[요지] 쟁점부동산에 대한 검인계약서에 매매목적물에 대한 잔금을 2012.12.31. 이내 대출전환하는 것으로 되어 있는 점, 실제 계약내용대로 잔금을 대출전환하는 방식으로 정산한 점 등에 비추어 쟁점부동산의 공급시기를 2012년 제2기로 보아 과세한 처분은 잘못이 없으나, 쟁점공증계약서 작성시에 쟁점시설물이 매매대상에 추가된 점, 공증계약서 별지의 ‘매매대금 정산내역’ 등에서 공증일에 쟁점시설물에 대한 매매대금이 정산된 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점시설물의 공급시기는 2013년 제1기로 보아야 하고, 쟁점신고계약서와 공증계약서상 쟁점매입세금계산서의 필요적 기재사항이 다르지 아니한 점 등에 비추어 일반초과환급신고가산세를 적용함이 타당함
[참조결정] 조심2008중2471 / 조심2013중1135
[주 문]
1. OOO이 2013.8.7. 청구법인에게 한 2013년 제1기부가가치세OOO원의 부과처분은 청구법인이2013.3.14.(주)OOO으로부터수취한 매입세금계산서상의 공급가액 OOO원의 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 국세기본법 제47조의3 제1항에 따른 초과신고분 환급세액의 100분의 10(초과환급신고가산세)을 적용하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. 2.나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 쟁점검인계약서에는 쟁점시설물이 매매목적물로 포함되지아니하였고, 그 이후 작성된 쟁점공증계약서에 포함되어2013.1.1. 이후소유권이 이전되었으므로 쟁점시설물에 대한 매입세액은공제되어야 한다.
(3) 2013.4.25. 부가가치세 환급신고 당시 제출한 계약서(이하 “쟁점신고계약서”라 한다)는 폐기된 것이고, 실제 계약내용대로 부가가치세 환급신고를 한 것이므로 부정과소 초과환급가산세를 부과하는 것은 부당하다.
(1) 쟁점검인계약서를 보면 계약금 OOO원은 2012.12.26. 지급하였고, 잔금 OOO원은 2012.12.31. 이내에 OOO(주)와 대출전환하는 것으로 하는 한편, 잔금 지급과 동시에 쟁점부동산을 명도한다고 하였으며, 쟁점공증계약서는 소급하여 작성한 것이어서경개계약으로 볼 수 없으므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 것이다.
(2) 청구법인은 2012.12.31. 이전부터 이미 쟁점시설물에 대하여 배타적으로 이용하여 온 것으로 보이고, 쟁점시설물에 대한 세금계산서 작성일인 2013.3.14.을 공급시기로 볼 근거를 찾을 수 없으므로 쟁점시설물에 관련된 매입세액은 공제 대상으로 볼 수 없다.
(3) 청구법인은 이중계약서를 작성하여 부가가치세 환급신고를 한 것이므로 부정과소 초과환급가산세를 부과하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 (주)OOO으로부터 쟁점건물과 쟁점시설물을 매입하고 발급받은 쟁점매입세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부(주위적 청구)
② 청구법인이 (주)OOO으로부터 교부받은 쟁점시설물 관련 매입세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)
③ 청구법인에게 부정과소초과환급가산세를 적용하여 과세한 처분의 당부(예비적 청구)
(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제9조(거래 시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때 제17조(납부세액)① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제22조(가산세) ⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
(2) 국세기본법 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항ㆍ제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 소득세, 법인세, 상속세ㆍ증여세, 증권거래세, 종합부동산세의 과세표준을 과소신고한 경우: 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 종합부동산세의 산출세액은 종합부동산세법 제9조 제1항 또는 제14조 제1항ㆍ제4항에 따른 세액에서 같은 법 제9조 제3항부터 제7항까지의 규정 또는 제14조 제3항ㆍ제6항에 따른 공제액을 뺀 금액으로서 각각 같은 법 제10조 또는 제15조에 따른 금액 이내의 금액으로 한다. 산출세액 ×과소신고분 과세표준 과세표준
2. 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.
2. 부정행위로 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
(3) 조세범처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
(4) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제60조(매입세액의 범위) ② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)
(5) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.
