쟁점매입세액이 과세사업에 직접 대응되는 것으로 확인됨

역삼, 마산, 천안세무서장이 2012.10.24. 청구법인에게 한 2009년 제1기 부가가치세 806,337,490원(역삼: 495,842,390원, 마산: 249,821,240원, 천안: 60,673,860원)의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 서울특별시 강남구 역삼동 701-2에 본사를, 충청남도 천안시 동남구 수신면 신풍리 153-4에 “목천물류센터” 및 경상남도 함안군 칠서면 대치리 280-4에 “함안물류센터”(이하 “물류센터”라 한다)를 두고 대형할인점 및 물류공급업을 영위하는 과세·면세겸영사업자로서, 2009년 제1기 부가가치세 신고시 물류공급업(외주운송비 등)과 관련하여 발생한 아래〈표1〉의 사업장별 매입세액 2,674,282,979원(본사: 1,830,396,684원, 목천물류센타: 519,457,747원, 함안물류센타: 324,428,548원)을 공통매입세액으로 보아 과세 및 면세상품의 공급가액율로 계산한 면세관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다. 〈표1> 2009년 제1기 물류공급업 관련 공통매입세액
• 나. 그 후 청구법인은 물류공급업과 관련한 공통매입세액이 과세사업에 귀속되는 매입세액에 해당한다 하여 각 사업장별 면세공급가액의 비율로 계산하여 2012.7.20. 처분청에 2009년 제1기 부가가치세 806,337,490원(역삼: 495,842,390원, 마산: 249,821,240원, 천안: 60,673,860원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2012.10.24. 쟁점매입세액이 공통매입세액에 해당한다 하여 이를 거부통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 쟁점매입세액은 정관에 명시된 목적사업 중 물류업을 영위하기 위하여 인적·물적설비를 갖춘 물류센터에서 발생된 매입세액으로 과세대상인 물류대행수수료에 직접 대응되는 매입세액이므로 전액 공제하는 것이 타당하고, 물류센터의 수익은 물류대행수수료로서 협력업체가 물류센터를 이용함으로써 각 매장에 상품을 배송하는 물류대행에 대한 대가로 지급하는 것이며, 부가가치세 신고시 과세매출로 신고하였는바, 상품배송을 위해서는 공급업체가 납품한 상품을 각 매장으로 분류·상차하는 인적용역과 운송을 위한 차량운송용역, 물류센터 운영과 관련된 청소 및 보안용역 등이 필요하므로 이에 따른 인적용역료, 차량운송료 및 물류센터 운영과 관련된 비용은 물류대행수수료에 직접 대응되는 비용에 해당하며, 면세사업과 관련이 없으므로 쟁점매입세액은 물류대행수수료의 매출세액에서 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 주장하는 각 사업장의 면세비율에 따라 쟁점매입세액을 안분해야 한다는 주장을 살펴보면, 각 사업장은 물류대행업과 상품공급업을 영위하고 있으며, 물류대행업은 협력회사의 상품을 청구법인의 대형할인매장으로 배송하는 업무로 협력회사로부터 물류대행수수료를 수취하고 위 수수료 상당액만을 물류대행업에 따른 매출액으로 계상하고 있으며, 상품공급액은 협력회사로부터 상품(과/면세 물품)을 매입하여 타법인에 판매하거나 청구법인의 대형할인매장에 직매장반출하고 있는 관계로, 상품공급업의 경우 쟁점사업장의 직매장반출로 계상하고 있고,부가가치세법제4조 제1항에서 “부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다”고 규정하고 있는바, 제4조 제2항에서 “사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할 세무서장에게 신청한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제61조 및 대법원 판결에 따르면 매입세액의 안분계산은 사업자가 과·면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과·면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 각 사업장의 과세사업과 면세사업의 공급가액의 비율에 따라 안분계산하여야 할 것인바, 청구법인은 상품공급업과 물류업이 독립적으로 설립된 사업장이라고 주장하나, 청구법인이 협력업체로부터 상품 구매시 본사의 사업자등록번호로 매입세금계산서를 수취하고 상품매입분에 해당하는 과/면세 품목 및 외주운송비에 대한 매입세금계산서를 수취하는 바, 청구법인의 주장대로라면 상품매입분도 각 사업장별로 구분이 되어야 하나 상품매입분은 제외하고 운송비 부분만 공통매입세액으로 보는 것은 각 사업장별로 안분계산하여야 한다는 부가가치세법 시행령제61조에 위배되는 주장이다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 물류공급업과 관련하여 발생한 외주운송비 등의 매입세액이 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 대형할인점 및 물류업을 운영하는 과·면세사업 겸영사업자로서 약 2,500여개의 협력업체들로부터 납품을 받으면서 2개의 물류센터(목천, 함안)를 운영하고 있는 바, 물류대행업은 협력회사의 상품을 대형할인매장으로 배송하는 업무로서 상품의 종류에 관계없이 과세사업에 해당하며, 청구법인은 물류대행업을 통해 협력회사로부터 물류대행수수료를 수취하고 수수료상당액만을 물류대행업에 따른 매출액으로 계상하며, 상품공급업은 협력업체들의 상품을 타법인에 판매하거나 대형할인매장에 직매장반출하는 것으로, 물류센터에서 과세상품과 면세상품의 분류 및 배송이 이루어 지는 바, 상품공급업은 청구법인의 입장에서 과/면세사업에 해당한다.

