청구법인이 개발한 자체기술과 관련하여 민간기업에게 실시권을 부여하여 로열티를 받는 동 기술료 수익은 부가가치세 과세대상에 해당하는 것으로 판단되는 바 쟁점기술료수익과 관련하여 지출한 쟁점1매입세액은 매입세액공제대상에 해당함
청구법인이 개발한 자체기술과 관련하여 민간기업에게 실시권을 부여하여 로열티를 받는 동 기술료 수익은 부가가치세 과세대상에 해당하는 것으로 판단되는 바 쟁점기술료수익과 관련하여 지출한 쟁점1매입세액은 매입세액공제대상에 해당함
OOO세무서장이 2012.9.11. 청구법인에게 한 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지 6개 과세기간의 부가가치세 경정청구에 대한 거부처분은 동 과세기간에 청구법인이 OOOOO(OOOOOO-OOOOOOOOOOO OOOOOOO OOOOOOOO OOOOOOO) 원자로 개발사업과 관련하여 지출한 매입세액 OOO원을 매출세액에서 공제하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.
(1) 쟁점기술료 수익이 면세대상인지 (가) 청구법인은 쟁점기술료 수익이 발생되기 이전부터 청구법인에서 발생된 기술료 수익을 면세로 적용하여 부가가치세를 신고하다가 회계법인의 세무진단결과(회계법인은 2006.8.4. 서면3팀-1703 예규를 인용)에 따라 2008년부터 과세로 기술료 수익에 대한 부가가치세를 현재까지 신고․납부하였고, 2012.1.3. 이전까지의 과세관청의 질의회신에서는 일관되게 기술료 수익이 과세대상이라 하였으며(서면3팀-1703, 2006.8.4., 부가가치세과-718, 2009.5.26.), OOO지방국세청장이 청구법인과 동일한 조직인 한국기계연구원의 기술료 수익이 과․면세인지 여부를 국세청에 과세기준 자문요청 결과 면세대상이라는 회신이 2012.1.3.에 있었을 뿐이다. 한편, OOO지방국세청장은 OOO의 기술료수익이 면세대상에 해당된다는 과세기준 자문회신 이후에 실시한 청구법인에 대한 세무조사시 면세처리한 기술료 수익에 대하여 과세대상으로 보아 2007년 제2기～2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 부가가치세를 추징하였고, 감사원은 2012년 2월 청구법인과 동일한 학술, 기술연구단체인 OOO대학교 OOO협력단이 면세로 신고한 기술료 수익을 과세대상으로 보아 2007년 제1기～2010년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 부가가치세를 추징하도록 처분청에 조치하였다. (나) 처분청은 청구법인의 쟁점기술료 수익이 면세대상이라 하여 관련 매입세액을 부인하면서도, 위 세무조사시 추징세액 및 2008년부터의 매출세액에 대한 직권취소 및 환급 등의 조치가 없었고, 경정거부처분 이후 최근 2013년 제1기 부가가치세 확정신고까지 계속하여 청구법인이 기술료 수익을 과세로 하여 부가가치세를 신고․납부한 것에 대하여도 어떠한 조치도 하고 있지 않다. (다) 결국, 과세기준자문은 과세관청이 특정납세자의 과세여부 판단을 위한 내부참고사항으로 일반납세자가 인지할 수 없는 특정납세자에게만 기속력을 갖는 회신일 뿐이고, 현재까지 불특정 납세자에 대한 공적견해 표명으로서의 과세관청의 질의회신은 일관되게 기술료 수익을 과세대상으로 보고 있으며, 청구법인은 2008년부터 기술료 수익을 계속하여 과세대상으로 하여 부가가치세를 신고․납부하고 있고, 처분청 역시 정기세무조사에서 과세적용하였으며 감사원도 과세대상으로 보고 있는바, 결국 세법해석 기준으로서의 공적견해 표명에 따를 때 쟁점기술료 수익은 과세대상이다. 또한, 부가가치세법 시행령 제37조 1의 2호에서 면세대상으로 규정하고 있는 “학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역”의 범위는 기존의 학술연구나 기술연구결과의 검증, 타당성을 검토하여 그 내용을 수정․보완하기 위한 연구용역이 포함되나, 기존의 학술기술연구결과를 활용(응용, 이용)하는 용역은 포함되지 않는다 할 것(대법원 2011 두3913, 2012.12.13.)이어서 학술·기술연구를 통하여 완성된 기술(결과)을 타인에게 활용(기술실시권 부여)하게 하고 활용수입의 일정액을 활용대가로 수령하는 기술료 수익은 부가가치세 과세대상이다. (라) 설령, 과세기준자문이 새로운 세법해석기준이라 하여도 동 기준은 새로운 해석이 있은 날(2012.1.3) 이후 납세의무가 성립하는, 즉 2012년 귀속분부터 적용할 사항으로 그 이전 귀속연도에 적용하는 것은 소급과세금지원칙 위배이고, 기술료 수익과 관련하여 처분청이 경정청구 거부처분을 하면서 그 이전의 세무조사에 따른 경정고지 및 2008년부터의 신고․납부한 매출세액의 취소와 처분 이후 기술료 수익을 과세적용한 부가가치세 신고․납부한 것에 대하여 경정을 하지 않는 것은국세기본법상의 신의성실의 원칙 및 세법해석기준을 위배한 처분이다.