(1) 심리자료를 토대로 이 건 사실관계를 살펴보면 다음과 같다. (가) 청구법인은 2007.2.28. 설립되어 부동산임대업 등을 운영하는 법인으로서 2013.1.14. OOO에서 현재의 사업장으로 이전하였으며, 2012.3.26. 쟁점건물 1층에 청구법인의 지점을 설치하고2012.8.29. 사업자등록사항에 극장운영업을 추가하여 5층 일부∼7층에 ‘OOO’이라는 상호로 영화관을 운영하고 있다. OOO과 그의 자녀 3인은 2012.12.24. 청구법인의 주식OOO를 OOO으로부터 양수하였고, OOO은 2012.12.24. 청구법인의대표이사에 취임하는 한편, 2001.11.6.～2013.5.23. OOO에서 건설 및 사업장 폐기물 관련 사업을 운영하는 OOO(주)의 대표이사를 지냈다. (나) 청구법인은 부가가치세 2013년 제1기 예정 과세기간에 대하여 과세표준을 OOO원,매입금액을 OOO원, 환급받을 세액을OOO원으로 하여 신고하였다.
(2) 청구법인이 제출한 쟁점부동산과 쟁점시설물 관련 (주)OOO과 체결한 계약서에 따르면 아래 사실들이 확인된다. (가) OOO은 2012.12.24. (주)OOO과 쟁점부동산을 OOO에 매입하기로 하는 계약서(이하 “쟁점개인계약서”라 한다)를 작성하였으며, 계약서상 매매대금 중 계약금 OOO원은 2012.12.26. 지급하고 나머지(계약서상 잔금으로 표시)는 (주)OOO이OOO(주)의 채무 OOO원을 인수하는 것으로 되어있으나, 쟁점건물의 부가가치세 OOO원의 지급조건은 계약서에 명시되지 않았다. (나) OOO은 쟁점개인계약서의 매수인을 청구법인으로 변경하는 쟁점검인계약서를 작성하였으며, 청구법인의 장부에는 2012.12.26.자로 OOO이 (주)OOO에 지급한계약금 OOO원에 대해서는 OOO에 대한 부채로 기표하는 방법으로 청구법인이 채무를 인수하였고, OOO이 (주)OOO으로부터 채무인수한 (주)OOO에 대한 채무 OOO원에 대해서는 청구법인이 다시 OOO으로부터 채무인수를 한 후 2013.2.1. 쟁점부동산 등기부의 근저당권 채무자를 OOO으로부터 청구법인으로 변경하는 등기를 하였다. (다) 청구법인은 쟁점부동산 취득 전인 2012.8.1.부터 쟁점건물과 쟁점시설물을 임차하여 극장 사업을 하고 있었는데, 2012.12.26. 극장 건물인 쟁점건물 인수계약을 체결하였지만 극장시설과 그 영업권은 취득하지 못하여 나머지 쟁점시설물도 인수하기로 하고, 2013년 2월경 다시 (주)OOO과 매매목적물을 쟁점검인계약서에 규정된 매매물건(쟁점부동산)에 쟁점시설물 매매금액 상당액 OOO을 추가하여 총매매대금을 OOO으로 하는 쟁점공증계약서로 변경하고 2013.2.25. 법무법인 OOO로부터 공증을 받았다. 쟁점공증계약서에는 총매매대금 OOO원, 쟁점시설물의 거래대금 OOO원, 매매목적물의 인도일 2013.1.1.이 기재되어 있고, 쟁점공증계약서 별지 1의 매매대금 정산내역을 보면 매매목적물 대가 지급에 갈음하여 인수할 (주)OOO의 채무 명세(‘감산내역’으로 표시)와 그 채무에서 상계할 금액 명세(‘가산내역’으로 표시)가 추가되어 있으며, 감산내역에 공사미수금 등 적요별 합계액 OOO원과 가산내역에 부가가치세액 등 적요별 합계액 OOO원이 기재되어 있는 바, 동 감산내역은 청구법인의 단기차입금 또는 미지급금 원장에 포함된 것으로 나타난다. (라) 그런데 청구법인은 부가가치세 예정신고 시 청구법인 직원의 실수로 쟁점공증계약서의 ‘단 부가가치세는 별도’라는 부분이 빠진 쟁점신고계약서(쟁점공증계약서로 대체하고 폐기된 계약서임)를 첨부하여 부가가치세 환급신고를 하였으며, 청구법인이 처음부터 쟁점부동산과 쟁점시설물을 포괄하여 매매계약을 체결하지 못한 것은 매도자인 (주)OOO의 채권자들이 쟁점부동산에 대하여 경매신청이나 가압류 등의 움직임이 있어 서둘러 우선적으로 쟁점부동산만의 소유권이전등기를 할 필요가 있었고, 또한 쟁점시설물 등을 포함하여 계약을 하려면 거래금액(공급대가 OOO원)이 추가되어 이 추가 거래금액에 대한 정산 및 지불방법 확정이 어려웠기 때문이라는 주장이다.
