쟁점용역을 연구용역으로 보기는 어려우나, 관련 예규에 따라 면세대상으로 계속 신고 및 조사된 점 등을 고려하여 가산세 부과는 타당하지 아니함
쟁점용역을 연구용역으로 보기는 어려우나, 관련 예규에 따라 면세대상으로 계속 신고 및 조사된 점 등을 고려하여 가산세 부과는 타당하지 아니함
심판청구를 기각한다.
(1) 쟁점용역에 대한 과세는 같은 세목, 같은 과세기간에 대하여 중복하여 실시한 위법한 조사에 해당한다. (가) 처분청은 2012년 3월 및 2013년 1월 청구법인들에 대한 세무조사 과정에서 2007년 제1기～2011년 제2기 과세기간의 쟁점용역에 대한 부가가치세 면제대상 여부를 조사하여 2012.3.27. 쟁점용역이 부가가치세 면세대상에 해당하여 과세사유가 없으므로 조사를 종결한다고 통지하였다가, 다시 2013년 5월 2008년 제1기～2012년 제2기 과세기간의 쟁점용역에 대해 세무조사를 하여 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였다. (나) 세무조사라 함은 세무공무원이 각 세법에 규정되어 있는 질문검사권 내지 질문조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서류장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하고, 국세기본법제81조의3 및 같은 법 시행령 제63조의2에서 규정하고 있는 중복세무조사금지원칙의 입법취지는 반복적인 세무조사를 허용하게 되면 납세자와 영업의 자유, 프라이버시를 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험도 있어 과세관청에 의한 세무조사의 남용을 방지함에 있는바, 이 건의 경우 ① 종전 세무조사에서 쟁점용역에 대하여 부가가치세 면세대상에 해당되어 과세사유 없음으로 조사를 종결한 점 ② 이 건 현지확인은 종전 세무조사의 조사대상 세목 및 기간과 중첩되고 있으며, 실제 이 건 쟁점용역의 부가가치세 면제여부를 다시 조사하여 과세한 점 ③ 이 건 세무조사에 이르게 된 경위가 분명하지 아니하여 세무조사 착수 동기가 종전 세무조사와 다르다고 보이지도 않는 점 등에 비추어 보면, 이 건 세무조사는 종전 세무조사의 세목과 기간이 중첩되는 중복세무조사에 해당한다.
(2) 쟁점용역은 부가가치세법상 면세용역에 해당한다. (가) 부가가치세법 시행령제37조에서 학술 등의 공익목적 단체가 공급하는 용역으로서 고유목적을 위한 일시적인 공급, 실비 또는 무상으로 공급하는 용역은 부가가치세 면제용역으로 규정하고 있으므로, 쟁점용역은 이에 해당한다.
1. 쟁점용역은 아래와 같이 청구법인들의 매출액 대비 0.42%, 1.34%로 미미하고, 쟁점용역은 해상교통안전법제6조의2에 따라 안전진단대행업자의 등록요건을 갖춘 자에 한하여 수행할 수 있으므로, 청구법인들은 해당 요건을 갖추어 일시적으로 쟁점용역을 수행한 것이다.
2. 쟁점용역은 해상교통안전진단과 관련된 해양수산부 고시에 준하여 해상교통안전진단 표준 단가에 의해 수행되었으며 용역비의 대부분이 실비 성격인 인건비 및 직접경비로 전체 용역비의 98%이상을 차지하고 있어 실비로 제공하였음을 알 수 있다. (나) 쟁점용역은 단순 확인용역 또는 평가용역이 아닌, 연구용역에 해당한다.
