중소기업에 대한 특별세액 감면대상 업종을 겸영하는 법인의 경우 각 사업소득을 통산한 금액을 기준으로 감면세액을 산출하는 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO에 본사와 공장을, OOO호에 지점을 두고 반도체 및 FPD장비 제조 및 판매를 영위하는 법인이다.
• 나. 청구법인의 OOO 소재 본사(이하 “본사”라 한다)는 도·소매업을 영위하고 있고, 같은 곳 소재 공장(이하 “OOO사업장”이라 한다)과 OOO 소재 지점(이하 “OOO사업장”이라 한다)은 제조업(지식기반산업)을 영위하고 있으며, 위 3개 사업장의 업종은 모두조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것, 이하 같다) 제7조에서 규정한 중소기업에 대한 특별세액 감면 대상 업종에 해당된다.
• 다. 청구법인은 2012사업연도 법인세 신고 시 본사에서 발생한 도·소매업 관련 결손금을 OOO사업장과 OOO사업장의 제조업 관련 사업소득에서 공제하지 않고 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “감면세액”이라 한다)을 신청하였다.
• 라. 그 후 처분청은 청구법인이 OOO사업장과 OOO사업장의 사업 소득에서 본사의 결손금을 공제하지 않고 감면세액을 산출함에 따라 감면세액이 과다계상 되었다고 보아 청구법인에 이와 같은 사실을 통보하였다.
• 마. 청구법인은 처분청의 통보에 따라 2013.7.2. 법인세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 수정신고 한 후, 2013.7.6. 본사에서 발생한 결손금을 OOO사업장과 OOO사업장의 사업소득에서 공제하여 감면세액을 산출한 것은 잘못이라는 취지로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.9.13. 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법제143조에서 중소기업에 대한 특별세액 감면을 적용받는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우 구분 경리하도록 규정하고 있고, 같은 법 제7조는 감면 대상업종의 사업소득에 감면율을 적용하여 감면세액을 산출하도록 규정하고 있을 뿐, 동일한 법인이 각각의 사업장에서 감면 사업을 겸영하는 경우 특정한 사업장에서 발생한 결손금을 다른 사업장의 사업소득에서 공제하여야 한다는 규정은 없음에도 처분청이조세특례제한법제143조를 자의적으로해석하여 청구법인의 OOO사업장과 OOO사업장의 사업소득에서 본사의결손금을 공제하여 감면세액을 산출한 것은 적법하다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제143조에서 중소기업 특별세액감면을 적용받는 사업과 기타사업을 겸영하는 경우 구분 경리하도록 규정하고 있고, 같은 법 제7조의 규정은 제조업 등 감면업종에서 발생하는 소득에 대하여 해당 감면율에 상당하는 세액을 감면하여 줌으로써 관련 산업을정책적으로 육성·발전시키려는데 그 취지가 있으며, 감면대상 업종을겸영하는 법인의 경우 특정 사업장을 선택하여 그 사업소득을 기준으로감면세액을 산출할 수는 없다고 할 것인바, 청구법인의 경우와 같이 특정사업장에서는 이익이 발생하고 다른 사업장에서는 결손이 발생한경우 특정사업장의 사업소득에서 다른 사업장의 결손금을 공제하고 남은사업소득을 기준으로 감면세액을 산출하는 것이 타당하다고 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 2 이상의 감면 사업을 겸영하는 법인이 특정 사업에서 결손이 발생한경우 그 결손금을 다른 사업의 소득에서 차감하여 중소기업에 대한 감면세액을 계산하여야 하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2012사업연도 사업장별 사업소득과 당초 법인세 신고현황(요약)은 아래와 같다. <표1> 청구법인의 소득구분계산서 (단위:천원) 구분 합계 본사

○○사업장 △△사업장 기타 매출액 OO,OOO,OOO OOO,OOO O,OOO,OOO O,OOO,OOO 매출원가 O,OOO,OOO OOO,OOO O,OOO,OOO O,OOO,OOO 매출총손익 O,OOO,OOO OOO,OOO O,OOO,OOO OOO,OOO 판매관리비 O,OOO,OOO OOO,OOO OOO,OOO OOO,OOO 영업손익 O,OOO,OOO ―OOO,OOO OOO,OOO OOO,OOO 영업외수익 OO,OOO OO,OOO OO,OOO OO,OOO 영업외비용 OOO,OOO OOO,OOO OO,OOO 사업소득 (과세표준) OOO,OOO -OOO,OOO OOO,OOO OOO,OOO OO,OOO <표2> 청구법인의 2012사업연도 법인세 신고 현황 (단위: 원) 구 분 금 액 비 고 수입금액 OO,OOO,OOO,OOO 과세표준(사업소득) OOO,OOO,OOO 산출세액 OOO,OOO,OOO 연구인력개발비세액공제 (OOO,OOO,OOO) 중소기업에 대한 특별세액 감면 (OO,OOO,OOO) 쟁점관련 총 부담세액 O,OOO,OOO

(3) 청구법인은 OOO사업장과 OOO사업장의 사업소득에서 본사의 결손금을 공제하지 않은 후, OOO사업장의 사업소득에 대하여는 100분의 20의 감면율을, OOO사업장의 사업소득에 대하여는 100분의 10의감면율을 적용하여 중소기업에 대한 특별세액 감면액 OOO원을산출하였으며 그 산출방법은 아래와 같다.