(3) 청구법인이 제출한 쟁점건물의 등기사항전부증명서 내용을 살펴보면, 쟁점건물의 갑구에는 2011.12.21. (주)OOO이 소유권보존 등기 후 2011.12.22. OOO(주)에 신탁등기하였다가 2013.1.3. 신탁등기말소하고 같은 날 청구법인으로 소유권이전된 것이 나타나고, 을구에는 2013.1.3. 채권최고액 금OOO원, 채무자 OOO, 근저당권자 OOO(주)로 근저당권 설정계약을 하였다가 2013.2.1. 위 채무자를 청구법인으로 변경하였고, 2013.3.13. 위 근저당권설정등기를 말소하면서 같은 날 채권최고액 금OOO원, 채무자청구법인, 근저당권자 (주)OOO으로 하는 근저당권을 설정하였다.
(4) 처분청이 제출한 부가가치세 환급 현장확인 보고서의 내용은 다음과 같다. (가) 계약내용은OOO을 (주)OOO(101-86-)으로부터2012.12.24. 토지 OOO원과 CGV 관련시설 및 운영권 일체에 대하여 OOO원을 포함하여 총 OOO원에 계약하였다. 당초 환급 검토시 세무사사무실에서 제출한 계약서와 실계약서라고 주장하는 2013.2.25. 법무사사무실에서 공증받은 계약서가 이중 작성되어 있으며, 취·등록세 신고시 제출하는 검인계약서(2012.12.26.)를 포함하여 계약서가 3개로 작성되었다. (나) 이중으로 작성된 계약서의 공통내용은 매매물의 인도일을 2013.1.1.자로 명시하고 있으나, 재화의 이동이 필요 없는 쟁점건물의 공급시기는 실제로 사용·수익한 시점으로 (주)OOO(310-85-)은 이미(2012.3.26. 개업) 영업을 하고 있고, 매각대금의지급[본인 차입금 OOO원 및 OOO의 (주)OOO 대출금 대환액 OOO원]이 완료된 2012.12.31.이 재화의 공급시기이다. 또한, 2012.12.26. 작성된 부동산매매계약서(검인계약서-취·등록세 신고시 제출) 제6조(명도이행)를 보면, “매도인은 잔금 지급일에 잔금지급과 동시에 매매목적물의 점유를 현상그대로 매수인에게 이전한다”라고 명시되어 있다. 따라서 쟁점부동산에 대한 대금이 2012.12.31. 전액 지급되었고 이미 청구법인에서 사용·수익을 하고 있으므로 공급시기를 2013.1.1.로 볼 수 없다. (다) 또한, CGV운영권 및 시설일체 OOO원과 관련하여 청구법인이 실제 계약서라고 주장하는 공증받은 계약서의 감산항목을 차감하고 가산항목을 더하여 지급하여야 할 금액 OOO원이 정산되어 있으나, 감산내역 항목 중 공사미수금 OOO원과 개인 대여금 OOO원 합계 OOO원은 청구법인이 지급해야 할 자산매입대금으로 대표자 OOO이 운영하는 (주)OOO의 공사미수금과 개인대여금을 상계한 것이다. (라) 상기와 같이 조기환급 신청에 따른 현장확인 결과 재화의공급시기 이후에 발행된 매출세금계산서로 확인되어 부가가치세법 제21조에 의거 매입세액을 전액 불공제 처리하고 초과환급 가산세 및 세금계산서합계표 불성실가산세를 포함하여 경정·고지하고, 현지확인파생자료를 조사과 등에 과세자료를 통보하고 종결한 것으로 되어 있다.
(5) 2013.7.29. OOO에서 OOO에게 보낸 ‘대여금 관련 소명서 제출 요구 (주)OOO’ 공문서에 대하여 OOO이 작성·제출한 것으로 보이는 소명서의 주요 내용은 다음과 같다. OOO은 OOO(주) 본사 사무실에서 쟁점부동산 및 쟁점시설물 매매와 관련하여 총액 OOO원에 매매계약을 체결하고 대금의 OOO원은 (주)OOO의 대출금을 대환하기로 하였고, OOO원은 본인의 대여금과 OOO(주)의 공사미수금 등과 대체·정산키로 하였다. (주)OOO은 계획과 달리 분양 및 임대가 원할치 못하여 OOO(주)에 OOO원의 차입금, (주)OOO에 OOO원의 공사미지급금, OOO(주)에 OOO원의 공사미지급금 및 OOO의 대여금 OOO원 등의 부채가 발생하였으며, 시공사인 (주)OOO은 공사미수금을 회수하기 위하여 공매를 진행하였다. OOO은 OOO원에 쟁점부동산과 쟁점시설물을 인수하기로 하였으며, (주)OOO의 대출금 대환을 위하여 1차 중도금 OOO원을 대출 약정하였고, 잔금 OOO원은 공사미수금 등과 정산하기로 한 사실이 있다.