1. 쟁점용역은 해상교통안전법에 근거를 두고 있는 해상교통안전진단용역으로 안전진단항목의 대부분은 시뮬레이션연구를 수반하게 되고, 어떤 사업을 시행시 개발에 앞서 여러가지 상황을 종합적으로 분석 검토하고 문제점 발견시 사항을 기술하고 그에 대한 개선점을 제시하여 개발의 최적화가 되도록 하는 것이며, 어떤 정형화된 기준에 의해 단순한 결과치를 도출하는 것이 아니다. 쟁점용역의 세부항목인 자연환경조사 연구, 해상교통현황조사 연구, 해상교통현황측정 연구, 계류안전성 연구, 해상교통류 연구, 해상교통안전대책 연구 등 모두가 전문적 지식을 갖추지 아니한 일반인이 하기에는 어려움이 있고, 해당 자격과 경험을 가진 전문연구원이 참석하여 조사·측정하고 평가하며 시뮬레이션기법을 주로 사용하여 연구하여야 하는 항목으로 구성되어 있으므로, 연구의 정의에 부합한다. 더구나 쟁점용역은 해상교통안전법에 의거하여 안전진단대행업자의 등록요건(인력요건 및 장비요건)에 부합한 자에 한하여 수행할 수 있으며, 쟁점용역의 수행자는 해양교통안전 분야의 이론을 잘 알고, 그것을 바탕으로 해서 새로운 이론과 원리를 발견해 내는 일을 하는 대학교수들 중 일정 자격요건을 갖춘 자들로 구성되어 있고, 쟁점용역은 약 2∼5개월의 장기간동안 이루어지는 것으로 단순 확인용역 또는 평가용역이 아닌 연구용역에 해당한다.
2. 또한, “시뮬레이션(simulation)”이란 복잡한 문제를 해석하기 위하여 모델에 의한 실험, 또는 사회현상 등을 해결하는 데서 실제와 비슷한 상태를 수식 등으로 만들어 모의적으로 연산을 되풀이하여 그 특성을 파악하는 일을 말하는 것으로, “시뮬레이션 연구용역”이란 실제 또는 가상의 동적 시스템모형을 컴퓨터 등을 사용하여 연구하는 것을 말하고 모의실험이라고도 하며 물리적 모형을 써서 하는 실험으로서 물탱크 안에서 배의 항행 중 상태를 조사하거나 하는 것인바, 최소한 쟁점용역 중 시뮬레이션 용역은 일반용역이 아닌 연구용역에 해당한다 할 것이다.
(3) 이 건 과세처분시 신고․납부불성실가산세 등을 포함하여 과세함은 부당하다. 청구법인들이 소속 대학교수들과 소속 석·박사들로 구성되어 연구 등이 이루어지는 쟁점용역을 부가가치세가 면제되는 연구용역이라고 판단한 것에 대한 과실이 있다고 보기 어렵고, 쟁점용역을 연구용역이 아닌 일반용역으로 판단할 것이라고 기대하기 어려운 점, 2012년 처분청이 쟁점용역을 조사하여 부가가치세를 연구용역이라 하여 종결한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 쟁점용역에 대하여 부가가치세 신고 및 납부의무 이행을 기대하는 것이 무리라고 볼 수 있는 사정이 있으므로 신고․납부불성실가산세 등은 감면되어야 한다.
(1) 처분청은 2013년 3월 청구법인에 대하여 현지확인을 실시하여 이 건 부가가치세를 과세하였는바, 2012년 3월 실시한 세무조사와 성격이 다른 것으로 중복조사에 해당하지 않는다.
(2) 쟁점용역은 연구용역이 아닌 일반적인 기술용역에 해당한다. (가) 청구법인들이 제공하는 쟁점용역은 계속적 반복적으로 계약 등에 의하여 대가를 받고 사업자(발주처)에게 해상교통안전진단 용역 보고서라는 결과물을 제공하며, 그 사업자(발주처)의 사업과 관련하여 사용되어지므로 법인세법 시행령제2조에 규정하는 수익사업에 해당하고 계속․반복적으로 수행하는 용역으로서 청구법인이 고유의 목적사업을 위하여 일시적으로 공급하는 용역으로 볼 수 없다. (나) 청구법인은 해상교통현황조사와 해상교통현황측정을 한 다음, 시뮬레이션을 이용하여 해상교통시스템의 적정성을 평가하고, 이를 토대로 해상교통안전 안전대책을 제시하는 등 일정한 평가 시스템(진단시행지침)에 의하여 쟁점용역을 제공하고 있는바, 쟁점용역은 해상교통현황조사와 해상교통현황측정을 통해 자연환경(바람, 조류, 파랑), 항행여건, 해역이용자 의견, 혼잡도 조사 등을 통해 어떠한 수치를 산출하여 이를 컴퓨터를 이용, 선박조종시뮬레이션에 대입 실행시키는 것으로, 시뮬레이션을 수행하는 쟁점용역이야 말로 연구용역이 아닌 일반용역이라 할 것이다. 즉, 기존의 이론이나 공법 등을 응용하여 개발사업자가 추진하는 개발사업이 해상교통에 미치는 영향 등을 분석하여 선박조종시뮬레이션을 이용, 해상교통안전법령의 규정에 맞도록 진단서를 작성하는 것으로 이는 일반 기술용역에 해당한다. (다) 또한, 해상교통안전진단사업은 진단서 작성에 있어 해상교통안전법제2조, 같은 법 시행규칙 제2조의3의 해상교통안전진단기준(별표1의2) 및 같은 법 시행규칙 제2조의5의 해상교통안전진단서 작성기준에 진단항목과 설정기준 등이 체계적으로 기술되어 있어서 해상교통안전진단사업과 관련한 쟁점용역은 연구용역이 아닌 동일기법과 기술을 이용하여 동일한 절차와 방법, 내용으로 반복 수행하는 기술용역에 해당한다.
