납세지 변경신고를 하지 않은 피합병법인의 합병 전 발생한 세액공제를 합병 후 합병법인의 관할세무서장에게 경정청구할 수 있는지 여부

OOO세무서장이 청구인 적격이 없다고 보아 2013.5.27. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인 OOO 주식회사는 OOO에서 자동차부품 제조업을 목적으로 2001.11.1. 설립된 법인이고, 2009.12.31. OOO에서 자동차부품 제조업을 영위하던 OOO 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병하였다.
• 나. 청구법인은 피합병법인의 합병 전 2008․2009사업연도 중 신고누락한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 이월공제하여 합병 후 존속법인인 청구법인의 2009․2010사업연도에 공제하여야 하고, 이에 따라 2009사업연도 법인세 OOO 및 2010사업연도 법인세 OOO을 환급하여야 한다는 경정청구를 2013.3.29. 청구법인의 납세지를 관할하는 처분청에 하였다.
• 다. 처분청은 피합병법인의 합병 전 납세지 관할세무서장은 OOO으로서 흡수합병으로 인하여 소멸하면서 납세지를 변경신고하지 아니하였으므로, OOO이 아닌 처분청을 상대로 제기한 경정청구를 부적법한 것으로 보아 2013.5.27. 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.16. 이의신청을 거쳐 2013.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 처분청의 경정청구 거부에 따라 OOO에게 경정청구를 하려고 하였으나, 피합병법인에서 연구 및 인력개발비 세액공제가 발생한 2008․2009사업연도는 이미 경정청구 기한이 경과하였기에 2013.6.5. OOO에게 고충민원을 제기하였고, 이후 OOO이 처분청에 대한 불복 수단이 남아 있어 인용하기 어렵다는 의견을 듣고 고충민원을 취하한 것인데도, 단순히 납세지 관할이 다르다는 이유만으로 적법한 기간 내에 청구된 경정청구를 그 내용도 심리하지 아니하고 거부한 처분은 부당하다.

(2) 피합병법인에서 연구 및 인력개발비 세액공제가 발생한 2008․2009사업연도는 결손이어서 세액공제를 신청하더라도 결손금액 및 환급세액에는 영향을 미치지 아니하고, 따라서 피합병법인의 2008․2009사업연도는 경정청구의 대상이 되는 사업연도가 될 수 없으며, 이월된 세액공제를 적법하게 승계하여 공제하는 즉, 세액을 세법이 정한 것보다 과대하게 신고한 합병법인인 청구법인의 2009․2010사업연도가 경정청구의 대상이 되는 사업연도이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 법인세법제11조 및 같은 법 시행령 제9조에 따라 납세지의 변경 신고를 하지 않은 경우에는 종전(합병하여 소멸 전)의 납세지를 그 법인의 납세지로 하는 것으로 피합병법인에서 발생한 연구 및 인력개발비 세액공제는 OOO이 경정할 수 있는 것으로 권한이 없는 처분청에 제기한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다. 피합병법인의 폐업시 관할세무서장인 OOO에게 피합병법인의 사업자등록번호로 경정청구하여 세액공제를 확정한 후 청구법인에서 이월세액으로 환급결정하는 것이 적법한 절차라 할 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

(2) 청구법인은 피합병법인이 2008․2009사업연도가 결손으로 세액공제를 신청하더라도 결손 및 환급세액에 영향을 미치지 않기 때문에 경정청구의 대상 사업연도가 될 수 없고, 이월된 세액공제를 적법하게 승계한 청구법인이 경정청구한 것은 정당하다고 하나, 합병과정에서 세액공제신청서를 제출하고 이월세액을 법인세 신고시 계상한 상태로 합병하였다면 당연히 합병 후 존속법인인 청구법인이 이월세액공제를 받을 수 있었음에도, 피합병법인은 2008․2009사업연도 법인세 신고시 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하지 아니하였고 또한납세지 변경신고를 하지 않은 상태에서 피합병법인이 정상적으로 법인세 신고를 한 사업연도에 발생한 세액공제를 청구법인의 사업자등록번호로 처분청에 경정청구한 것은 당연히 거부 사유에 해당한다.

• 가. 쟁점 납세지의 변경신고를 하지 않은 피합병법인에게 합병 전 발생한 세액공제를 합병 후 합병법인이 관할세무서장에게 경정청구할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령: 【별지】
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 피합병법인은 2009.12.31. 합병등기하였고, 피합병법인은 2009.12.31. 폐업하였으며, 청구법인은 2013.3.29. 처분청에 이 사건 경정청구를 제기하였고 처분청은 2013.5.27. 이를 거부하였으며, 이후 청구법인은 2013.6.14. 납세지를 처분청 관할인 OOO로 변경하는 신고서를 제출한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 피합병법인의 2008․2009사업연도 법인세 신고내용을 요약하면 아래 <표1>과 같다. <표1> 피합병법인의 2008․2009사업연도 법인세 신고

(3) 청구법인이 청구법인의 상호 및 사업자등록번호로 처분청에 제기한 2009․2010사업연도 경정청구 내용을 요약하면 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 경정청구 내용 요약