(6) 먼저 쟁점①·②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청의 의견은 다음과 같다. 청구법인이 제출한 계약서와 세금계산서를 보면 쟁점부동산과 쟁점시설물에 대하여 공급가액을 각각 OOO원으로 산정하여 계약(매입)한 것으로 확인되고, 쟁점부동산에 대한 매매대금은 (주)OOO의 대출을 대환하여 잔금이 청산된 2012.12.31.을명도일로 보거나 청구법인이 이용가능하게 된 때 또는 부가가치세법상의 공급시기로 보아야 한다. 또한, 쟁점검인계약서 제2조(매매대금의 지급방법)에 따르면 계약금 OOO원은 2012.12.26. 지급하고 잔금 OOO원은 2012.12.31. 이전에 OOO(주)와 대출전환하는 것으로 하였으며(매매대금에 부가가치세액 OOO원 포함), 잔금지급과 동시에 쟁점부동산을 명도한다고 기재되어 있는 바, 2012.12.31. 쟁점부동산에 대한 잔금은 이미 지급된 것이고, 미지급된 부가가치세 OOO원은 잔금청산에 영향을 미칠 수 없는 것이므로 청구법인이 쟁점부동산을 이용가능하게 되는 때는 2012.12.31.이다. (나) 청구법인의 주장은 다음과 같다. 이 건에서는 4종의 부동산매매계약서 중 어느 것이 유효한 계약서인지부터 청구법인과 처분청간에 견해 차이가 있는데, 계약의 법률 요건 및 효과에 대하여 부가가치세법 등 세법에 관련 규정이 없으므로 민법 등에 의하여 판단하여야 할 것인바, 청구법인이 쟁점부동산에 관한 매수자의 지위를 청구법인의 대표자인 OOO으로부터 인수·변경하는 매매계약서를 작성하였고(쟁점검인계약서), 계약인수 후에 다시 매매목적물로 쟁점부동산 외에 쟁점시설물을 추가하는 계약변경(쟁점공증계약서)을 하였는바, 이는 민법 제500조에 규정된경개(更改)에 해당된다. 또한, 쟁점공증계약서 제3조에는 매매목적물인쟁점부동산과 쟁점시설물의 인도시기를 2013.1.1.로 명시하고 있으므로청구법인이 쟁점건물과 쟁점시설물의 거래일자가 2013.1.1.로 기재된 세금계산서를 발급받은 것은 사실과 다른 것으로 보아서는 안된다. 처분청의 의견과 같이 쟁점검인계약서가 유효하다는 가정하에 쟁점건물의 공급시기를 살펴보면, 쟁점검인계약서 제1조에 규정된 쟁점부동산의 총매매대금은 OOO원인데, 2012.12.26. 계약금 OOO원을 지급하고, 2012.12.31. OOO(주)의 채무를 인수하는 방법으로 2012.12.31.까지 쟁점부동산대가인 OOO원은 변제하였으나, OOO원은아직 지급하지 않은 상태이므로 2012.12.31. 잔금을 모두 지급하였다고 볼 수 없으므로 쟁점건물의 공급시기를 2012.12.31.로 본 것은 부당하다. 쟁점검인계약서는 변제의 충당에 대한 약정이 없고, (주)OOO과 청구법인 간에 변제충당에 대한 별도의 합의도 없어 민법 제476조에 따른 지정변제충당의 규정이 적용될 수 없으므로 민법 제477조에 의하여야 할 것인바, 민법 제477조 제1항에는 “당사자가 변제에 충당할 채무를 지정하지 아니한 때에는 다음 각 호의 규정에 의한다”고 규정되어 있고, 같은 항 제1호에는 “채무 중에 이행기가 도래한 것과 도래하지 아니한 것이 있으면 이행기가 도래한 채무의 변제에 충당한다”고 규정되어 있으며, 제2호에는 “채무 전부의 이행기가 도래하였거나 도래하지 아니한 때에는 채무자에게 변제이익이 많은 채무의 변제에충당한다”고 규정되어 있고, 제4호에는 “전2호의 사항이 같은 때에는 그 채무액에 비례하여 각 채무의 변제에 충당한다”고 규정되어 있다. 이 건에서 변제충당을 쟁점건물(부가가치세 포함)이나 쟁점토지에 우선할 것인가에 대하여, 쟁점건물이나 쟁점토지의 변제기가 다르지 않고, 이행기도 동일하며, 채무자인 청구법인의 변제이익도 같으므로(토지·건물·부가가치세 어느 것에 충당하여도 동일한 채무가 소멸되고, 조기 변제에 따른 이익이나 늦게 변제한 불이익도 동일하므로) 민법 제477조 제1항 제4호에 따라 채무액(쟁점건물과 쟁점토지의 대가)에 비례하여 변제충당되어야 할 것이다. 그러므로 청구법인이 변제하여야 할 쟁점부동산 대가 OOO원 중 2012.12.31.까지 OOO원을 변제하였다 하여 쟁점건물에 대한 잔금의 지급이 완료되었다고 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점검인계약서 제6조에 규정된 “갑(매도인)은 잔금지급일에 잔금지급과 동시에 매매목적물의 점유를 현상 그대로 을(매수인, 청구법인)에게 이전한다”는 내용에 따라 쟁점건물의 공급시기를 2012.12.31.