(3) 이 건 부과처분은 당초부터 관련법령의 규정에 따라 청구법인이 제공하는 쟁점용역은 부가가치세가 면제되지 아니함에도, 부가가치세를 신고·납부하여야 할 청구법인이 법령을 잘못 해석하여 부가가치세가 면제되는 것으로 판단, 부가가치세를 신고하지 않은 것일 뿐, 청구법인에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 가산세를 포함하여 이 건 부가가치세를 과세함은 정당하다.
① 이 건 현지확인이 중복조사에 해당하는지 여부
② 청구법인들이 제공하는 해상교통안전진단 용역이 부가가치세 면세대상인지 여부
③ 신고·납부불성실가산세 등 부과가 적법한지 여부
1. 쟁점① 관련 (1) 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용금지】
① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제63조의2 【중복조사의 금지】 법 제81조의3 제2항에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기ㆍ매점매석ㆍ무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의4 및 법 제81조의7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우
2. 쟁점② 관련 (1) 부가가치세법 제12조 【면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
14. 저술가ㆍ작곡가나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역
17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령 제35조 【인적용역의 범위】 법 제12조 제1항 제14호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다.
2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (라) 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 (3) 부가가치세법 제12조 제37조【종교·자선·학술·구호단체등이 공급하는 재화등의 범위】 법 제12조제1항제17호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 1의2. 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한정한다) (4) 부가가치세법 시행규칙 제11조의3 【인적용역의 범위】
③ 영 제35조 제2호 라목에서 "기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. (5) 제11조의5【종교·자선·학술·구호단체 등의 범위】
① 영 제37조 제1호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. (6) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다.
5. 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업 (7) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
① 법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.
1. (생략)
2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) (8) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.
3. 쟁점③관련 (1) 국세기본법 제6조 【천재 등으로 인한 기한의 연장】
① 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지，납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 관할 세무서장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다. (2) 제48조【가산세 감면 등】
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (3) 국세기본법 시행령 제2조 【기한연장 및 담보제공】
① 법 제6조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 납세자가 화재, 전화(戰禍), 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우
2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병으로 위중하거나 사망하여 상중(喪中)인 경우
3. 납세자가 그 사업에서 심각한 손해를 입거나, 그 사업이 중대한 위기에 처한 경우(납부의 경우만 해당한다)
4. 정전, 프로그램의 오류, 그 밖의 부득이한 사유로 한국은행(그 대리점을 포함한다) 및 체신관서의 정보통신망의 정상적인 가동이 불가능한 경우
5. 금융회사 등(한국은행 국고대리점 및 국고수납대리점인 금융회사 등만 해당한다) 또는 체신관서의 휴무, 그 밖의 부득이한 사유로 정상적인 세금납부가 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우
6. 권한 있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치된 경우
7. 납세자의 형편, 경제적 사정 등을 고려하여 기한의 연장이 필요하다고 인정되는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우(납부의 경우만 해당한다)
8. 제1호, 제2호 또는 제6호에 준하는 사유가 있는 경우
(1) 해상교통안전법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
16. "해상교통안전진단"이란 해상교통안전에 영향을 미치는 다음 각 목의 사업(이하 "안전진단대상사업"이라 한다)으로 발생할 수 있는 항행안전 위험 요인을 전문적으로 조사·측정하고 평가하는 것을 말한다.
① 진단대상사업을 하려는 자(이하 "사업자"라 한다)는 국토해양부령으로 정하는 진단기준에 따라 해상교통안전진단을 실시하여야 한다.