(2) 쟁점②매입세액 관련 (가) 원자로 내의 방사선을 이용하여 특정제품 생산, 연구, 실험 등에 활용되는 다목적원자로인 하나로 원자로는 원자로 내에 특정용도를 위한 시료를 투입하여 방사선을 조사(쪼임)하기 위한 여러 개의 수직봉과 수평봉이 있어 시료를 수직․수평봉에 투입한 후 일정기간 방사선을 조사하는 것으로 단 1개의 봉을 이용하는 경우에도 전체 원자로가 동시에 가동되고, 특정부분만의 부분가동은 불가능하며, 전체가 일시에 가동하므로 여러 용도로 동시에 이용 가능하며 각 봉별 이용구분은 없고 동일 용도의 시료를 다수 투입할 수 있다. (나) 이용료는 중성자(방사선)를 활용․조사하여 수령하는 연구, 제품생산, 자료생산 등 원내외의 모든 OOO로 이용자에게 부과되며, 이용주체와 이용목적에 따라 차등을 두되 원칙적으로 사용시간에 비례하여 부과하고, 정부 등 공공기관과 공익적 이용인 경우 이용료를 감면하고, 간헐적 이용이 아닌 장시간의 계속적 이용인 경우 일정액이 경감된다. (다) 청구법인의 방사선 동위원소는 OOO로 원자로를 통하여 생산되며 하나로 원자로의 공통매입세액은 주로 원자로의 유지관련 매입으로 수선유지비, 부품교체비, 전기료 등 제세공과금이고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 자산의 공통매입세액은 실지 귀속이 분명한 경우에는 그 실지귀속에 따라 안분하고, 실지귀속이 불분명한 경우에만 매출액 비율로 안분 계산하여야 하는바, 이는 공통매입세액과의 상관관계에 따라 실제 구분이 적합한 안분기준이 있는 경우에는 매출액비율에 우선하여 적용하여야 한다는 것이다(국심 94서374, 1994.9.16. 같은 뜻임). (라) 결국, OOO로 원자로의 공통매입세액은 원자로 유지관리비이며, 동 유지관리비는 매출액비율이 아닌 유지관리비와 밀접한 상관비례관계에 있는 OOO로 원자로 사용(활용)시간에 비례하여 안분 계산하는 것이 실지귀속에 따른 합리적 안분이라 할 것이다.