로 본 것은 부당하고, 쟁점건물의 등기이전시점인 2013.1.3.을 공급시기로 보아야 한다. (다) 부가가치세법 제9조 제1항에서 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다고 규정하면서 제1호에서는 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때, 제2호에서는 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우는 재화가 이용가능하게 되는 때, 제3호에서는 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때를 규정하고 있고, 공급받은 재화가 부동산인 경우에는 원칙적으로 그 부동산을 명도받은 때(소유권이전등기일)가 실지로 사용할 수 있는 때라 할 수 있으나, 매매계약을 체결함에 있어 그 부동산의 사용시점을 특약하였다면 그 약정한 시기가 그 부동산을 실지로 사용·수익할 수 있게 되는 때이며(조심 2008중2471, 2008.11.3., 조심 2013중1135, 2013.7.26. 참조), 부가가치세법 제16조 제1항에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 세금계산서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인과 (주)OOO 사이에 체결된 쟁점부동산에 대한 검인계약서를 보면, 매매목적물에 대한 잔금 OOO원을 2012.12.31. 이내 대출전환하는 것으로 되어 있고, (주)OOO은 잔금 지급과 동시에 매매목적물의 점유를 현상 그대로 청구법인에게 이전한다고 되어 있으며, 청구법인이 실제 계약내용대로 쟁점부동산에 대한 잔금을 2012.12.31. 지급한 점 등에 비추어 쟁점부동산에 대한 공급시기인 이용이 가능한 때를 2012년 제2기로 보아 쟁점부동산에 대한 매입세금계산서의 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다. 다만, 청구법인과 (주)OOO 사이에 체결된 쟁점공증계약서는 2013.2.25. 법무법인 OOO로부터 공증을 받아 해당 공증일에 쟁점시설물에 대한 매매대금이 정산되는 것으로 기재된 점, 해당 계약서에 매매목적물을 2013.1.1. 인도하는 것으로 되어 있는 점, 실제 공증일에 쟁점시설물에 대한 잔금이 정산된 점 등에 비추어 청구법인이 (주)OOO으로부터 공급받은 쟁점시설물이 이용가능하게 되는 때는 2013년 제1기 부가가치세 과세기간으로 보아야 할 것임에도 처분청이 공급시기를 2012년 제2기 부가가치세 과세기간으로 보아 쟁점시설물에 대한 매입세금계산서의 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(7) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 이중계약서를 작성한 것으로 보아 이 건 부정초과환급신고가산세를 과세하였으나, 국세기본법제47조의3 제2항에서 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산 은닉이나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 등, 사기 그 밖에 부정한 행위에 대하여 가산세를 중과하도록 규정하고 있는 바, 쟁점매입세금계산서의 필요적 기재사항에 관한 부분은 쟁점신고계약서와 공증계약서 등의 내용이 서로 다르지 아니한 점, 쟁점신고계약서 내용대로 거래가 이루어져 쟁점신고계약서에 의하지 않더라도 다른 증빙 또는 문서에 의하여 거래사실이 인정되는 점, 쟁점매입세금계산서 중 쟁점시설물에 해당하는 공급가액과 세액은 사실대로 신고한 것으로 나타나 청구법인이 적극적인 의사로 부당하게 매입세액 공제를 받으려고 한 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 청구법인이 국세기본법제47조의3 제2항에 따른 부정한 방법으로 환급세액을 초과신고한 경우에 해당한다고 보기 어려우므로 청구법인에게 부정초과환급신고가산세를 적용하여 과세하는 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.