조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득의 범위

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1983.8.30. 취득한 OOO동 1524-16 소재 OOO빌라 102호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2005.2.24. OOO 201동 1204호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2007.4.19. 양도하고, 이에 대한 양도소득세를 신고․납부하였다가 2009.2.17. 경정청구를 통해 해당 양도소득세를 환급받았다.
• 나. 처분청은 OOO지방국세청장의 특정감사지시에 의해 청구인의 신축주택 양도에 대하여 검토한 결과, 청구인이 종전주택 취득시부터 양도일까지의 양도소득금액 전체를 감면적용 한 것에 대하여, 종전주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액에 대한 감면적용을 배제하고, 2013.4.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.5. 이의신청을 거쳐 2013.11.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면을 배제하였으나, 아래와 같은 이유로 청구인과 같이 5년 이내 양도한 경우에는 소득세법상 양도소득 전체를 감면대상소득으로 보아야 하므로 100% 세액감면을 적용하여야 한다. 첫째, 과세관청의 해석 등에 따르면 5년을 경과하여 양도하는 경우 5년 이내 양도하는 경우의 세액감면방식이 다른 감면방식으로 규정된 이유를 설명할 수 없으나, 조세특례제한법상 용어의 의미로 조세특례제한법을 해석하면 5년을 경과하여 양도하는 경우는 과세대상 소득과 감면대상 소득이 섞여 있어, 세액감면방식에 의하면 감면대상 양도소득에 대해서도 누진세율에 의한 양도세 증가효과를 발생시키므로 이를 방지하기 위해 과세대상 소득에서 차감하는 방식으로 감면방식을 달리한 이유를 명확히 설명할 수 있다. 둘째, 처분청은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식 준용시, 취득당시 기준시가를 하나의 뜻이 아닌 두 개의 뜻으로 해석하여 과세요건 명확주의에 어긋나게 되나, 조세특례제한법상 용어의 의미로 조세특례제한법을 해석하면 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 산식 준용시 조세특례제한법상 신축주택의 취득당시 기준시가를 분자 및 분모에 공통적으로 사용하게 되므로 과세요건 명확주의에도 부합한다. 셋째, 과세관청의 해석 등에 따르면 5년 이내 양도하는 경우는 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식을 준용하는 규정이 없는 이유를 설명할 수 없으나, 조세특례제한법상 용어의 의미로 조세특례제한법을 해석하면 5년 이내 양도하는 경우는 양도소득 전체가 감면대상 양도소득이므로 감면대상 양도소득과 과세대상 소득을 구분하기 위한 산식이 필요하지 않아 위임규정이 없는 이유를 설명할 수 있다. 넷째, 처분청은 신축주택 취득자간 감면비율의 차이를 발생시켜 조세평등주의에 어긋나게 하였으나, 조세특례제한법상 용어의 의미로 조세특례제한법을 해석하면 5년 이내 양도하는 경우는 100% 세액감면을 받고 5년을 경과하여 양도하는 경우는 신축주택 취득일 이후 기준시가 변화비율을 가지고 감면대상 양도소득을 계산하게 되므로 신축주택 취득자간 감면비율의 차별을 두지 않아 조세평등주의에도 어긋나지 않는다. 다섯째, 과세관청의 해석 등에 따르면 세액감면신청서 작성방식과 일치하지 않는 등 많은 문제점을 발생시켰지만 조세특례제한법상 용어의 의미로 조세특례제한법을 해석하면 세액감면신청서 작성방식과도 정확히 일치한다.
• 나. 처분청 의견 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년이내에 신축주택을 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없는 바(서울고등법원 2011.11.18. 선고 2011구합26879 판결 등 다수가 같은 뜻임), 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 전체 양도소득 중 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 규정한 신축주택 취득일부터 5년이내의 양도일까지 발생된 양도소득을 제외한 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일의 전일까지 발생한 소득은 양도소득세 과세대상이다.

• 가. 쟁 점 종전주택이 재건축되어 신축주택을 취득하고 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 에 의하여 양도소득세 전부가 감면된다고 볼 수 있는지 여부
• 나. 관계법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 청구인은 신축주택을 5년 이내 양도한 경우에 감면대상 양도소득 계산을 위한 위임규정이 없는 이유가 소득세법상 양도소득 전체가 감면대상 양도소득이기 때문이고, 5년을 경과하여 양도한 경우는 감면대상 소득과 과세대상 소득이 혼합되어 있어 감면방식이 다른 것이며, 조세특례제한법은 감면대상 양도소득의 범위를 정하는 것이고, 조세특례제한법에서 정한 감면대상 양도소득의 범위에 맞춰 소득세법상 양도소득을 감면대상 양도소득으로 배분하는 것이라고 하면서, 세액감면신청서상 작성요령 및 조세특례제한법상 양도소득과 소득세법상 양도소득의 의미와 발생기간의 차이 등에 대한 자료를 제출하였다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)／(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다.

(3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 관련법령의 해석 등에 의하면 종전주택의 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 포함된다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 고려할 때, 처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 중 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득이 감면대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분은 타당하다고 할 것이므로, 이 건 처분이 과세요건 명확주의에 위배된다고 하는 등의 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2013서205, 2013.6.27., 조심 2012서5360, 2013.7.4. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.