(1) 쟁점기술료 수익이 면세대상인지 (가) 청구법인의 OOO 원자로 관련인 쟁점기술료 수익은 현재까지 발생하지 않았으며 OOO 사업에 대한 성과물을 활용할 민간기업과 협약서를 맺은 이후에 기술료 관련하여 현재까지 구체적인 추가 계약사항이 없어 향후 OOO사업 성과물을 사업목적상 독립적․반복적으로 활용할지 여부가 불분명하고, 청구법인의 OOO 원자로 관련 기술료 수익은 부가가치세법 시행령제37조 제1의2 “학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역”에 해당하여 면세대상으로 보는 것이 타당하므로 OOO 원자로 관련 매입세액을 불공제하여 경정청구 거부한 처분은 타당하다. (나) 청구법인이 면세대상으로 신고한 OOO 원자로 관련 기술료 수익에 대하여 처분청이 과세대상으로 결정 또는 경정한 후 관련 매입세액을 불공제한 것이 아니라, OOO 원자로 기술료 관련 매입세액에 대한 청구인의 경정청구 내용에 대하여 최근의 예규(법규과-2, 2012.1.3.)에 따라 처분청에서는 면세관련 매입세액으로 보아 불공제처분하였으며, 청구법인이 제시한 예규와 개별 납세자에 대한 질의회신은 질의 당사자인 개별 납세자를 기속할 뿐, 과세관청의 공적 견해표명이라 볼 수 없으며, 기술료 수익에 대한 과․면세 여부는 납세자의 이의신청 등으로 논란이 있는 문제로 해당 예규 및 서면질의 회신 등에 의해 관행으로 정립되었다고 볼 수 없으므로, 이는 명백한 법령의 위반이나 해석이라고 볼 수 없어 신의성실 원칙과 세법해석기준 및 소급과세금지 원칙에 위배한 것이 아니라고 판단된다.
(2) OOO로 원자로의 이용형태를 보면, 전체가 일시에 가동되어 각 봉별 구분 없이 원자로 내에 있는 여러 개의 수직봉 및 수평봉에 시료를 투입 후 방사선을 조사하여 동위원소를 생산하는 형태이므로 전체가 일시에 가동되는 원자로의 특성상 시료 미 투입 상태에서도 계속 가동되므로 과세사업과 면세사업에의 실지 귀속을 구분할 수 없어 부가가치세법 시행령제61조에 따라 공급가액 기준으로 안분 계산하여 공제한 처분은 정당하다.
① -㉮(주위적 청구) 정부출연연구기관인 청구법인이 국가연구개발과제(스마트 원자로 개발사업)를 수행하고 이에 대한 연구결과물을 기업에 이전하거나 해당권리에 대한 실시권을 부여하고 이에 따라 기업으로부터 받는 기술료 수익이 발생할 경우 동 기술료 수익이 부가가치세 면세인지(처분청 의견), 과세인지(청구인 주장)
① -㉯(예비적 청구) 기술료 수익이 면세라고 하더라도 과세에 해당한다는 과세관청의 질의회신에 따라 과세로 처리하였으므로 신의성실의 원칙에 따라 과세로 보아야 하고, 새로운 국세청의 질의회신에 따라 면세로 처리하는 것은 소급과세금지 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
② 처분청에서 청구법인이 운영하는 하나로 원자로 유지와 관련하여 발생된 매입세액이 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 보아 공급가액을 기준으로 하여 매입세액을 안분계산한데 대하여, 동 매입세액은 과세사업과 면세사업에 사용되는 실지 사용시간에 따라 실지 귀속이 구분되므로 동 기준에 따라 매입세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
14. 저술가ㆍ작곡가나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역
17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (3) 부가가치세법시행령 제35조 【인적용역의 범위】 법 제12조 제1항 제14호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다
2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (라) 기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 (4) 부가가치세법시행령 제37조 【종교·자선·학술·구호단체등의 범위】 법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다. 1의2. 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한정한다) (5) 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】
① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (6) 부가가치세법시행규칙 제11조의3 【인적용역의 범위】
③ 영 제35조제2호 라목에서 "기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. (7) 국세기본법 제15조 【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. (8) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】
① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 원자력 관련 기초, 응용사업을 주요 목적으로 하는 정부가 100% 출연하여 설립된 비영리공익법인이며, 기술료 수익(2007년까지는 면세)과 방사선 동위원소 판매수입에 대하여는 과세로 하여 부가가치세를 신고․납부하였는데, 쟁점①매입세액과 관련된 쟁점기술료 수익은 이 건 심리일 현재 발생하지 아니하였으며, 쟁점별 구체적인 경정청구 매입세액 및 처분청의 환급내역은 아래 ＜표2, 3＞과 같다.
