조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지가「조세특례제한법」제69조의 규정에 따른 양도소득세 감면대상 토지인지 여부

사건번호 조심-2013-전-3480 선고일 2013.11.29

쟁점토지는 양도일 현재 광역시에 소재하는 농지로서 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지인 점 등에 비추어, 쟁점토지가 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분 개요
  • 가. 청구인은 1979.12.26. OOO 답 1,325㎡ 및 같은 동 110-1 답 2,368㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가, 1998.1.14. 쟁점토지가 ‘OOO지구 토지구획 정리사업에 관한 도시계획’에 따라 자연녹지지역에서 일반주거지역으로 편입되었으며, 2007.5.16. 환지예정지 지정 및 2012.9.26. 환지처분 공고를 거쳐 2012.10.3. OOO구청장으로부터 청구인 소유지분 35.76㎡에 대하여 환지청산금 OOO원을 교부받고, 2012.10.31. 처분청에 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
  • 나. 이 후 2012.11.21. 청구인은 쟁점토지가조세특례제한법제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항 제2호 단서규정에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당된다 하여 처분청에 청구인이 기납부한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.1.23. 경정청구 거부처분을 하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.4.16. 이의신청을 거쳐 2013.7.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 환지방식에 의한 도시개발사업은 일반적으로 오랜 시간이 소요되며, 환지청산금은 사업완료시점에 사업시행자에 의해 토지소유자에게 교부되는 것으로서 토지소유자의 의지로 수령시기를 결정할 수 없으며, 환지청산금에 해당하는 일부토지만 별도로 양도할 수 없으므로 양도한 토지가 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 지났다 하더라도 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용됨이 타당하다고 보아 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제2호의 단서조항을 2011.6.3. 대통령령 제22953호로 신설한 것으로 판단되고, 처분청이 OOO지구 도시개발사업이 환지방식에 의한 사업이 아니라고 본 것은 부당하다. 그렇다면, 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호에서 주거지역․상업지역․공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지라 하더라도 환지청산금에 해당하는 부분은 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다.

(2) 설령 위 논리를 받아들일 수 없다고 하더라도, 청구인의 경우는 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 나목의 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되어 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정이 적용되어야 한다. OOO지구 도시개발 사업은 고시일(1998.1.14.)로부터 약 14년 9개월이 소요된 후 환지청산금이 교부되었는데, 토지구획 정리사업은 사업시행자(OOO시장, OOO구청장)가 하는 것으로서 사업시행자가 처분청에 공문을 회신하면서 ‘사업시행자가 사업 또는 보상지연에 대한 언급’을 하지 않았다 하여 사업 또는 보상지연의 책임이 사업시행자에게 없는 것은 아니라 할 것이고, 위와 같이 장기간이 소요된 그 자체로서 사업시행자의 소극적 행정 및 시행의지 부족 등이 존재한 것으로 보아 그 지연 등 책임은 사업시행자에게 있는 것이다. 또한, 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 나목에 대한 해석을 확대하여 사업 지연사유가 청구인에게 없다면 당연히 감면이 적용되어야 한다. 또, 수용방식의 도시개발은 사업초기에 사업시행자와 토지소유자와의 협상에 따라 보상이 이루어지지만, 환지방식에 따른 환지청산금은 사업완료 후 사업시행자에 의해 토지소유자에게 교부되는데, 청구인의 입장에서는 전체 토지를 양도하지 않는 한 ‘환지청산금에 해당하는 일부 토지’만의 양도는 사실상 불가능하며, 최초 사업시행자인 OOO시장 및 그 후 사업시행자인 OOO구청장에게 사업 또는 보상지연의 책임이 있으므로 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 나목의 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되어 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지의 환지청산금에 해당하는 부분이 자경농지 양도소득세 감면대상인지에 대하여 보면, 쟁점토지는 1998.1.14. ‘OOO지구 토지구획 정리사업에 관한 도시계획 및 지적승인고시’에 의해 토지 477,020㎡의 용도가 당초 자연녹지지역에서 일반주거지역으로 토지구획만 변경되었을 뿐 당초부터 사업시행자인 OOO시장에 의한 환지방식에 의한 개발이 아니며, 외환위기 및 부동산 경기침체 등으로 유보되었던 OOO지구의 부동산 경기회복과 주민의 개발요구로 2003년 12월~2004년 4월까지 토지소유자 등 개별동의서를 징구한 결과, 개발계획변경 및 사업시행자 지정요건이 충족되어 OOO구청장으로 이관하여 사업이 시행되었음이 OOO시 주택정책과 공문에 의거 확인되고 있다.