② 사업자는 진단대상사업에 대하여 관계 법령에 따른 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ신고 등(이하 "허가등"이라 한다)을 받으려는 경우 제1항에 따라 실시한 해당 해상교통안전진단의 결과(이하 "진단서"라 한다)를 허가등의 권한을 가진 행정기관의 장(이하 "처분기관"이라 한다)에게 제출하여야 한다. 다만, 허가등을 받지 아니하여도 되는 사업자는 진단대상사업을 하기 전에 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 국토해양부장관에게 진단서를 제출하고 협의하여야 한다. (3) 제6조의5【해상교통안전진단의 대행】
① 사업자는 해상교통안전진단을 실시하려는 경우에는 제2항에 따라 등록한 진단대행업자로 하여금 대행하게 할 수 있다.
② 해상교통안전진단을 대행하려는 자(이하 "진단대행업자"라 한다)는 국토해양부령으로 정하는 기술인력ㆍ장비 등 자격을 갖추어 국토해양부장관에게 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 국토해양부령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에도 같다.
③ 그 밖에 등록절차 및 등록증의 교부 등에 필요한 사항은 국토해양부령으로 정한다. (4) 해상교통안전법 시행규칙 제2조의2 【진단대상사업】 법 제2조제38호라목에서 "국토해양부령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 구역 또는 수역 등에서 부두의 기능과 유사한 선박 계류시설을 설치하거나 설치된 시설을 변경하는 사업을 말한다.
1. 항만법 제2조제4호 에 따른 항만구역
2. 법 제2조제14호·제15호에 따른 항로지정방식이나 통항분리방식이 적용되는 수역
3. 법 제2조제18호에 따른 연안통항대(沿岸通航帶)
4. 법 제57조에 따른 교통안전특정해역(이하 "교통안전특정해역"이라 한다) (5) 제2조의3【해상교통안전진단기준】 법 제6조의2제1항에서 "국토해양부령으로 정하는 진단기준"이란 별표 1의2와 같다.
(1) 처분청의 과세심리자료 및 청구법인들이 제출한 정관 등에 따르면, 청구법인 OOO은 해양과학기술의 창의적 원천기초연구, 응용 및 실용화 연구와 해양분야 우수 전문인력의 교육·훈련을 통하여 국내·외적으로 해양과학기술의 연구개발을 선도하고 그 성과를 확산함을 목적으로 설립되었으며, 정관 제4조에서 ①해양과학기술 및 해양산업 발전에 필요한 원천연구, 응용 및 실용화연구, ②해양 및 극지과학기술 정책, 제도연구, ③해양분야 우수 전문인력 양성 및 대국민 서비스, ④해양관련 기기·장비기술개발과 검·교정, ⑤해양과학기지 등 해양인프라 구축 및 운영, ⑥국내·외 대학, 연구기관, 산업체 등과 수탁·위탁연구, 공동연구 및 기술제휴, ⑦위에 부대되는 사업(매장문화재 지표조사 등)과 연구개발성과의 실용화 및 기타 한국해양과학기술원의 목적달성을 위하여 필요한 사업을 수행하는 것으로 되어 있고, 청구법인 OOO은OOO에 의하여 해양수산관련 사업종사자의 교육·기술훈련과 선박운항 및 어업에 관한 신기술의 개발·보급을 통해 우수한 해양수산인력을 양성하고 해기사 국가기술자격검정 등에 관한 업무를 수행함으로써 해양수산 분야의 발전에 기여함을 목적으로 설립되었으며, 정관 제4조에서 ①해양수산관련 사업종사자의 교육·훈련, ②선원인력양성(해기사 포함)등 선원정책 수행을 위한 정부지원 업무, ③해양수산기술훈련에 관한 국제교류증진을 위한 사업, ④정부로부터 수탁한 해기사 등 국가기술자격검정, ⑤정부·지방자치단체·공공단체 및 민간단체 등으로부터 수탁한 사업, ⑥선박운항 및 어업기술의 연구·개발, ⑦연수원의 목적달성을 위하여 필요한 연구용역의 위탁 및 수탁과 다른 관련 기관과의 공동연구, ⑧위의 부대사업과 기타 연수원의 목적달성을 위하여 필요한 사업, ⑨기타 연수원의 목적달성을 위한 해양수산부장관의 승인을 얻어 행하는 수익사업 등을 수행하는 것으로 나타난다.
