 가능한 점, 계약금 지급일은 1999.6.21.이나 소유권이전 등기원인일은 1999.7.9.로 계약금 지급일이 계약일로부터 20여일 전인 점, 소유권이전등기 완료일은 1999.8.9.이나 잔금 지급일은 1999.8.27.로 부동산거래관행으로 볼 때 납득하기 어려운 점, 청구인이 주장하는 실거래가액이 합리적인 가액이라며 제시한 2001년도 감정평가액도 단순추정으로 세법에서 정한 부동산 평가방법으로 볼 수 없는 점을 들어 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이나, 청구인이 조세심판관회의에 참석하여 진술한 바와 같이 대금을 매도자에게 계좌로 송금하지 아니하고 현금으로 직접 지급하는 것이 쟁점주택 취득 당시 부동산 거래의 현실이라고 볼 수도 있고 매도인이 협조하지 아니하여 매도인이 대금 받은 내역을 확인하기가 어렵다고 하므로 매도인에 대한 조사가 필요한 점, 쟁점주택을 중개하였다는 이OOO이 청구인이 주장하는 실거래가액을 인정하고 있는데도 이OOO에 대하여 조사를 하지 아니한 점, 계약금 지급일이 계약일로부터 20여일 전이고 소유권이전등기 완료일이 잔금 지급일 보다 늦었다 하더라도 매매 당사자간의 합의에 의해 충분히 가능하다고 볼 수 있는 점을 고려할 때, 처분청이 청구인이 제시하는 입증자료 등을 토대로 쟁점주택의 취득가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점주택의 취득 중개수수료(OOO원) 및 국민주택할인료(OOO원), 등록세(OOO원), 교육세(OOO원)에 대한 증빙으로 등기권리증과 위 (1)(마)와 같이 계좌에서 대체된 내역을 제출하였고, 양도 중개수수료(OOO원)에 대한 증빙으로는 OOO중개사(대표: 이OOO)가 발급한 OOO원의 영수증(작성일: 2008.4.21.)을 제출하였다. (나) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 처분청은 취득 중개수수료는 지급일이 계약일 이전으로 출금된 금액이 취득 중개수수료인지 불분명하며, 국민주택할인료 및 등록세, 교육세 또한 지급일에 통장에서 대체된 금액만 있을 뿐 지출내역 및 지급처 등을 확인할 수 있는 객관적인 증빙이 없는 점을 들어 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이나, 취득 중개수수료 및 국민주택할인료, 등록세, 교육세는 청구인의 제출한 등기권리증과 계좌거래 내역을, 양도 중개수수료는 영수증을 보면 청구인의 주장이 신빙성 있어 보인다 할 것이나, 쟁점부동산의 취득가액이 처분청이 재조사한 결과에 따라 그 과세표준과 세액이 경정되는 것이 타당한 것으로 판단되므로 쟁점주택의 취득비용과 양도비용도 그에 따라 경정되어야 하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.