(2) 처분청의 경정청구 검토보고서(2012년 9월)를 보면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 정부가 100% 출자한 정부출연 연구기관으로 스마트 원자로 개발사업의 주요 개요는 “사업명: OOO(중소형 원자로) 기술검증 및 표준설계인가 획득사업”, “사업기간: 2009.1.1.～2011.12.31.”, “사업예산: 정부출연금 OOO원, 민간기업 부담금 OOO원”, “재원부담자 조건: 국고보조금(정부지분)-청구법인 귀속, 민간-기술실시권”, “산업재산권 귀속: 정부지분-청구법인, 민간분담금- 공동소유”, “활용방안: 후속사업의 주체는 민간기업으로 하고 청구법인은 기술료 수입 창출”이라고 기재되어 있고, OOO로 원자로는 다목적 연구용 원자로로 원자력 연구개발에 필수적인 높은 중성자속을 지닌 중성자 이용 연구시설이며, 원자력 관련기술 개발, 첨단소재 개발, 환경, 의학, 생명공학 등 다양한 분야에서 활용되고 있는 연구시설로서, OOO로 원자로의 공통매입세액은 동위원소 생산부분(과세)과 목적사업부준(면세)으로 구분되며 이에 대한 안분계산 기준을 활용장치 이용실적에 따라 안분하여 청구한다고 기재되어 있다. (나) 처분청의 검토내역에는 다음과 같이 기재되어 있다.
1. 청구법인은 기술료에 대하여 과세대상으로 신고하고 있고, 그 동안의 관련 예규에 의하여 부가가치세 과세대상으로 판단하여 과세사실판단자문신청을 하였으나(2012.8.6.), 최근 생성된 예규(부가 법규과-2, 2012.1.3.)에 의하면 기술료 소득은 면세 대상이라고 판단되어 과세사실 판단자문신청을 취하하고 재검토한바, 기술료란 기술의 양도, 실시권 허락, 기술지도, 공동연구, 합작투자 또는 인수, 합병 등을 말하는 것으로 부가가치세 과세여부와 관련하여 논란이 있었으나, OOO지방국세청장의 2012년 1월 과세기준자문신청 결과 연구단지 내 유사한 연구원인 “OOO”에 대한 자문신청 결과 기술료에 대하여 면세를 적용하여야 한다는 회신(법규과-2, 2012.1.3.)이 있었고, 동 회신에 의하면 “과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립․운영 및 육성에 관한 법률에 따라 설립된 연구원이 국가연구개발사업과제 또는 자체연구과제 등을 수행한 결과 취득한 지식재산권 등을 기업에 권리이전하거나 해당 권리에 대한 실시(實施)권을 부여하고 기술료를 받는 경우에는 부가가치세법 시행령제37조 제1호의2 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역에 해당하므로 면세를 적용해야 한다고 하였으므로, 청구법인이 향후 발생할 기술료 수입(참여 민간단체와 현재까지 구체적 계약사항이 없고 OOO 원자로 관련 매출액은 없음)은 위 최근 예규에 따라 면세에 해당하므로 당초 매입세액 불공제 신고한 것은 정당하여 경정청구를 받아들일 수 없다.
2. OOO로 원자로와 관련하여서는 안분대상 공통매입세액을 합리적 안분기준이라 하여 시료투입상태의 이용시간에 따른 활용실적으로 안분계산하였으나, 그 이용형태가 전체가 일시에 가동되어 각 봉별 구분 없이 원자로 내에 있는 여러 개의 수직봉 및 수평봉에 시료 투입 후 방사선을 조사(쪼임)하여 동위원소를 생산하는 형태이므로 전체가 일시에 가동되는 원자로의 특성상 시료 미투입 상태에서도 계속 가동되므로 이용시간별 안분계산은 합리적 안분계산으로 볼 수 없으며 매입세액의 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우 공급가액 기준으로 안분하여야 하는 바 당초 이용실적 기준으로 안분하여 청구한 내용은 배제하고 공급가액 기준으로 재계산하여 공제하는 것이 타당하다.