(4) 처분청은 청구법인이 감면세액을 산출하면서 OOO사업장의 감면율을 100분의 20(정당 감면율 15／100임)으로 잘못 적용하였을 뿐 아니라 본사의 결손금을 OOO사업장과 OOO사업장의 사업소득에서 공제하지 않은 사실을 확인하고 청구법인에게 2012사업연도 법인세를 수정신고할 것을 통보하였다.

(5) 청구법인은 처분청의 수정신고 통보에 따라 감면세액을 수정하여2013.7.2. 처분청에 2012사업연도 법인세를 수정 신고·납부하였으며 법인세 수정신고 현황은 아래와 같다. <표3> 청구법인의 2012사업연도 법인세 수정 신고 현황 (단위: 원) 구 분 당초 신고 수정 신고 차액 수입금액 OO,OOO,OOO,OOO OO,OOO,OOO,OOO 과세표준(사업소득) OOO,OOO,OOO OOO,OOO,OOO 산출세액 OOO,OOO,OOO OOO,OOO,OOO 연구인력개발비세액공제 (OOO,OOO,OOO) (OOO,OOO,OOO) 중소기업에 대한 특별세액 감면 (OO,OOO,OOO) (OO,OOO,OOO) OO,OOO,OOO 산출세액 O,OOO,OOO OO,OOO,OOO OO,OOO,OOO 가산세 OOO,OOO OOO,OOO 총 부담세액 O,OOO,OOO OO,OOO,OOO OO,OOO,OOO

(6) 청구법인은 <표1>의 본사 결손금 OOO원을 OOO사업장과OO사업장의 사업소득비율(OOO사업장 56.41% ／ OOO사업장 43.59%)로안분하여 OOO원은 OOO사업장의 사업소득에서, OOO원은 OOO사업장의 사업소득에서 각각 공제한 후, OOO사업장의 감면율을 100분의 15로 수정하여 아래와 같이 감면세액 OOO원을 산출하였다.

(7) 청구법인은 2013.7.9. “이 건의 경우 정당한 감면세액은 당초 산출내역에서 OOO사업장의 감면율을 100분의 20에서 100분의 15로 변경하여 산출한 OOO원이나, 처분청의 수정신고 요구로 감면세액을OO,OOO,OOO원으로 산출하여 법인세를 추가 납부하였으므로 그 차액OO,OOO,OOO원(본세 기준)은 환급되어야 한다”는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.9.13. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (8)조세특례제한법제7조 제1항에서 중소기업 중 제조업과 도매업및 소매업 등을 영위하는 기업에 대하여는 2014년 12월 31일 이전에종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세에100분의 5에서 100분의 20까지 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 제143조 제1항은 감면대상사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에따라 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고 있으며, 제3항은 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 조세특례제한법제7조 제1항 제2호에서 규정한 감면율에 따라청구법인을 보면, 청구법인의 본사는 수도권 외에서 도·소매업을 영위하고 있으므로 100분의 5를, OOO사업장은 수도권 외에서 제조업을영위하고 있으므로 100분의 15를, OOO사업장은 수도권 내에서 제조업(지식기반사업)을 영위하고 있으므로 100분의 10을 각각 감면하는 것으로 나타난다.

(9) 살피건대,조세특례제한법제7조 제1항에서 규정하고 있는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면은 위 규정에서 열거하고 있는 업종에서 발생한 소득에 대하여 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면하여 줌으로써 관련 산업을 정책적으로 육성ㆍ발전시키려는데 그 취지가 있다 할 것이므로 위 관련법에 열거된 사업을 겸영하는 사업자는 어떤 사업을 임의로 선택하여 감면받을 수 없고 해당되는 사업 모두를 감면되는 사업으로 분류하여 소득금액을 계산하는 것이 타당하다고 할 것이고, 청구법인과 같이 제조업 부문과 도소매업 부문의 사업장이 별도로 있는 경우에는 구분경리를 하였다 하더라도 각각의 사업에서 발생한 소득을 더하여 소득금액을 계산하여 감면신청을 하여야 할 것인바, 사업장별로 구분하여 유리하다고 판단되는 사업장에 대한 소득은 감면신청을 하고 불리하다고 판단되는 사업장에 대한 소득은 감면신청을 하지 않아도 된다고는 볼 수 없다고 할 것이다(조심 2010중392, 2010.4.21. 같은 뜻). 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.