연구인력개발비가 최초로 발생한 과세연도에도 초과발생액 기준에 의해 연구인력개발비세액공제를 적용할 수 있음

OOO세무서장이 2012.7.25. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 경정(환급)청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다..

• 가. 청구법인은 2011.3.31. 2010사업연도 법인세 신고시 연구․인력개발로 지출하였다는 OOO원(이하 “쟁점연구개발비”라 한다)의 25%인 OOO원을 연구․인력개발비 세액공제로 신청하여 공제를 받았으나, 대법원 판례(대법원 2009두22454, 2010.4.29.)에 ‘직전년도의 연구․인력개발비가 없을 경우 당해 사업연도의 세액공제는 연구․인력개발비의 50%를 적용하여 산출한 금액을 세액공제할 수 있다’는 내용을 근거로 2012.6.14. 법인세 OOO원(이하 “쟁점공제세액”이라 한다)을 추가 세액공제하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 위 경정청구에 대하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 규정에 따라 직전 4개연도 연구․인력개발비가 없는 경우 비교대상이 없어 초과발생액 기준으로 세액공제가 불가능하여 당해 사업연도 발생액 기준으로 일정률을 공제하는 방식으로 세액공제함이 타당하다 하여 2012.7.25. 거부통지하였다..
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.16. 이의신청을 거쳐 2012.12.11. 심판청구를 제기하였다

• 가. 청구인 주장 연구․인력개발비세액공제의 경우 2011.12.31. 개정 전 법률 적용시 대법원 판례에 의하면 처음 연구․인력개발비 발생연도에 50% 세액공제가 가능하다는 내용에 따라 본 건의 경우에도 50%의 세액공제를 하여야 하고, 이의신청결정서에 의하면, “조세법률주의에 의거 법률의 집행에 있어 이를 엄격하게 해석, 적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추해석은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래할 수 있어(대법원 2005다19163, 2006.5.25. 참조)”라는 문구가 있는데, 이는 반대로 세법을 엄격히 해석하여야 하는 처분청의 입장에서 계산가능한 계산식에 대하여 이를 부정하고 오히려 확대해석하거나 유추해석한 것, 즉 “...연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법은 직전 4년 내에 연구․인력개발비가 발생하였다는 것을 전제로..”라는 해석이 바로 그 것으로, 이에 따르면 본건의 경우 2011.12.31. 개정되어 추가된 조특법 제10조 제1항 제3호 단서 조항인 “다만, 해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 일반연구․인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액”이 추가되기 이전의 법률을 엄격히 해석하여 적용하여야 하는 것인바, 단서조항이 추가되기 이전은 소급하여 발생한 일반연구․인력개발비나 소급하여 발생한 과세연도의 수가 “0”이 되어 연평균발생액은 “0원”이 되므로, 개정 전 직전연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 없을 경우에도 동법 동조 동항 제3호 가목과 나목의 금액 중 큰 금액을 납세자가 선택하여 적용할 수 있는 것으로 해석․적용함이 타당함에도 처분청이 이를 부인하고 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제10조 제1항 제3호 가목에 의하면, 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 공제하는 것으로 규정하고 있는바, 직전 4개연도에 일반연구․인력개발비 발생액이 전혀 없는 경우 비교대상 연평균 발생초과액을 계산할 수 없어 초과발생액 기준으로 연구․인력개발비 세액공제가 불가하므로 최초 발생 과세연도의 연구․인력개발비 세액공제는 당해 과세연도 발생액 기준으로 해당 과세연도 연구․인력개발비 발생액에 일정율(중소기업 25%)을 곱한 금액을 기준으로 세액공제하는 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점연구개발비에 대하여 조특법 제10조 제1항 제3호 가목(연평균발생액을 초과하는 경우 100분의 50)을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 비알콜성음료를 제조․판매하는 중소기업의 법인사업자로, 2010사업연도에 최초로 발생한 연구 및 인력개발비, 즉 쟁점연구개발비가 당해 과세연도 법인세액에서 공제되는 금액인지 여부에 대하여 당초 법인세 신고시 조특법 제10조 제1항 제2호에 따라 쟁점연구개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 OOO원을 당해 과세연도의 법인세액에서 공제하는 것으로 하여 신고하였다가, 2012.6.14. 대법원 판례(대법원 2009두22454, 2010.4.29.)인 ‘직전년도의 연구․인력개발비가 없을 경우 당해 사업연도의 세액공제는 연구․인력개발비의 50%를 적용하여 산출한 금액을 세액공제할 수 있다’는 내용과 조특법 제10조 제1항 제3호 가목에 따라 공제금액을 쟁점연구개발비의 100분의 50에 상당하는 OOO원으로 재계산하여 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

(2) 처분청은 심판청구에 대한 답변서 및 심판사건분석표에서 이 건 처분근거로 연평균발생액을 계산함에 있어서 조특법 시행령 제9조 제3항을 근거로 일반연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구 및 인력개발비가 없는 경우에는 비교대상이 없어 초과발생액 기준으로 세액공제가 불가능하여 연평균발생액을 기준으로 한 세액공제를 받을 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 확인된다.

(3) 조특법 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 것으로 규정하면서 제3호에서 가목 또는 나목의 금액을 선택하도록 하고 있고, ‘가’목에서는 내국인의 일반연구․인력개발비의 경우로서 중소기업의 경우 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액으로, ‘나’목에서는 해당 과세연도에 발생한 일반연구 및 인력개발비에 100분의 3의 비율+해당 과세연도의 수입금액에서 연구․인력개발비가 차지하는 비율(100분의 25 한도)을 곱한 금액을 선택하여 해당 과세연도의 법인세액공제를 적용받을 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 제1항 제1호의 규정에 의한 연평균발생액의 계산에 관하여 같은 법 시행령 제9조에 위임하였고, 연평균발생액을 계산하는 산식에 대하여 위임된 같은법 시행령 제9조(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것) 제3항의 후단을 보면 “당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다”고 규정하고 있고, 2011.12.31. 개정된 조특법 제10조 제1항 제3호 후단에 의하면, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구․인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 해당 과세연도에 발생한 일반연구 및 인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액을 공제하도록 규정하고 있다. (4)위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 쟁점연구개발비가 발생한 사업연도는 2010년도이고, 당시 조특법 제10조 제1항(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)과 같은 법 시행령 제9조 제3항(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것)이 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 일반연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상에서 배제하지 않고 있는 점에 비추어, 쟁점연구개발비가 발생한 2010사업연도의 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 전혀 발생하지 아니한 이 건의 경우는 같은 시행령 제9조 제3항 전단에 따라 동 항에서 규정하는 산식을 그대로 적용하여 연평균발생액을 계산하여야 하는 바, 그 결과 연평균발생액은 “0원”이 되므로 같은 법 제10조 제1항 제1호에 따라 2010사업연도에 최초로 발생한 청구법인의 쟁점연구개발비 전부를 연평균발생액(“0원”)을 초과하는 금액으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이어서, 처분청이 청구법인이 한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.