(3) 처분청의 이 건 경정청구 거부처분에 대하여 청구법인이 제기한 이의신청에 대한 결정문(제2012-119호, 2012.11.21.) 및 청구법인이 제출한 “스마트 개발 관련 연구프로세스”를 보면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 원자력 기본사업의 일환으로 OOO 원자로를 개발완료하였으며 해외 수출을 목적으로 수출 주체는 민간기업으로 하되 직․간접적으로 해외수출 수주에 공동 노력하며 수출액에 따른 일정액의 기술료를 받기로 하고 2009년도부터 2011년까지 민간기업이 참여하는 OOO 원자로 사업을 수행하였다. (나) OOO 원자로 기술개발은 원자로의 표준설계(기본설계)와 동 설계에 접목된 기술을 열수력/기술적 개발효과실험 및 종합열수력 검증시험을 수행하여 표준설계와 설계에 연계된 전산코드 및 설계방법론을 검증함으로써 원자로 기술의 안전성을 검증하고 그 결과를 활용하여 국내 인허가기관으로부터 표준설계인가를 획득함으로써 완성되고, 참여 민간기업이 추진할 후속사업인 국내건설 및 해외수출은 상세설계를 수행하여 국내 인허가기관(OOO)의 건설인허가를 받아야 시행할 수 있다. (다) OOO 원자로 개발사업의 연구 진행내용은 1997년 7월∼1999년 3월 과제수행(신형원자로기술개발, 정부출연금: OOO원)을 통해 OOO(330MWt) 원자로 계통(NSSS) 개념 설계개발을 하였으며, 1999.4.1.～2002.3.31. 과제수행(일체형원자로 설계기술 개발, 정부출연금: OOO원)을 통해 SMART(330MWt) 원자로 계통(NSSS) 기본 설계개발을 하였으며, 2009.1.1.∼ 2011.12.31 과제수행(정부출연금: OOO원, 민간기업부담금 OOO원)을 통해 OOO(330MWt) 기술검증 및 표준설계인가획득사업을 하는 것으로 되어 있다. (라) OOO 원자로 개발사업의 연도별 소요예산 및 분야별 재원부담현황은 아래 ＜표4＞와 같다.
(4) 2010.6.14. 청구법인(갑)과 OOO외 12개 기업(을)이 작성한 “스마트 기술검증 및 표준설계 인가 획득사업 참여기업 분담금 지급 협약서” 주요내용은 아래와 같다. (가) 갑은 OOO사업을 주도적으로 수행하여야 하며 을은 스마트 사업 목적 달성을 위해 적극적으로 지원 및 협조하여야 한다. (나) 갑과 을은 OOO사업 수행에 필요한 연구개발사업비 중 금 OOO원은 갑이 OOO원은 을이 부담하며 을은 아래와 같이 연도별로 분담금을 나누어 지급한다.(2010년도: OOO원, 2011년도 OOO원) (다) OOO사업 성과물 중 기술검증분야 성과물은 갑이 소유권한을 가지며, OOO 표준설계분야 성과물은 갑과 을이 공동소유 권한을 가진다. 을이 OOO사업 성과물을 활용하여 후속사업을 수행할 경우 필요시 제삼자로의 기술전수, 기술실시계약 체결을 포함하여 후속사업이 지장 없이 수행되도록 갑은 적극 협력한다. (라) 갑은 OOO사업 성공 후 을과 정부가 정하는 규정에 따라 갑의 지침을 적용하여 기술실시계약을 체결하고, 기술료는 을의 후속사업에 부담이 되지 않으면서도 정당한 기술실시계약이 되도록 갑의 권한범위 내에서 최대한 편의를 제공하며 을은 이를 이유로 갑에게 부당한 요구를 하지 아니한다. (마) OOO사업의 성과물을 활용한 후속사업을 시행함에 따라 지급해야 하는 기술료는 갑의 지침에 따르되 필요한 경우 정부의 관련규정을 준용한다.
(5) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 2012.7.4. 청구법인과 OOO는 OOO로부터 OOO 원자로에 대한 원자로 및 관계시설의 표준설계를 인가(인가번호 제2호)받은 것으로 확인된다.
(6) OOO지방국세청장이 청구법인에 대해 2012년 2월 실시한 세무조사시 청구법인으로부터 징취한 확인서 내용을 보면, “청구법인은 기술료를 수수하고 세금계산서를 교부하여야 했으나 계산서를 교부한 사실이 있으며(2007.1기～2010.2기) 그와 관련되는 매입세액도 공제받지 않은 사실이 있음”이라고 기재되어 있고, 처분청은 상기 확인서에 따라 동 기술료에 대해 2012년 3월 부가가치세를 경정․고지한 것으로 나타난다.