(2) 청구법인들이 제공한 쟁점용역은 아래와 같으며, 쟁점용역은 해양수산부 고시에 준한 해상교통안전진단 표준단가에 의해 수행되었고, 용역비 중 인건비와 직접경비 비중이 약 80%인 것으로 되어 있으며, 청구법인 한국해양수산연수원은 쟁점용역 중 해상교통안전진단을 일반용역으로 보더라도 선박조종시뮬레이션은 연구용역에 해당한다고 주장한다.
(3) 청구법인들이 수행하는 해상교통안전진단은 진단대상사업이 향후 선박통항에 어떠한 영향을 미치게 될지를 사전에 예측하여 평가하는 제도로, 세부적으로는 해상교통현황조사, 해상교통 현황측정, 해상교통시스템 적정성평가, 해상교통안전대책 등을 평가하며, 해상교통안전진단 평가항목은 아래와 같이 나타난다.
(4) 또한, 쟁점용역을 대행하기 위해서는 항해사 자격증 또는 해사안전관련분야 학위 소지자로 일정 경력을 갖춘 전문기술인력이 8명이상이어야 하고, 선박조종 시뮬레이터OOO원)를 갖추어야 하며, 해양수산부장관에게 등록하여야 하는 것으로 나타난다.
(5) OOO세무서장은 2012년 3월 청구법인 OOO에 대해 세무조사(조사대상기간 2007년 1월〜2011년 12월)를 실시하였으며, 연구용역 수익과 관련하여 검토한 바, 부가가치세 면제대상에 해당되어 과세사유 없으므로 조사를 종결한다고 2012.3.27. 세무조사결과 통지를 하였으나, 이후 2013년 5월 2008년 제1기부터 2012년 제2기까지 쟁점용역의 부가가치세 과세여부에 대해 현장확인을 실시하여, 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였고, OOO세무서장은 2013년 1월 청구법인 한국해양과학기술원에 대해 세무조사(조사대상기간 2007년 1월〜2012년 6월)를 실시하였으나, 쟁점용역을 대전광역시에 위치한 청구법인 부설 선박OOO에서 수행한 것으로 확인됨에 따라 2013년 5월 다시 쟁점용역의 부가가치세 과세여부에 대해 현장확인을 실시하여, 이 건 부가가치세를 과세하였다.
(6) 처분청에서는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 용역에 대하여 부가가치세법 시행령제37조 제1호의 규정에 부가가치세가 면제되는 것이고, 이 경우 공급하는 용역이라 함은 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위한 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등을 연구하는 것을 말하는 것이며 다만, 이미 개발된 학술 또는 기술의 연구결과를 단순히 이용한 분석 또는 활용자료의 제공용역은 부가가치세가 면제되는 학술연구용역 또는 기술연구용역에 해당하지 아니한다고 해석(국세청 부가 46015-1411, 1996.7.12.)하여 왔고, 쟁점용역과 관련하여 국세청 과세기준자문위원회는 과학기술분야 정부출연기관등의 설립․운영 및 육성에 관한 법률에 의하여 설립된 청구법인들이 수행하는 쟁점용역이 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급되거나 실비로 공급하는 경우 또는 학술연구․기술연구와 관련하여 공급하는 용역에 해당되는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이나, 그 고유의 목적사업이 아닌 계속적인 수익사업과 관련하여 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호의 규정에 따라 부가가치세가 면제되지 아니한다고 회신(법규과-1356, 2011.10.14.)하고 있다.
(7) 먼저 쟁점①에 대하여 본다. (가) 재조사(중복조사) 금지규정 위반이 문제되는 ‘세무조사’라 함은 각 세법에 규정 하는 질문조사권 또는 질문검사권 및 조세범처벌법, 조세범처벌절차법에 의하여 조사공무원이 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 행위로서 조사계획에 의해 실시하는 것을 의미하고, 세원관리, 단순 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 현지확인 계획에 의하여 현지출장하여 사실관계를 확인하는 행위, 즉 ‘현지확인’은 여기에서 제외된다 할 것이므로, 이 건 현지확인을 세무조사로 보아 중복조사에 해당한다고 보기는 어렵다. (나) 설령, 현지확인을 세무조사로 보더라도 국세기본법제81조의 4 제2항 제3호에서 ‘2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당되어 ‘재조사’가 허용되는 예외적인 경우에 해당한다고 볼 수 있으므로, 이 건 현지확인은 세무조사권을 남용한 중복조사에 해당하지 않는 것으로 판단된다.