(2) 기획재정부령으로 정하는 사업 또는 보상을 지연시키는 사유가 사업시행자에게 있는지에 대하여 보면, 당초 OOO시장은 대규모개발사업인 OOO지구와 소규모개발사업인 OOO지구에 대하여 도시개발계획에 의거 진행하고자 하였으나 외환위기와 부동산 경기침체 등으로 개발사업이 사업시행자 없이 계속 유보되었으며, OOO시장은 2003.8.8. 살아나는 부동산 경기회복과 주민의 개발요구에 의해도시개발법의제사항과 관련된 권한을 OOO구청장으로 이관할 수 있도록OOO시 사무위임조례를 개정하여 OOO지구 도시개발사업을 OOO구청장에게 이관하였다. 이와 같이 OOO지구 도시개발사업의 지연사유가 단지 외환위기 및 부동산 경기침체로 유보되었을 뿐, 기획재정부령으로 정하는 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정할 만한 사유가 전혀 없다. 따라서, 쟁점토지는 1998.1.14. 조세특례제한법 시행령제66조 제1호 규정의 주거․상업․공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 경과하여 같은 법 시행령 제66조 제4항 제2호 단서의 ‘환지청산금’에 관한 조항을 적용할 여지가 없으며, 같은 법 시행령 제66조 제1항 나목의 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 사업 또는 보상을 지연시키는 사유의 책임이 사업시행자에게 있다고 인정 되는 특별한 사유가 없어 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점토지가조세특례제한법제69조의 규정에 따른 양도소득세 감면대상 토지인지 여부
  • 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 OOO지구 도시개발사업이 당초 자연녹지지역에서 일반주거지역으로 토지구획만 변경되었을 뿐 당초 사업시행자인 OOO시장의 환지방식개발이 아니며, OOO구청장에게 이관되어 시행된 사업으로서, 기획재정부령으로 정하는 사업 또는 보상을 지연시키는 사유가 사업시행자에게 있다고 인정할 만한 사유도 없으므로 경정청구 거부처분을 한 것은 정당하다면서, OOO시장(주택정책과장)의 회신 공문, 이의신청 재조사에 대한 검토서, OOO지구 도시개발사업 개발계획변경 동의 안내문, OOO지구 도시개발구역지정(변경) 및 개발 계획(변경) 고시, 쟁점토지의 등기부등본 및 토지대장 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호에서 주거지역․상업지역․공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지라 하더라도 환지청산금을 지급받는 경우에는 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정이 적용되어야 하고, 예비적 청구로서 OOO지구 도시개발사업 지연의 책임이 사업시행자에게 있으므로 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 나목에 해당되므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정이 적용되어야 한다고 주장하면서, 관보(1998.1.14. 제13806호), OOO지구 및 OOO지구 도시개발사업 추진현황 등을 제출하였다.

(3) 쟁점에 대하여 본다. (가) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 쟁점토지는 OOO지구 도시개발사업 내의 토지로서 1998.1.14. OOO지구 토지구획 정리사업에 관한 도시계획(OOO시 고시 제1998-4호)에 따라 자연녹지지역이 일반주거지역으로 변경되었으며, 2004.4.16. 사업시행자가 OOO시장에서 OOO구청장으로 변경되었고, 2007.5.16. 환지예정지 지정을 거쳐, 2012.9.26. 환지처분 공고(OOO구 고시 제2012-539호)된 후, 2012.10.3. OOO구청장이 청구인에게 청구인 소유 지분에 대하여 환지청산금을 교부한 것으로 나타난다. (나) 처분청의 재조사에 대한 검토서에 의하면, OOO지구 도시개발사업이 외환위기 및 부동산 경기침체, 토지소유자의 무관심 및 불신으로 취소 위기에 있다가 OOO구청장의 노력으로 토지소유자의 동의절차 및 사업계획 변경고시를 거쳐 2007.5.16. 환지예정지로 지정된 것으로 되어 있고, 동 개발사업은 사업시행면적이 493,687㎡로서 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 가목에 의한 대규모개발사업은 아닌 것으로 조사되었다. (다) 살피건대,조세특례제한법제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항에서 8년 이상 거주하면서 농지를 경작한 자가 농지를 양도한 경우에는 양도소득세의 100분의 100에 상당한 세액을 감면받을 수 있으나, 양도일 현재 특별시·광역시·시에 있는 농지 중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 감면받을 수 없으며, 다만 이 경우에도 대규모개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지 또는 사업시행자가 국가, 지방자치단체 등인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우에 대한 양도소득세는 감면받을 수 있도록 규정하고 있는바, 이 때 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호의 규정에 의하여 자경농지에 대한 양도소득세의 감면적용 대상이 아니라면 같은 법 시행령 제66조 제4항 제2호 단서규정을 적용할 여지는 없는 것으로 해석된다. 쟁점토지는 양도일(2012.10.3.) 현재 광역시에 소재하는 농지로서 주거지역에 편입된 날(1998.1.14.)부터 3년이 지난 농지인 점, 쟁점토지를 포함하고 있는 OOO지구 도시개발사업의 시행면적이 493,687㎡로서 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 가목에 의한 대규모개발사업이 아닌 점, 청구인은 사업시행자의 소 극적 행정 및 시행의지 부족 등이 존재하므로 사업 또는 보상을 지연시킨 책임이 사업시행자에게 있다고 주장하나 사업시행자의 소극적 행정 등이 존재하였는지에 대한 증빙을 제시하지 못하고 있는 반면 OOO시 공문에 의하면 외환위기와 부동산 경기침체 등으로 개발사업이 사업시행자 없이 계속 유보되었다는 회신이 있는 점과 그 외 사업 또는 보상을 지연시킨 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유가 나타나지 않는 점 등에 비추어 쟁점토지가조세특례제한법제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항 제2호 단서규정에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거분한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)