(7) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 하나로 원자로 구조 및 활용내역은 아래와 같다. (가) OOO로 원자로는 원자로 내의 방사선을 이용하여 특정제품 생산, 연구, 실험 등에 활용되는 다목적 원자로인데, 원자로 내에 6개의 수평봉과 약 40여개의 수직봉으로 구성되어 있으며, OOO로의 모든 이용은 중성자(방사선)을 조사(쪼임)하여 이를 제품 생산(방사선 동위원소) 및 기타 연구(분석,검사,조사시험 등)에 활용되고, 원자로에서 방사선이 생성되기 위하여는 하나로 원자로가 가동되어야 하며 부분가동은 불가능하다. (나) 활용방법은 원자로 내의 수평봉과 수직봉 내에 시료를 투입하여 일정기간 방사선을 조사시킨 후 꺼내고, 이용단가는 투입시료수에 이용시간을 곱하여 수수료 산정한다고 되어 있으며, 각 봉별 단위시간당 이용단가가 차이가 나는데, 이는 원자로 중앙 부근에 근접 할수록 방사선 조사량이 많기 때문으로 중앙 부근 봉의 이용단가가 높고 가장자리에 위치한 봉의 이용단가는 낮다.
(8) 쟁점①-㉮에 대하여 본다. 부가가치세법 시행령 제37조 제1의2호에서는 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역은 “학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역”이라고 규정되어 있는데, 이를 구체적으로 보면, 부가가치세가 면제되는 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다 할 것이다(대법2011두3913, 2012.12.13. 같은 뜻). 쟁점기술료 수익의 경우, 2010.6.14. 청구법인과 민간참여기업간에 맺은 분담금 지급협약서에서 OOO 사업의 성과물을 활용한 후속사업을 시행함에 따라 지급해야 하는 기술료”로 규정하고 있어 이는 기술연구단체인 청구법인이 개발한 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등의 연구용역을 제공하였다기 보다는 기술연구단체인 청구법인이 새로운 기술연구를 개발하여 동 기술을 민간참여기업에 이전 또는 실시하여 주고 민간참여기업이 동 기술을 활용(이용)하도록 한데 대하여 대가를 받는 것에 불과하다고 보여 쟁점기술료 수익이 부가가치세법 시행령제37조 제1의2호에 따른 부가가치치세 면제대상이라고 보기는 어렵다고 판단된다. 그렇다면, 부가가치세 매입세액은 같은 과세기간내에 매출세액이 발생하여야만 공제하는 것이 아니고, 쟁점기술료 수익이 부가가치세 면세에 해당하지 아니함에도 처분청에서 쟁점기술료 수익이 부가가가치세가 면세되는 것이라 하여 쟁점기술료 수익과 관련하여 지출한 쟁점①매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.
(9) 쟁점①-㉯는 쟁점①-㉮가 인용결정되어 실익이 없으므로 심리를 생략한다.
(10) 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 면세사업에 관련된 매입세액 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 공통매입세액으로 보아 안분계산하는 것인바, 하나로 원자로의 유지 및 관리와 관련된 매입세액을 하나로 원자로 사용시간에 비례하여 실지 귀속을 구분하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나, OOO로 원자로의 이용형태를 보면, 전체가 일시에 가동되어 각 봉별 구분 없이 원자로 내에 있는 여러 개의 수직봉 및 수평봉에 시료 투입 후 방사선을 조사(쪼임)하여 동위원소를 생산하는 형태이고, 특정 시료를 특정 봉에 투입하는 별도의 기준이 있는 것이 아니라 투입 당시 비어 있는 여유봉에 시료를 투입하여 사용하는 것이며, OOO로 원자로내에 있는 모든 봉에 시료가 있는 경우에만 가동되는 것은 아닌 것이어서 OOO로 원자로의 사용시간을 기준으로 하여 쟁점②매입세액의 실지 귀속을 합리적으로 구분할 수 있다고 보기는 어렵다. 따라서, 쟁점②매입세액은 공통매입세액으로서 안분계산하여야 할 것으로 판단되므로 처분청이 쟁점②매입세액을 공급가액을 기준으로 하여 안분계산한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.