(8) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 부가가치세법 시행령제37조 제1호의2에서 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역은 부가가치세를 면세하는 것으로 규정하고 있는바, ‘연구용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하여 공급하는 용역에 불과하다면 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다 할 것이다(대법원 2012.12.13. 선고, 2011두3913 같은 뜻임). (나) 쟁점용역인 교통안전진단용역은 항만, 교량, 부두 등의 개발사업을 하는 사업자가 사업설계 전에 개발사업이 선박통항에 미치는 영향을 사전에 조사하여 설계에 반영하도록 하기 위하여 의무적으로 시행하는 것으로, 개발사업자가 개발사업 허가를 받기 위해서는 청구법인과 같은 해상교통안전진단대행기관이 진단한 진단서를 허가권을 가진 기관장에게 제출하도록 하고 있는바, 청구법인들의 해상교통안전진단은 기존의 이론이나 공법 등을 응용하여 개발업자가 추진하는 개발사업이 해상교통에 미치는 영향 등을 분석하여 해상교통안전법령의 규정에 맞도록 진단서를 작성하여 제공하는 것으로 전문가들이 보유한 전문지식을 개별 사업현장에 적용한 일반적인 용역의 성격으로 보이는 점, 해상교통안전진단은 해상교통현황조사와 해상교통현황측정을 통해 자연환경(바람, 조류, 파랑), 항행여건, 해역이용자 의견, 혼잡도 조사 등을 통해 어떠한 수치를 산출하여 이를 컴퓨터를 이용, 선박조종시뮬레이션에 대입 실행시키는 것으로, 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역이 아닐 뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역으로도 보기 어려운 점, 과세관청에서도 이와 유사한 새로운 사업의 타당성 조사, 실시설계 또는 이들을 포함한 종합계획을 작성하는 용역은 면세되는 학술․기술용역에 해당하지 아니하는 것으로 판단하여 집행하고 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점용역을 ‘연구용역’으로 보기는 어렵다 할 것이다. (다) 청구법인 OOO은 쟁점용역 중 해상교통안전진단을 일반 기술용역으로 보더라도 선박조종시뮬레이션 등의 용역은 학술연구용역에 해당한다고 주장하나, 해상교통안전진단은 선박조종시뮬레이터를 통해 이루어지고 있고, 선박조종시뮬레이션은 해상교통안전진단의 과정으로서 이를 별도의 학술연구용역으로 보기 어려우며, 청구법인이 선박조종시뮬레이션 등이 학술연구용역에 해당하는지에 관한 구체적인 증빙도 제출하지 아니하여 이를 연구용역에 해당한다고 보기는 어렵다. (라) 또한, 청구법인들은 주무관청에 등록된 단체로서 쟁점용역이 청구법인 고유의 사업목적을 위하여 일시적이고 실비로 공급하는 용역으로 부가가치세법 시행령제37조 제1호에 따라 면세에 해당한다고 주장하나, 쟁점용역은 법인세법 시행령제2조 제1항 제2호 괄호규정에 따라 청구법인의 수익사업에 해당하고, 청구법인 전체 연구용역에서 차지하는 비중이 적다 하더라도 수년간에 걸쳐 계속적으로 제공되었으며, 쟁점용역비 중 인건비 등의 비중이 크다 하여 실비로 공급하는 사실이 확인된다고 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.
(9) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법령에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재라 할 것이므로, 납세자가 정당한 사유로 신고, 납세 등 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 부과할 수 없는 것으로 판단되고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다. (나) 이 건의 경우 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역에 대하여 부가가치세가 면제되는 것으로 과거부터 규정하여 온 점, 위 질의회신에서 보는 바와 같이 처분청은 학술연구단체 등에 대하여 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 이미 개발된 학술 또는 기술의 연구결과를 단순히 이용한 분석 또는 활용자료의 제공용역은 부가가치세가 면제되는 학술연구용역 또는 기술연구용역에 해당하지 아니하다’는 일관된 입장을 과거부터 유지하여 왔던 것으로 보이는 점, 위와 같은 처분청의 입장에도 불구하고 쟁점용역을 연구용역으로 보아 부가가치세 면세대상으로 판단한 것은 청구법인들이 관련 규정을 잘못 해석한 것에 불과한 것으로 보이는 점 등을 감안하여 볼 때, 청구법인들에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 처분청이 이 건 부가가치세와 더불어 부과한 신고․납부불성실가산세 등 OOO원(OOO OOO원, OOO OOO원)을 감면하기는 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.