(4) 청구법인의 경정청구에 대하여 처분청은 이를 거부하면서 다음과 같이 회신하였다. 귀 법인이 청구한 2009․2010․2011사업연도 법인세 경정청구서를 검토한 결과 2010～2011사업연도 고용증대세액공제는 청구내용과 같이 경정하여 환급결정하였으며, 귀 법인에 합병 소멸된 OOO(주)에서 2008～2009사업연도 중 발생한 연구인력개발비세액공제를 합병 후 존속법인 OOO(주)에서 경정청구한 건에 대하여 검토한 결과, 법인세법 시행령 제9조 【납세지의 변경신고】를 하지 않은 경우 국세기본법 제44조 【결정 또는 경정결정의 관할】규정에 따라 처분당시 당해 국세의 납세지를 관할하는 세무서장OOO 관할서 OOO)에게 경정청구할 사항으로 국세기본법 제45조의2 제3 항의 규정에 따라 기각처리되었음을 통지하니 업무에 참고하시기 바랍 니

• 다. (5) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 세액공제 발생 당시 피합병법인의 납세지를 관할하는 OOO에게 경정청구를 하여야 한다면서 처분청에 적법한 청구기간 내에 제기된 경정청구를 거부하였으나, 경정청구의 대상이 된 세액은 청구법인의 2009․2010사업연도 법인세이고, 그 사유는 합병 전 피합병법인에서 발생하였으나 공제신청하지 아니한 세액공제를 신청하는 것으로서 피합병법인을 흡수합병한 청구법인이 소멸한 피합병법인의 권리․의무를 모두 승계한 점 등을 종합하여 보면, 처분청이 청구법인의 이 사건 경정청구의 관할은 처분청이 아니라고 보아 이를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다(다만, 경정청구한 내용의 구체적인 타당성은 처분청이 심리하여 결정하여야 할 것이다).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【별지】관련법령 (1) 법인세법 제9조【납세지】① 내국법인의 법인세 납세지는 그 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지(국내에 본점 또는 주사무소가 있지 아니하는 경우에는 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지)로 한다. 다만, 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 장소로 한다. 제11조【납세지의 변경】① 법인은 납세지가 변경된 경우에는 그 변경된 날부터 15일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 변경 후의 납세지 관할 세무서장에게 이를 신고하여야 한다. 이 경우 납세지가 변경된 법인이 부가가치세법제5조에 따라 그 변경된 사실을 신고한 경우에는 납세지 변경신고를 한 것으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 신고가 없는 경우에는 종전의 납세지를 그 법인의 납세지로 한다. 제12조【과세관할】법인세는 제9조부터 제11조까지의 규정에 따른 납세지를 관할하는 세무서장 또는 지방국세청장이 과세한다. 제44조의3【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】 ② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. (2) 법인세법 시행령 제9조【납세지의 변경신고】① 법인이 법 제11조 제1항의 규정에 의하여 납세지의 변경을 신고하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 납세지변경신고서를 변경후의 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

② 법 제11조 제1항의 규정에 의하여 납세지의 변경신고를 받은 세무서장은 그 신고받은 내용을 변경전의 납세지 관할세무서장에게 통보하여야 한다.

③ 법인이 사업연도 중에 합병 또는 분할로 인하여 소멸한 경우 피합병법인·분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 “피합병법인등”이라 한다)의 각 사업연도의 소득(합병 또는 분할에 따른 양도손익을 포함한다)에 대한 법인세 납세지는 합병법인·분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(이하 “합병법인등”이라 한다)의 납세지(분할의 경우에는 승계한 자산가액이 가장 많은 법인의 납세지를 말한다)로 할 수 있다. 이 경우 법 제11조 제1항의 규정에 의하여 납세지의 변경을 신고하여야 한다. 제81조 【합병에 따른 이월결손금 등의 승계】③ 합병법인은 법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다.

1. 법 제59조 제1항 제1호에 따른 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것으로 한정한다)의 경우에는 합병법인이 승계받은 사업에서 발생한소득에 대하여 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용

2. 법 제59조 제1항 제3호에 따른 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병법인이 다음 각 목의 구분에 따라 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 공제

• 다. 가목 및 나목 외에 납부할 세액이 없어 공제받지 못한 금액으로서 조세특례제한법제144조에 따라 이월된 미공제액: 승계받은 사업부문에 대하여 계산한 법인세 산출세액의 범위에서 공제 (3) 국세기본법 제43조【과세표준신고의 관할】① 과세표준신고서는 신고 당시 해당 국세의 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 전자신고를 하는 경우에는 지방국세청장이나 국세청장에게 제출할 수 있다.

② 과세표준신고서가 제1항의 세무서장 외의 세무서장에게 제출된 경우에도 그 신고의 효력에는 영향이 없다. 제44조【결정 또는 경정결정의 관할】 국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정결정은 그 처분 당시 그 국세의 납세지를 관할하는 세무서장이 한다. 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 (4) 행정소송법 제7조 【사건의 이송】민사소송법제34조 제1항의 규정은 원고의 고의 또는 중대한 과실없이 행정소송이 심급을 달리하는 법원에 잘못 제기된 경우에도 적용한다. (5) 민사소송법 제34조 【관할위반 또는 재량에 따른 이송】① 법원은 소송의 전부 또는 일부에 대하여 관할권이 없다고 인정하는 경우에는 결정으로 이를 관할법원에 이송한다.