종전주택 취득일부터 신축주택 취득전일까지 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1999.6.24. 취득한 00시 00구 00동 00아파트 00동 000호(이하󰡒종전주택󰡓이라 한다)가 재건축됨에 따라 신축된 같은 곳의 00000아파트 000동 0000호(이하󰡒쟁점신축주택󰡓이라 한다)를 2004.9.30. 취득하여 2OO8.6.10. O00 외 1인에게 000원에 양도하고, 2008.6.24. 조세특례제한법(이하󰡒조특법󰡓이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 규정을 적용하여 산출세액 000원을 100% 감면세액으로 양도소득세 과세표준을 신고하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아 2012.9.18. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OO0원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.12.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3 제1항은 “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 금액에서 뺀다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 “법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있는 바, 동 시행령 규정은 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후에 적용되는 것이지, 5년 이내에 양도한 경우에는 적용되지 않는 것으로, 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 쟁점신축주택의 양도소득금액은 전액감면되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3의 양도소득세 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내 또는 5년을 경과하여 양도하는 경우에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해 주겠다는 취지로, 처분청이 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득하여 양도한 경우 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구인은 1999.6.24. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2004.9.30.(사용승인) 재건축된 쟁점신축주택(아파트)를 취득하여 2008.6.10. 양도한 후, 양도가액을 000백만원, 취득가액을 000백만원, 감면소득을 000백만원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타나며, 쟁점신축주택이 속한 00000아파트는 총 1,696세대 중 조합원 분양분 1,319세대를 제외한 377세대를 조합원 이외의 자에게 일반분양한 아파트로, 일반분양자 계약일은 2001.6.25.～2001.6.27.인 것으로 확인되므로, ‘양도소득세 과세특례’적용을 받는 신축주택(조특법 제99조의3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호)에 해당된다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점신축주택은 재건축조합원으로서 조특법 제99조의3에 규정한 신축주택기간(2001.5.23.～2003.6.30.)에 일반분양(계약체결)된 재건축주택을 취득하여 감면요건은 충족하나, 양도소득세가 감면되는 소득은 전액이 아니라 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득 후 양도시점까지 발생한 양도소득금액(조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산)만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택의 취득일(1999.6.24.)부터 신축주택의 취득일 전일(2004.9.29.)까지의 양도소득금액에 대하여는 조특법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(3) 조특법 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택 또는 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우에는 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 1OO분의 1OO에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 그 산식으로 {양도소득 금액 ×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}를 규정하고 있다.

(4) 청구인은 조특법 제99조의3에 의한 신축주택 양도소득세 감면에 있어 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우 신축주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액 전액을 감면소득으로 하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 쟁점신축주택의 양도소득 감면금액을 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한 것은 정당하다는 주장이다.

(5) 살피건데, 조특법 제99조의3 규정상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이며, 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 규정하고 있으므로, 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도한 쟁점신축주택에 있어 신축주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액 전액을 감면소득으로 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다(조심2012서2387, 2012.12.3., 조심2012서4698, 2012.12.27. 외 다수 참조). 따라서, 처분청이 쟁점신축주택의 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 조특법 시행령 제99조의3 제2항의 규정에 따라 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액만을 감면대상소득금액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.