(2) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인에게 상품을 공급하는 협력업체는 자기가 공급하는 상품을 물류센터까지 운송하고, 협력업체는 물류센터경유 상품 납품대금의 3.75～4.18%에 상당하는 물류비를 지급하고 청구법인과 별도로 정한 물류센터를 이용하여 협력업체의 물류업무(물류센터에서 점포까지의 운송)를 대행하는 것으로 나타나며, 각 사업장별 공통매입세액 계산내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 각 사업장별 공통매입세액 계산내역

(3) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인은 물류업을 영위하기 위하여 함안·목천물류서비스센터를 운영하고 있으며, 청구법인의 물류사업장은 물적·인적설비를 갖추었고, 2개의 물류센터에서 영위하는 물류대행업은 상품공급업체의 납품편의와 물류비용의 절감 및 물류효율을 제고하고, 청구법인의 정관상 목적사업인 물류업을 위하여 독립적으로 운영되고 있는 사업으로, 상품공급업체는 청구법인의 각 매장까지 상품을 납품할 의무가 있으나 청구법인의 각 매장이 전국 각지에 위치한 관계로 공급업체가 상품 납품을 위하여 부담하여야 할 물류비용이 과다하게 발생하므로 공급업체의 물류비 절감을 위하여 청구법인의 물류센터를 통하여 상품을 납품하는 별도의 계약을 체결하며, 이에 따라 각 공급업체에서 청구법인의 물류센터, 그리고 물류센터에서 청구법인의 각 매장까지의 배송에 대한 물류용역을 청구법인의 물류센터에서 제공하고 동 물류용역에 대한 대가를 각 공급업체에 청구하여 물류수입으로 처리하고 있으며, 다만, 세금계산서 교부와 정산의 편의성을 위하여 청구법인의 본사가 각 공급업체와 일괄계약을 체결한 후 세금계산서를 교부하며, 물류용역과 관련하여 필요한 운송, 보안, 청소 등의 용역은 다수의 업체로부터 제공받고 대가를 지불하고 있는 것으로 되어 있다. 또한 실질적인 용역의 소비가 물류센터에서 발생하므로 물류비용으로 처리하되, 동 비용도 정산의 편의성을 위하여 청구법인의 본사가 각 용역업체와 일괄계약을 체결한 후 물류비용과 관련된 세금계산서를 교부받은 것으로 나타난다. (4) 부가가치세법 시행령제61조 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분계산하도록 규정하고 있다. (5)살피건대, 청구법인의 물류센터는 상품공급업체의 납품편의와 물류비용의 절감을 위해 상품공급업과는 독립적으로 물적·인적설비를 갖추고 공급업체와 물류대행계약체결 및 물류대행용역수수료를 수취하는 한편, 물류대행용역제공에 필요한 운송, 보안, 청소 등의 용역을 다수업체로부터 제공받고 그 대가를 지급하면서 관련 세금계산서를 수수하는 바, 청구법인의 본사에서 상품공급업체로부터 별도로 지급받는 물류대행수수료 전액을 과세매출로 신고하고 있으므로 물류센터의 물류대행용역제공에 따른 매입세액은 과·면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분하기 어렵다거나 면세사업과 직접 관련이 있어 보이지 아니하므로, 쟁점매입세액은 부가가치세법제17조 제1항과 같은 법 시행령 제61조 제1항에 따라 물류용역에 따른 매입세액으로 공제하는 것이 타당하다 할 것이다(기획재정부 부가가치세과-207, 2013.3.25., 참조). 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

이이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.